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“焚书坑儒”与秦统治集团追求思想统一的努力有着必然的联系。本来，在国家实现了政治统一之后，谋求思想统一，是一种顺乎当时思维习惯的选择。战国后期的思想家们，实际上都在一定范围内涉及到对它的论证。但是，用什么手段、用哪种方式去实现思想的统一，原本是可以有不同的选择的。用非暴力的手段，以综合诸子学说、兼采百家精华的方式，建立起与政治统一相适应的思想体系——这样的历史机遇在秦朝统一之前就已经出现过，那就是秦国丞相吕不韦主编《吕氏春秋》，意在为未来的一统政权提供治国蓝图。由吕氏门客撰著的《吕氏春秋》一书，本来就是开放的文化政策的体现，也是兼收并蓄诸家学说的产物。在他的理论结构中，原本尖锐对立的各学派，可以各安其位，各展其长。如果按照吕不韦的治国理论，秦的统治方式应当有很大不同。遗憾的是，吕不韦在与赢政的权利之争中失败，他的主张也被轻易地抛弃了。秦始皇所欣赏的是申、商、韩非之学，在统一完成之后，骄横自大情结更使他不可能从容选择和构建稳妥的治国方略，遇到意识形态领域中的冲突，自然就会沿用军事征伐时期的思维定式，采用强硬的管制措施，去限制人们的思想自由。
“焚书坑儒”的直接后果，就是导致了知识群体和统治者离心离德。显然，文化高压政策，并没有达到统治者预期的统一思想的目的，而是走向了反面。在社会尚能保持稳定之时，士人们保持着沉默，或在暗中作着各种形式的反抗。天下一旦有变，他们就把对统治者的不满，转变为拼死一博。秦末，陈胜、吴广揭竿而起，儒林代表人物、孔子后裔孔甲（或作孔鲋）迅速投身其中，他率一批儒家士人携带孔门礼器往投陈胜，最后战死在反秦战场上。一大批这样的知识分子，向秦王朝发起了拼死反抗，全然没有“秀才造反，三年不成”的犹豫观望之态，因为他们是在复仇，并认定推翻秦的暴政，是履行士人文化使命的必要前提。秦朝统治者不得不为他们推行的文化专制政策，付出了代价。这是秦朝短命而亡的原因之一。
西汉王朝建立之后，非常注意借鉴秦朝的历史教训，变酷暴为宽缓。就思想文教政策而言，西汉前期实行黄老“无为而治”，政府避免对思想领域进行强制性干预，各家学说得以恢复和发展。到汉武帝时，形势发生了根本性的变化。这位年轻的皇帝，深知“无为而治”的黄老之学，已不适应奋发求治的时局，他决意借用儒家学说，实现自己为后世子孙垂范立制的远大抱负。他任用喜好儒术的官僚窦婴为丞相、田□为太尉，并破格提拔儒生赵绾和王臧分别出任御史大夫、郎中令，执掌实权，还礼聘在野的儒师入朝主持改制之礼，摆出了以儒学治国的姿态。信奉黄老之学的太皇太后窦氏（文帝皇后），发起反击，迫使武帝罢免窦、田，诛杀赵、王，武帝尊儒的第一次努力归于失败。窦氏逝世的第二年，尊儒重教的进程重新启动。儒家公羊学派大师董仲舒，借“对策”之机，提出了著名的“天人三策”。其中影响最大的是建议废止儒学之外的各家异说，“诸不在六艺之科、孔子之术者，皆绝其道，勿使并进”，他的理论依据是“《春秋》大一统者，天地之常经，古今之通谊也。”（《汉书·董仲舒传》）认为以儒术来统一全社会的思想是天经地义的。汉武帝同意他的建议，于是就有了后人总结的“罢黜百家，独尊儒术”之举。
