参加洪门首次聚义大会的首要人物，在文字上有记载的，除了万云龙、陈近南及“前五祖”蔡德忠等人之外，来自广东的有吴天佑、吴廷贵、洪太岁等；来自福建的有吴天成、方惠成、张敬之等；来自江西的有黄昌成、钟玉英等：明室遗臣及各地反清志士，闻讯自动前来的有二千人之多。
从古至今，凡以宗教形式设立的帮会，不论它是公开的或是秘密的，多数都预先布置一些神奇事物，使参与者心悦诚服。像万云龙、陈近南及蔡德忠等全属于老江湖人物，自然也免不了进行这些布置。因此，在流传于后世的文字记载中，有红花亭聚义之前，“前五祖”于某日在河畔发现一具重五十二斤又十三两的“白石香炉”，炉底刻有“反×复”四字，以暗示“反清复明”之举是天意的安排，五十二斤又十三两的解释则为“五湖”、“二京”、“十三省”。此外，又有一名不知来自何处的少年，朱唇方口，仪表非凡，经陈近南查询之后，“证实”为崇祯皇帝的孙子，太子妃李氏之子。于是与会之人更是认为“天意所归”，非人力所能抗拒。实际上，据史书记载，尚无可靠证据表明崇祯死后有一个名为朱洪竹的皇孙流落在外，至于所“发现”的白石香炉，明眼人一看就知是洪门领袖“用心良苦”的创造。“红花亭”聚义时刻为“丑时”，也就是夜半更深之时。众人推选陈近南为“香主”。拜祭天地及先皇崇祯时，又有红光于天际出现（实际上是初秋常见的自然现象），“红”与“洪”同音，乃以“洪”为姓，其组织就定名为“洪门”。他们还相约可将“洪”字拆开，成为“三八二十一”，成为以后彼此交往的暗语。
从此，洪门就成为中国秘密社会中的一个特殊组织。
“红花亭”聚义之后，香主陈近南就与大家一起策划进行反清的武装起义，先由洪门兄弟捐出钱财，毁家纾难者不计其数，集中财力物力后，他便派人分头到各地招兵买马，人员陆续集中于襄阳一带，清廷注意到此地民众有异动，因此也派重军集结于湖北省各主要城镇、要道。
同年8 月21 日，陈近南认为诸事就绪，于是发号施令，登坛点将，任命苏洪光为“先锋”，吴天佑等为“中军”，吴天成等为“后卫”。他向北遥祭崇祯，然后挥军向湖北中心武汉进发。
进军之初倒也“势如破竹”，攻下若干州县后，到9 月初接近武汉时，却遇上了八旗军，清将于成龙颇具大将之材，一经接触，洪军就被击败。被奉为明王崇祯“皇孙”的朱洪竹在乱军中失踪，大将万云龙亦在战斗中战死。“香主”陈近南9 命令撤军，沿途屡遭清军截击，残余力量，只好退入襄阳死守。
清军自然不会让他们有喘息的机会，他们立即开始攻城。洪军虽败，士气犹存。也许他们意识到襄阳肯定是他们可以守的最后一个阵地，再退一步，则欲退而无所退。于是他们在百姓的帮助下，死守此城竟达三月之久。在此期间，清将屡次投书招降，但陈等洪门英雄绝不为之所动。而守城力量已达到再衰三竭的地步，伤患日众，粮草不继。在这种情况下，陈近南召集紧急会议，决定将残余部队分成五股，分路突围，以保存仅有的力量。倘能突围成功，各部分散到各地潜伏，待机建立洪门山头，作长期抗清之计。至于这五股突围人马，除陈近南带领的一股外，其余四股具体由谁带领，突围之后下落又如何？文字上就无记载了。此后的二十年是洪门发展历史上的空白时期。不过，五股人马在突围之前，陈近南留给大家一首诗，他让大家牢记在心，以备他日联系时使用。
这首诗就成为洪门史上最有名的一首诗：五人分开一首诗， 身上洪英无人知。
此事传与众兄弟， 后来相会团圆时。
按照当时的实际情况，这首所谓的“诗”应当是由陈近南所作，但陈本人曾任翰林院学士，竟会写出如此不伦不类、连“一三五不论，二四六分明”的平仄法也不懂的诗吗？或者是他因为部众都是湖海豪雄、粗鲁不文之辈，所以故意写得比较粗俗，以利于传诵。
