尽赞同，因此，便借世祖的遗命，对中央机构再次予以调整。主要有：废除内官十三衙门。早在太宗即帝位时，专设内务府管理宫内事务，其职人事人员由皇帝的包衣佐领充任。至顺治十一年（1654年），世祖罢内务府而设立内官十三衙门，此系承明制，弊端很快显露：宦官人员骤增而滥，行为不法，与外廷勾结，渗入国家政治生活，明末宦官为乱的祸害有死灰复燃之势。世祖去世前，已有醒悟，自责说：“祖宗创业，未尝任用中官，且明朝亡国，亦因委用宦寺。朕明知其弊，不以为戒，设立内十三衙门，委用任使，与明无异，以至营私作弊，更踰往时。”《清世祖实录》，卷144，4~5页。宦官为历代政治祸乱之一，明自中期以至亡国，深受其害。世祖向往汉文化，不加分辨，又把宦官制度给恢复起来，而且建立了系统机构，为酿宦官之祸埋下了隐患。这一重大举措是世祖亲政后独自决定的，与已故的摄政王多尔衮无涉。所以，他认识到，此事有误，且违祖制，应自作批评。有此遗命，四大臣即于世祖去世一个多月，于二月间，宣布撤掉十三衙门，大量裁汰宦官，只留下少数供役使，今后宦官“俱永不用”《清圣祖实录》，卷1，22页。。自此，至慈禧乱政前，宦官未尝重用。四大臣革去宦官之弊，是他们的善政之一。
在废除十三衙门之后，就在圣祖宣布前述之谕旨的同时，下令已设之内阁、翰林院“名色”，都予“停罢”，恢复太宗时所设内三院之制。内三院是：内秘书院、内国史院、内弘文院，由满汉大学士、学士充任。《清世祖实录》，卷3，9页。但与太宗时所设内三院并不完全相同。太宗定制：内三院大学士皆轮流“入直”，亦享有“票拟”的实权。多尔衮摄政时，取消他们“入直”与“票拟”，因而把实权控制在自己手中，这些名显而无实权的大学士们只充当了他的顾问而已。四辅臣重新恢复内三院，给任职的大学士从原五品提高到正二品，却不给予入直与票拟的实权，由四辅臣取而代之，经他们共同商定对文武百官奏折的处理意见后，直接请示太后批准，然后由他们代笔，替幼帝作朱笔御批，至第二天，大学士们才可看到臣属疏奏及皇帝批示。清朝循明制，不设宰相，提高六部与内阁权限，直接对皇帝负责。但多尔衮为专权之便，剥夺了他们的权限。世祖亲政，改去多尔衮专权之弊，国家政权正趋于正常运作，却又被四辅巨变更，实际是重蹈多尔衮的覆辙，为他们（主要为后来鳌拜）擅权乱政开了方便之门。
太宗时，始设理藩院，专管外藩（当时主要是蒙古事务）。世祖时，将它改作礼部的所属机构。显然，这一改变是不当的。世祖去世后仅两个多月，即于三月下令恢复理藩院独立机构的职能，其官员“仍称理藩院尚书、侍郎。”《清圣祖实录》，卷2，11页。后来，事实证明，该机构对管理少数民族事务是不可或缺的。
上述若干重要机构或部门的变更，表明清入关后近二十年，其中央机构和政权建设虽说大的布局已定，但对其中部分还在继续调整中。这里既有根据现实需要和长远考虑而不得不作必要的更改，也有“循祖制”而恢复“旧章。”当与不当，兼而有之。总的来说，还是利多于弊。
四辅臣关注民生，体察百姓生活之艰难，尤其对被灾地区给予解救，也是值得称道的。给人印象深刻的是，蠲免百姓钱粮。康熙三年（1664年）六月，据统计，自顺治元年至十七年，直隶各省拖欠银共2700余万两、米700万石，药材共19万，䌷、绢、布疋等9万余疋。为解民生之苦，遂决定自顺治元年至十五年以前所欠银、米、药材、䌷、绢、布疋等“悉予蠲免”。《清圣祖实录》，卷12，13~14页。不管怎么说，蠲免钱粮，对百姓来说，毕竟是件好事。历代皆有此举，但像圣祖初年一次蠲免如此之多，尚不多见。
至于其他，诸如选任官员、开科取士、鼓励开荒、重用吴三桂等三藩，平定云贵土司叛乱等，皆见成效。在四辅臣的主持下，顺利完成了由顺治朝向康熙政权的交接，保持了稳定，进一步巩固了清朝的统治，使全国的政治和经济继续向好的方向发展。