同样是为了确立国家的统治思想，汉武帝和秦始皇相比，所采取的方法有很大不同。他不是依靠政治暴力手段，而是利用舆论诱导和利益驱动，来推动思想统一的进程。首先，以儒学垄断教育，并进而影响仕途。在董仲舒的建议中就有“太学者，贤士之所关也，教化之本原也。……臣愿陛下兴太学，置名师，以养天下之士”（《汉书·董仲舒传》）的内容。太学是最高学府，以养士、兴教化、培养官僚后备力量为其主要的办学目的，以《易》、《书》、《诗》、《礼》、《春秋》等儒家经典为教学内容。而原来所设置的诸子传记博士皆被罢黜，这就意味着其它学派失去了在太学中授课讲学的权利。为了贯彻太学“养士”的宗旨，笼络天下读书人为朝廷所用，必须解决好学生的出路安排，即把读书与做官连为一体。起初，在一年一度的考试中，只要通过一经的考试，就可以获得仕进的机会，成绩优秀者可以身据清要之职。一时间，入太学成为做官的捷径，史称：“其学官弟子行虽不备，而至于大夫、郎、掌故以百数。”（《汉书·儒林传序》）后来的太学生们已不及他们的前辈那般幸运，但入仕之门毕竟对他们敞开。大一统政权留给普通读书人的发展空间，实在是以此为最大了。不仅太学中成绩优异的儒生不断被选拔为官员，社会上有影响的儒师也可以被聘任为高级官员。例如，与董仲舒齐名的公孙弘，官至丞相。这批由平民儒生跻身高官的人，博得了“白衣公卿”的美名。读儒家之书可以换来官场得意，难怪社会上要趋之若骛了。正如班固所言，汉代经学的兴盛，主要是出于利禄之路的诱导。其次，儒学的伦理道德（忠、孝、仁、义、礼、智、信等）被奉为全社会共同的行为准则，必须遵守，一旦有人背离，就会受到全社会的谴责和制裁。再则，置儒家经典于国家法律之上。最明显的象征就是“经义断狱”（或称“《春秋》决狱”），儒家经典成为判案量刑的依据，当着它与国法条文的规定不一致时，通常的取舍是依据儒家教义而不是遵循国法。如此以来，国家表面上并没有以强制手段推行“尊儒”，但这种诱导力所形成的约束作用，却更深刻地影响人们的思想和行为。
还有以下两个问题，是我们应该注意的。
其一，儒家学说能够上升为国家的统治思想，与它自身的与时俱进有密切关系。与先秦儒学相比，经过董仲舒改造之后的汉代儒学，有其明显的不同：就学术内涵而言，汉儒把阴阳五行之学，纳入了自己的理论体系；就与当政者的关系而言，先秦儒学批判暴政而致力于建立理想化的社会政治秩序，汉儒则退而求其次，转变为承认现实社会政治秩序的合理性，包括承认皇帝凌驾于天下臣民之上的专制地位。从这个意义上说来，汉儒已从批判时政而转变为维护现实统治。正因为如此，自五四新文化运动以来，新锐思想家往往批判汉代儒学背离了先秦儒学的民本思想，转而与专制统治妥协。其实，汉儒如果想要在实际政治中居于主导地位，做出妥协是必要的，否则不可能得到当政者的承认。而汉儒取得统治思想地位之后，其代表人物仍在致力于继承先秦儒学的社会批判精神，置天意于天子之上，就是他们希望能够对专制帝王实施约束的努力。当然，其实际效果大小，却已经不是他们所能够操控的了。
其二，尽管董仲舒建议对其它学派加以“灭”、“绝”，但汉武帝并未实际推行。其它学说只是被剥夺了在官方学校中的传授资格，而未受灭绝式镇压。就是在官场之中，武帝也重用了一批分别具有法家、黄老道家、阴阳家色彩的人物。所以，有人说汉武帝治国、用人之术实际是“外儒内法”。司马迁甚至说武帝“博开艺能之路，悉延百端之学，通一伎（技）之士，咸得自效。”（《史记·龟策列传》）无疑是说武帝实际在兼用百家之学。武帝的高明之处，就在于既给儒家以尊崇的地位，又给其它学派留下适度发展空间。这在一定程度上可以说是容忍多元文化并存的开明统治术。
就推行文教政策而言，秦始皇的失败和汉武帝的成功，给后人许多有益的启示。解决思想意识形态问题，不能依赖行政强制，更不可迷信暴力手段。而且，从思想的属性而言，本来就是各不相同，思想可以受诱导，甚至被蒙蔽，但要达到完全的控制和统一，是最不容易实现的。尊重思想自由的过程，也就是人类不断走向文明的过程。
