同堂异室之制，为正殿五室：中一室三皇，东一室五帝，西一室夏禹、商汤、周文王，又东一室周武王、汉光武、唐太宗，又西一室汉高祖、唐太祖、宋太祖、元世祖。每岁春秋仲月上旬甲日致祭。已而以周文王终守臣服，唐高祖由太宗得天下，遂寝其祀，增祀隋高祖。七年，令帝王庙皆塑衮冕坐像，惟伏羲、神农未有衣裳之制，不必加冕服。八月，帝躬祀于新庙。已而罢隋高祖之祀。
二十一年，令每岁郊祀，附祭历代帝王于大祀殿。仍以岁八月中旬，择日遣官祭于本庙，其春祭停之。又定每三年遣祭各陵之岁，则停庙祭。是年，诏以历代名臣从祀，礼官李原名奏拟三十六人以进。帝以宋赵普负太祖不忠，不可从祀。元臣四杰，木华黎为首，不可祀孙而去其祖，可祀木华黎而罢安童。既祀伯颜，则阿术不必祀。汉陈平、冯异，宋潘美，皆善始终，可祀。于是定风后、力牧、皋陶、夔、龙、伯夷、伯益、伊尹、傅说、周公旦、召公姡А⑻⒄倩ⅰ⒎绞濉⒄帕肌⑾艉巍⒉懿巍⒊缕健⒅懿⒌擞怼⒎胍臁⒅罡鹆痢⒎啃洹⒍湃缁蕖⒗罹浮⒐右恰⒗铌伞⒉鼙颉⑴嗣馈⒑乐摇⒃婪伞⒄趴！⒛净琛⒉┒觥⒉┒酢⒊嗬衔隆⒉眨踩呷耍屿胗诙麾校乘摹３酰形涑赏趺怼３⑶补僦录廊缡偷煲恰Ｖ潦牵彰砑溃ネ鹾拧�
永乐迁都，帝王庙遣南京太常寺官行礼。嘉靖九年，罢历代帝王南郊从祀。令建历代帝王庙于都城西，岁以仲春秋致祭。后并罢南京庙祭。十年春二月，庙未成，躬祭历代帝王于文华殿，凡五坛，丹陛东西名臣四坛。礼部尚书李时言：「旧仪有赐福胙之文。赐者自上而下之义，惟郊庙社稷宜用。历代帝王，止宜云答。」诏可。十一年夏，庙成，名曰景德崇圣之殿。殿五室，东西两庑，殿后祭器库，前为景德门。门外神库、神厨、宰牲亭、钟楼。街东西二坊，曰景德街。用八月壬辰亲祭。帝由中门入，迎神、受福胙、送神各两拜。嗣后岁遣大臣一员行礼，四员分献。凡子、午、卯、酉祭于陵寝之岁，则停秋祭。二十四年，以礼科陈棐言，罢元世祖陵庙之祀，及从祀木华黎等，复迁唐太宗与宋太祖同室。凡十五帝，从祀名臣三十二人。
○三皇
明初仍元制，以三月三日、九月九日通祀三皇。洪武元年，令以太牢祀。二年，命以句芒、祝融、风后、力牧左右配，俞跗、桐君、僦贷季、少师、雷公、鬼臾区、伯高、岐伯、少俞、高阳十大名医从祀。仪同释奠。四年，帝以天下郡邑通祀三皇为渎。礼臣议：「唐玄宗尝立三皇五帝庙于京师。至元成宗时，乃立三皇庙于府州县。春秋通祀，而以医药主之，甚非礼也。」帝曰：「三皇继天立极，开万世教化之原，汨于药师可乎？」命天下郡县毋得亵祀。
正德十一年，立伏羲氏庙于秦州。秦州，古成纪地，从巡按御史冯时雄奏也。嘉靖间，建三皇庙于太医院北，名景惠殿。中奉三皇及四配。其从祀，东庑则僦贷季、岐伯、伯高、鬼臾区、俞跗、少俞、少师、桐君、雷公、马师皇、伊尹、扁鹊、淳于意、张机十四人，西庑则华陀、王叔和、皇甫谧、葛洪、巢元方、孙思邈、韦慈藏、王冰、钱乙、硃肱、李杲、利完素、张元素、硃彦修十四人。岁仲春、秋上甲日，礼部堂上官行礼，太医院堂上官二员分献，用少牢。复建圣济殿于内，祀先医，以太医官主之。二十一年，帝以规制湫隘，命拓其庙。
