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见于史实，李自成（冯胖子）于崇祯十七年（1644年）三月十五日兵临北京城下，十九日攻陷北京，四月二十二日石河会战大败而归，四月二十九日称帝，四月三十日逃离北京，正是一个半月。甄英莲的艺术原形其实就是吴三桂的小妾陈圆圆。“恸哭六军皆皓素，冲冠一怒为红颜”，指的就是此事。但进入《石头记》，甄英莲就不再仅仅是陈圆圆的化身，而升华为明朝的传国玉玺（甄英莲），大大提高了小说的艺术与政治品位。
甄士隐被火，实指明亡，亦即李自成进入北京之日，时在明崇祯十七年三月十九。但三月十五日农民起义军已经兵临北京城下。《石头记》作者将李自成攻陷北京，说成是清朝不断侵犯骚扰长城内外，使朝廷腹背受敌，兵力不足的结果。而多尔衮的清兵也是三月十五日兵寇山海关的。
事实上，李自成造反是“祸起”（霍启）的内因，清兵入关（葫芦庙中炸供）是外因。“和尚不加小心”是托词，“胡虏庙”里的“和尚”泛指清朝的八旗劲旅。“烧着窗纸”是指清朝八旗部队兵寇山海关——仅仅是一层“窗纸”也。“一条街”指万里长城，隐射战火遍及长城内外也。
“只得与妻子商议，且到田庄上去安身。”甄士隐搬到田庄安身这段时间，实指三月十九日明亡至五月初三南明福王（弘光帝）监国南京这段时间。
“他岳丈名唤封肃，本贯大如州人氏……勉强支持了一两年……竟渐渐的露出那下世的光景来。”甄士隐搬到岳家至随道士出家这段时间，实指南明第一帝弘光，于崇祯十七年、顺治元年五月初三监国南京的时期。“竟渐渐的露出那下世的光景来。”指南京沦陷至南明最后一帝韩王朱本铉于定武十八年、康熙二年（1663年）不知所终这段时间。“封肃”是“封缩”的谐音，隐射南明政权的“封疆日缩”。“大如州人氏”，“大”指明朝皇帝，“如”指去向的意思，“大如州”就是南明皇帝去向的地方。“如”字被使用了两次。林如海指朱由校的弟弟朱由检走到景山海棠树上吊了。“大如州”指南明五帝跑到江南流亡了。
从上述几段原文可见，短短一千字，隐射了19年的明朝与南明灭亡史。几乎每一个字都是密码。说句不敬的话，简直鬼话连篇，如果不加以索隐，如何读得懂？这四段文字，将《石头记》的隐写手法表现得淋漓尽致——这是“白骨如山忘姓氏，无非公子与红妆”的一次最生动的表现。
第13节第一回《甄士隐梦幻识通灵》（7）
《石头记》原文：可巧这日拄了拐扎挣坐到街前散散心时，忽见那边来了一个跛足道人，疯癫落脱，麻屣鹑衣，口内念着几句言词，道是：世人都晓神仙好，惟有功名忘不了！
古今将相在何方？荒冢一堆草没了。
世人都晓神仙好，只有金银忘不了！
终朝只恨聚无多，及到多时眼闭了。
世人都晓神仙好，只有姣妻忘不了！
君生日日说恩情，君死又随人去了。
世人都晓神仙好，只有儿孙忘不了！
痴心父母古来多，孝顺儿孙谁见了？
隐秘解读：
“拄了拐扎挣坐到街前”的甄士隐，隐射彻底失败后的南明皇帝。疯癫落脱，麻屣鹑衣的“跛足道人”隐射降清后被李定国围困桂林自杀身亡的孔有德，一幅战败落拓的可怜相。《好了歌》是作者托名“跛足道人”所写的明亡清兴哀叹歌，可说是定南王孔有德临死前愧悔无地的自白：“世人都晓神仙好，惟有功名忘不了！”自嘲为了功名富贵，投降清朝，做了头号汉奸，落了个千古罪人。结果“功名”变成了“骂名”。
“古今将相在何方？荒冢一堆草没了。”“将相”泛指“帝王将相”，埋在荒草里的“帝王将相”，恐怕属于成者王孙败者贼的那种“帝王将相”。在《石头记》锁定的历史范畴内，显然隐射李自成这个“大顺帝”与吴三桂那个“大周帝”。还有自己这个定南王。一个进驻北京又抢又烧，狼狈出逃。一个出尔反尔，连续背叛。一个率先降清，败死桂林。结果都“荒冢一堆草没了”。