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在反秦大起义的过程中，拥兵自重的军事实力派人物先后称王；汉高祖刘邦在与项羽争天下时，也不得不以封王为手段，笼络韩信、英布等豪杰为自己效力；汉初的思想家又批评秦始皇“非封建，行郡县”是出于“私天下”之心的暴政，形成了革秦之弊必行封建之制的社会舆论——它们共同构成了秦亡汉兴分封制度必然复苏的主要原因。这一过程可以印证唐代学者柳宗元在《封建论》中的论断：“封建，势也；非圣人意也。”分封制与郡县制，作为一种国家政体，它们的出现和演变，都不是某位统治者的天纵英断，而是特定历史条件和文化传统所决定的。
与秦朝推行单一的郡县制不同，汉初的统治体制是“郡国并行”制，即“郡县制”与“封国制”并存。郡县制通过郡县两级地方行政机构，由中央政府实施集权式管理，体现了战国变法运动以来倡导中央集权制的精神。它的范围基本上与战国末年秦国的版图相同，当时习惯上称之为“关中”或“关西”。“封国制”则是由受封的诸侯王分别实施管理，体现的是对西周政体的模仿和复归。它的范围与战国末年山东六国的版图基本相符，当时习惯上称之为“关东”或“山东”。
诸侯王国先后有两种不同类型，即“异姓诸侯王”、“同姓诸侯王”。异姓诸侯王是韩信、英布等七位开国功臣，他们大多居功自敖，不易控制，不论他们是否有谋乱之心，刘邦和吕后都把他们视为心腹之患，必欲除之而后快。所以，在天下稳定之后不久，就设谋逼反、或干脆诬陷谋反，随后各个击破，除了长沙王吴芮以微弱仅存之外，其他异姓诸侯王无一幸免。在消灭异姓诸侯王的同时，刘邦还封立了一批宗室同姓王，希望他们起到屏藩汉家天子的作用。刘邦晚年与大臣有“白马之盟”，约定：“非刘氏不王，非有功者不侯。非刘氏而王者，若无功上所不置而侯者，天下共击之。”（《史记·吕后本纪》）他建立刘氏一姓“家天下”统治秩序的用心显而易见。后来吕后当国封吕氏为王之时，功臣集团和宗室成员借此誓约以做抵制，并借为其后诛灭吕氏的依据。
汉初的封国领土广大，诸侯王地位尊崇，“大者或五六郡，连城数十，置百官宫观，僭于天子。”（《史记·汉兴以来诸侯王年表序》）根据周振鹤《西汉诸侯王国封域变迁考》（《中华文史论丛》1982年3—4期）的统计，当时全国有57郡，其中十个诸侯国共领有42郡之地，占总数的73·7％；而中央辖属的郡县之地共有15郡，仅占总数的26·3％。从绝对数目而言，地方势力坐大是明显的事实。
封国之制，本来是一种分权式的统治体制，一旦处置失当，容易引发地方抗命中央的危险。但汉代人多把它视为纠正秦朝积弊、拱卫皇室的必要措施，《汉书·诸侯王表序》就有汉兴之初，海内新定，同姓寡少，惩戒亡秦孤立之败，于是剖裂疆土，立二等之爵”之说。真正意识到封国体制的隐患，并力主加以革除的是文、景时期的政论家贾谊和晁错。两人的立论宗旨在于贬抑封国、强化中央集权。贾谊上《治安策》，从制度利弊和人情常理来讨论诸侯王势力坐大的问题。他把诸侯王的离心倾向和失控趋势，称为当今时事“可为痛哭者”。贾谊从政治分析入手，指出诸侯王是否遵守朝廷约束，不取决于道德的高低，而取决于实力的强弱，历史的结论就是“大抵强者先反”。进而向文帝进献救治封国之患的根本策略：“欲天下之治安，莫若众建诸侯而少其力。”即增加封国数量而削弱每个封国的实力，从而收到强本干、弱枝叶的效果，建立起中央的绝对优势，迫使“诸侯之君不敢有异心”（《汉书·贾谊传》）。他希望以制度建设和循序渐进的方式，解决封国问题。晁错的主张则是激进的，他向汉景帝进献《削藩策》，认为靠安抚政策不足以解决封国为患之忧，他力主以强制手段，立即削减封国领地，不计后果如何：“今削之亦反，不削亦反。削之，其反亟，祸小；不削之，其反迟，祸大。”（《汉书·晁错传》）景帝在未曾慎密筹划的情况下，贸然推行削夺诸王封地的政策，导致“吴楚七国叛乱”的突然爆发。“郡国并行”体制的潜在危机，得到最直接的展示。
在平定了叛乱之后，景帝挟战胜之威，继续推行削藩政策，对朝廷和王国的职官体系做了调整，突出尊卑之别；剥夺了诸侯王亲理国事的权力。朝廷对封国的控制努力，已经大