将其“请”到北京就职。
到北京后，袁世凯迎接他的礼节不下于招待孙中山，但欢宴过后，给他安排的下榻处竟是慈禧太后当年囚禁光绪的中南海瀛台！黎元洪叹息一声，知道自己大势已去，成了袁世凯手里的光绪。
自知失势的黎元洪只能夹起尾巴，当着这个名为全国第二号人物、实则啥用不管的副总统。袁世凯见他老实，也乐意和他搞好关系，在称帝期间，为得到他的支持，还叫一个儿子娶了黎元洪的女儿，二人结成亲家。
北洋系一贯不把黎元洪放在眼里，特别是段祺瑞。段祺瑞极具个性，他精悍能干，叱咤军界，是北洋第一大将；又工诗善画，酷爱围棋，文化程度远高其他老粗军官；而且段祺瑞毕生清廉，两袖清风，视钱财如粪土，还以一句“你哪是当官的料，我还是给你些钱去做个小生意吧”打发走了前来求官的农村弟弟。自负有才又有德，段祺瑞对人从来不巴结逢迎，只以实力说话，因此是有名的刚愎自用、争强好胜，有“北洋之虎”之称。
对这个黎元洪，段祺瑞是一百个瞧不起。早在前清时，段祺瑞最后当到湖广总督，而你黎元洪最大不过一个旅长。辛亥革命推翻清廷，人说黎元洪有“首义之功”，而段祺瑞认为清廷是袁世凯和他搞掉的，他在前线联合北洋将领发出的威胁电文才直接造成了清帝乖乖退位；至于你黎元洪，谁不知道你是被起义士兵强逼成湖北都督的？
段祺瑞眼里的黎元洪，就是一个无能平庸之辈，只会靠“仁厚”、“和蔼”来赢得别人好感，因此对自己要屈居这个人之下，感到十分不平；在黎元洪任大总统后，他这个国务总理根本就视黎大总统如无物。
对袁世凯，黎元洪自认不如；但对段祺瑞，黎元洪却很看得起自己。他参加过甲午海战，失败后投水，准备以死殉国，被人救起；在历任军官职位上，他宽厚仁蔼，爱护部下，一直深受士兵拥戴；武昌起义后固然是被逼为都督，但在那个险恶形势下，他出任都督担了多大风险？又为稳定人心、壮大革命声威起了多大作用？那时如果没有他出头在湖北统率一切，哪有后来那么好的革命形势？孙中山当选大总统，得了十七票里的十六票，而他黎元洪当选副总统，却是全票！而且，西南护国起义者提出的六项和谈条件，其中一条就是要他黎元洪担任大总统，这就是人心评价！尤其让黎元洪欣慰的是，他投身共和以后，对维护民国国体做到了坚贞不二。袁世凯图谋称帝，他这个袁世凯的亲家公开反对，受到拥袁者的多次当面谩骂；袁世凯接受帝制两天后，发布的第一道敕令就是册封黎元洪为“武义亲王”，有人劝他明哲保身接受王位，黎元洪说：“我意已定，宁死不受。”袁世凯又派裁缝来量做亲王制服，被他逐出；袁世凯以为黎元洪最终会接受，于是再次颁布敕令，并命“九门提督”江朝宗来宣封，黎元洪这次干脆见也不见江朝宗，江朝宗只好耍赖，长跪高呼：“请王爷受封！”黎元洪大怒，从房间疾步奔出，指着江朝宗的鼻子大骂：“江朝宗，你怎么这么不要脸，快快给我滚出去！”
由于黎元洪众所周知的反对帝制的鲜明态度，蔡锷逃出北京前特地秘密拜访黎元洪，并请黎元洪静侯佳音。当蔡锷在昆明打响了反对袁皇帝第一枪后，黎元洪击节赞道：“松坡（蔡锷的字）不愧英雄本色！”
现在轮到自己担任大总统，黎元洪一点也不买北洋将领“拥戴”的帐，他在就职仪式上非常明白地说，他是根据民元约法（即《中华民国临时约法》）继任总统的；也就是说，对袁世凯的什么《约法》，什么“金匮石屋”，什么北洋系的“拥戴”，统统不领情。
然而黎元洪自知段祺瑞等重兵在握，他迫切需要增强自己的筹码，因此一上任就要求重开国会；而段祺瑞说国会一开，政府行权就受到很多牵制，意在拖延。是否重开国会，是总统府和国务院的第一次争执。
在南方各省的坚决要求下，段祺瑞无奈让步。1916年6月29日，黎元洪下令重开国会；接着，国会召开，选举冯国璋为副总统。
