宗室延信为“平逆将军”率1．2万人为主力，收取西藏，是为中路。其西宁另调西安将军查布驻防，派平郡王纳尔素驻防古木地方。
以护军统领噶尔弼为“定西将军”，率川、滇两处兵马进藏，加上从杭州、江宁（南京）所调兵马，以及云南丽江土知府的士兵，共1．05万人。《清史资料》第三辑载《抚远大将军奏议》，中华书局，1982。是为南路，另调都统法喇驻防打箭炉（今四川康定），永宁协副将岳钟琪协守。《清圣祖实录》，卷287，11~12页，参见《清史资料》第四辑《岳襄勤公行略》。
北路分为两支，一路由漠北阿尔泰山出兵，集结2万，其中：“振武将军”傅尔丹统领8000人马，从布喇罕一路前进；另由“征西将军”祁里德率7000人，从布娄尔一路进兵；一路由巴尔库尔进兵。此处集结1．3万人，委派“靖逆将军”富宁安率领，他自率3000人马取乌鲁木齐，另分兵4000，令散秩大臣阿喇衲统领，攻取土鲁番。这两支大军“约会前进，袭击准噶尔边境之地，使贼人扰乱，可以相机行事。”《清圣祖实录》，卷287，18页。北路的军事目的，是进攻策妄的本土，藉以牵制其兵力，不得入藏增援，为清军收复西藏减轻后顾之忧。
在进行军事部署，即将挥师进藏之际，圣祖又采取一项重要政治措置，这就是敕封六世达赖。达赖不只在西藏，而且在广大的蒙古王公贵族及部民中都享有至高无上的威望，所谓“众蒙古俱倾心皈向达赖喇嘛”，无不信若神明。《清圣祖实录》，卷227，9页。朝廷给予敕封，为西藏与诸蒙古所承认，亦即承认清朝的权威，表明政治上的隶属关系。前因西藏第巴私立所谓达赖16年，未得朝廷确认，不能视为合法，被看作是假达赖。继之，拉藏汗与青海诸台吉各立一达赖，互攻不已，真假达赖又争了多年。圣祖不得不把两达赖分开居住。其中被青海诸台吉所立的达赖移居青海西宁。至康熙五十七年，西藏众喇嘛及蒙古都认为在西宁的达赖是真的，要求把他请回西藏坐床，广施法教。《清圣祖实录》，卷285，16页。
西藏与蒙古喇嘛、百姓的要求跟清朝的意图是一致的。所以，圣祖顺应舆情，批准给予封号、册印，送回西藏，令登达赖喇嘛宝座。康熙五十九年（1720年）二月，圣祖正式敕封居住塔尔寺的噶桑嘉措为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”，由进藏大军护送回藏，又下令蒙古49旗扎萨克及喀尔喀哲卜尊丹巴胡图克图等各遣使“会送”《清圣祖实录》，卷287，12页。。这一举措，深得西藏与蒙古的民心，不仅欢迎清军入藏，而且积极支持平叛，为清军入藏扫清了政治障碍。
康熙五十九年四月，三路大军陆续起程，展开了大规模的军事行动。最早取得战果的是南路的一支军队。还在三路军行动之前，即康熙五十八年六月，居南路的都统法喇与副将岳钟琪率部先行至打箭炉。岳钟琪先至里塘，计擒首逆达哇拉木渣等七人，就地正法处死，杀散“助逆番兵”3000余众，“其余部落，皆纳请降”。接着，兵不血刃，迅速招抚了巴塘、乍丫、察木多（四川昌都）、察哇等地。他们进至洛隆宗（西藏洛隆）三巴桥。此桥为“进藏第一险”，若桥被断，“势难飞越”。岳钟琪等以计取之，招抚朔般多等六处数万户，直抵拉哩（西藏嘉黎），噶尔弼率南路大军于此会师，于八月四日，大举进兵，十七日抵噶尔招木伦，二十二日清军强渡拉萨河，叛军纷纷投降。次日抵达拉萨，立即封闭达赖的仓库，于拉萨附近重地，扎立营寨，截准噶尔往来行人及运粮要路。俘获勾结准噶尔叛军的喇嘛400余名，降当地“助逆番兵”7000余人。还擒获各庙的准噶尔喇嘛共101人，将其中为首的5人就地斩首，其余96人尽行监禁。详见《清史资料》第4辑《岳襄勤公行略》，173页；《清圣祖实录》，卷289，14~15页。
第四部分西南初奏凯歌（6）
