到了「文革」中期，轰轰烈烈的对走资本主义道路当权派的革命大批判运动，已经告一段落，接下来就开始了「清理阶级队伍」。於是，朱熔基被列入首批「资产阶级的残渣余孽」，於一九七零年中被下放到农村地区在国家计委的「五七」干校再次劳动改造，而且一斡就是五年。在这五年里，他喂过猪，放过羊；负责过厕所清粪，也当过伙夫。另外，还学会了插秧、割麦、田间管理等各种农活。
回忆往事，朱熔基感慨良多，但并不显得十分懊丧，他说，在那段时间里，他接触了许多人，懂得了许多原来不懂的事情和道理。深深地了解了广大群众的疾苦。
二十四年还是副科长级
到了一九七五年，整个中国大陆虽然政治高压一直末减，但已瘫痪了好多年的机关、学校等还是开始了一定的程度恢复。於是，当年从北京城里下放到「五七」干校劳动的党和国家机关干部也都陆续回到了他们原来的工作岗位。
朱熔基在计委已经难以找到自己的位置，却在几经周折回到北京後，赶上中共刚刚把在五年前并入燃料化学工业部的石油工业部从新分出，正好需要技术干部。於是 他被发落到石油工业部管理局下属的电力通讯工程公司。
复健後的石油化学工业部部长为康世恩。康世恩是朱熔基清华大学前辈校友，三十年代曾与中共十三届中央政治局常委宋平共同组织和参加北平的「一二。九」学生运动。不过当时朱熔基与康世恩的地位相距太远，曾世恩也不会想到要重用他这个校友。
到电力通讯工程公司以後，朱熔基开始一段时间，仅仅被安排从事收发的文书工作，倒顶了个办公室副主任的头衔（副科级）。
此时的朱熔基，回想起他大学毕业参加工作的第一天，就被任命为计划处生产计划室的副主任，如今二十四年过去了，才又被重新任命为副科级干部，不禁唏嘘长叹了一番「时运不济」。
感慨之余，朱熔基仍不改其自强好胜的秉性，坚决不愿将自己的志向，埋没在有用没用的文件堆里。经过一番上下疏通和「到艰苦的基层工作岗位上改造思想」的表白，工程公司的负责人，终於同意让朱熔基调出行政办公室，到基层从事技术工作。
从「文革」结束到一九七八年的一段时间里，朱熔基以副主任工程师的名义，带领一群青年学徒工钻山沟，涉大河，哪里有石油工地，就到哪里去架设输电线路，安装变电设备。从设计图纸到指挥施工，从拉高压线到埋电线杆，朱熔基工作上「文武」双全，又从来不表现知识分子的架子，所以颇得所在工段上下一致的好评。
当时，朱熔基还属於有严重「政治历史污点」，明确规定只能「内控」使用的人物，所以石油部的下属单位能够给他一个副主任工程师的技术职称，已经是非常难得的举措了。
使後来的朱熔基感到受益无穷的是，虽说是从党和国家领导人的秘书位置上，一夜间滑落到人世间的最底层。但是他坚信这长达二十年之久的人生厄运，不过是「虎落平阳」，始终坚信总有出头之日。所以，无论是被「控制使用」阶段还是在下放劳改期间，他一直坚持在业务知识、理论素养方面充实自己，特别是没有中断他所偏好的宏观经济方面的理论学习和研究。
一九七八年才被恢复党籍
一九七八年初，刚刚从中国科学院分出，另起炕灶成立的中国杜会科学院，为适应「以经济建设为中心」的新形势，急於成立一批新的研究所，当时担任杜会科学院副院长的中共著名经济学家马洪，立即主持建立了一个中国杜会科学院工业经济研究所，自己亲任所长并广为招兵买马。
不久，马洪即将朱熔基收编。任命他为研究室主任，此职务是县、团级，即国家机关的处级，而朱熔基在被打「右派」之前的最高职务是副处级。
在此同时，工业经济研究所又从全国各地招进了第一批研究生，如今他们大都在各个重要部门声势显赫。而他们中间最为外界所知的，则是朱嘉明和陈云的长子陈元现在朱熔基亲自兼任行长的中国人民银行担任第二副行长。
