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然而到15世纪，潮流开始转向。基督教徒逐步地收复了伊比利亚，于1492年在格拉纳达最后完成了这项使命。与此同时，欧洲航海技术的革新使得葡萄牙人和其他人先后绕过了穆斯林的中心地带，深入到印度洋和以远地区。也正是在这个时候，俄罗斯人结束了鞑靼人持续了两个世纪的统治。接着，奥斯曼人作出了最后的努力，于1683年再次包围了维也纳。他们在那里的失败标志着一个长时间退却的开端，包括巴尔干东正教徒摆脱奥斯曼统治的斗争、哈布斯堡帝国的扩张，以及俄罗斯人向黑海和高加索的急剧推进。在一个世纪左右的时间里，“带来灾难的基督教徒”变成了“欧洲病夫”。第一次世界大战结束之时，英国、法国和意大利发动了致命的攻击，在奥斯曼帝国残存的土地上建立起了直接和间接的统治，只有土耳其共和国除外。至1920年，只有四个穆斯林国家——土耳其、沙特阿拉伯、伊朗和阿富汗——保持了非穆斯林统治年代下的某种形式的独立。
西方殖民主义的退却缓慢地始于本世纪20年代和30年代，在第二次世界大战之后急剧加速。苏联的瓦解使更多的穆斯林社会获得了独立。根据一项统计，在1757－1919年间，大约有92个穆斯林地区由非穆斯林政府统治；到1995年，在这些地区中有69个恢复了穆斯林的统治，穆斯林人口在其中45个独立国家中占绝对多数。1820…1929年间，50％涉及不同宗教的国家间战争是在穆斯林和基督教徒之间进行的，这一事实说明了这些变化中的关系的冲突性质。
造成这一发展中的冲突模式的原因，不在于诸如12世纪的基督教狂热和20世纪的穆斯林原教旨主义这些暂时的现象，而在于这两种宗教的本性和基于其上的文明。一方面，冲突是差异的产物，特别是穆斯林的伊斯兰教观念作为一种生活方式超越并结合了宗教和政治，而西方基督教则持有政教分离的观念。然而，冲突也产生于它们的相似性。这两种宗教都是一神教，与多神教不同，它们不容易接受其他的神；它们都用二元的、非我即彼的眼光看待世界；它们又都是普世主义的，声称自己是全人类都应追随的唯一真正信仰；它们都是负有使命感的宗教，认为其教徒有义务说服非教徒皈依这唯一的真正信仰。自创始起，伊斯兰教就依靠征服进行扩张，只要有机会，基督教也是如此行事。“圣战”和“十字军东征”这两个类似的概念不仅令它们彼此相像，而且将这两种信仰与世界其他主要宗教区别开来。伊斯兰教、基督教和犹太教还持有一种目的论的历史观，与其他文明普遍持有的轮转或静态观完全不同。
伊斯兰教和基督教之间暴力冲突的程度在历史上受到了人口增减、经济发展、技术变化和宗教义务强度的影响。伴随着7世纪伊斯兰教的传播，阿拉伯人向拜占庭和萨桑帝国大规模迁移，其规模和速度是前所未有的。几个世纪后的十字军东征在很大程度上是11世纪欧洲经济增长、人口扩张和“克吕尼复兴”“的结果，这一切使得动员大批骑士和农民向圣地进军成为可能。当第一次东征的十字军到达君士坦丁堡时，一位拜占庭人写道：就好像“整个西方，包括生活在亚得里亚海以远直至海格力斯灯塔的所有野蛮人部落都开始了大规模迁移，他们踏上远征之路，带着所有的一切挺进到了亚洲”。19世纪的人口巨增再次使欧洲出现了人口爆炸，导致了历史上最大的人口迁移，移民涌入了穆斯林地区和世界其他地区。