○圣师
圣师之祭，始于世宗。奉皇师伏羲氏、神农氏、轩辕氏、帝师陶唐氏，有虞氏，王师夏禹王、商汤王、周文王武王，九圣南向。左先圣周公，右先师孔子，东西向。每岁春秋开讲前一日，皇帝服皮弁，拜跪，行释奠礼。用羹酒果脯帛祭于文华殿东室。
初，东室有释像，帝以其不经，撤之，乃祀先圣先师。自为祭文，行奉安神位礼。辅臣礼卿及讲官俟行礼讫，入拜。先是洪武初，司业宋濂建议欲如建安熊氏之说，以伏羲为道统之宗，神农、黄帝、尧、舜、禹、汤、文、武，以次列焉。秩祀天子之学，则道统益尊。太祖不从。至是，世宗仿其意行之。十六年，移祀于永明殿后，行礼如初。其后常遣官代祭。隆庆初，仍于文华殿东室行礼。
○至圣先师子孔庙祀
汉晋及隋或称先师，或称先圣、宣尼、宣父。唐谥文宣王，宋加至圣号，元复加号大成。明太祖入江淮府，首谒孔子庙。洪武元年二月，诏以太牢祀孔子于国学，仍遣使诣曲阜致祭。临行谕曰：「仲尼之道，广大悠久，与天地并。有天下者莫不虔修祀事。朕为天下主，期大明教化，以行先圣之道。今既释奠成均，仍遣尔修祀事于阙里，尔其敬之。」又定制，每岁仲春、秋上丁，皇帝降香，遣官祀于国学。以丞相初献，翰林学士亚献，国子祭酒终献。先期，皇帝斋戒。献官、陪祀、执事官皆散斋二日，致斋一日。前祀一日，皇帝服皮弁服，御奉天殿降香。至日，献官行礼。三年，诏革诸神封号，惟孔子封爵仍旧。且命曲阜庙庭，岁官给牲币，俾衍圣公供祀事。四年，礼部奏定仪物。改初制笾豆之八为十，笾用竹。其簠簋登铏及豆初用木者，悉易以瓷。牲易以熟。乐生六十人，舞生四十八人，引舞二人，凡一百一十人。礼部请选京民之秀者充乐舞生，太祖曰：「乐舞乃学者事，况释奠所以崇师，宜择国子生及公卿子弟在学者，豫教肄之。」五年，罢孟子配享。逾年，帝曰：「孟子辨异端，辟邪说，发明孔子之道，配享如故。」七年二月，上丁日食，改用仲丁。
十五年，新建太学成。庙在学东，中大成殿，左右两庑，前大成门，门左右列戟二十四。门外东为牺牲厨，西为祭器库，又前为灵星门。自经始以来，驾数临视。至是落成，遣官致祭。帝既亲诣释奠，又诏天下通祀孔子，并颁释奠仪注。凡府州县学，笾豆以八，器物牲牢，皆杀于国学。三献礼同，十哲两庑一献。其祭，各以正官行之，有布政司则以布政司官，分献则以本学儒职及老成儒士充之。每岁春、秋仲月上丁日行事。初，国学主祭遣祭酒，后遣翰林院官，然祭酒初到官，必遣一祭。十七年，敕每月朔望，祭酒以下行释菜礼，郡县长以下诣学行香。二十六年，颁大成乐于天下。二十八年，以行人司副杨砥言，罢汉扬雄从祀，益以董仲舒。三十年，以国学孔子庙隘，命工部改作，其制皆帝所规画。大成殿门各六楹，灵星门三，东西庑七十六楹，神厨库皆八楹，宰牲所六楹。永乐初，建庙于太学之东。