在朱熔基进入社科院工经所的前後，中共中央於一九七八年四月四日，转发了中共中央统战部、公安部《关於全部摘掉右派分子帽子的请示报告》。文件中说，全部摘掉右派分子的帽子条件已经成熟。
同年九月，中共又决定对被划为「右派分子」者全部进行复查，把「错划」为右派的改正过来。因为当时出任中国杜会科学院第一任院长的胡乔木，对右派平反问题持比较积极的态度，这才使马洪较快地从朱熔基的档案材料里，去掉了所谓「政治历史污点」。按著，又经胡乔木的同意，马洪在工经所主持给朱熔基恢复了中共党籍。
当然，在给朱熔基「平反」的决定中，已经写明他当年是因为「反右斗争扩大化」而被「错划成右派分子」，所以恢复党籍後，其党龄也还是从一九四九年入党的那年算起。
正式为朱熔基平反的那一天，中国社会科学院组织部门的一位负责人，郑重其事地向朱熔基展示从他档案里抽出来的「右派分子」材料和开除党籍的处分决定，然後付之一炬。
组织部门负责人对朱熔基说：从现在开始，党还了你的清白之身，你的档案材料里已经不再有任何「历史污点」，你应该感谢党中央政策的英明伟大。
朱熔基一言不发地看著那一张张记载著他的「反党罪行」的字纸，在火中迅速化为灰烬，感慨万千。就是这几张字纸，竟像一座大山一样压了他整整二十年。
二十年来，他忍辱负重，甚至当牛作马；二十年来，他从不敢多说一句话，更不敢说错半句话。如今，上面一句话，下面一把火，就算是还了自己的「清白之身」。可是，这二十年的青春该向谁去讨？
想到这里，朱熔基突然悟出了一个道理，那就是如果要向共产党讨债，必然会碰得头破血流，甚至家破人亡。但是，如果有朝一日自己能够亲自驾驭这个党呢？
马洪封朱熔基恩重如山
朱熔基同马洪的关系，可以一直追溯到中共建政之初。马洪长朱熔基八岁，参加中共革命的时间却要比朱熔基早十一年。他一九三六年就在山西参加了中共外围抗日组织牺盟会，三七年正式加入中共，三八年赴中共根据地延安入马列学院学习，是中共自己培养出的理论工作者。
中共建政之初，马洪奉调中共中央东北局，先是担任东北局政策研究室主任，不久即升任中共东北局委员和东北局副秘书长，同时还担任过政治研究室主任等职务。所以，在东北工作期间，朱熔基即是马洪的下级。
高岗和李富春先後进京主持国家计委的组建工作後，马洪与朱熔基同时以支援中央干部的名义进京，马氏任国家计委委员、秘书长等职务，朱氏则任主任办公室副处长等职务。主任办公室本来就是在秘书长直接领导下工作的，所以这一段时间里，朱氏成了马氏的直接下级，二人工作接触更多，私人关系也日益深远。
「高岗事件」後，马洪被打成高岗的「五虎上将」之一，并被毛泽东点名，自此则长期不被重用。待朱熔基成右派分子後，两人自然也就惺惺惜惺惺，用一句「同是天涯沦落人」自嘲或共勉。
马洪在「文革」结束後首先提携朱熔基，其中自然有「同命相怜」的一面，但是否也有原来与高岗关系的原因在其中，就不得而知。
後来，马洪因为自己的元老资格，职回升得一度比朱熔基要快，曾先後担任过中国杜会科学院副院长、院长，国家机械委员会副主任和国务院副秘书长职务。但後来则因为年龄偏大等原因，终於在正部级的领导职务上原地踏步数年，再没有机会继续升迁了。
待朱进入中共权力核心层时，马已经是七十多岁高龄。他现在的主要职务是国务院经济技术社会发展研究中心总干事，被朱熔基尊为经济体制改革的元老级顾问，其门下网罗了大批经济理论界的智囊人物。像被称为「吴市场」的大陆著名「市场派」经济理论专家吴敬涟等，都在他手下任职。另外，当年赵紫阳智囊班子中一批「六四」以後没有受到太重处分者，有一部分也归入了马洪门下。
党内黑手
