生理欲望造成的，而玛德莱娜身上更多体现了灵与肉的斗争，这种斗争的结果是灵魂消灭了肉体而自身得以解脱。为什么灵与肉的斗争如此艰难并且无法达到理想的和谐呢？在这里，左拉引入了著名的吕卡医师的“浸染说”生理学观点。“浸染说”认为，少女一旦与第一个男人发生性关系，体内就永远浸染进了他的成分，永远有他的存在。玛德莱娜是一个冷静、理智、道德感极强的人，冲动只是偶尔的，最终都能被克制，但是当她一时冲动与雅克发生性爱关系后，这种性爱导致了雅克的成分向她身心的浸染，这种浸染使她心理上摆脱不了回忆与留恋，生理上消除不了快感的旧迹与贪求，甚至连她与吉约姆的女儿，也带上了雅克的特征。她无法驱除雅克的无处不在的阴影，无法消除对丈夫的内疚，她也无法抗拒雅克的再次诱惑，因而也无法抗拒道德的自裁。
浸染作为外在的生理作用，与遗传这种内在作用共同加强灵肉冲突。父亲的严肃认真使她自律甚严，母亲的温柔善感又使她对先后爱着的两人都充满柔情，这样，当雅克已经将其存在从生理、心理两方面浸染于她时，新的情感以及她对这种情感的责任使她不得安宁。
如果跳出作者的思路，可以发现玛德莱娜的心理与行为是非常符合生活逻辑的。作为一个缺乏保护而几遭强暴的女孩，在离家游荡时投向一个豪爽男子的怀抱，是自然而然的事；雅克并不“坏”，只是在爱情方面游戏成习。他身上的男性魅力是十足的，而且他给了玛德莱娜最初的安慰与幸福，因此玛德莱娜对他永远不能忘怀。这种浸染，其实是心理上的，是浸透了她的全部记忆，其中只有一小部分记忆与生理快感相联系。而她被雅克抛弃后，深受欺侮，恭顺温和的吉约姆对她的与众不同的礼让使她惊讶，好感顿生，疲惫的她此时正需要柔情抚慰，爱便如水流一般自然了。吉约姆提起雅克是她的朋友，使她原就因失身而对他有愧的心立刻陷入恐慌和痛苦。而她愈想排斥雅克便愈会觉得忘不了，陷入自我意识的冲突，而不是灵与肉的冲突。她无法消除记忆，记忆又令她痛苦不堪，所以死亡是唯一的解决手段，或者，如果她没有偶然而不幸地遇上雅克，时间也可消除这一切。然而，她太急于求得心清意平，去找雅克，那个放诞的人随意间给她的心理上又增了一片阴影，一道烙印，她终于只有以死来求得解脱了。
总而言之，不论作者如何在其中强加了自然主义的成分，这部小说仍是一部深刻的人性悲剧、人生悲剧。而小说不管属于哪个流派，人性、人生都是永恒不灭的震动人心的文学表现对象。
一个家族的历史
一个时代的缩影
法国文学似乎有一种传统，这种传统使得法国文坛最能产生魄力非凡的作家，这些作家很难满足于喁喁细语，而热衷于高谈阔论；很难满足于“断代反映”，而热衷于“全景再现”。法国产生了世界文学中规模最大、数量最多的长河小说，如雨果的 《悲惨世界》（五卷本）、普鲁斯特的《追忆似水年华》（七部本），系列小说如巴尔扎克的《人间喜剧》，以及左拉的《卢贡·马加尔家族》。
左拉早就想写一系列互有关联的小说以表现他在研究自然科学的过程中产生的对杜会的看法。这自然是一种“巴尔扎克效应”了，他不能不羡慕与向往那样宏伟的成就，而且他的才气也使他跃跃欲试，要写一部“第二帝政时代，一个家族之自然史与社会史”。
左拉的基本创作意图是以一个家族的血缘关系为线索和框架，展示这个家族中成员各自独立的生命活动，从而将笔触伸向人生与社会的各个角落，表现或者包容 （包容指作者未从生活中提炼出来但已意识到，而随其他内容一起呈奉，如同捧出含金的沙子一样）作者对他热切关注着的第二帝政时代的认识及这个时代本身所含的真理或意义。
所谓“独立的生命活动”指的是是读者的感觉，作者还是给书中人物加上了非常密切的内在联系的，这种联系就是遗传。人物在具体的境况中如何思考、行动各不相同，但有一个根本的出发点，就是代代相传的气质、性格，预先决定了这个家族对不同事件的特定反应方式，实际上也就基本决定了人物的命运。