四辅臣辅政初期，尚能保持和衷共济，遵守誓言，共同决策，朝廷内外相安无事。但这一局面未维持下去，很快被阴谋夺权的鳌拜所打破。
四辅臣中，以索尼为四朝元老，年龄最大，列辅臣首位。鳌拜不敢与之争锋。位居第三的遏必隆与鳌拜同属一旗，遇事随声附和，处处退让，鳌拜需要这样的人依附自己，所以，放过了他，施以拉拢的手段，把他作为自己的辅助力量。鳌拜要打击的就是位居第二的苏克萨哈。论爵位，他低于鳌拜，索尼年老，若一去世，他很可能接替索尼而居首位辅政大臣。苏氏为人耿直，遇事经常同鳌拜争论，进而发展到争吵，遂结下了仇。《满洲名臣传》，卷5，“苏克萨哈传”。鳌拜狂妄，一意要谋取大权，便把矛头首先对准了苏克萨哈，终于酿成了一场流血斗争。
鳌拜无端挑起是非，制造了黄、白两旗的矛盾冲突，蓄意谋兴大狱。
世祖入关初年，圈占京畿地区的土地，按照八旗左右翼的次序，分配给八旗将士。摄政王多尔衮出于一己之私，竟将应拨给镶黄旗的永平地区的好地拨给了他所属的正白旗，而把保定府、河间府、涿州等处贫瘠地拨给了镶黄旗。但摄于多尔衮的权势，镶黄旗的将士、旗员都敢怒而不敢言。自此种下了两旗仇恨的种子。二十余年过去了，时过境迁，两旗倒也相安无事。《清史稿·索尼传》，卷249，9675页。
第三部分大权收归皇帝（4）
苏克萨哈属于正白旗，鳌拜则属镶黄旗。而今多尔衮早已作古，鳌拜成了掌权的重要人物之一，他一方面要报当年本旗受压之仇，一方面借机打击苏克萨哈，于是，旧事重提，“立意更换”两旗土地，于康熙五年（1666年）正月，命大学士户部尚书苏纳海、侍郎雷虎会同直隶总督朱昌祚、直隶巡抚王登联“酌议圈换”。蒋良骐：《东华录》，卷9，146页，中华书局，1980。索尼“亦素恶苏克萨哈”，支持鳌拜的要求；遏必隆不能旁观，因而“附合之。”《清圣祖实录》，卷18，4页。鳌拜的要求，立即引起一场轩然大波。
旗民安土重迁，相沿已久，不愿再举家迁移，况且新换土地肥瘠不均，未必比旧地好。当两旗要调换旗地的消息传来，旗民群情汹汹，抵制换地。朱昌祚等上疏坚决反对重新圈换。苏克萨哈与之抗争尤其激烈。他们的驳斥及抗争激怒了鳌拜，他一意孤行，不惜血腥镇压，竟假传圣祖旨意，命吏、兵二部将苏纳海、朱昌祚、王登联三人拿下监禁。与他有牵连的一批官员或革职，或降级。经刑部审断，给予朱昌祚三人以鞭100、籍没家产的处罚。此事惊动了13岁的圣祖，感到事态严重，即召见四辅臣，当面询问，以图调停息事。四人中，除苏克萨哈，其余三人坚持应将苏纳海等人处死。圣祖始终不予同意。然而，鳌拜等人置圣祖于不顾，给苏纳海等三人捏造“不愿迁移，迟延藐旨”等罪名，盗用皇帝的旨意，于十二月将其“俱着即处绞”，把他们三人绞死，籍没家产。同时，追论已故原任户部尚书苏纳海族人英武尔代之“罪”，如还活着，“应行正法”处死。因其已故，将官职尽行革去，从前所给蒙古，投充汉人“俱著取出”《清圣祖实录》，卷20，17~19页。。圣祖对此，无能为力！
处死苏纳海三人之后，鳌拜强行换地，给两旗百姓带来了重大灾难。朝廷内外官员也惶惶不安，鳌拜气焰更为张狂，在朝廷成了人人畏惧的人物！
康熙六年（1667年），圣祖14岁。百官因惧于鳌拜专权，强烈要求圣祖亲政。还在鳌拜以圈换土地为名，肆意陷害苏纳海等人时，也就是康熙五年八月，刑科给事中张维赤率先上疏，请求圣祖亲政，他写道：“伏念世祖章皇帝于顺治八年亲政，年登一十四岁。今皇上即位六年，齿正相符（实际上应为13岁），乞择吉亲政”《清圣祖实录》，卷19，16页。。