朱熔基九一年从上海调进中央出任副总理後，当时香港《潮流》杂志上曾载有言忍宽先生的文章，介绍朱熔基一九七八年，曾到北京中国人民大学工业经济系高级研究班进修，但中共所公布的朱熔基简历中并没有提到这一笔。
经向朱嘉明先生证实，朱熔基确实是在七八年即已经被马洪收编进工业经济研究所。而言忍宽文中所说的朱熔基是在七九年才进入工经所是不准确的，事实上朱熔基七九年已经到了国家经委。
在工经所的一段时间里，朱熔基似无太多著作，被外界所知的，仅仅是一篇对当时由华国锋主政的中共高层盲目制定的过高而不切实际的经济计划指标，表示异议的文章。同时，他还提出建议，希望中央政府要尽快 立一套严格的制度，对贪污、受贿行为严厉惩处。
有意思的是，朱熔基在担任中国科学院工业经济研究室主任期间，大陆青年经济学家、曾是赵紫阳智囊班子重要成员朱嘉明，一度为朱熔基的助手、秘书。
朱嘉明其人一直是赵紫阳主政时期，被中共高层十分看重的青年经济学家，後来，因为中共政权八九年的「六四」镇压持坚决反对态度，与陈一谘等人起草「三所一会」《关於时局的六点声明》，在大学生绝食的天安门广场公开广播宣传。声明中要求中共「公开高层领导的决策内幕和分歧」，要求「召开全国人民代表大会特别会议」，「召开中国共产党的特别代表大会」。
这个「三所一会」是指经济体制改革研究所（所长陈一谘）、国务院农研中心发展研究所（所长陈锡文）、中国中信公司国际问题研究所（副所长朱嘉明）、北京青年经济学会（负责人王军涛和陈子明）。自此，「三所一会」成为所谓的「动乱黑手」，而其中的「三所」因为均有中共高层之背景，故被中共政权中的主杀派李鹏等人指认为「党内黑手」，而这个「党内黑手」的最大後台自然是指赵紫阳。
但是，无论是「党内黑手」还是党外「黑手」当时都已经无法左右形势，就在天安门开枪屠杀的前夜，朱嘉明愤而辞官出国，从此彻底站到了中共现政权的对立面。从一九九零年开始，朱嘉明成为被中共视为「反动组织」的「民阵」理事长。大陆在海外的民运组织「民阵」和「民联」合并组成中国民主联合阵线後，朱嘉明再次当选理事长。
更有意思的是，朱熔基刚刚进入工业经济研究所的时候，党籍还没有恢复，而在工经所恢复朱熔基的党支部会上，朱嘉明非常严肃地投下了同意的一票。同朱嘉明一起投票同意恢复朱熔基党籍的，另一重要人物是陈云长子陈元。
从此以後，虽然朱嘉明和朱熔基先後从工经所调出，但直到朱熔基去上海工作之前的很长一段时间里，他们之间关系一直相当亲密。
从国家经委开始步入中共高层
当时，朱熔基和朱嘉明都擅长宏观经济方面的理论。同时，两人都自恃才高，也都有强烈的政治抱负。在去上海工作之前，朱熔基最为看好的两个青年经济学家是朱嘉明和娄继伟。接到赴上海工作的正式通知後，朱嘉明感觉自己在经济改革问题上，与朱熔基有观点相左之处，故没有随朱熔基赴上海工作，而当时名气还不如朱嘉明的娄继伟则随朱熔基而去。
娄继伟到上海不久，即被任命为上海市体改委副主任。朱熔基回京高就後，娄继伟仍然是鞍前马後，先是任国务院体政委宏观司司长，不久即升职为朱熔基亲自主持的国务院证券管理委员会副主任，官至副部级。
一九七八年三月，华国锋在中共五届全国人大上继任国务院总理，宣布正式恢复国家经委，原石油化学工业部部长康世思，调任国务院副总理兼国家经委主任。次年，康世恩即调朱熔基进国家经委当燃勤局处长。一年多後，朱熔基升任综合局副局长。不久，即又取得高级工程师职称。
按照大陆的职称序列，高级工程师相当于大学里的教授或副教授，研究机构里的研究员或副研究员。
国家经委与国家计委，是中共经济决策体系中的两大支柱，前者负责经济工作的执行面，後者负责宏观经济的政策面。中共仿效苏联体制，於一九五二年底为规划《国民经济发展五年计化》，成立国家计委。两年後又成