国会重建增大了黎元洪的力量。段祺瑞对此自然十分不爽，对黎元洪摆出在他之上的大总统架势，段祺瑞非常恼火，说：“我是要他来签字盖章的，不是请他来压在我头上的！”黎元洪当然也不敢过火，只说：“总统是婆婆，不是媳妇；婆婆可以少管事，但不耐媳妇命令一切。”
“府院之争”一步步升级。段祺瑞准备安排他的亲信门生徐树铮为国务院秘书长，徐树铮为人也是跋扈独尊，极像他的老师段祺瑞。黎元洪对这一任命一口否定，说：“告诉总理，一万件事我都可以答应，惟这件事不行！”他坚决拒绝为这一任命文件盖章。后在徐世昌的调和下，黎元洪终于同意盖章；段祺瑞也答应了黎元洪一个要求：凡重大事项，要报总统。
段祺瑞瞧不起黎元洪，从不以“下级”、也就是总理身份去总统府，现在徐树铮任国务院秘书长，就把所有往来事务都交给了徐树铮办。徐树铮有时拿文件给黎元洪用印，黎元洪就文件事项问几句，徐树铮就不耐烦地说：“叫你盖章，你盖就是，问那么多干什么？我忙得很，哪有那么多时间！”气得黎元洪半死。
接下来，徐树铮和内务总长、国民党人孙洪伊大干一场。在国务会议上，孙洪伊指责徐树铮的手伸得太长，什么都管；徐树铮却说难道你孙总长做的事别人就不能问吗？孙洪伊按捺不住，挖苦道：“阁下的大才，我很佩服，只可惜总理没有提拔你当国务员，这是国务会议，阁下只有当上国务员才有资格发言呢！”
两人各找后台老板泄愤。段祺瑞说：“孙总长也太不象话了。”黎元洪则说：“徐秘书长未免欺人太甚。”
10月18日，徐树铮拿着将孙洪伊免职的文件去见黎元洪，要求黎元洪盖章。黎元洪吃惊不小，予以一口拒绝；徐树铮连去四次，黎元洪连拒绝四次。最后一次，徐树铮粗鲁地说：“总统不盖印，就只能不准伯兰（孙洪伊的字）出席国务会议啦！”黎元洪忍不住大怒：“你说的这是什么话？”徐树铮傲慢地说：“这是总理说的话！”
10月24日，段祺瑞拿着将孙洪伊免职的文件亲自去见黎元洪，要求盖印，黎元洪仍然拒绝。段祺瑞不再客气，发起虎威，气势汹汹地说：“如果总统不同意把孙洪伊免职，就把我免职吧！”黎元洪抵挡不住，只好提出让孙辞职，而不是免职。而孙洪伊脾气又刚烈得很，声称除非被总统撤职，他绝不辞职。
事情越闹越大，徐树铮就略退一步，提出孙洪伊辞职，“以维护总理威信”，然后戴职出洋考察，或者安排别的职位，比如外放省长。不料孙洪伊声明：“什么官我都不要，只要维持我的人格，我不辞职，不出洋，不外调！”
这个“三不”让段祺瑞气歪了鼻子（他的鼻子本就有点向左歪，生气时尤甚），他咆哮道：“好，大家都辞职，让他孙洪伊一个人去干！”
受够了窝囊气的黎元洪巴不得段祺瑞辞职。在谋士的建议下，他决定请出在河南隐居的北洋元老、在袁世凯写的继任总统名单里名列第二的徐世昌来当总理，借势把段祺瑞赶下台去。
府院相争以来，徐世昌一直在中调解，这下黎元洪要赶下段祺瑞、请他徐世昌出山，徐世昌却绝不干这样的事：一则他知道段祺瑞的实力和秉性，谁能赶得下他？他要辞职云云，只是气话；二则要他徐世昌出来配合黎元洪，和段祺瑞作对，然后在黎元洪手下当差，他也是绝对不愿意干的。因此他提出一个“拥护元首，维护总理，不入政界”的“不沾锅”的条件，如黎元洪答应，他就进京调停府院之争。
黎元洪以徐代段的想法落空，只好接受徐世昌调停。徐世昌提出的办法是府、院两边各打五十大板，将孙洪伊的内务总长和徐树铮的国务院秘书长一起免去。在徐大佬的面子前，这一办法被双方接受，一轮危机平息下去了。
府院之争越演越烈。张勋在徐州紧盯着事态发展。民国的什么总统府，什么国务院，在他心里屁也不算，只有大清、皇上、朝廷这些东西他才认为是神圣的，中央斗争得越激烈越好，越激烈、越两败俱伤，他复辟“理想”的实现才可能越大。
终于，一个“对德宣战”案让他的良机来了。
