谙练，“而督率搜捕，则常青为优”，著常青待李到闽后，即亲自渡台，督率剿捕，［17］常青奉旨后，于二月二十二日至厦门，等待顺风，三月初抵达台湾府城。
乾隆帝把尽快削平会党的希望寄托于常青身上，给其提供很多优越条件。四月初四日他接连下达三道重要谕旨，讲了四个问题。其一，授常青为将军，以福州将军恒瑞、福建陆路提督以期枚（由江南提督调任）为参赞，“俾事权归一，军威益振，蓝元迅奏荡平，绥靖海疆”。其二，严肃军纪，诛戮逃将。海坛总兵郝状猷统兵三千余名，系“派往南路剿捕大员”，收复凤山县城后，理应一面派兵，设卡防守，一面亲率将弁，征剿敌军，“乃安坐营盘”，既不能先事防御，又当闻听参将瑚图里被敌拦截之时，不即亲督弁兵前往接应，奋勇冲杀，反而畏敌退避，潜回郡城，官兵纷纷溃散，致使凤山县城又复失陷。“似此畏怯偷生之员，若不明正典刑，其何以肃戎行而昭军纪！”著常青将郝状猷在台湾郡城众将弁之前正法。参将瑚图里身系满洲，前当会党攻打凤山时，所统兵丁即为敌军冲散，本人仓皇骑马遁回府城，已有应得之罪，此次又畏惧敌势，潜行逃避，罪责难逃，著常青将其正法示众。其三，处治黄、任。黄仕简、任承恩贻误紧要军务，“均应按律即行正法”。但念黄年老有病，任承恩又系总兵任举之子，任举于金川用兵时阵亡，其长子又以救火得伤身亡，无有子嗣，任承恩亦无子，若将任承恩正法，则临阵捐躯的任举竟至绝嗣，二人均可免其一死，将黄仕简所袭一等公爵革去，令其长孙黄嘉漠承袭。其四，增派援兵。台湾现有援兵一万三千余名，常青又飞咨添调闽、粤、浙兵七千名。李侍尧等已调广东潮州、碣石二镇兵四千名。因浙兵“向来柔懦”，著停调，改派福建驻防满兵一千，代替浙兵，由福州将军恒瑞率领赴台。福建续调的二千名兵士，著蓝元枚统领。一共增派援兵七千名。
在此前后，乾隆帝又连续下谕，指授用兵方略，勉励将弁奋战。他在三月二十七日降旨：若必待粤兵至台，始行进剿，则“竟须至五月，岂不旷日持久”。著常青将台湾现有之兵，“择其精壮者，亲身带至大里代贼巢，痛加歼戮，将首犯林爽文擒获，其余附从，自纷纷瓦解，固属甚善”。若台湾之兵“实不可恃，必须接济”，则待粤兵到后再进攻。［18］四月初一日，他又降谕给军机大臣，强调集中兵力征剿。他说：康熙年间进剿朱一贵，不及一月即成功，“盖由大兵会合一路，由厦门进攻，声威壮盛，贼匪望风胆落，故能一举歼灭”。此次黄仕简、任承恩系分路渡台，其余将弁又各由别途陆续起行，“已觉兵势稍分”。二人赴台后，理应会合：“厚集兵力，直捣贼巢，将首恶缚擒，余党自必瓦解”，乃二将仅派拨各将“零星打仗，四处堵御，以致贼匪从而生心，得由山径绕道蔓延，各处啸聚，官兵转为所牵制，兵分而力见单”，幸而敌军未施巧计，否则“岂不又蹈木果木之覆辙耶”？“著常青抵台湾后，即将各路官兵调集，会合一处”，“以期兵威壮盛，士气振奋，专力全赴贼巢搜剿，断不可又蹈黄仕简、任承恩故辄，轻分兵力，观望迟延，俾贼匪得以四散牵制，蒇事致稽时日也”。［19］
过了两天，四月初三日，因李侍尧奏林爽文于家乡“掘壕放水，多筑土墙，安设炮位”，他又降旨：“贼党盘踞穴巢，以图并力固守，看其光景，别无他图窜匿之计，转可聚而歼戮，其事尚属易办”。但恐大兵云集，四路围攻，敌军计穷力蹙，窜入内山，致稽缓时日，著常青抵台后，“即将各路官兵调集，会合一处，拣派精锐，亲行带领”，直赴敌巢，“奋力围剿，务将首恶林爽文一鼓擒获，余党歼除净尽”，至于堵其后路，不使窜入内山，则责令柴大纪戴罪立功，“专力堵御”。若其能拿获首犯，不使余党一名漏网，则可宥其前罪，并录其功，否则惟柴是问。［20］不久，因常青奏请遣派曾经参加过战争的侍卫、章京前往带兵进剿，他于四月十三日下谕，派乌什哈达等八员即日起程，星驰前往。