宣德三年，以万县训导李译言，命礼部考正从祀先贤名位，颁示天下。十年，慈利教谕蒋明请祀元儒吴澄。大学士杨士奇等言当从祀，从之。正统二年，以宋儒胡安国、蔡沈、真德秀从祀。三年，禁天下祀孔子于释、老宫。孔、颜、孟三氏子孙教授裴侃言：「天下文庙惟论传道，以列位次。阙里家庙，宜正父子，以叙彝伦。颜子、曾子、子思，子也，配享殿廷。无繇、子昽、伯鱼，父也，从祀廊庑。非惟名分不正，抑恐神不自安。况叔梁纥元已追封启圣王，创殿于大成殿西崇祀，而颜、孟之父俱封公，惟伯鱼、子昽仍侯，乞追封公爵，偕颜、孟父俱配启圣王殿。」帝命礼部行之，仍议加伯鱼、子昽封号。成化二年，追封董仲舒广川伯，胡安国建宁伯，蔡沈崇安伯，真德秀浦城伯。十二年，从祭酒周洪谟言，增乐舞为八佾，笾豆各十二。弘治八年，追封杨时将乐伯。从祀，位司马光之次。九年，增乐舞为七十二人，如天子之制。十二年，阙里孔庙毁，敕有司重建。十七年，庙成，遣大学士李东阳祭告，并立御制碑文。正德十六年，诏有司改建孔氏家庙之在衢州者，官给钱，董其役。令博士孔承义奉祀。
嘉靖九年，大学士张璁言：「先师祀典，有当更正者。叔梁纥乃孔子之父，颜路、曾昽、孔鲤乃颜、曾、子思之父，三子配享庙庭，纥及诸父从祀两庑，原圣贤之心岂安？请于大成殿后，别立室祀叔梁纥，而以颜路、曾昽、孔鲤配之。」帝以为然。因言：「圣人尊天与尊亲同。今笾豆十二，牲用犊，全用祀天仪，亦非正礼。其谥号、章服悉宜改正。」璁缘帝意，言：「孔子宜称先圣先师，不称王。祀宇宜称庙，不称殿。祀宜用木主，其塑像宜毁。笾豆用十，乐用六佾。配位公侯伯之号宜削，止称先贤先儒。其从祀申党、公伯寮、秦冉等十二人宜罢，林放、蘧瑗等六人宜各祀于其乡，后苍、王通、欧阳修、胡瑗、蔡元定宜从祀。」
帝命礼部会翰林诸臣议。编修徐阶疏陈易号毁像之不可。帝怒，谪阶官，乃御制《正孔子祀典说》，大略谓孔子以鲁僭王为非，宁肯自僭天子之礼？复为《正孔子祀典申记》，俱付史馆。璁因作《正孔子庙祀典或问》奏之。帝以为议论详正，并令礼部集议。于是御史黎贯等言：「圣祖初正祀典，天下岳渎诸神皆去其号，惟先师孔子如故，良有深意。陛下疑孔子之祀上拟祀天之礼。夫子以不可及也，犹天之不可阶而升，虽拟诸天，亦不为过。自唐尊孔子为文宣王，已用天子礼乐。宋真宗尝欲封孔子为帝，或谓周止称王，不当加帝号。而罗从彦之论，则谓加帝号亦可。至周敦颐则以为万世无穷王祀孔子，邵雍则以为仲尼以万世为王。其辨孔子不当称王者，止吴澄一人而已。伏望博考群言，务求至当。」时贯疏中言：「莫尊于天地，亦莫尊于父师。陛下敬天尊亲，不应独疑孔子王号为僭。」帝因大怒，疑贯借此以斥其追尊皇考之非，诋为奸恶，下法司会讯，褫其职。给事中王汝梅等亦极言不宜去王号，帝皆斥为谬论。
