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现代科学的兴起
一旦我们认为把目的归诿于自然是恰当的，这就向证实在这种理性秩序背后存在一个超级智慧（上帝）迈出了一小步。我们发现，在最早期对宇宙的解说中，科学与神学正是这样揉合在一起的。科学家和神学家都同样谈到上帝的目的或神圣的安排，用以说明被研究事物的可靠模式。这样认为宇宙中有一个可信的秩序的观点叫做唯理主义。在西方文明史中有过哲学唯理主义和数学唯理主义。因为这两个种类都以存在事物的秩序和模式的形成为基础，所以我们可以说它们都极大地使用了形式因的意义。
哲学唯理主义探讨的是我们认识上更形象化的方面，或者说探讨与我们的常识性经验有关的事物。例如，当柏拉图 推测行星的运动时（约公元前３５０年），他认为行星可能沿圆形轨道运行，因为圆形是所有几何图形中最完美的；一个以合理的方式组织起来的宇宙自然会舍弃质地较差的形式而选择完美无缺的形式。加上上帝的概念，我们就可以说既然上帝一定是完美的，那就必然可以得出这样的结论：上帝只会使用所有几何图形中最完美的图形。这种理论解释在整个中世纪非常普遍。在符合规律的事件中的规则性和可靠性概念也是哲学唯理主义的产物，并由数学唯理主义加以补充（见下述）。让自然界的规律变得飘忽不定而无法预料是不行的，因为这样会使人想到大自然的理性设计有缺陷。
大自然的这种非凡的秩序有时在相反意义上被用作证据，证明一个设计者必定早就存在于我们今天在宇宙中所看见的这种理性秩序之前，因此也就是这种理性秩序的创造者。神学家正是通过这种证明来证实上帝的存在。在这方面的一个最好的例子就是圣安塞尔姆在所谓的第一因论证中使用了动力因。他是这样论证的：如果我们接受任何一个 “ 结果 ” 都有一个 “ 原因 ” 这一事实，那就必然可以得出这样的结论：通过逆时间而追溯因果系列，我们要么永恒地倒退，否则在某点上就会存在一个第一因，即上帝或原动者，它一开始就以因果方式让事件向前发展。这个论证完全依赖动力因果关系的意义，是从定义上论证。这是早期哲学经典论证方法，即推理者首先作出概念的可信定义，然后推断出从这种先行项意义引申出来又不自相矛盾的必然含义或结论。在神学研究领域中，这样做被称为经院哲学。像圣托马斯阿奎那那样著名的教会哲学家就有效地使用过这种证明事物的方法。
让我们拿现代神学家仍辩论不休的节制生育问题作为例子。虽然他们不敢擅自代表上帝讲话，但许多神学家的确设想过，通过分析性交行为，有可能把这一行为的目的描写成是上帝创造的。如果现代神学家只从生殖方面来解释这一行为，那就必然可以得出这样的结论：使用避孕手段暗中破坏了上帝的意志。但是，如果神学家能够在性交中看到神的一个附加意旨，即创造两性之间肉体与精神共同享受的最高表达方式，那就必然可以得出这样的结论：性交而不生殖符合神的安排。在天主教的信仰中，月经期间能避孕被作为一种“自然的”节律得到认可，就是从设计上论证的一个例子。在这种情况下，男女在创造的经期循环的秩序中继续行事而不是改变或停止这一秩序。
神学家不是历史上唯一持有神之完美观的思想家。作为哲学家和数学家的莱布尼茨（约１７００年），在提出我们所居住的世界是 “ 所有可能的世界中最好的 ” 时候，就是以这种方式推理的，因为设计之神必然不会满足于次好的。后来伏尔泰（约１７５０年）在《老实人》里嘲笑和讽刺了这种观点。在那本书中，他让那位集 “ 玄学、神学、宇宙学的学问 ” 于一身的邦葛罗斯表达了他的话。这位年迈的宫廷哲学家是一个目的论者。他教导他照管的人老实人说： “ 事无大小，生来就有个目的 …… 岂不见鼻子是长来戴眼镜的吗？所以我们有眼镜。”在一个完美的世界中，一切都安排得十全十美。
