继苏尼特叛逃事件后，喀尔喀部又掠夺了巴林部的牲畜、人口。朝廷立即进行干预，于顺治四年五月向喀尔喀发出警告，要求其部落长归还所掠人畜，并以骆驼百头，马千匹前来谢罪。《清世祖实录》，卷32，3页。喀尔喀被清朝的强大所震慑，于次年八月，土谢图汗、硕雷汗等人表示认罪，按朝廷要求，贡马千匹，骆驼百头。朝廷便不再追究。《清世祖实录》，卷40，2页。
由苏尼特蒙古叛逃及侵掠巴林等事件而引起的北疆动荡，重新恢复了平静。朝廷恩威并施的政策又一次取得了明显效果，再次制止了蒙古内部离心势力的滋长。经此事件后，喀尔喀各部，以及厄鲁特部，接受朝廷的招抚，较前恭顺，频繁朝贡。顺治七年（1650年）十月末，喀尔喀诺门汗诸贝子向朝廷上表，奏道：今派遣四贝勒为首及大臣前来北京，“坚盟和好”，一切均照朝廷规定行事。《清世祖实录》，卷50，16页。十一月，该部额尔德尼诺木齐等至京朝贡《清世祖实录》，卷51，1页。；厄鲁特部巴图鲁贝勒等、噶木布胡土克图等两批贡使先后到京，贡驼马等《清世祖实录》，卷51，5、6页。。接着，世祖遣使臣前往喀尔喀各部，向他们宣布朝廷的政策和规定：每年各按旗进贡一次，每旗的贝子，共进驼一只、马八匹，派大臣朝见，朝廷亦按定例赏赐。此外，遣使贸易，各从其便。《清世祖实录》，卷51，8页。
喀尔喀各部遵守朝廷的法令，以时朝贡。顺治八年三月，该部硕雷之子噶尔马撒望与储护尔二台吉来京朝见，世祖在太和殿接见了他们。《清世祖实录》，卷55，18页。
八月，该部土谢图汗派贡使达884人，人数之多，超过了其他各部；
同月，土谢图汗与车臣汗的贡使309人亦到京朝贡；
十一月，厄鲁特部也遣贡使320人朝贡。
对他们的到来，世祖命礼部举行盛大宴会，宴请进贡的使臣们，表达了朝廷的怀柔之意。《清世祖实录》，卷59，5、27页；卷61，9页。
世祖推行先辈的遗策，利用处理苏尼特叛逃事件，恩威并施，加强了同喀尔喀、厄鲁特等部的关系，暂时巩固了清朝对北部蒙古的控制，无疑也巩固了她对全国的统治地位。
清朝对北疆蒙古的政策，除对其叛变以理招抚失效，而不得不用兵外，其主导方面，仍是千方百计地怀柔，用物质、金钱、爵位和各种赏赐以至联姻等手段加以笼络，用以增强其向心力，提高清朝的威望；对其内部的纷争，则以仲裁者的身份，给以干预，进行调解，务使双方或若干方面和平了结。若有违犯清朝法制和政令者，就严格执行，予以处罚。不管他们中犯有何种过错，甚至是严重罪行，只要悔罪改过，向清朝朝贡，就予以宽大处理，既往不咎，保持一切待遇不变。鄂尔多斯部扎穆苏曾杀朝廷使臣，率其兄弟部落叛逃。至顺治七年十一月，“因不能谋生”，又来归顺。论罪，扎穆苏应斩首。世祖给予宽大处理，免死，仍令管辖所属人员。《清世祖实录》，卷51，9页。
多尔衮执政时期，把应给予的优待不限于给各部头领，而是扩大到各部下属人员，使之广受朝廷恩惠。顺治四年十月，以世祖的名义，一次向蒙古各部下属人员颁赐币、物等物，计有：
科尔沁土谢图亲王下虎巴、卓礼克图亲王下白尔格；
乌朱穆秦部车臣亲王下祁格特、耨讷赫；
敖汉部墨尔根巴图鲁郡王下杜理琥；
柰曼部达尔汉郡王下孟克；
阿坝垓部卓礼克图郡王下布仑代、噶尔玛色冷；
翁牛特部杜陵郡王下博济纳木色冷；
苏尼特部杜稜郡王下车格；
四子部落扎萨衮达尔汉卓礼克图下阿木达尔；
扎鲁特部尚加布下巴彦代、布尔思海；
蒿齐忒部博罗特额尔得尼下拖贝；
喀喇沁部扎萨衮杜稜下阿哈土、阿济极尔；
土默特部扎萨衮达尔汉下巴雅思虎寨桑；
吴喇忒部楚成格下巴拜；
巴林部塞卜腾下代通、桑噶尔载。《清世祖实录》，卷34，11~12页。
第二部分安抚边疆诸族（5）