四月二十日，闽浙总督李侍尧之折到京。李侍尧奏称：凤山再失之后，“贼匪益肆滋扰，府城现添雇乡勇万余人。又彰化县属，仅存鹿仔港一处尚在固守，各村老幼男妇来避匿者不下万余人，无处得食。经该道府等请拨银十万两、米十万石，接济赈恤。臣以乡勇本义民所雇，固属急公向义，实亦自卫身家，避难民妇应于剿匪事竣，量为安插抚恤，是以概行议驳。”［21］素以干练著称的李侍尧，这次却犯了一个特大错误。如果真的实行这一办法，必将驱使数以万计的难民投入林爽文军中，严重削弱官兵的实力，使地方更加混乱。乾隆帝读过此折，立即下谕，斥责李之谬误。他说：李侍尧在厦门一带筹办照料，“当以催兵徐渡，接济军储粮饷为要，余可徐论”。乃李惟虑多用钱粮，恐事竣后难于报销，止将常青咨取银十万两解往，而对该道府呈请之银十万两、米十万石概行议驳，“所见甚属错谬”。著李侍尧即将此银、米“速行照数运往，以备接济”，并著常青就近酌量将多余兵粮，“散给贫民，务使不致逃散，方为妥协。不然，非去而从贼，即穷极抢夺，皆足偾事。况乡勇义民既为国家御贼，兼可卫其资产，是以为我出力，今既日久赔垫，既有阵伤亡故，又不能保其所有，亦必逃散从贼，兵丁弁备尚难望其枵腹从事，而况此众民乎！”“前据常青奏称，贼匪将所掠粮米，广为散给，要结人心，以致日积月众。岂阅时未久，该督遽至忘怀耶！著传旨严行申饬”。［22］
过了七天，四月二十七日，常青于三月发出的奏折送到京师。常青奏：庄大田率部侵扰府城，屡经亲率官兵，出城迎捕堵杀，将弁用命，义民争先，奋勇协剿，“接仗数次，共枪炮打死贼匪二千余人”，生擒正法者五十余名，贼目庄锡舍悔罪投诚，带领所属二千余人，随同官兵杀退敌兵。乾隆帝十分高兴，下谕嘉奖常青能预先设法防堵，相机堵剿，筹划调度，俱合机宜，年逾七十，尚能如此勇往督战，赏其御用玉搬指一个、大荷包一对、小荷包二对及库纱、香珠、香牌、香袋、宫扇等物，赏其子笔帖式喜明为三等侍卫，命其驰驿前往台湾省亲，对有功和伤亡官兵厚加升赏。他又以庄锡舍能招集泉州义民，立功赎罪，赏其守备职衔，其属下有功人员，分给千把总等职衔。
此时常青统辖之兵，共有二万名援兵和台湾额设之数干名戍兵（名为一万二千余，实仅数千），将近三万人，加上各庄“义民”，人数也相当可观，而且还得到皇上大力支持，格外优遇。
如若他调度有方，勇猛冲杀，进展会相当快的。但是，乾隆帝这次在任用将帅上，又失误了，严重地影响了征剿的顺利进行。
被皇上钦授为统帅的将军常青，果真是圣谕所说优于“督率搜捕”？不，这只是天子的想象而已。常青原是一官宦之子，父安图任至江西巡抚。常青庸懦无能，但很会寻找门路，自宁郡王府长史累迁察哈尔都统、杭州将军、福州将军，乾隆五十一年初，署闽浙总督，旋实授。
乾隆五十二年三月，常青奉旨入台，此时，台民以为青系总督，过去又历任都统、将军，“当知兵，人心稍定”。粤兵四千于四月中抵台，恒瑞、蓝元枚亦各率兵至，乾隆帝又以失律罪诛总兵郝状猷，“于是诸将咸思进兵”。林爽文、庄大田虽领部攻打府城、诸罗及粤民村庄，然“势力尚未张大，各村民俱未为所胁也”。在这援兵齐集、将弁思战、“义民”鼎助的有利时刻，如果常青指挥得当，集兵猛攻，局势定会改观。
可是这位钦差将军，只擅长于虚报战功，交结权贵，巴结上权相和坤，拥有强大的靠山，对于兵法却一窍不通，更胆小如鼠，极畏征战。史称其为“和相私人”，“老而耄”，“畏葸”，“日夜惟涕泣而已”。五月二十四日，诸将决定出师，“城中市民咸设犒酒以待。”第二日，庄大田、林爽文率会党一万余人合攻府城，各庄埋伏的会党不计其数、常青刚领军出城，立即交战。“常青战栗，手不能举鞭，于军中大呼曰：贼砍老子头矣！即策马遁。诸将因之即退，贼大欢跃而归。青入城，即令闭关，又请兵一万”。这样一来，战局立即发生了严重不利于官兵的转变，义军势力迅速扩展。“贼得以暇蚕食各村，不从者辄杀，于是遍域皆贼矣。庄大田驱以扰府城，林爽文驱以扰诸罗，势益炽”，数月之内，“贼已增十万矣”。［23］