一些类似的因素结合在一起加剧了20世纪末伊斯兰教和西方之间的冲突。首先，穆斯林人口的增长造成了大量的失业，使得新近投身伊斯兰事业的年轻人大为不满，给邻近的社会造成了压力，并导致了向西方的移民。其次，当伊斯兰复兴运动使穆斯林将其文明和价值观与西方相比较之时，对它们的独特性与重要性重新建立了信心。第三，西方同时向全世界推广其价值观和体制、维持军事和经济优势的努力，以及对穆斯林世界内部冲突进行的干预，引起了穆斯林强烈的不满。第四．共产卞义的崩溃消除了西方人和穆斯林共同的敌人，使它们彼此将对方视为主要威胁。第五，穆斯林与西方人之间的接触和混居日益扩大，激发了他们各自的新的认同感，并认识到他们的认同有何不同，对各自的民族特性以及不同于他人之处有了新的认识。两者的相互作用和混居还加剧了在这一问题上的分歧，即：一个文明的成员在由另一个文明成员所控制的国家中的权利问题。80年代和90年代，穆斯林和基督教社会的相互容忍程度都急剧下降。
伊斯兰和西方之间冲突再起的原因，在于权力和文化的根本的问题。谁统治淮？谁是统治者？谁被统治？列宁所界定的政治中心问题，是造成伊斯兰和西方较量的根源。然而，还存在着列宁或许会认为毫无意义的另一种冲突，即：由是与非的分歧而导致的孰是孰非的冲突。只要伊斯兰仍是伊斯兰（它肯定是），西方仍是西方（这一点存在较多的疑问），这两个伟大文明和生活方式之间的根本冲突在未来将继续决定它们之间的关系，甚至像在过去的1，400年中一直决定着那样。
两者在大量实质性问题上的立场分歧或冲突，进一步激化了它们的关系。历史上的一个重大问题是对领土的控制，但是这个问题现在已相对不重要了。90年代中期，在穆斯林和非穆斯林之间发生的28次断层线冲突中，有19次发生在穆斯林与基督教徒之间；与东正教徒的冲突为11次，与非洲及东南亚国家的西方基督教信徒之间的冲突为7次。在这些暴力或者潜在的暴力冲突之中，只有一次是直接沿着西方和伊斯兰之间的断层线发生的，即克罗地亚和波斯尼亚之间的冲突。西方领土帝国主义的实际终结和穆斯林的领土扩张迄今为止尚未重新开始，这造成了一个地理上的隔离带，使西方和穆斯林群体仅在巴尔干的少数地区直接接壤。因此，西方和穆斯林之间的冲突将更多地集中于广泛的文明间问题，诸如武器扩散、人权和民主、石油控制、移民、伊斯兰恐怖主义和西方干涉等，而不是领土问题。
冷战期间，这两个群体的成员都广泛地认识到这一历史性对抗正在日益加剧。例如，1991年巴里？布赞看到了社会冷战正在“西方和伊斯兰之间”形成的众多原因，并指出，“在其中，欧洲可能处于前线。”
这一事态发展部分是由于延续了几个世纪的世俗价值观与宗教价值观的对抗，部分是由于基督教和伊斯兰教在历史上的敌对；部分是由于对西方力量的嫉妒；部分是由于对西方主导后殖民主义时代中东政治建构的仇恨；还部分地由于，在把伊斯兰文明和西方文明过去二百年间取得的成就作令人反感的比较时，所感到切痛苦和屈辱。
此外，他还指出：“在欧洲联合进程的关键时刻，与伊斯兰的社会冷战，有助于加强欧洲的全面认同。”因此，“西方应当拥有一个坚实的共同体，它不仅能够支持与伊斯兰的社会冷战，而且还能够对其采取鼓励政策。”1990年，西方有重要影响的伊斯兰学者伯纳德？刘易斯分析了“穆斯林愤怒的根源”，并作出了这样的结论：
现在应当清楚的是，我们正面临着一种情绪和一个运动，它们远远超出了问题和政策，以及推行它们的政府的层面。除了文明的冲突，它不会是别的——它或许是不理智的，然而却肯定是一个古老对手对我们的犹太教…基督教传统、我们世俗的现在，以及这两者在世界范围的扩张所作出的具有历史意义的反应。
在伊斯兰社会群体中也产生了类似的看法。一位很有影响的埃及记者穆罕默德？锡德一艾哈迈德1994年说道：“明确无误的迹象表明，犹太教一基督教的西方伦理和伊斯兰复兴运动之间的冲突正在加剧，它正从西方的大西洋伸展到东方的中国。”一位杰出的印度穆斯林在1992年预言：西方“下一步面临的无疑是来自穆斯林世界的对抗。从马格里布到巴基斯坦，一场席卷伊斯兰国家的建立世界新秩序的斗争即将开始”。一位突尼斯著名律师则认为，这场斗争已经开始：“殖民主义试图破坏伊斯兰的所有文化传统。我不是一个伊斯兰教徒。我认为不是在宗教之间，而是在文明之间存在着冲突。