以上，共14部，19人。这些人都是各本部落长下的属员，都得到朝廷的赏赐，自然个个欢喜，以得朝廷皇上的赐物为荣，也就提高了皇上在他们以至广大蒙古人心目中的崇高地位。
最高奖赏莫过于同皇室联姻。前叙顺治二年十月，太宗第二女固伦公主下嫁察哈尔汗之子阿布鼐；还有，同年四月，太宗第八女固伦公主下嫁给科尔沁土谢图亲王巴达礼之子巴雅思护朗。《清世祖实录》，卷15，28页。顺治四年十一月，又将太宗第十一女固伦公主下嫁给阿坝垓部噶尔玛索讷木。《清世祖实录》，卷35，9页。他们成为额驸后，便被封为郡王或亲王等。能得到如此优待的，也只有少数人，但它产生的影响无疑是广泛而深远的。
在蒙古诸部中，喀尔喀部与厄鲁特部地居遥远，与清朝建立臣属关系较晚，彼此关系并不巩固。顺治三年喀尔喀因容纳苏尼特部叛逃，受到清朝征伐，虽说喀尔喀认罪，恢复对清朝的朝贡，但朝廷仍存有戒心。顺治七年（1650年）二月，指示户、兵二部对喀尔喀、厄鲁特作出买卖马匹的限制规定：自今以后，两部的人“从边外前来”，凡章京以下，披甲兵以上，如无骆驼、马匹，有愿买的，每一次只准买一匹。如违例多买，其马匹没收入官，治以应得之罪。买卖时，由每旗选出二名章京官员当场监督，并将买马人姓名汇造清册，一册送户部验看，一册由买马者自留，以备查验。在马匹交易场所，持册呼买马人姓名，查验登记无误，便准入市场买马。另外，又规定商贩、买卖人及不是披甲的士兵，一律不准买喀尔喀、厄鲁特人的驼马，如有违犯，处100鞭打的惩罚，驼马没收入官。又特别规定：居庸关以内（指长城以内），所有官员、百姓及士兵等一切人，都不许“沿途迎买”，由各处官员和差役人员进行搜查，如发现，即押解至京，按“贼律问罪”，而执法官员及吏役人如私买或纵容买者，也按贼律惩治。《清世祖实录》，卷47，8~9页。
马匹、骆驼为蒙古人生活所必需，是占有财产多寡的标志，也是交通工具，尤其是用于军事，马匹更是不可缺少。限制喀尔喀、厄鲁特人的马匹与骆驼的买卖，主要是基于军事上的考虑，对他们保持戒备状态。
世祖时期，清朝同周边各民族的关系，最引人注目的是同西藏的关系取得了重大进展。如果说，太宗去世前与西藏初步建立了联系，那么，到世祖时，由遣使往还，发展到达赖亲自朝觐，最终确立了隶属关系。
清军初入关，仅领有京畿地区，自西藏至北京的必经之地——陕西尚被李自成农民军所占据。战争正在进行，西藏与清朝失去了联系。顺治二年三月，清军平定陕西，多尔衮以世祖的名义，颁发“恩诏”，其中，就如何联络西藏地区的问题作了明确规定：乌斯藏番僧应从陕西入贡者，由当地布政司察号，如赍有印信、番本咨文，准予照旧例（指明朝的旧规）进京朝贡。《清世祖实录》，卷15，22页。西藏距北京路途遥远，途中多属荒无人烟之地，山高水险，走完全程，总得需一年左右。崇德八年（1643年）五月，太宗遣使察干、格隆等为使，随藏使赴藏，向达赖等致意，迟至顺治三年八月才返回北京，往返历时三年余。达赖喇嘛、厄鲁特顾实汗等西藏政教领袖派遣班第达喇嘛、达尔汉喇嘛等，随同察干（罕）喇嘛前来，向皇帝“上表请安”，贡献金佛、念珠、普鲁羢、甲胄、马匹等物。多尔衮以甲胄、弓矢、撒袋、大刀、鞍辔、银器、缎疋、皮张等为礼物相赠，既是赏赐也是答谢。《清世祖实录》，卷27，23页。除达赖，还有班禅胡土克图，巴哈胡土克图、鲁克巴胡土克图、伊尔扎尔萨布胡土克图、萨思夏喇嘛、额尔齐东胡土克图、伊思达格隆胡土克图、诺门汗等西藏宗教领袖，“各上书请安”，各献当地土特产，向皇帝表达敬意。顺治四年二月，多尔衮派遣喇嘛、侍卫、格隆等人赴藏，向他们表示慰问，各赐给金玉器皿，缎疋、雕鞍、甲胄等物。《清世祖实录》，卷30，22~23页。双方的关系进一步密切起来，往来日益频繁：
顺治五年三月，达赖喇嘛等遣使，进贡“方物”之特产；《清世祖实录》，卷37，16页。
