这些庸臣的怯懦无能，几次下达长谕，讲述用兵的必要性及其征讨的沿革，痛责“妄生异议者”，坚持平叛的正确立场。他一获悉乱起之后，立即采取各种措施，调兵遣将，追捕阿睦尔撤纳及其抢掠西路台站的党羽阿巴噶斯弟兄，极力争取拿获首犯，平息叛乱，安定厄鲁特四部。
此时的形势，对清政府的平乱是比较有利的。阿睦尔撒纳拥众不过二千余人，其游牧已被清军包围和降服，其妻、子、女及同母之兄班珠尔亦被押往北京，呼应为乱的仅阿巴噶斯、哈丹及伊犁的克什木等少数宰桑，而四部中的大合吉、大宰桑，大都至热河避暑山庄朝觐大皇帝，如准部辖众五六千户的大台吉噶勒藏多尔济，和硕特部大台吉沙克都尔曼济，辉特部大台吉巴雅尔，坚决拥护清朝的杜尔伯特三车凌，以及准部大宰桑鄂勒哲依、哈萨克锡喇等，正在热河行宫随侍清帝，领取冠服和赏银，参加宴会。阿睦尔撒纳的继父之子辉特部大台吉齐木库尔、普尔普、德济特、纳噶察等，正由喀尔喀亲王、参赞大臣额琳沁多尔济领着，前往热河入觐。这些台吉、宰桑都表示要效忠于大皇帝，愿带本部人员从征，追捕阿睦尔撒纳。齐木库尔、普尔普等还“不顾弟兄私情”，在变起之前，多次向清朝将军、大臣密告其弟欲图谋叛。仍然留在本部的台吉、宰桑，也有不少人是拥护清政府的。
在准部四分五裂、各据一部、从逆之人甚少的形势下，清军如果征抚得法，本来是能够很快擒住阿睦尔撒纳平定叛乱的，但是，由于乾隆帝的指挥欠妥和几位将军、大臣的软弱无能惧敌怯战，错过了这一良好时机，延长了用兵的时间，厄鲁特四部再起大乱。
乾隆帝多次否定阿睦尔撒纳乞当总汗的要求，坚决发兵镇压叛乱，这是十分正确的。但是，他对厄鲁特四部的形势毕竟认识得不够深刻，在用兵的安排上有着重大的失误。他在平乱初期，不该过分倚赖准噶尔、辉特人员，继续实行“以新归降之厄鲁特攻厄鲁特”的政策。九月十二日，即知悉阿睦尔撒纳反叛消息后的第八天，他特下专诏，封授厄鲁特四部的大台吉、宰桑为汗、公、大臣。诏书说：
“准噶尔部落人等，互相残杀，群遭涂炭，不获安生。
朕统一寰区，不忍坐视，特发两路大兵进讨，各台吉、管理鄂拓克宰桑等，畏威怀德，率属来归，从军自效，今已平定伊犁，擒获达瓦齐，是用广沛仁恩，酬庸赐爵。准噶尔旧有四卫拉特，今即仍其部落，树之君长，噶勒藏多尔济封为绰罗斯汗（即准噶尔部之汗），车凌封为杜尔伯特汗，沙克都尔曼济封为和硕特汗，巴雅尔封为辉特汗。台吉和通额默根、达瓦、布鲁特封为公。……宰桑鄂勒哲依、哈萨克锡喇俱授为内大臣，办理图什墨勒事务，鄂勒哲依仍管喀喇沁鄂拓克，哈萨克锡喇仍管噶勒杂特鄂拓克。……噶勒藏多尔济等，及管理鄂拓克之宰桑鄂勒哲依等，受朕深恩，其董率所属，各勤教养，共图生聚，尔等如恪遵朕训，自永受无穷之福。钦哉勿怠。”［21］
乾隆帝显然是想通过封授爵位官职，来促使四部台吉、宰桑效忠朝廷率部从征，因此先命噶勒藏多尔济、沙克都曼尔济、巴雅尔等，遣派宰桑，“寄信晓谕伊等游牧人众”，“集兵会剿贼众”，随即将这些台吉，宰桑或直接派往军营，或遣回本部，令其统领属下士卒征讨叛军。乾降帝授噶勒藏多尔济等人为领队大臣，送往军营，以鄂勒哲依等中途出痘，特授鄂勒哲依、哈萨克锡喇骑都尉世职，授恩克博罗特等人云骑尉世职。因贝勒齐木库尔擒送其同母异父之弟阿睦尔撒纳遣派的侍卫，晋其为郡王，并授为辉特部的盟长。［22］以噶勒藏多尔济之子诺尔布琳沁领兵千余击败阿巴噶斯，特封为郡王。达什达瓦之妻率部众数千户冲破伊犁乱军的阻挠，长途跋涉，赶到西路军军营巴里坤，乾隆帝嘉奖了她这一正义行动，封她为“车臣默尔根哈屯”（意为聪明智慧的王妃）。
他还想利用已成阶下囚的原浑台吉达瓦齐的影响，来促进平乱的顺利进行，为此专门下诏，改变了对达瓦齐的评价，封其为和硕亲王。诏书说：