就在这一历史阶段，发生了一些事情对目的描述法提出 了怀疑。实际上，这种变化在几个世纪前就出现了。它牵涉到哲学唯理主义向数学唯理主义的转变，其特点是强调经验证明而不是从似乎有理的定义上论证出必然的结论。这种经验主义“拿给我看”的求证态度实际上始于宗教辩论中。威廉奥坎（约１３５０年），一个背教的神学家，否定了经院哲学学者所声称的上帝的存在可以通过推理得证这种说法。只有在水面行走、治愈病人或起死回生这类不可思议的东西得到经验证明后，超自然主义才能得到证实，否则就只是推测，是空话！
这种经验主义的科学描述方法始于英国哲学家弗朗西斯培根爵士（约１６００年），因此一直被称为英国经验主义。培根在原因运用的范围上把批评的矛头指向亚里士多德。正如我们已经提到的，大自然有安排或目的这种提法本身就是形式因组织法，如果由神来使之生效，就会同时涉及目的因（结果就得出神性目的论而不只是自然目的论）。事实上，在谈及事件的目的因果关系时，总是假定有一个叫做理由（前提、安排、预期的结果或目的，等等）的形式因模式，所有被描述的事物实际上都是“为了这一模式”而存在或发生。我们总是在目的因概念中发现形式因概念，但相反的情况却未必真实。这就是为什么把大自然本身想象成有“目的”的是如此困难。亚里士多德在他的自然目的论中使用拟人化，那是因为要把万物看成有目的地向前发展就得有一个理智，一个类似人的意欲者。
培根提议，当我们科学地描述事物时，应当只限于使用两种原因 —— 质料因和动力因。在为经验主义科学制定各种 准则时培根说，树叶长在树上，骨骼支撑我们的肌体，这类事情没有什么理由可言。尽管伦理宗教思想家和艺术解释用形式因和目的因来描述是恰当的，因为道德和美在本质上就是判断的努力，但是，严格的经验主义科学家不应使自己对自然的观察带上这种目的论考虑的色彩。培根担心如果科学家们承认形式因和目的因的解释，他们就会停滞不前，就不会通过实验去积极寻求经验知识。实验就是要提出不同于“这个物体的形式或目的是什么”的问题；实验就是要问“什么东西导致这种事态？”科学家对于事物并不探求那些被假定的但又观察不到的理由。他们让事实本身说话，并据此说明某物是什么制成的（质料因），或者它是如何按规律形成的（动力因）。然后就此我们才认出一种模式（形式因）或目的（目的因）。
由于培根的影响，自然科学家一直就在争辩说，只有在我们用朴实的眼睛（即形象地）看到了的事物分解成 “ 构成这些事物 ” 的基本实物和力以后，我们才算成功地对事物作出了正确的说明。这就是为什么科学描述本质上总是归纳性的原因。原子的模型就是一个完美的例子，因为它把一种 “ 不可分 ” 的质料的概念（质料因）与力的概念（动力因）结合起来了。现在我们已经能够将原子打破并释放出力了，但甚至在这种原子结构里，人们还是假定要么物质本身就是力（把质料因彻底变成动力因），要么原子中较小的物质单位（电子等）乃自行 “ 组成 ” 从而使物体成为现在的状态。此外，由于在观察事物时测量事物并预测事物随时间而取的进程是可能的，所以，随着现代科学中经验主义的兴起，人们也就 更依靠数学唯理主义来进行研究了。
在培根抨击亚里士多德用形式因和目的因作科学描述之前，数学和经验主义证明的关系就已经固定下来了。当天文学家托勒密（约公元２００年）提出宇宙的地心说时，他用数学运算的经验主义证明来证实自己学说的正确性。群星按照数学的精度（包括较小的调整在内）进入天空的位置。可是，这些经验主义证据并未使中世纪的哲学唯理主义者们产生深刻印象。他们认为不仅仅需要数学运算和观察，还需要哲学证据。