北路军，一支出阿尔泰，由傅尔丹率领于本年六月十六日起程，至格尔尼尔格地方，敌人已四散奔逃。傅尔丹挥师追击，于七月二十一日追上，歼敌200余，俘100余人，招降300余人。达到目的后，“整队而回”《清圣祖实录》，卷289，5页。祁里德所部进展很快，七月二十九日自铿额尔河推进，在此发生激战。敌将寨桑色布腾等战败后，率2000余人投降，获马驼牛羊万余只。《清圣祖实录》，卷288，22页。另一支由富宁安统领，于七月初一日自巴尔库尔起兵，进展顺利，于十八日收复了乌鲁木齐。《清圣祖实录》，卷289，2页。散秩大臣阿喇衲于七月初八日进兵，十日至皮禅城，收降300余人；十三日至吐鲁番，当地总管头目率众皆降。十六日凯旋。《清圣祖实录》，卷288，23~24页。这两支军队完成了既定的任务，于八月十日返回巴尔库尔。
中路军在延信将军的率领下，于四月自西宁起程，一路无阻，七月二十一日抵木鲁乌苏即青海与西藏交界处休整。八月初挥师入藏。准噶尔军试图阻止，甚至夜间劫营，都被清军击退。清军继续进兵。九月八日，自达木地方（西藏有达木牛厂即今当雄，疑达木即当其地）起程，送新封六世达赖进拉萨。这时，拉萨已被清军收复，大策凌敦多布见大势已去，只好逃跑，至康熙六十年（1721年）二月窜回伊犁，随同他生还的仅有500人。《清圣祖实录》，卷289，16~17页；20页。
策妄阿拉布坦派往西藏的军队只有6000人。因疾病、饿毙的达千余人，剩下不过4000余人。除拉萨等三个要地分驻千人或千余人的兵力，其余分驻各处，每处不过几十人。裹挟藏军不少，一则战斗力本来就弱，加之受准噶尔压榨，军心不稳，清军一到，不是溃散，就是投降。策妄以如此轻薄的兵力与近十万的清军相对抗，简直是以卵击石！清军进藏的最大困难就是路远而极其艰险，运粮饷相当艰难，更兼自然条件十分险恶，吃尽了千辛万苦，付出了重大牺牲。至于策妄的叛军并没给清军造成多大的困难，所遇战斗，规模不大，对于英勇善战的八旗军队来说，是不难攻打的。清军的胜利是必然的。策妄侵藏，陷西藏于灾难，人心已失，其失败也是必然的。
在清军收复西藏后，万余清军护送六世达赖进藏《清圣祖实录》，卷289，17页。，盛况空前，据报：达赖所经过雷东喷多等处，众喇嘛与百姓“罔不踊跃欢欣，男女老幼，襁负来迎，见我大兵，群拥环绕，鼓奏各种乐器，合掌跪云：自准噶尔贼兵，占据土伯特地方（即西藏）以来，父子离散，夫妇离别，掳掠诸物，以至冻馁，种种扰害，难以尽述，以为此生不能再见天日。今圣主遣师击败贼兵，拯救土伯特人众，我等得脱患难，仍前永享升平乐业之福。……纷纷叩陈，出于至诚。”《清圣祖实录》，卷291，4页。这些赞美，大抵反映了西藏众喇嘛与百姓的真实心情。
六世达赖恢复了应有的地位，西藏又有了自己的宗教领袖，局势迅速稳定下来。为防止再生事变，朝廷将拉藏汗所立的达赖益西嘉措发回北京。《清圣祖实录》，卷289，17页。
清军将准噶尔叛军驱逐出藏，意义十分重大而影响深远。此一行动，不仅保持了国家的统一，避免了分裂，而且纳入到中国多民族国家的版图，使之成为中国领土主权的一个不可分割的一部分。收复西藏后，圣祖及时地做出了正确的总结。他说：“前遣大兵进藏，议政大臣及九卿等，俱称：藏地遥远，路途险恶，且有瘴气，不能遽至，宜固守边疆。朕以准噶尔人等，见今占取藏地，骚扰土伯特、唐古特人民；再吐鲁番之人皆近云南、四川一带边境居住，若将吐鲁番侵取，又鼓动土伯特、唐古特人众，侵犯青海，彼时既难于应援，亦且不能取藏，朕决意独断，著靖逆将军富宁安、振武将军傅尔丹、征西将军祁里德，管领两路官兵，前往策妄阿拉布坦边境惊扰袭击。又遣定西将军噶尔弼，领云南、四川满汉官兵，由拉里前进；平逆将军延信领西路官兵（即中路），由青海前进，又遣大将军（允）总领大兵驻扎穆（木）鲁斯乌苏，调遣官兵，办理粮饷。伊等俱各奋励……”始获大功告成。《清圣祖实录》，卷289，17~18页。