“达瓦齐原无获罪于天朝之处，伊之残酷暴虐，亦皆出于阿睦尔撒纳之口，迨俘获来京，视之则一庸慤可悯之人耳，且言久思归顺，特以阿睦尔撒纳领兵前往，实不便于其军前纳款，此其肝膈本怀，非由饰说。古者异国降王，或优以封爵，示无外也。达瓦齐著加恩封为亲王，赐第京师，奉朝请。”［23］
达瓦齐感谢大皇帝封王和不杀之恩，“思图报效”，亲写书信，“寄伊亲信之”库木诺雅特台吉诺尔布、杜尔伯特台吉伯什阿噶什、宰桑约苏图、车凌多尔济等，“令其协擒阿逆，以彰国法”。后来辖众数千户的大台吉伯什阿噶什来归，被封为和硕亲王。”［24］
乾隆帝想充分调动厄鲁特四部台吉、宰桑的力量，来征剿乱军，这个作法并不坏，但还需要有一条根本性的必具条件，那就是要有一枝强大的清军，在平乱中清军应是主要威慑力量，清定西将军是统率全军（包括厄鲁特兵）的主帅，台吉、宰桑们只能是助手、是向导，是翻译官，厄鲁特军队只能起配合的作用，不能成为讨逆的主力军。乾隆帝的失误就在于此，过分依靠准部台吉、宰桑及其士卒。他最初决定只由西路进攻，西路定西将军永常统兵五千余人，而绰罗斯汗噶勒藏多尔济一汗即奉命率其部四五千名士卒，“会同进剿”，还有辉特汗巴雅尔，杜尔伯特汗车凌、和硕特汗沙克都尔曼济三汗的兵士，再加上车臣默尔根哈屯的一二千名兵丁，以及鄂勒哲依等大宰桑的部下，显然清军在数量上居于劣势，厄鲁特士兵远比清军为多，这不仅不利于平乱的顺利进行，而且还潜伏了很大危机，使台吉、宰桑们轻视清军，易生叛念，容易再蹈阿睦尔撒纳反叛的覆辄。
当然，如果清军将帅智勇双全，指挥得当，这五六千人的部队也会具有强大的威力，也能打败乱军，慑服从征的厄鲁特台吉、宰桑，控制住四部的形势。但是，平乱初期的将军、大臣太无能了，严重贻误了战机，危害了平叛之战。定西将军、内大臣永常，拥有劲兵五千，驻于穆垒，一听到阿睦尔撒纳叛逃的消息，即惊慌万状。当时，“西路各部台吉坚心内向”，遣人来告军营，“求以兵力壮其声势”，“自效之意，显然可见”。业克明安宰桑札木参等，率所部数千人赴永常处，“叩请迁移附近军营居住，以为倚庇”。此时如果永常能“克振军威，诸部得所依倚”，率来归之众，令为前驱，全军奋往直前，“厉兵迅往”，则“追捕叛迹，其势甚易”，也可“早通伊犁声息”，声援班第，拿获阿睦尔撒纳，使西陲安然无事。但是，永常却对来告的宰桑，“不审虚实，疑为诡计，张皇失措，挟其宰桑置军中为质，兼程却走”，又怕乱军追来，急檄驻戍巴里坤的副都统、原定边左副将军策楞派兵接应，大军匆匆忙忙撤退到巴里坤。永常轻信谣言，以为阿睦尔撤纳已飞越数千里，来袭巴里坤，急忙致扎陕甘总督刘统勋檄调陕西、甘肃绿营官兵来援。刘统勋受其影响，“望风疑畏”，以雍正七年巴里坤马驼为噶尔丹策零派兵劫夺为辞，向帝奏报，要求撤退至哈密。如果这一计划付诸实行，清军就失掉了前进基地，后果实难设想。
乾隆帝大怒，连下谕旨痛斥永常、刘统勋”为浮言惊骇，无端退避，使新附寒心，士卒沮气”，贻误了军机，令将二人革职拿解至京议罪，二人之子，或革职在军营效力，或拿交刑部。命策楞代为定西将军，以玉保、富德、达尔当阿为参赞大臣，哈达阿为定边左副将军，扎拉丰阿为定边右副将军。同时，他又授厄鲁特宰桑鄂勒哲依、哈萨克锡喇、尼玛·达什车凌等人为参赞大臣，并以鄂勒哲依曾在准部办理图什墨勒事务（相当于宰相），“招降人众，易于集事”，“加恩照将军体制办事”，让其统领大兵，与已摆脱乱军控制的萨喇尔同掌副将军印。［25］定西将军策楞遣玉保等领兵一千一百名，于二十年十二月初七日起程，余兵随后继进，众台吉、宰桑分别随先行部队及大军出发，定边左副将军哈达阿奉旨统领索伦、喀尔喀、和托辉特兵三千，由北路进攻。