80年代和90年代，伊斯兰国家的整个趋势是反西方的。这部分地是伊斯兰复兴运动，以及对所谓的“gharbzadegi”即西方毒化穆斯林社会作出反应的自然结果。“无论其具体的宗派形式是什么，再次确认伊斯兰教意味着摈弃欧洲和美国对当地社会、政治和道德的影响。”穆斯林领袖们过去的确告诉过他们的人民：“我们必须西方化。”然而，如果他们是在20世纪最后四分之一的时间内讲这番话，一定会受到孤立。确实，我们难以找到任何一个赞扬西方价值观和体制的穆斯林，不论是政治家、官员、学者、商人还是记者。相反，他们会强调其文明与西方文明之间的差异，其文化优越性，抵制西方的猛烈进攻以保持其文化完整的必要性。穆斯林害怕和憎恨西方的力量及其他对他们的社会和信仰构成的威胁。他们认为西方文化是物质主义的、腐败的、颓废的和不道德的。他们也认为西方文化具有诱惑力，因而强调抵制西方文化对其生活方式的影响。穆斯林攻击西方的，不再是信仰有缺陷的、错误的宗教——至少还算是“书本上的宗教”，而是越来越激烈地攻击西方根本不信仰任何宗教。在穆斯林眼中，西方是世俗主义的和无宗教信仰的，因而也是不道德的，与产生这些现象的西方基督教相比这些是更大的罪恶。冷战期间，西方将其对手视为“不信神的共产主义”；在冷战后的文明冲突中，穆斯林则将对手视为“不信神的西方”。
认为西方骄傲自大、物质主义、压制他人、残忍、颓废的，不仅有原教旨主义的伊玛目们，还有很多被西方视为天然盟友和支持者的人。穆斯林作者在90年代出版的著作中，没有哪部像法蒂玛？默尼斯所著的《伊斯兰教与民主》那样在西方受到过如此的赞扬。西方人普遍称赞该书是一个现代自由穆斯林女性的勇敢言论。然而，在这部书中，西方的形象并未得到恭维，她指出：西方是“军国主义的”和“帝国主义的”，而且通过“殖民恐怖”伤害了其他国家（第3、9页）。作为西方文化标志的个人主义是“万恶之源”（第8页）。西方的力量是可怕的，只有“西方才能够决定卫星是用来教育阿拉伯人，还是用来向他们投放炸弹……西方摧残我们的潜力，用它的产品和充斥所有频道的电视剧和电影干扰我们的生活……（它）是摧残我们，抢占我们的市场，控制我们的宝贵资源、首创性和潜力的力量。这是我们对形势的看法，海湾战争则证实了我们的感觉”（第146、147页）。西方“通过军事科研构建自己的力量，然后把研究成果卖给不发达国家”，这些国家是“被动的消费者”。为了使自己摆脱这种依附地位，伊斯兰必须培养自己的工程和科技人员，生产自己的武器（她没有指明是核武器还是常规武器），“摆脱对西方的军事依赖”（第43、44页）。再重复一遍，这些并不是一个留着长胡子、穿着长袍的阿亚图拉的看法。
不论政治或宗教观点如何，穆斯林一致认为在他们的文化和西方文化之间存在着根本的差异。正如赛伊克？卡诺什所说的：“根本问题在于我们的社会是建立在与西方不同的价值观念之上的。”一位埃及政府官员说：美国人“来到这里，希望我们变得与他们一样。他们对我们的价值观念和文化一无所知”。一个埃及记者也持这样的看法：“（我们）是不同的，我们有不同的背景、不同的历史。因此，我们有权利有不同的未来。”不论是流行刊物，还是严肃的穆斯林学术出版物都反复描述所谓的西方阴谋，以及西方支配、羞辱和颠覆伊斯兰体制和文化的企图。
反对西方的反应，不仅可从伊斯兰复兴运动智囊人物的攻击中，而且可从穆斯林国家政府对西方态度的变化中看出。后殖民时期初始，穆斯林国家政府的政治、经济思想体系和政策一般是西方式的，其对外政策是亲西方的，只有阿尔及利亚和印度尼西亚几个例外，因为它们的独立是民族主义革命的结果。然而，伊拉克、利比亚、也门、叙利亚、伊朗、苏丹、黎巴嫩和阿富汗的亲西方政府，一个接一个地被较少认同西方或者明确反对西方的政府所取代。其他国家的取向和结盟关系也在朝这一方向发展，但变化没有如此剧烈，这些国家包括突尼斯、印