索尼为辅臣之首，对圣祖能否亲政，持何种态度，至关重要。他为人忠厚，眼见鳌拜势日张，与苏克萨哈不相容，担心出事，不禁为之忧虑。又念及自己年老多病，惟恐有误国家大事，即提议归政圣祖，苏克萨哈、遏必隆表示赞成，鳌拜不敢反对，就于康熙六年三月，四人联名上奏，恭请圣祖亲政，写道：“世祖章皇帝亦于十四岁亲政，今主上年德相符，天下事务总揽裕如。”《清圣祖实录》，卷23，2页。圣祖未予同意，以自己年幼，再等几年亲政。他把这份奏疏留下，没发给朝臣知道。六月，索尼病逝。鳌拜见有机可乘，毫无顾忌地抢占首位，“班行章奏”，他都居“首列”。苏克萨哈、遏必隆无意争权，处处退让。于是，他独擅大权，与其弟穆里玛、侄塞本得、纳谟及班布尔善、阿思哈、玛尔赛、泰必图、济世、吴格塞等人，结党营私，“凡事即家定议，然后施行”《清史稿·鳌拜传》，卷249，9682~9683页。。圣祖看到时机已经成熟，不能再拖延亲政，于七月二日将索尼等四人在三月间请他亲政的奏疏发给朝廷大臣，以“辅臣屡行陈奏”为由，经奏请皇太后批准，“择吉亲政”。选定七月七日，举行亲政大典。圣祖“宣诏天下”，让百姓都知道。圣祖在诏书内，一面肯定四辅臣七年辅政之劳，一面强调他还不能完全“独理”天下政务，仍赖辅政大臣及诸王贝勒、内外文武大小各官“殚忠尽职”，“不得辞避”《清圣祖实录》，卷23，3~4页。。
亲政大典的举行，标志着辅政时期已结束，圣祖正式执政已开始，自然一切权力归圣祖一人。但圣祖仍顾虑年幼，不足以驾驭全局；况且四辅臣还有三人健在，辅政七年，已形成势力，至少在目前还不能摆脱他们。所以，他在诏书内，仍把三辅臣列于诸王贝勒之前，就是说，继续保留“辅政”的地位。不仅如此，圣祖于亲政后的第四天，七月十一日宣布给苏克萨哈等三人加恩（索尼已于去世前晋爵一等公），责令议政王贝勒、大臣及九卿科道官员“酌议”，向他报告。《清圣祖实录》，卷23，5页。
议政王、贝勒、大臣还未及对三辅臣的晋爵的事作出决议，苏克萨哈突然提出引退的请求。理由是，近一二年来，身染重病，“不能始终效力于皇上之前”，现在，皇上已亲政，他要求“往守先皇帝陵寝”，紧接着，他又写了一句很重的话：“如线余息，得以生全。”《清圣祖实录》，卷23，7页。
很明显，苏克萨哈的引退是针对鳌拜的。他们两人已成政敌，水火不容。从圈换旗地事件，苏纳海等重臣被冤杀，已感到同鳌拜共事十分危险，在圣祖亲政后，鳌拜毫无引退之意，已知其心，把持辅政之权不放，抢列首位，企图当个名副其实的宰相。他趁圣祖亲政，急流勇退，避开鳌拜，免致被其所害，故有“得以生全”之语。
第三部分大权收归皇帝（5）
不料，苏克萨哈的这道奏疏竟引来一场杀身之祸。本来，鳌拜就多次企图除掉苏克萨哈，前挑起两旗地互换事件，几将苏氏置于死地，而索尼去世后，便把他视为眼中钉，必欲除之，独掌辅政大权。这次苏氏引退的奏疏又被他抓住把柄，特别是“如线余息，得以生全”这句话，鳌拜以圣祖的名义下旨责问：“不识有何逼迫之处？在此（指朝廷）何以不得生，守陵何以得生？”鳌拜与其党大学士班布尔善等人再次谋兴大狱，诬陷苏氏对皇上不满、不欲归政，罗织罪状共24款苏氏24条罪款，从略，详见《清圣祖实录》，卷23，8~16页。，以“大逆”论处，与其长子、内大臣查克旦处以磔刑，余子6人，孙1人、其兄弟之子2人都处斩，没收财产；其族人前锋统领白尔赫图、侍卫乌尔巴、额尔德都斩首；受牵连的二等侍卫占布桂等37人都革职，降为兵丁；王府长史尼龛亦革职为兵丁。
判决后，奏请圣祖批准。圣祖“知鳌拜等怨苏克萨哈，数与争是非，积以成仇，与其党班布尔善等，构成罪款，必欲置之极刑”，坚决不允。鳌拜利令智昏，“攘臂上前，强奏累日”。他在圣祖面前，挥舞着胳膊，不遗余力地强辩，简直是逼迫圣祖表态，如不同意，他决不肯罢休！这位刚满14岁的皇帝，终于被逼不过，全部批准了对苏氏及其亲属的判决，但圣祖坚持将苏氏的磔刑改为绞