“世人都晓神仙好，只有金银忘不了！终朝只恨聚无多，及到多时眼闭了。”李自成进入北京，发现皇宫国库里金银如山，崇祯皇帝却大叫没有饷银，向京城大臣征集军费，而大臣们家里也是金银满箱，但却一毛不拔。李自成见了金子银子也红了眼，国库里的当然据为己有，然后拷打降臣，逼索金银，军纪也不要了，俘虏政策也不要了，招降纳叛的基本国策也不要了。结果，败方失败了，胜方也完蛋了。南京的福王也是如此，拿几两银子出来守城，死活舍不得。结果兵败被俘。连命也搭上了。
“世人都晓神仙好，只有姣妻忘不了！君生日日说恩情，君死又随人去了。”这是孔有德挖苦自己的情妇孝庄皇后，也挖苦她那个戴绿帽子的丈夫皇太极。皇太极活着就是绿帽子国王，死后尸骨未寒，妻子孝庄皇太后就下嫁了小叔子多尔衮，被窝里的野汉子何止《石头记》里提到的这几个？
“世人都晓神仙好，只有儿孙忘不了！痴心父母古来多，孝顺儿孙谁见了？”孔有德临死还挂念着自己的皇帝儿子顺治，希望他成为有为的明君。谁知儿子顺治像中了邪一样，非要出家当和尚不可。岂不是不孝子孙吗？
《石头记》既然是大百科全书，《好了歌》托名孔有德所作，深意存焉。好就是了，了就是好。“终了真人”张道士的艺术原形孔有德，亲自念出好了歌，真是太合适了。“误服金丹移真骨，换得贰臣万古羞。”——孔有德临死时的心情是极为复杂痛苦的。
《石头记》原文：士隐听了，便迎上来道：“你满口说些什么？只听见些‘好’‘了’‘好’‘了’。那道人笑道：“你若果听见‘好’‘了’二字，还算你明白。可知世上万般，好便是了，了便是好。若不了，便不好，若要好，须是了。我这歌儿，便名《好了歌》。”士隐本是有夙慧的，一闻此言，心中早已彻悟。因笑道：“且住！待我将你这《好了歌》解注出来何如？”道人笑道：“你解，你解。”士隐乃说道：陋室空堂，当年笏满床，衰草枯杨，曾为歌舞常蛛丝儿结满雕梁，绿纱今又糊在蓬窗上。说什么脂正浓，粉正香，如何两鬓又成霜？昨日黄土陇头送白骨，今宵红灯帐底卧鸳鸯。金满箱，银满箱，展眼乞丐人皆谤。正叹他人命不长，那知自己归来丧！训有方，保不定日后作强梁。择膏粱，谁承望流落在烟花巷！因嫌纱帽小，致使锁枷杠，昨怜破袄寒，今嫌紫蟒长：乱烘烘你方唱罢我登场，反认他乡是故乡。甚荒唐，到头来都是为他人作嫁衣裳！
那疯跛道人听了，拍掌笑道：“解得切，解得切！”士隐便说一声“走罢！”将道人肩上褡裢抢了过来背着，竟不回家，同了疯道人飘飘而去。
隐秘解读：
“可知世上万般，好便是了，了便是好。若不了，便不好，若要好，须是了。我这歌儿，便名《好了歌》。”此话十分明白，任何男子汉大丈夫，只要不顾礼义廉耻，一味追求功名富贵，一心顾念老婆孩子，目的达到了，死期也不远了。等到死了，一切就好了，可谓一了百了也。
“陋室空堂（明亡后的故宫），当年笏满床（明亡前的故宫），衰草枯杨（明亡后），曾为歌舞场（明亡前）。蛛丝儿结满雕梁（明亡后），绿纱今又糊在篷窗上（大清入住，开始修葺装潢）。”
“说什么脂正浓，粉正香，如何两鬓又成霜”（孝庄亦会老矣）？
“昨日黄土陇头送白骨，今宵红灯帐底卧鸳鸯。”（皇太极刚刚埋进盛京的北陵，孝庄就让多尔衮进了奉嫂宫，最后下嫁小叔子，而且何止一个“多尔衮”也。）“金满箱，银满箱，展眼乞丐人皆谤。”（明代君臣下场也。张松江乃前明崇祯朝的宰相！谁料子孙败落至行乞！）“正叹他人命不长，那知自己归来丧！”（皇太极、孔有德与多尔衮结局也。）“训有方，保不定日后作强梁。”（牛金星、李岩一辈追随李自成的士林败类也。）“择膏粱，谁承望流落在烟花巷！”（明代部分遗老女儿亡国后的写照也。）“因嫌纱帽小，致使锁枷杠（明代钻营之臣被俘也），昨怜破袄寒，今嫌紫蟒长（满洲八旗的暴发户也）。”