庄大田屡攻府城，并夺占附近村庄及笨港，使府城与诸罗县城及彰化的鹿港之间，水陆交通中断。于是，将军常青、参赞恒瑞困居郡城，周围十里以内村庄俱被庄大田属下会员占据。参赞蓝元枚驻鹿港，兵力单薄，“四面受敌”，在六月中奏请添兵五千名，随因积劳成病，得了痢疾，于八月十八日去世，总兵普吉保代统其众。台湾总兵柴大纪统兵四千死守诸罗。官兵陷入各自为战的被动局面。
由于诸罗城据南北之中，为府城屏障，不攻下诸罗，难以夺取郡城占据全台，故林爽文早在二月十二日、二十六日，三月初二日、二十九日，四月初四、初十、十二日，率领义军万余，多次猛攻诸罗县城，并遣大批会员进袭附近村庄。六月中起，林爽文率部将诸罗团团围住，日夜进攻。义军还使用大板木车，中藏枪炮，分路进犯。柴大纪虽多次派遣急使向将军常青求援，常青却以自保为重，仅于六月先后派总兵魏大斌领兵一千五百名、游击田蓝玉率卒一千名前往，但魏、田畏敌怯战，一遇义军拦阻，即逗遛不前。
常青虽怯于攻战，却擅长说谎。明明是六月初八、初十日大营遭受庄大田部猛烈攻击，凤山东港、诸罗笨港及盐水港被义军“占扰”，“粮路不通”，常青却伪报战功，声称“臣等分派在营将弁，一面分路截杀，一面飞赴桶盘栈堵御，杀贼一百余人”，并“酌派兵民堵御”。［24］更妙的是六月中旬的一份奏折。
常青奏：据柴大纪察报，敌军“攻踞盐水港”，已拨兵一千前往，诸罗县城驻兵太少，请速添兵救援，现已派魏大斌往援。
“贼众围攻盐水港，固意在诸罗，而实觊觎府城，臣等扎营府城以南，未敢移动，俟添调官兵到齐，相机剿捕”。［25］常青此奏，本意在于说明自己应当统率大兵坐守郡城，不宜离城往北救援诸罗，为其惧敌怯战不亲救诸罗之举辩解，不料，皇上的判断和决策，却与此奏完全相反。
七月十二日，乾隆帝就常青之折降旨：盐水港在诸罗之南，笨港在诸罗之北，“皆为运粮要路，今俱有贼匪抢占，以绝粮饷，诸罗势甚迫急，所关甚重。看来贼人狡计，竟系因大兵俱在府城，诸罗一路兵势单弱，故作窥伺府城，以牵缀官兵，使常青等不能远离该处营盘，而其意实欲断我粮道，攻逼诸罗县城。若诸罗有失，则台湾府城势更孤悬，四面受敌，大有关系”。著常青于总兵、副将内择其奋勇可靠者拨派一员，令其固守营盘。“常青等竟拣选精锐，亲自带领，同侍卫、章京、将备等数人，直趋北路，前至诸罗，会同柴大纪，并力擒渠捣穴。或再派劲旅，将盐水港屯占贼匪悉力歼除，打通粮道，此为上策”。昨己有旨，令蓝元枚带兵前往盐水港，剿杀敌军后，“自南而北，星赴诸罗，接应柴大纪”，扫除笨港会党。柴大纪处得此两路兵力接应，盐水港、笨港道路肃清，米粮通运，南北声势连络，“人心自定，似于进剿机宜，极为得力。著常青、蓝元枚酌量情形，迅速筹办，断不可坐失事机”。［26］
常青接谕后，不得不于七月派总兵蔡攀龙、副将贵林等往援诸罗。蔡攀龙等几经周折，才于八月二十日抵达城外，遭义军围击，伤亡惨重，贵林及游击杨起麟等阵亡。柴大纪派兵出迎，始将蔡攀龙及其残部七八百人与运饷义民三千人接应入城。魏大斌、田蓝玉亦因严令督促，不得不率军前进，损兵大半，始入诸罗。
林爽文深知诸罗之重要，“必欲陷之，自六月中攻围，连日夕不止”。经过大半年的征战，义军已逐渐学会一些战阵之法和攻城之术。林爽文用大木板制成大车，“中藏枪炮”，名叫吕公车，以数百人牵引，“击城北堞”，并用火箭射雉楼，想方设法猛烈攻击，同时，又断绝粮道，严禁米粮入城。县城被围日久，粮草奇缺，弹药不足，形势异常危急。柴大纪几次差派“敢死士突围出，