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海军参谋长为海军“总司令部”直属机关的主管，掌管海军“总部”各副参谋长室及各署、业务处，协助“军令”、“军政”“副总司令”完成“军令”、“军政”系统各项工作。海军副参谋长协助“军令”、“军政”“副总司令”及参谋长工作。
海军政治作战部是海军“总司令部”的重要组成部分，为海军政治作战的领导机构，受海军“总司令”和“国防部总政治作战部”领导。海军政治作战部设主任1人、副主任2人，下设5个业务处，主要负责心战、文宣、心辅、监察督导、保密防谍等工作。
海军部队编有舰队司令部、陆战队司令部、后勤司令部、教育训练暨准则发展司令部等。其中，舰队司令部：下辖2个驱逐舰队、2个巡防舰队、1个潜艇战队、1个水雷舰队、1个勤务舰队、1个两栖舰队、1个导弹快艇大队、1个岸舰导弹大队及航空兵指挥部、观通系统指挥部等；陆战队司令部下辖陆战、守备和基地警卫旅各1个。
海军部队按性质不同可分为作战部队与陆上机构两大类。其中作战部队包括舰艇部队、航空兵部队、岸舰导弹部队和海军陆战队等；陆上机构包括地区指挥机构、教育训练机构及后勤保障部门等。
海军主要任务是：平时执行海上侦巡、外岛运补与护航等任务；战时遂行海上反封锁、联合截击、联合泊地攻击、海上反制以及支援陆军地面作战等任务。
（二）海军作战指挥
海军舰队司令部是海军部队（除陆战队）的最高指挥机构，直接接受参谋本部联合作战指挥中心指挥，并通过设在各地区的作战中心和海军联络组，统一指挥舰艇部队、岸舰导弹部队及海军航空兵部队遂行作战任务；各专业舰队（潜艇战队）为相同或相近舰种组成的最大行政编组，主要负责日常行政管理、兵员补充、技术保障和基本训练，不承担作战指挥任务；战队为舰队下弹性编组单位；舰艇为基本作战或支援单位。舰艇部队执行作战任务时通常采取任务编组方式，区分为特遣部队、特遣支队、特遣区队层级等。舰队司令部的作战任务编组为62特遣部队指挥部。62特遣部队指挥部为海军平时及战时遂行作战勤务和作战行动的战役指挥机构，其指挥官由海军舰队“司令”兼任，平时在岸上实施指挥，执行重大战斗勤务或演习时，随编队出海实施海上指挥。战时或实施重大登陆作战演习时，海军舰艇部队还与陆军、空军部队联合编成特遣部队，编入联合特遣部队的海军舰只接受特遣部队联合作战指挥部和海军舰队司令部的共同指挥。另外，海军还设立3个兵种部（大队），其中陆战队司令部下辖3个联兵旅，战时受所在战区作战管制，其组织结构、职能及部队分类与陆军地面作战部队基本相同；航空指挥部、岸舰导弹大队由舰队司令部指挥。
（三）海军实力
台湾海军总兵力5。6万人，其中机关及岸勤部队1。6万人，舰艇及航空部队2。13万人，陆战队1。8万人，岸舰导弹部队约700个。台湾海军现有各型舰艇396艘，总吨位约19万吨，其中主要作战舰艇108艘，包括“阳”字号导弹驱逐舰7艘，“成功”级导弹巡防舰7艘，“康定”级导弹巡防舰6艘，“济阳”级导弹巡防舰8艘，潜艇4艘，近岸导弹巡逻舰14艘，FAB型导弹快艇49艘，FACG…60型导弹快艇1艘，扫，猎雷舰12艘。此外，还有两栖舰20艘，辅助舰船15艘，各式艇只253艘。
台湾海军现有各型飞机55架。其中，航空指挥部所属S…2T型反潜巡逻机26架，S…70C（M）1型反潜直升机9架，S…70C（M）2型反潜直升机11架，500MD／ASW型反潜直升机9架。
海军陆战队主要装备有M41型轻型坦克83辆、LVTH6型水陆坦克53辆、各型装甲车240辆、105毫米以上口径火炮166门、40毫米高炮35门、反坦克导弹26套、（“小槲树”防空导弹系统8套148枚。