求知欲与征服欲是人类的两种基本心理。这种心理在一些伟人身上表现得更强烈。作为一个伟大作家，左拉首先是一个好大喜功得几乎不自量力的思想家，总想将他感兴趣的、热切关注的一切，将别人关注过、探讨过从而更激起他的追挖欲的一切，全部想个一清二楚，表现得淋漓尽致。正如他自己在该书序言里坦白的，他要使自己的描绘尽可能地完整、全面、包罗万象，从而使得后人再也没什么可写、再也没什么可构思、再也没一个人物可塑造。
至于他思考、研究社会的方式，也就是从遗传问题中去寻求同一个父亲的子女的种种相似或相异的气质的因源，从人类的内在基因里去研究人类。这是因为当时的自然科学蓬勃兴起且给人类生活带来许多意想不到的、令人震惊的变化，这些变化引起思想家们的深思，心境豁然开朗，并把这些思考引向人类生活的各个方面，由此产生了以自然规律、原理解释社会运动、人类活动的特殊现象，那么不可避免就是合理因素与不合理因素混存了。他在家族史小说第一部《卢贡家的发迹》的序言中表明他的创作计划与创作思想是，他要解释一个家族一小群人如何在社会里安身立命；这个家族的几十个成员，看似大相径庭，一经分析，却显出其内在联系；遗传有其规律，就象地心吸力有其规律一样。他要表现出，在生理方面，这个家族的所有成员都是某些种神经与血缘的变态慢性发作的受害者，而这种神经与血缘的变态是在机体第一次被损害之后陆续发生在这一个家族之中。左拉的这些观点，不是通过科学实验，也不是移借科研成果，而仅是在自然科学知识的启发下所进行的一种哲学玄想，美其名曰“推理”，而与“研究”无关。生理遗传，象精神病遗传，确实存在，但这是特例，对于人类全方位研究来说意义不大；而且，只要不是严重的病态遗传，人的行为方式、思维特征主要是受后天影响，不仅受家庭，更受整个社会影响，故对一个人、一个家庭而言，生理遗传研究也不宜占太大比例。当然，事实上，左拉进行的也是社会研究，或社会反映。他也自觉到了社会环境的重要性。他在序言里提到，这些神经与血缘的变态与环境也是相联的，随着环境的不同，决定了这个家族各个不同人物身上有种种不同的情感、愿望、情欲以及一切自然的、本能的人性的表现。他思想上注重的是前者，是因，即生理遗传，但笔下表现的是果，是人物在具体环境中的具体命运。所以他的创作仍是合理性因素占主体。如果仅因他的创作思想有些不合文学原理而以为他的作品不值一读，那就大错特错了。在大多数方面他的家族史小说与基本文学特征和美学规律是一致的。
尽管 《卢贡·马加尔家族》的创作前后沿续了二十三年 （1868—1871），却是经过精心设计、周密安排、总体上较有系统性的。早在创作之初，他就拟定了它的大致规模与初步的人物世系表，再加上其基本创作意图 （即建立在生理学研究与社会研究这两种研究之上，去研究人类，描绘一个整个的时代），构成了一个完整的创作提纲。同时，他最初计划要写的十部小说，其大致内容也已确定。只是随着创作进展，作家的生活阅历、思想状况及水平的变化，家族史规模不断扩大，最后增为二十部。至于他据以工作的马加尔家族世系表，曾于1878年公布在报刊上，是为了回答某些读者对他的所谓“缺乏组织、缺乏总体安排”的非难。这是一个表格，按五代人的辈份分为五个层次，标出上下代的血缘关系，每一层次列出每一代的成员，包括姓名、出生年代、生理影响。随着家族史规模扩大，家族世系也相应扩充。在最后一卷《巴斯加医师》中，他设计了这样一个二十多年来一直密切注意着这个家族的每个世代，将成员的婚嫁生死等都按遗传学定理加以记载的医师，他在一张发黄的纸上画了一棵家族世系树，树的枝干展开，互不相接，横里排出五行大树叶，每叶上写上一个姓名，并以小字注明该成员的小史与遗传情况。这张树状世系图被印在该书卷首，也是左拉的世系图最后的原稿，从中可以看出二十部家族史小说中人物关系的脉络。