“乱烘烘你方唱罢我登场（明清君王交替也），反认他乡是故乡（清朝的满汉君臣，舍弃盛京入主北京也）。甚荒唐，到头来都是为他人作嫁衣裳（都为孝庄下嫁小叔子与诸位野汉子做了嫁衣裳也）！”
《石头记》原文：这日，那甄家大丫鬟在门前买线，忽听街上喝道之声，众人都说新太爷到任。丫鬟于是隐在门内看时，只见军牢快手，一对一对的过去，俄而大轿抬着一个乌帽猩袍的官府过去。丫鬟倒发了个怔，自思这官好面善，倒象在那里见过的。于是进入房中，也就丢过不在心上。至晚间，正待歇息之时，忽听一片声打的门响，许多人乱嚷，说：“本府太爷差人来传人问话。”封肃听了，唬得目瞪口呆，不知有何祸事。
隐秘解读：
“新太爷到任”——首先隐射皇太极盛京登基称帝，孝庄由妃子要升皇后了。二隐射清朝新皇帝顺治要入主北京，此处的贾雨村隐射皇父摄政王多尔衮，娇杏隐射孝庄，嘲笑她又要下嫁小叔子，做他的正妻了——所以死后被子孙们葬在清东陵的东墙之外也。
第四章 天聪年间
第1节 林如海隐射崇祯皇帝
明天启七年、后金天聪元年（1627年），天启帝死，其弟信王即位——即崇祯帝，明年改元崇祯元年。第三回所谓“至如海，便从科第出身”，隐写崇祯皇帝因其兄无子，而选中了他做继位者。在《石头记》中，甄家被火时的甄士隐与两淮“鹾政”林如海都隐射崇祯皇帝。
第三回《林黛玉抛父进京都》、第十三回《秦可卿死封龙禁尉》、第十四回《林如海捐馆扬州城》，均浓墨重彩大书特书了崇祯皇帝的业绩、自缢、国丧与厚葬，但因为是亡国之君，上述历史都隐藏在直接描写敌方的隆重活动中，所谓“泥沙俱下，鱼龙混杂”者也。读者必须去伪存真，认真分析，方能一见庐山真面貌。
第三回原文：那日，偶又游至维扬地面，因闻得今岁鹾政点的是林如海。这林如海姓林名海，表字如海，乃是前科的探花，今已升至兰台寺大夫，本贯姑苏人氏，今钦点出为巡盐御史，到任方一月有余。原来这林如海之祖，曾袭过列侯，今到如海，业经五世。起初时，只封袭三世，因当今隆恩盛德，远迈前代，额外加恩，至如海之父，又袭了一代；至如海，便从科第出身。虽系钟鼎之家，却亦是书香之族。只可惜这林家支庶不盛，子孙有限，虽有几门，却与如海俱是堂族而已，没甚亲支嫡派的。今如海年已四十，只有一个三岁之子，偏又于去岁死了。虽有几房姬妾，奈他命中无子，亦无可如何之事。今只有嫡妻贾氏，生得一女，乳名黛玉，年方五岁。夫妻无子，故爱如珍宝，且又见他聪明清秀，便也欲使他读书识得几个字，不过假充养子之意，聊解膝下荒凉之叹。
注解：
林如海的“林”指天启帝朱由校与崇祯帝朱由检两个“木”字旁朱皇帝，二木成林也。“如”是走向何处的意思。“海”指崇视景山上吊的海棠树。
明末五帝之间的传替是按朱元璋的遗嘱执行的：父子相承或者兄终弟继。《石头记》作者将崇祯世系隐写为林氏世系。读者翻阅明史，只要将林如海世系还原为崇祯世系，就能确定林如海确实隐射崇祯皇帝。《林如海捐馆扬州城》隐射崇祯死。贾琏与林黛玉为林如海发丧，隐射摄政王多尔衮奉孝庄皇太后懿旨为崇祯皇帝建陵发丧。
明末世系谱与林如海世系谱对照——明代十一朝朱厚照（传位兄弟）——明代十二朝嘉靖帝朱厚熜（“林如海之祖曾袭过列侯”，隐指朱厚熜继兄为帝，即兄弟并列为帝）——（嘉靖帝死传位太子。太子继位，以明年为隆庆元年。此即林如海世系中“只封袭三世”之一）——明代十三朝隆庆帝朱载垕（隆庆帝死后传位太子。太子继位，以明年为万历元年。此即“只封袭三世”之二）——明代十四朝万历帝朱翊钧（万历帝死后传位太子。太子朱常洛继立，建元泰昌。此即“只封袭三世”之三）——明代十五朝泰昌帝朱常洛（乃长子继位）——明代十六朝天启帝朱由校（“又