为研究盖伦著作的译本而得到进步，在炼金术所依据的原始化学方面有了显著的新成就。
最早的实用化学，一方面与生活技术（如冶金）有关，另一方面也与制药有关。古典时代，希腊人关于物质本性的见解，以及关于原子和基本元素的观念，离开观察与实验太远，无法归入化学之中。一世纪亚历山大里亚的炼金家可以说是最早认识到和探讨化学问题的人。但那时以后，工作就陷于停顿，六百年后阿拉伯人才重新拾起他们的工作。
由于误解亚历山大里亚的技术的起源，后来的炼金家为自己树立了两大目标，而这两个目标都是不能实现的——一是要把贱金属变为黄金。一是要炼成能医一切疾病的“仙丹”。他们的钻研当然非失败不可，不过他们却因此得到许多可靠的化学知识，并发现了许多有用的药品。
阿拉伯的炼金家从两个来源得到他们的初步知识：一是上面说过的波斯学派，一是亚历山大里亚希腊人的著作，一半经过叙利亚人的传授，一半得自直接的问泽。说阿拉伯话的民族研究炼金术有七百年的历史，他们的工作中心先在伊拉克，后在西班牙。在他们的手里炼金术发展成为化学，又由他们那里发展成为中世纪后期的欧洲化学，主要是经过西班牙的摩尔人。在有些阿拉伯著作家和他们的欧洲门徒由炼金术进步到化学的时候，另外一些人由于不能了解亚历山大里亚炼金家的专门知识和哲学观点不能吸取比较新颖、比较科学的观点，便在自己的工作中堕落到贪得无厌地追求黄金和玩弄或自欺欺人的巫术的地步。
最著名的阿拉伯炼金家及化学家是阿布－穆萨－札比尔－伊本－哈扬（Abu－Musa－Jabir－ibn－Haiyan）他约在776年间享有盛名。后来有许多著作以拉丁语出版，据说是一位名叫“杰伯尔”（Geber）的时代不明、身世不明的人所写的。有人认为“杰伯尔”也就是札比尔。不过，这些著作的起源问题至今还没有解决。拜特洛（Berthelot）于1893年，研究了一些阿拉伯原稿的新译本之后，断定札比尔的成就比杰伯尔要少得多。但霍姆亚德（Holmyard）与萨尔顿说，从还没有翻译过来的阿拉伯著作看来，札比尔是一位比拜特洛设想的要高明得多的化学家。他好象制造过（用现代术语讲）碳酸铅，并且由砷和锑的硫化物中分析出砷与锑；他叙述了金属的提炼，钢的制造，布与皮的染色，以及蒸馏醋而得到醋酸的方法。他认为当时所知的六种金属所以不同是由于所含的硫和汞的比例不同。但是，在对他的全部阿拉伯语著作加以批判的研究，并与拉丁语的“杰伯尔”著作加以比较之前，札比尔在历史上的地位是不易确定的。
在化学史上，把硫（即火）与汞（即水）看做是基本元素的观念是十分重要的。这一观念似乎是由于发现硫与汞化合而成鲜明的红色硫化物而产生的。由于银是白色的，金是黄色的，红色必定是用比金更贵重、更根本的东西制成的。硫与汞之外，后来又加上食盐来代表土或固体。食盐、硫与汞为物体的基本元素的学说，代替恩培多克勒和亚里斯多德的四元素说，一直流行到波义耳在1661年发表《怀疑的化学家》（Sceptical Chymist）一书的时候。
科学性的化学的重要性日益增长，这表现在九世纪开始的一场关于炼金术的真正价值的辩论上。那时欧几里得的《几何原理》（Elements）与托勒密的天文著作，也翻译成阿拉伯语了，后者的巨著，因而得到《至大论》（AImagest）这个阿拉伯名称。希腊的几何学与天文学于是传到穆斯林世界。印度的数字也许是先由希腊人发明，然后传入印度，再以早期的形式传给阿拉伯人，他们又修改为所谓古巴尔（Ghubar）字体，与我们现今所用的字体更为相近。当时穆斯林人贸易很广，因此这些方便的数字，被世界认为是阿拉伯数字，经过几个世纪之后便代替了累赘的罗马数字。在拉丁语中最早使用这个新数字体系的例子，似乎是976年间在西班牙写成的一部手稿，但零位记号的普遍使用是更往后的事情。