乾隆二十一年正月初三日，哈达哈将阿睦尔撒纳的奏折送到了京师。阿睦尔撒纳委过于班第、萨喇尔，声称“受恩图报”，拟整顿厄鲁特四部，“并令回人、布鲁特、塔什干、哈萨克等臣服”，“祈赏臣管辖四卫拉特印信”，仍然希望清帝封其为四部总汗。［26］乾隆帝拒绝了这一要求，命大军继续前进。在此前后，他几次下旨，谕告厄鲁特四部台吉、宰桑及伊犁地区宰桑、喇嘛，要他们认清阿睦尔撤纳的罪过，协助大军征剿。
进军初期，新封的厄鲁特四部台吉、宰桑率部从征，征抚兼施、勇往直前，起了很大作用。内大臣、参赞大臣、布噜古特台吉尼玛自到军营以后，“颇著劳绩”，“勇往任事”，领兵紧紧追击哈丹，擒获其妻孥，招降众得木齐，受到朝廷嘉奖，晋封公爵。鄂勒哲依向各鄂拓克集兵四千余名，与策楞分道前进，使乌噜特、克噜特、绰和尔等鄂拓克“俱归顺”，并向上奏称“可以克期擒贼”。策楞因伊犁喇嘛、宰桑等悔过，愿“发兵擒贼赎罪”，须遣人前往“抚慰众心”，而鄂勒哲依在噶尔丹策零时，“曾给以调遣众鄂拓克兵马钤记”，现又愿前往谕告伊犁喇嘛宰桑等“相机行事”，故令其先行，以“离贼党羽”。后因其与擒获伊犁“贼党”克什木的哈萨克锡喇俱能感激帝恩，“实心效力”，皆封授公爵。
由于厄鲁特四部大多数人员的支持，清军进展十分顺利，二十一年二月收复了伊犁。但是，乾隆帝及将军、大臣们万万也没有想到，一场更大的变乱即将发生，大多数台吉、宰桑转变了态度，站在清政府的对立面，兴兵作乱。原来，这次进军，和十个月前征讨达瓦齐之战，有很多相似之处，清军的数量少于从征的厄鲁特士兵，鄂勒哲依、哈萨克锡喇等大宰桑，起着与上次阿睦尔撒纳、萨喇尔类似的作用，伊犁的收复及沿途击败乱军招降各部，主要应归功于这些率部从征的宰桑、台吉及其属人，清朝的将军、大臣很少建立殊勋，而且还充分暴露出他们庸碌无能的真实面目。当二十一年正月大军长驱直入抵达特克勒河时，探知阿睦尔撒纳与清军相距仅有一日路程，如果急速往追，便可将其拿获，不料，阿睦尔撒纳巧施计策，派人至军营伪报台吉诺尔布已将其擒捉，正押送来献。清参赞大臣玉保竟然相信了这一谎言，驻军不动，且以红旗报捷于定西将军策楞，策楞不察虚实，马上飞章告捷，乾隆帝大喜，谕封策楞为一等公、玉保为三等男。阿睦尔撒纳利用清军中缓兵计的机会，率残部越库陇癸岭，逃入哈萨克，而策楞、玉保却互相推咎，藉口马力已乏，屯兵伊犁，不前往追捕。策楞、玉保被革职拿解后，继任的定西将军的达尔当阿和负责北路的定边左副将军哈达哈，更为愚蠢。达尔当阿由西路出，击败哈萨克及阿睦尔撒纳军队，阿睦尔撒纳变换衣服潜遁，清军追及相隔一谷，仅二三里，“贼仓卒不及驼载”，眼看就要将其擒获，全歼残敌，忽然一哈萨克人来报：即欲捕捉阿睦尔撒纳献与大军，但需待其汗至，“乞暂缓师待”。清军将领“争欲进捕”，而达尔当阿却信其谎言，下令停止前进，驻军以待，他不知道来报之人又系阿睦尔撒纳所遣。阿睦尔撒纳趁清军中计止兵，飞速逃走，免掉了灭顶之灾。哈达哈领军由北路出，遇哈萨克汗阿布奈之兵一千余人于巴颜山，按兵不击，听其逃逸。因此，大军出发数月，停滞不前，无甚收获。［27］
乾隆帝过分依赖厄鲁特台吉、宰桑及将军、参赞大臣的失职，不仅使阿睦尔撒纳儿次逃出虎口化险为夷，大军迟迟不能获取全胜，而且使许多台吉、宰桑对大皇帝、对大将军的才干和威力产生了怀疑，看到几位将军多次“见卖无能”，“皆轻之”。适值与阿睦尔撒纳关系密切的喀尔喀车臣汗部郡王青衮杂布于二十一年七月率部叛变，撤掉了清政府所设第十六驿至二十九驿的台站，“羽书中断”，信息隔绝，清朝在西北地区的统治出现了危机，因此，不少台吉、宰桑改变了态度，希望完全“复其旧制”，“而耻为我（清）臣，遂从拥清转为反清。阿睦尔撒纳之妻弟杜尔伯特部郡王讷默库首先为乱，接着，从乾隆二十一年十月至第二年三月，绰罗斯汗（即准