顺治六年（1649年）八月，达赖喇嘛遣使至京，进贡“方物”，并上表说，他本人希望“于壬辰年夏月朝见”皇帝。《清世祖实录》，卷45，9页。壬辰年，为顺治九年；夏月，按农历，为四至六月，属夏时季节。达喇约定该年四至六月间朝觐皇帝；
同年十一月，达赖遣噶布初西喇布等朝贡，朝廷赏给更优厚礼物；《清世祖实录》，卷46，25页。
七年七月，达赖遣使，贡舍利子等佛家宝物；《清世祖实录》，卷49，13页。
八年正月，正值传统的春节，达赖、班禅及顾实汗等各遣使“上表问安”；《清世祖实录》，卷52，17页。
同年三月初一日，世祖登临太和殿，接见达赖的使臣；《清世祖实录》，卷55，1页。过了几天，世祖遣使臣带着他的敕谕和礼物前往西藏，召达赖来京见面。《清世祖实录》，卷55，7页。接着，同月又有达赖喇嘛、顾实汗“各遣使贡方物”；《清世祖实录》，卷55，16页。
同年四月初一日，世祖遣多卜臧古西等携带他的谕旨和礼物，前往西藏，召达赖来京觐见；
世祖两度召达赖来京，至顺治九年（1652年）八月，达赖遣使至京，答复说：觐见之地，或在归化城（今内蒙呼和浩特），或在代噶地方，请皇帝陛下裁定。世祖指示：近来因内地西南用兵（指与南明永历政权及农民军李定国部的战争），系军国重务，难以脱身，因此不便出边（出长城）相见，特派亲王大臣前往，等到平息战乱，国家无事，便可亲行。相见之地，可在边内近地。《清世祖实录》，卷67，26页。
第二部分安抚边疆诸族（6）
按约定，壬辰年即顺治九年达赖前来北京朝觐，在发出约见之地的请示时，已率3000人出发。《清世祖实录》，卷68，1~2页。达赖接到世祖的谕旨，又请示说：边内多疾疫，在边外相见为便。世祖当即同意了他的请求。为了表示对达赖的格外尊敬与优待，以服蒙古之心，世祖排除汉官们的阻挠，破例出边远迎，选定在代噶地方等待达赖的到来。《清世祖实录》，卷68，5页。但洪承畴等人却以“天象”异常为由，不宜出宫，再行劝阻。世祖“畏天命”，这才改变主意，改派和硕承泽亲王硕塞与内大臣等人出边往迎。《清世祖实录》，卷69，8~9页。
顺治九年十二月十五日，西藏宗教领袖之一达赖喇嘛历经长途跋涉，终于到达了北京。《清世祖实录》，卷70，20页。这是自崇德八年建立联系后，历十年之久，终于实现了首途北京具有历史意义的会见，标志着西藏从明王朝重新纳入到一代新的中央政权。对于清朝来说，的确又是一次民族统一的重大胜利。
世祖亲至南苑，以隆重的礼仪迎接达赖的到来，举行宴会款待，达赖进献马匹与方物，世祖一一收纳。至第二年二月，达赖因水土不服，要求归藏，世祖批准，仍命和硕承泽亲王硕塞等率八旗官兵护送到代噶地方。《清世祖实录》，卷72，12页。四月，世祖向达赖颁发封号、金册、金印，命礼部尚书觉罗郎球、理藩院侍郎席达礼等人前往代噶面交达赖。其封号是：西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤怛喇达赖喇嘛。金册之文，用满、汉、藏三种文字书写。
同时，还封厄鲁特部顾实汗为：遵行文义敏慧顾实汗。《清世祖实录》，卷74，18~19页。
清朝对达赖及厄鲁特部顾实汗的册封，明确规定了西藏与青海同清朝在政治上的隶属关系，无疑具有法律效力。清朝经过长期努力，通过和平交往，不断加深彼此的关系，最后又以和平的途径，将西藏纳入到清朝的版图，使之成为中国的不可分割的重要组成部分。
在西藏归属清朝的影响下，新疆吐鲁番各民族也与清朝确立了隶属关系。顺治十三年（1656年）九月，世祖正式颁发诏书，规定自本年以后，每五年朝贡一次。进贡人员，入关不得超过百人，而进京的人数只许30人，其余留驻甘肃，