当时，有些阿拉伯著作家为了推广自己的著作，就把自己的著作假托是希腊人的著作。譬如阿拉伯人或叙利亚人编纂的一部关于民间传说与巫术的文集，名叫《秘密的秘密》（secretum Secreto…rum），在中世纪的欧洲十分流行，当时就他称是亚里斯多德著作的译本。817年左右，埃德萨的约布（Job of Edessa）根据在巴格达讲授的材料，写了一部关于哲学与自然科学的百科词典。这部词典的叙利亚语的版本最近由明加纳（Mingana）加以编辑并翻译过来。
托勒密著作的翻译也推动了穆斯林天文学家。穆罕默德·阿尔－巴塔尼（Muhammad al－Batani，约850年）在安提沃奇（Antioch）天文台，重新计算了春秋二分点的岁差，并制成一套新的天文表。他的工作由不像他那样有名的学者们继续下去。在公元1000年左右，三角学有了进步。伊本·荣尼斯（Ibn Junis）或尤纳斯（Yunus）在开罗对日月食进行观测，并加以记录。他可算是最大的穆斯林天文学家。他的工作得到埃及国王阿尔0哈金（al…Hakim）的鼓励。阿尔…哈金还在开罗设立学院。
阿拉伯科学的古典时期可以说在第十世纪，从波斯人阿布·巴克·阿尔…腊济（Abu Bakr al…Razi）的工作开始的。此人在欧洲也被称为布巴卡尔（Bubachar）或腊泽斯（Rhazes）。他在巴格达行过医，编辑过许多百科全书性的教科书，其中有一本著名的著作讨论麻疹与天花。他被认为是伊斯兰最伟大的医生，事实上也是中世纪全世界的最伟大的医生。他把化学应用到医学上来，并使用了流体静力天秤来测量物体的比重。
最杰出的穆斯林物理学家是伊本…阿尔…黑森（Ibn－al－Hai…tham，965－1020年）。他在埃及阿尔…哈金统治下工作过。他的主要工作是在光学方面，在实验方法上有很大的改进。他使用球面和抛物面返光镜，并研究了球面象差，透镜的放大率与大气的折射。他增进了有关眼球和视觉过程的知识，并用有力的数学方法解决了几何光学的问题。他的著作的拉丁语译本，通过罗吉尔·培根与刻卜勒，对于西方科学的发展有很大的影响。同时有一位医学家和哲学家名叫伊本·西那（Ibn Sina）即阿维森纳（Avicen…na，980－1037年）。他是布哈拉（Bokhara）城人，访问过中央亚细亚各国的宫廷，希望得到一个安定的位置，来发展他的天才，并进行他的文学与科学的工作，但没有成功。他对当时所知的科学都有著述。据萨尔顿说，他不相信炼金术可使金属突变，他以为这种变化有其根本的原因，不是改变颜色所能成功的。他的《医典》（Canon）或医学纲要是“古代和穆斯林全部知识的总汇”，是阿拉伯文化的最高成就之一。后来这部书成了欧洲各大学的医学教科书，直到1650年，卢万（Louvai）与蒙特佩里耶（Montpellier）的学校还在用它，而且据说至今仍是穆斯林国家的主要医学典籍。
他的一位同代人阿尔…比路尼（al…Biruni），名声没有他大，但智慧并不比他小。他是哲学家、天文学家及地理学家，生于973至1048年间。他进行过大地测量，他所测定的经纬度达到相当准确程度。他测量过一些宝石的比重，用水在通路中自求其水平的原理来解释天然泉及喷水井。他对于印度的某些部分和人民有极清楚的叙述，并且写了一篇中世纪最好的关于印度数字的论著。
这时阿拉伯语已经公认为研究学术的经典语言，所以凡是用阿拉伯语写成的东西都是权威的，正如早期（和后来）时代的希腊语著作一样。最初把阿拉伯书籍有系统地翻译成拉丁语的是非洲人康斯坦太因（Constantine）。他在蒙特卡西诺寺（Monte Cassino）工作，从1060年直到1087年死去之时。他游历过萨勒诺，他的工作对于萨勒诺学校有很大影响，在这里和其他地方，由于他的鼓舞，拉丁国家才吸收了阿拉伯人的学术。