海军岸基导弹部队装备“雄风”岸基反舰导弹发射架28部、导弹128枚，其中“雄风…I”型4部18枚，“雄风…II”型24部110枚。
附录第43节 台湾海军纵览（2）
（四）海军作战、勤务部队
台湾海军作战、勤务部队主要由7个海上舰队、1个潜艇战队、1个导弹快艇大队、1个岸舰导弹大队、2个反潜机大队和海军陆战队以及观通部队组成。
1。海军舰队
海军舰队司令部隶属海军“总司令部”，是舰艇部队的最高行政指挥机关，主要负责舰艇部队行政管理、教育训练、技术保障等工作，战时遂行海上作战。海军舰队司令部的前身为舰艇训练司令部，1953年7月扩编为海军舰队指挥部，下辖第一、二、三、四、后勤、登陆舰队及登陆艇队。1954年4月，舰队指挥部下设舰艇训练司令部、两栖部队司令部。1955年2月整编，下辖驱逐、巡防、扫布雷、巡逻、后勤舰队和舰艇训练司令部、两栖舰队司令部。1957年11月，新增鱼雷快艇队。1968年9月，舰队指挥部更名为海军舰队司令部。
舰队司令部驻地左营，设舰队司令1人、副司令2人。司令为中将，副司令一般为少将。舰队司令部机关下设人事处、作战中心、补给处、后勤处、主计处、修护处等业务处，设总值日官室、战勤室、督察长室、补给长室、军医长室、军法室等业务室，机关业务处室主官为上校。直属部队有驱逐第一舰队、驱逐第二舰队、巡防第一舰队、巡防第二舰队、水雷舰队、两栖舰队、勤务舰队、潜艇战队、“海蛟”大队、“海锋”大队、航空指挥部、观通系统指挥部、电子作战队、海滩勤务总队。舰队长和航空指挥部指挥官为少将，其他主官为上校。
台湾海军舰艇部队的编组分为行政编组和任务编组。行政编组即舰队司令部和所属舰队、艇队，任务编组即62特遣部队。62特遣部队是台湾海军为平时及战时执行作战勤务而常设的战术指挥机构，受台军参谋本部下属联合作战“司令部”和海军总“司令部”双重领导，并受舰队司令部协调。62特遣部队根据任务区分，下辖8个常设支队、2个非常设支队，主要执行海上侦巡、查证与监控、外岛运补与护航、搜救、扫雷、远航等战备任务。各支队指挥官由相应的舰队正、副主官轮流担任，区队长由各舰队战队长担任。
2。潜艇战队
潜艇战队的前身为武昌艇队。20世纪60年代，美国出于自身利益的考虑，拒绝帮助台湾建立潜艇部队，台湾海军便与意大利暗中联系，于1965年6月成立了武昌艇队，在台湾淡水装配了2艘全长20。56米、满载排水量450吨的SX…400微型潜艇，命名为“海龙”、“海蛟”号，成为台湾海军第一代潜艇兵力。该型艇没有鱼雷发射管，不具备实际作战能力，只能执行秘密侦察、运送特务等特殊任务，于1973年11月废弃。潜艇战队成立于1973年8月，驻地左营，1976年1月称256战队，直属舰队司令部指挥。根据台湾“以潜制潜”的反潜作战方针，主要任务是反潜作战和与其他兵力协同攻击水面目标。目前，该战队共有4艘潜艇，其中“淡水鲤”级2艘：“海狮”号（791）、“海豹”号（792）；“旗鱼”级2艘：“海龙”号（793）、“海虎”号（794）。
3。“海蛟”导弹快艇大队
“海蛟”大队前身为1957年成立的鱼雷快艇队。1971年4月，扩编为鱼雷快艇大队，同年6月组建快艇第一、二、三、四中队，分别进驻马公、金门、淡水、马祖等地。1979年5月，海军用台湾“中国造船公司”生产的FAB型导弹快艇，装备了一个“自强”中队。同年11月，该中队与鱼雷快艇大队合编为“海蛟”大队。1980年至1981年，又相继组成了另外4个导弹艇中队和1个导弹艇支援中队，同时撤销快艇中队。