圣祖不愧为时代的伟大人物。他远见卓识，超凡脱俗，英明决策，坚决地维护了国家的统一与完整。如属庸人执政，迁就诸臣的畏难和短见，放弃西藏，其结果，不惟西藏割裂出去，就连准噶尔所据有的领地——新疆、青海也无法保全。至雍正、乾隆前期，准噶尔继续为乱，就是明证。质言之，没有这次驱准保藏的胜利，也就没有后来雍乾两朝对准噶尔的最后胜利！从这个意义上说，圣祖对西藏的用兵实属开创，把西藏带入到由他开创的“盛世”时代，即西藏与国家命运一体的新阶段。
以上，仅就此次军事行动的后果而言的。战后，朝廷对西藏初步建立的直接的行政管辖制度，一改历代的传统做法，也具有开创的意义。首先，派驻军队。据抚远大将军允的提请，在拉萨留驻扎萨克蒙古兵500人、额驸阿宝所部500人、察哈尔兵500人、云南兵300人、四川兵1200人，共3000人。后调整，总数为3500人，委任策旺诺尔布总统管辖。其次，向忠诚于清朝的当地重要人物授予职衔，他们是：罕布地方的第巴阿尔布巴、阿里地方的第巴康济鼐授为贝子，授第巴隆布奈为辅国公。《清圣祖实录》，卷291，11~12页。把西藏上层人物纳入到朝廷命官的序列，加速了西藏与中央的一体化进程。在此之前，西藏由第巴掌管全藏政务，易形成专权擅政的局面。而今，朝廷采取分权分治而一统于中央的做法：命贝子康济鼐掌前藏地区，颇罗鼐以抗击准噶尔的军功，封为扎萨克一等台吉，命掌后藏地区。《圣武记》，卷5，《国朝抚绥西藏记上》，参见《康雍乾经营与开发北疆》。初步改善了西藏地方政府的建置体制，直接置于中央的严格控制之下。这一体制，在雍乾两朝得到了进一步加强，进而完善。而圣祖首开创制之功，功在中国大一统和中华民族的凝聚。
康熙朝驱准保藏，是为“盛世”高奏的一曲凯歌，换言之，它把“盛世”的光辉辐射到中国遥远的西南边陲，再次表明圣祖开创的“盛世”所达到的时代高度和广度，实为“古未有也”《清圣祖实录》，卷290，16页。。
准噶尔的问题，在康熙朝两度掀起了巨大波澜，皆得以平息，但只是暂告一段。圣祖在他的有生之年，完成了他应负有的历史使命，无愧于时代与历史的委托，其未竟之业，对准噶尔问题的最后解决，则留给了他的后继者——雍正和乾隆来完成。他们续写的历史新篇章，将在后面给予评述。
第五部分雍正承前启后（1）
康熙六十一年（1722年）十一月十三日，圣祖在他的寝宫，安然地闭上了双眼，溘然长逝。享年69岁。
他留下一份长篇“遗诏”，历数他一生的业绩和追求，这就是：“欲致海宇升平，人民乐业，孜孜汲汲，小心敬慎，夙夜不遑，未尝少懈。”他“数十年来，殚心竭力，有如一日，此岂仅‘劳苦’二字所能该（概）括耶！”这几段自评的话，可以说，是他一生的真实写照。他计算自黄帝甲子，迄至他之终，共4350余年，历301帝，如他“在位之久者甚少”。《尚书·洪范》所载人有“五福”，即寿、富、康宁、攸好德、考终命，他皆占全，论寿已到天年始终，而“富有四海，子孙百五十余人，天下安乐，朕之福亦云厚矣。即或有不虞，心亦泰然。”因此，“今虽以寿终，朕亦愉悦。”《清圣祖实录》，卷300，7~11页。
在我们看来，圣祖在半个多世纪里以其毕生的精力，把一个纷乱而残破的中国引向大治，真正开创了一个空前统一、政治稳定、经济繁荣的新时代。他创造了封建社会发展的一个奇迹。他把封建政治及其治国之道发挥到了极致；作为帝王，他的品德修养达到高度境界，他的学问博大精深，学贯古今，兼及西方，超越前人，而集历代明君之大成，堪为帝王之典范。圣祖的“遗诏”，不事夸矜地看待自己的一生，死而无憾，身后亦无可疑虑之事，却是愉快地告别人生，回到“天国”去了。
按照他的遗嘱，“雍亲王皇四子胤禛，人品贵重，深肖朕躬，必能克承大统。著继朕登基，即皇帝位。”《清圣祖实录》，卷300，11页。
这位新皇帝，就是清世宗，因其年号又习称雍正皇帝。