于是礼部会诸臣议：「人以圣人为至，圣人以孔子为至。宋真宗称孔子为至，宋真宗称孔子为至圣，其意已备。今宜于孔子神位题至圣先师孔子，去其王号及大成、文宣之称。改大成殿为先师庙，大成门为庙门。其四配称复圣颜子、宗圣曾子、述圣子思子、亚圣孟子。十哲以下凡及门弟子，皆称先贤某子。左丘明以下，皆称先儒某子，不复称公侯伯。遵圣祖首定南京国子监规制，制木为神主。仍拟大小尺寸，著为定式。其塑像即令屏撤。春秋祭祀，遵国初旧制，十笾十豆。天下各学，八笾八豆。乐舞止六佾。凡学别立一祠，中叔梁纥，题启圣化孔氏神位，以颜无繇、曾点、孔鲤、孟孙氏配，俱称先贤某氏，至从祀之贤，不可不考其得失。申党即申枨，厘去其一。公伯寮、秦冉、颜何、荀况、戴圣、刘向、贾逵、马融、何休、王肃、王弼、杜预、吴澄罢祀。林放、蘧瑗、卢植、郑众、郑玄、服虔、范宁各祀于其乡。后苍、王通、欧阳修、胡瑗宜增入。」命悉如议行。又以行人薛侃议，进陆九渊从祀。
初，洪武时，司业宋濂请去像设主，礼仪乐章多所更定，太祖不允。成、弘间，少詹程敏政尝谓马融等八人当斥。给事中张九功推言之，并请罢荀况、公伯寮、蘧瑗等，而进后苍、王通、胡瑗。为礼官周洪谟所却而止。至是以璁力主，众不敢违。毁像盖用濂说，先贤去留，略如九功言。其进欧阳修，则以濮议故也。
明年，国子监建启圣公祠成。从尚书李时言，春秋祭祀，与文庙同日。笾豆牲帛视四配，东西配位视十哲，从祀先儒程晌、硃松、蔡元定视两庑。辅臣代祭文庙，则祭酒祭启圣祠。南京祭酒于文庙，司业于启圣祠。遂定制，殿中先师南向，四配东西向。稍后十哲：闵子损、冉子雍、端木子赐、仲子由、卜子商、冉子耕、宰子予、冉子求、言子偃、颛孙子师皆东西向。两庑从祀：先贤澹台灭明、宓不齐、原宪、公冶长、南宫适、高柴、漆雕开、樊须、司马耕、公西赤、有若、琴张、申枨、陈亢、巫马施、梁鳣、公昽哀、商瞿、冉孺、颜辛、伯虔、曹恤、冉季、公孙龙、漆雕哆、秦商、漆雕徒父、颜高、商泽、壤驷赤、任不齐、石作蜀、公良孺、公夏首、公肩定、后处、鄡单、奚容ＡＭ、罕父黑、颜祖、荣旂、秦祖、左人郢、句井疆、郑国、公祖句兹、原亢、县成、廉洁、燕亻及、叔仲会、颜之仆、邽巽、乐欬、公西舆如、狄黑、孔忠、公西ＡＭ、步叔乘、施之常、秦非、颜哙，先儒左丘明、公羊高、谷梁赤、伏胜、高堂生、孔安国、毛苌、董仲舒、后苍、杜子春、王通、韩愈、胡瑗、周敦颐、程颢、欧阳修、邵雍、张载、司马光、程颐、杨时、胡安国、硃熹、张栻、陆九渊、吕祖谦、蔡沈、真德秀、许衡凡九十一人。
隆庆五年，以薛瑄