统计二十部小说，共写了卢贡·马加尔家族的五代人，计三十二个成员，时间跨度超过一个世纪，不过主要人物的主要活动集中于1851年至1871年，即第二帝政时期。这以前的人物事迹都是追忆的，为了给作者运用遗传分析法作一个铺垫。
卢贡·马加尔家族的第一代情况是：阿戴拉意德·福格，1786年嫁给鲁钝的园丁卢贡，生子彼埃尔·卢贡后丧夫，1789年与酗酒、神经不健全的马加尔姘居，得子安图瓦·马加尔和女于尔絮·马加尔。1851年神经失常进疯人院，1873年卒，是一个时代、一部家族史的见证与象征。
第二代的情况是：彼埃尔·卢贡，健康状况良好，当过油商与税务特派员，1810年与一聪明健康的女子结婚，有子女五人；安图瓦·马加尔，当过兵，后以编柳条筐为生，与菜市女贩若瑟芬·加沃丹结婚，有子女三人。在他身上，父亲遗传占优势，本人是酒精中毒者，后因醉而死；于尔絮·马加尔，1810年与身心健康的制帽工人穆雷结婚，有子女三人。
第三代有十一人：一，欧仁·卢贡，《卢贡大人》主人公，彼埃尔·卢贡的长子，母亲遗传占优势，曾任第二帝国的大臣。二，巴斯加·卢贡，《巴斯加医生》主人公，彼埃尔次子，医师，与其侄女克洛蒂德·卢贡结合，有一遗腹子。阿里斯第德·卢贡，《金钱》中主人公，彼埃尔幼子，后改姓萨加尔。他由一名小职员而上升为巴黎的大银行家，有一子一女，并因奸污一女工而得私生子一名。他的性格源自父亲，而相貌源自母亲，属“■接性的混血类型”。四、西多妮·卢贡，彼埃尔长女，曾为一个法律助理的妻子，后丧夫，与人有奸而得一私生女，寄养于育婴堂。当过女经纪人、掮客，后成为虔诚的修道者。五，玛尔特·卢贡，彼埃尔幼女，与表兄弗朗索瓦·雷结婚，子女三人；由于隔代遗传，性格、相貌与第一代祖宗福格相似，后患癔症而死。六，莉莎·马加尔，《巴黎之腹》中主人公，安图瓦·马加尔长女，与身心健康的格尼结合而得一女，在菜市场作女肉店主。七、维尔维丝·马加尔，《小酒店》之主人公，安图瓦幼女，先与朗第耶姘居，得三子，后嫁出身酒精中毒家庭的工人古波，生女娜娜。先为洗衣工、洗衣店主，后酗酒而堕落至死。八、约翰·马加尔，安图瓦之幼子，在《土地》与《溃败》中均为重要人物，当过工人、务过农、入过伍，结过两次婚，性格是父母遗传混合型，没有不正常之处。九，弗朗索瓦·穆雷，于尔絮·马加尔之长子，与表妹玛尔特·卢贡结婚，子女三人，由于隔代遗传，发狂死于火灾。十，海仑·穆雷，于尔絮·马加尔之女，第一次婚姻子女各一，第二次婚姻未育，身心健康。十一，西韦尔·穆雷，于尔絮之次子，母亲方遗传占优势，在1851年政变中被打死。
第四代十三人，一，马克西姆·卢贡，阿里斯第德·卢贡之长子，靠家庭过活，与一个父母均为酒精中毒的女仆姘合而有一子，本人死于机能失调症。二，克洛蒂德·卢贡，阿里斯第德·卢贡之女，随父改姓萨加尔，母亲遗传占优势，性格、相貌象外祖父，与叔巴斯加结合，生有一子。三，维克多·卢贡，阿里斯第德·卢贡之私生子，小流浪儿。
四、昂热莉克·卢贡，《梦》之主人公，西多妮·卢贡的私生女，寄养在育婴堂，结婚不久即死于一种不知名的怪病。五，奥克塔夫·穆雷，弗朗索瓦·穆雷之长子，因隔代遗传，不象其父有精神变态，巴黎大百货商店的创始人，见于《妇女乐园》。六，塞尔热·穆雷，弗朗索瓦·穆雷之次子，教士，本堂神甫，由于父母双方的病态遗传而成为一个神经不正常的神秘主义者。见于《穆雷教士的过错》。七，戴西雷·穆雷，弗朗索凡·穆雷之女，由于母亲遗传而为痴呆型神经病患者。八、若望莉·格朗让，海仑·穆雷与前夫格朗