该大队是台湾海军实施近海作战的一支重要力量，也是海军的快速反应部队。主要任务：一是担负近海巡逻和先期打击任务；二是战时以澎湖、金门、马祖等岛屿为依托，对我海上舰艇编队进行突然袭击，破坏我海上封锁和登岛作战；三是利用导弹快艇体积小、速度快、打击力强的特点，与驱逐舰、护卫舰组成“驱导编队”或“护导编队”，采取“以大护小”、“以小搏大”的战术，对我海上舰船实施突击；四是配合驱、护舰艇进行攻防训练，提高台湾大型舰船与我导弹快艇作战的能力。
该大队部驻地左营，主要兵力为5个导弹快艇中队，每个中队辖2个分队，共有50余艘FAB型导弹艇，分驻于左营、马公、苏澳、安平、金门等地。
4。“海锋”岸舰导弹大队
海军岸基导弹部队是台军实施联合制海作战的一支重要岸防兵力，现编有一个岸基导弹大队（代号为“海锋大队”），该大队驻地淡水，指挥官为上校。“海锋”岸舰导弹大队于1988年编成，当时直属于海军“总司令部”，下辖1、2、3、4中队。1994年，为扩大防御纵深，增大外岛对海打击能力，增编了5、6中队。1999年5月，为进一步加强台岛东部地区对海打击能力，又增编7中队。其中1中队部署于基隆和平岛，2中队部署于屏东琉球屿，3中队部署于淡水大片头，4中队部署于高雄寿山，5中队部署于东引东小岛，6中队部署于澎湖西屿外安，7中队部署于花莲以南的贺田山地区。除2中队装备“雄风l型”反舰导弹外，其余6个中队均装备“雄风2型”反舰导弹。每个中队编制约100人，装备导弹发射架6部，配弹16…36枚。1998年，该大队改隶于舰队司令部。
5。海军航空指挥部
海军航空指挥部的前身是舰队司令部直属的直升机队。1999年4月裁撤反潜作战指挥部后，在花莲成立航空指挥部。1999年7月，原属空军的S…2T反潜机大队并入航空指挥部。该部直属海军舰队司令部，作战指挥由海军62特遣部队负责。主要任务是负责空中的反潜侦巡工作，协调与督导反潜飞机配合舰艇实施反潜作战。主要作战兵力分为2个反潜机飞行大队，即第一飞行大队和第二飞行大队。
6．观通系统指挥部
观通系统指挥部原为陆军“总司令部”管辖的海防雷达作业队，1969年4月1日划归海军，并易名为海军雷达作业队。1970年2月1日，扩编为海军雷达大队；同年2月至1971年4月，又将台湾外岛各海军联络组和港防大队的雷达站合并于该大队。1980年9月改为观通系统指挥部，代号为4100部队，隶属海军“总司令部”，1998年1月改隶舰队司令部。
台湾海军观通部队由观通系统指挥部统一领导，为台湾海军的战斗勤务保障部队，主要任务是搜索、监视海上目标，为出港舰船导航，引导台军海岸火力实施射击等。该部驻地淡水，下辖6个海防雷达中队，至2003年9月编有25个雷达站，有各型对海雷达70余部。其中，10个近程站装备CS／UPS…60型雷达，最大探测距离38海里；11个中程站中，除马祖壁山雷达站装备SPS…60V外，均使用CS／UPS…200C型雷达，最大探测距离100海里；4个远程站中，阿里山、乐山、大汉山雷达站装备CS/UPS…500型雷达，最大探测距离160海里，嵩山雷达站使用空军HADR型雷达，最大探测距离90海里。
第一中队部署在台湾北部，辖11个雷达站，其中l0个驻本岛浊水溪以北直至三貂角的浅近纵深地区，1个驻澎佳屿；第二中队部署于台湾南部，辖10个雷达站，其中5个驻本岛浊水溪以南直至鹅銮鼻的浅近纵深地区，2个驻澎湖，3个驻乌丘、东沙、南沙等外岛；第三中队部署于金门地区，辖7个雷达站，其中5个驻大金门，2个分驻小金门和东碇岛；第四中队部署在马祖，共辖5个雷达站，其中2个驻南竿，2个驻北竿，1个驻西犬岛；第五中队部署东引，辖3个雷达站，其中2个驻东小岛，1个驻西小岛；第六中队部署于台湾