。1961年4月21日，钟赤兵奉调国防科委担任副主任，协助主任聂荣臻元帅工作。
林彪出任国防部长、主持军委工作时，要求国防科委也要创“四好”。钟赤兵认为不能硬搬带兵的方法管理科研工作，依旧坚持贯彻由聂荣臻元帅组织制定、经党中央研究、毛主席批准的“科研十四条”，强调国防科研机构的根本任务是出成果、出人才。为了把“科研十四条”落到实处，他认真组织学习贯彻聂荣臻元帅在国防科研机构的重要讲话，并且深入调查研究，抓了第十研究院十四所贯彻“科研十四条”的经验，树立典型，在科委系统大力推广。为了让科研人员走又红又专的道路，他邀请陈毅元帅到国防科委作报告。陈毅元帅渊博的知识、风趣幽默的讲话以及对科研工作的深刻见解，极大地鼓舞了广大科技人员。
由于钟赤兵坚持实事求是，坚持贯彻党的科学技术政策和知识分子政策，坚持按照科学的方法管理科研，“团结、教育、改造知识分子”，充分发挥他们在科研工作中的作用，触犯了林彪。“文化大革命”中，他被扣上了“军内一小撮”、“‘臭老九’的黑保护伞”等帽子，遭到林彪、“四人帮”的打击和迫害乃至人身摧残。面对林彪、“四人帮”的淫威，钟赤兵却毫无惧色，坚持斗争。
一次，造反派头头奉旨逼他交待所谓“黑材料”，他怒不可遏地说：“你们欺人太甚，老实说，想从我这里得到一根毫毛也办不到！”
钟赤兵的“顽固不化”惹怒了林彪、“四人帮”，他们指使亲信狠整钟赤兵，使他得了心肌梗塞，不得不送进医院抢救治疗。可“造反派”不让抢救，非要置他于死地而后快。1967年3月，“造反派”硬将他从医院拖出来游街批斗。他重病在身，又只有一条腿，站立非常困难。但他们偏不让他坐，还给他戴上了一顶一米多高的高帽子。“造反派”厉声厉色地反复问道：“你为什么要保护‘臭老九’？为什么要推行修正主义科技路线？”
1967年8月，钟赤兵又被拉到北京师范大学隔离起来。他的夫人于陆琳，这位15岁参加革命、毕业于苏联列宁格勒赫尔岑教育学院教育系的“三八式”老干部，回忆起当年的情形时说：“我当时是北师大教育系主任，和钟赤兵分别隔离在两间教室里，夫妻近在咫尺，我为他的身体担忧，却不能照应。”被隔离的次日上午，在批斗钟赤兵夫妇时，一个“造反派”头头质问：“钟赤兵，你为什么支持于陆琳推行资产阶级教育路线？”
钟赤兵义正辞严地反问：“资产阶级教育路线是什么，学校的教育方针又是什么，你知道吗？”
“造反派”头头愣了，过了一会儿才说：“这谁不知道，学校当然是抓教育，是培养人才，是……”“这一方针是谁提出来的？”“毛主席。”“既然是毛主席提出的，难道于陆琳执行毛主席的教育路线就是执行资产阶级教育路线吗？”“造反派”无言以对……
林彪、“四人帮”之流见从政治上整不倒钟赤兵，就决定从生活上对他进行迫害。他们撤掉了钟赤兵的警卫员和保健医生。这对于一个肢体残缺、又患有重病、生活不能自理的人来说，身边没有人照顾，其艰难是可想而知的。再加上没完没了的批斗，果然，三天后，钟赤兵就病情加重、生命垂危了。消息传到中南海，毛主席知道了钟赤兵被批斗、隔离审查的情况，非常生气，当即指示：“钟赤兵是个好同志，从小是在红军里面打仗出来的，工作有能力，有魄力。”
林彪、“四人帮”挨了当头一棒，只好放了钟赤兵。毛泽东又一次救了钟赤兵一命！
钟赤兵又一次从生死线上站了起来，继续拼搏在工作和斗争的第一线。可不幸的是，1975年3月，他猝发大面积心肌梗塞，永远离开了他为之奋斗的国防科研事业。他逝世的那天，细雨潇潇，苍天都好似在为这位功勋卓著的独腿将军哀伤、垂泪……