可是这时阿拉伯学术的最高潮已经过去了。第十一世纪时，出现了波斯诗人莪默·伽亚谟（Omar Khayyam）的重要代数著作，和阿尔－加扎利（al…Ghazzali）的神学著作。他为伊斯兰教所做的哲学与综合工作，正如托马斯·阿奎那为基督教所做的哲学和综合工作一样。但在这个世纪将近结束时，阿拉伯与穆斯林的学术就开始衰退，此后科学活动便主要是在欧洲了。
从政治方面看，由于伊斯兰王公将领的内争，由于原来出过很多总督、军人及行政官员的有才干的阿拉伯高贵世家渐次解体与毁灭，因而不可能再有安定的阿拉伯帝国出现。辽远的省份一个一个地脱离这个软弱、衰老、多种族的帝国，而恢复原有的民族性和政治独立。
穆罕默德征服的最远的省份是西班牙，阿拉伯文明、犹太文明与基督教文明交流的最好的成果正是在那里表现出来。在418至711年的三个世纪之间，一个西哥特国在西班牙建立起来，并由其京城上鲁斯（Toulouse）维持法律与秩序。原来在狄托（Titus）治下由巴勒斯坦放逐到西班牙的那些塞法迪姆犹太人（SephardimJews）保存了亚历山大里亚学术的传统，聚集财富，并保持与东方交通畅通无阻。在711年伊斯兰教征服西班牙后情况仍然是如此。只要他们的优越地位不受反对，阿拉伯人对于思想是宽容的，因此许多学校得以成立，可是这不是由于一般人民的拥护，而是由于有自由思想或心胸宽大的统治者的偶然的和反覆无常的眷顾。
西班牙…阿拉伯哲学发展的过程，与一百年后基督教学校所走的过程大致相同。他们同样想把本国的神圣文献与希腊哲学的学说加以调和；神学家们亦复有类似的派别竞争，一派依靠理性与理性的结论，一派信赖神的启示或神秘的宗教经验，两派都否认人的理性在宗教问题上的效用。
正统的穆斯林经院哲学及其理性的哲理神学，主要是在巴格达活动的波斯人阿尔－加扎利创立的。同样的见解也流行于西班牙，但西班牙－阿拉伯思想学派的真正名声，应归功于1126年出生订于科多瓦（Cordova）的阿维罗伊（Averroes）的工作。虽然他对亚里斯多德的学说极其尊崇，但把一种新观念注入到宗教与哲学的关系中去。据他看来，宗教不是可以归结为命题和教条体系的知识的一个分支，而是一种人的内向的力量，同“实证的”或实验的科学是不同的。神学是两者的混合。他认为对两者来说，神学都是祸害的根源，一方面它造成了宗教与哲学不相容的错误印象，另一方面也用一种假科学败坏了宗教。
这样，阿维罗伊的学说与正统的基督教神学发生严重冲突，是不足为奇的。但尽管有人反对，特别是重要的多明我（Dominican）思想学派反对，他的语言却能打动愿意听他的人。到了十三世纪阿维罗伊就成了意大利南部、巴黎、牛津等大学公认的权威，照罗吉尔·培根与邓斯·司各脱（Duns Scotus）的意见，他可以同亚里斯多德并列为实证科学的大师。
那个时代的另一位重要的科多瓦人是迈蒙尼德（Maimonides，1135－1204年）。他是犹太医学家、数学家、天文学家与哲学家。他的主要工作是建立可与阿尔－加扎利的伊斯兰经院哲学以及后来由托马斯·阿奎那完成的基督教经院哲学相比拟的犹太经院哲学体系。迈蒙尼德想把犹太神学与希腊哲学，特别是与亚里斯多德的哲学调和起来。他的著作在中肚纪后期有很大的影响。那时他的信徒把他的见解任意加以引伸，甚至以为圣经中叙述的全部历史都是象征性的，这种学说自然要引起争论。
欧洲学术的复兴
欧洲接受了并且慢慢地吸收了阿拉伯知识，因此，在欧洲，研究学术的工具也有了很大的进步。在东罗马帝国的君士坦丁堡，九、十世纪时，就已经出现了知识的复兴。当时君士坦丁七世提倡学术与艺术，并且命人编纂百科全书式的著作。以君士坦丁堡为基地，靠了基辅公爵弗拉基米尔的不断劝诱，把俄罗斯也变成了基督教国，在十世纪末，直接导源于东罗马帝国（拜占庭）的俄罗斯艺术也出现了。因为有了这个拜占庭的文艺复兴，许多希腊的手稿才被人复制并保存下来。
我们说过，从很早的时候，在萨勒诺已经有了一个世俗学问的研究中心，特别是医学研究中心，而在北欧方面，查理大帝与阿尔弗烈德大帝对