到1917年，第一次世界大战已打了两年半，中国一直置身事外，取中立态度。该年2月，美国宣布同德、奥绝交，准备参战。美国希望中国和它采取一致行动，美国公使奉命频繁拜会中国总统、总理，表示如中国参战，将借款给中国做军费。在美国的活动下，中国政府同意参战。
这是个大事，素来不以总理身份见黎元洪的段祺瑞于3月1日率全体阁员来到总统府，召开最高国务会议讨论对德绝交，黎元洪表示这个问题要先交国会讨论；2日，段祺瑞邀请参、众两院议长和各政党领袖座谈，对德绝交获得赞同；3日，国务会议通过对德绝交；4日，段祺瑞再来总统府，请黎元洪在政府向国会递交的咨文上盖印。盖印后交国会，因段祺瑞事先已取得国会赞同，一盖印交过去表个决，对德绝交的整个手续就办完了。
不料黎元洪在手续齐备的情况下坚不盖印，说不能“草率从事”，又提出要统一全国军人的意见才可决定。
黎元洪节外生枝，段祺瑞气得鼻子歪到一边，强忍怒气再做解释；黎元洪却说大总统有宣战和媾和的特权，应对一切负责。段祺瑞莫名其妙又恼怒万分，吼道：“总统既然不信任我，事事作梗，这个国务总理我是没法干下去了！”当天，段祺瑞就丢下国务院的事务，离开北京跑到天津生闷气去了。
中国对德绝交，本来在美国的游说下，黎元洪是早已答应了的，可到要落实的时候，素来老实、并不敢主动向段祺瑞找茬的黎元洪却变了卦，这里的原因在于：日本听说美国以优厚条件介入中国外交，怕自己失去了对中国外交的影响，赶紧也扎进来，许以更实惠的条件；段祺瑞本就是亲日派，就跟日本密切起来。美国看到，日本要主导中国的外交方向了，就改变态度，由鼓动中国参战转变为反对中国参战。黎元洪是美国看好的人，就按美国调整后的调子反对中国对德绝交了。
段祺瑞负气出走，本来正中黎元洪下怀，但马上他就发现段祺瑞这一走还真有走的实力：他一走，黎元洪就找不到够分量的人做总理了。请徐世昌，徐世昌不干；请王士珍，王士珍是段祺瑞的同门，不可能“卖友”。而全国各路军阀还是服气段祺瑞，纷纷发通电要求挽留段总理。黎元洪无奈，叫众议院议长汤化龙到天津请回段祺瑞。
段祺瑞扬眉吐气地回到北京。对德绝交案，黎元洪自然只有盖印，国会也迅速通过。
然而段祺瑞还要对德宣战。1897年，德国强租胶州湾，并把整个山东划为了它的势力范围；第一次世界大战1914年6月爆发后，日本向德宣战，夺取了德国在山东的特权。段祺瑞看准协约国必胜，力主参加这场大战，德国败后，中国就可做为“战胜国”从日本手里收回山东权益。支持中国参战、允诺提供军费借款给中国的日本，可能没想到段祺瑞肚子里还有这个主意。
对德绝交已让总统府和国务院闹翻了天，对德宣战更是狂澜迭起，直接造成了张勋的复辟良机。
跟美国关系密切的黎元洪首先不同意宣战；国会也不同意宣战，在议员们看来，中国干吗要趟欧洲那个混水，中国又哪里是去打世界大战的料？搞个绝交就不错了；各省军阀也不同意宣战，因为他们最怕要调自己的兵上战场，会削弱自己的实力。
段祺瑞不怕黎元洪，也不怕国会，但他怕得不到军阀们的支持，枪杆子不同意才真玩完。因此他紧急召开督军会议，全国十个省的督军和其他省的督军代表到会。段祺瑞在会上面授机宜：所谓宣战，其实不用出兵，只要派些劳工去欧洲就可以了，协约国胜利后中国就是战胜国，很讨便宜；而且，参战期间，各位将军还可以借此机会壮大自己的军队！
各省军阀对此当然十分高兴，态度一下由反对宣战变为支持宣战。在段祺瑞的操纵下，他们组成“督军团”，向黎元洪和国会施压。
黎元洪先前在拖延对德绝交案时借口“要统一全国军人意见”，这回军人真的提出“意见”了，可不合他的意图，就又对军人干涉外交事务震怒不已。他在总统府对前来鼓动宣战的督军团吼道：“宣战媾和是大总统的特权，你们责在守土，不许侵犯大总