这种证据应以不言自明的、看来有理的根据为基础，就如曾用于第一因的论证或证明上帝造就了可以想象的行星的完美圆形运动的根据一样。中世纪犹太哲学家摩西迈蒙尼德、阿拉伯哲学家阿威罗伊和天主教神学家阿奎那（约１２００年的著作）都将数学证明和哲学证明区别开来，并且都坚定地信赖哲学证明。
也有一个举世无双的思想家把这两种证明方式结合在一起，这就是哥白尼（约１５００年）。虽然他的日心说已被观察和数学计算证实，他还是以如下的 “ 事实 ” 作为他的地球引力说的基础：即当物质自行确定其本身界限时，它会自然而然地压缩成球体。雨点落向地面时形成 “ 自然的 ” 球体，因此与地球的形状相符。这个很容易想象的论证因为看来有理，就比当时被提出来以证实日心说的那些极其难以置信的（在当时！）经验主义论据和数学证明更能让人接受。甚至培根也批评哥白尼，认为他太热衷于把假设引入他的日心说，为的是使数学的运算看来正确。
这一点就告诉我们，使经验主义科学兴起的基本问题是一个人的理论陈述的源泉问题。在解释我们怎样才能科学地认识任何事物时，培根就像一个哲学唯理主义者那样推理，对观察的事实可允许“塞进”多少东西的基本原则提起争论。他不是怀疑形象地解释理论或以似乎有理的方式理解被检验的理论的必要性。他只是想要减少那些似乎有理的成分，剔除那些有赖于目的阐释的部分。如果说大自然有秩序，培根认为，这种秩序不能通过某种先行的、有意图的设计来加以解释，它只是漫无目的的质料原动力因的产物。由于引入假设，哥白尼违反了这一严谨的规则，即只能从所看见的、所感觉的或在日常经验中觉得似乎有理的方面去解释现实。
知识的终极来源问题在哲学上通常具有唯实论以及与之相对的唯心论的争论。唯实论者认为知识总是可以追溯到具体可见的现实存在中的一种固定模式。在这类模式中可以有各种表示关系的方式，但是原则上则有一个真实存在的组织；如果使用的测量程序足够精确，我们可以对这一组织进行逐一的探索。唯心论者则坚持认为，要么现实不存在（例如，我们可能看见的都是上帝精神安排有序的空幻景象），要么这种确实产生在认识中的秩序必须靠人的理智的帮助。因此，把被心智整理成为认识中的现实说成是独立于心智之外的，这在原则上是不可能的，无论这种知识的测量精确与否！经验主义者很可能是唯实论者。但也有一些经验主义者（例如逻辑实证论者）觉得这种区别没有意义，因而抗议把唯实论者的标签贴到他们身上。
同样，虽然不是所有的数学家都会承认自己是唯心论者（很可能大部分都不会承认），但他们通过推理的数学方法来 提供证据的一般特征却带有唯心主义的味道。数学家不需要质料因或动力因的意义来进行研究。通过纯精神的数学证明而求得的内在连贯性可以给人以巨大的的确信感。事实上，作为数学家、天文学家的伽利略认为没有必要在每个例子中都提供经验（研究）证明。只有在两种数学推理方法发生冲突时，伽利略才认为有必要设计一个经验测验（实验）来解决争端。
哲学唯理主义同数学唯理主义的对抗在对伽利略的审判中（约１６１５年）也是显而易见的。这次审判使后来的自然科学家深受其苦，使他们进一步远离目的性描述的方式。虽然经常被说成似乎伽利略是被迫要求放弃他的整个观点，但事实是宗教法庭的教士们仅要求伽利略承认日心说是一种数学假设，而地心说才是哲学真理。到这个历史阶段，托勒密的地心说观点便已在上面讨论过的“从定义上论证”（ｐ１６）的意义上融进了《圣经