到了乾隆之初，洪门又开始进行活动。
原来上述分为五股突围的人马，都先后集中于广东惠州的高溪廊，但第一辈首创洪门的人物绝大部分均已死亡，仅存在的“先锋”苏洪光就成为洪门的领袖，只是英雄迟暮，年近花甲。
不料此时又出奇迹，那就是“香主”苏洪光忽然“病逝”，部属正在准备发丧，不料停尸一日，他竟然又“死而复生”。这其中必然有“招”。一个人死了四十八小时，如在热天恐怕早已腐坏，更不用说是复生了。
不仅如此，苏洪光“还阳”之后，立即对部众宣布，苏洪光是真的死了，但崇祯帝的侍臣王承恩（即在煤山与崇祯帝共同死的人）由于“阳寿未尽”，阎王许其“借尸还魂”，令其附托于洪门香主苏洪光的躯体上再干一番“拓清复明”的事业。
这个消息传出之后，各地洪门组织信以为真，认为这是天赐洪门事业中兴的大好机会，于是又密谋武装起义。苏洪光既然是由王承恩借尸还魂，自然应改名换姓，以符合天意，于是改名为“天佑洪”并极力发展组织，洪门之下还加上“三合会”名称，名为“洪门三合会”，意为“以天为父，日为兄弟，月为姐妹”，取天时、地利、人和的“三合”之意。
乾隆初年，天佑洪认为人精粮足，羽翼已满，于是又誓师北伐，一路倒也顺利，连战连胜，屡克名城，其势力由两广贵州等省直逼四川。转战途中，他们还得到“红灯照”首领关玉英、史可法之侄史监明以及各江湖组织首领韩龙、韩虎、李昌国等的归附，声势浩大，西南半壁受到震动。军中以史监明为“军师”，关玉英为“女军统领”，并尊在武昌战斗中失踪的朱洪竹为“先皇”，战死的先烈万云龙、郑君达、郭秀英、郑玉兰等为“先元帅”。清廷的“四川督军”王春美难以抵御洪军的进攻，于是想出一条毒计。
他派遣帐下符四、田七二人诈降，天佑洪见二人文武双全，竟将其委任为“副军师”，在一次蜀境内的决战中，二人与清军里应外合，并故意将部分洪门人马调入绝境，招致惨败。
洪门领袖天佑洪勇战不退，身受重伤，被韩龙、韩虎的左右两军拼死救出，杀出重围，而“女军统领”关玉英也擒获符、田二人，将之处以凌迟。残余洪军退守白虎山，休整队伍。可是天佑洪不幸伤势恶化，不治而亡。临死前，他命令洪门事务由苏洪宇、林烈主持，并嘱今后洪门应以“四”、“七”两数字为忌用之字。
此后，苏洪字、林烈二人，虽仍带领残余洪军与清军对抗，转战于蜀中各县。然而此时清军已调集了大量部队进入四川，势力此消彼长。苏洪宇在一次战斗中被清军所杀。“副手”林烈及“女军统领”关玉英不得不遣散部属，让他们隐于全国各地，秘密建立洪门山头，转入地下活动。但他们约定，反清的初衷绝不能改变，必须代代相传，前传后教，务必使清廷疲于奔命，永不安宁。此外，他们还规定了仪式礼节、诗词暗语及洪门组织的职级称谓等。
至此，洪门与清廷的武装对抗宣告终止，但受命前往各地传道的洪门中坚分子不负所托，一直到清朝灭亡之时，各地洪门的组织活动从未停止。光绪之后，洪门更是发展到了南洋各地。太平天国运动的崛起，和各地的洪门组织虽无直接关系，但洪门的兴起，对洪秀全等产生了很大的刺激作用，并对之有很大的配合作用。
洪门组织转入地下活动之后，由从嘉庆年间到清亡前，有文字记载的洪门山头竟达三十多处之多，遍布粤、桂、湘、赣、川、滇、闽、鄂、甘、陕、豫、苏、浙等各省。除了皇城脚下及关外部分省份之外，洪门势力几乎遍布全国每一个角落。
时间是最能考验一个组织的。随着岁月的流逝，洪门的新人们离他们的先辈英雄们越来越远了。如果说以前的洪门是一个政治组织的话，那么以后的洪门就与他们前辈的初衷大相径庭，政治色彩逐渐减弱，民族意识日渐模糊，最终成为了江湖的恶势力。
1814 年（清嘉庆十九年）贵州林怀明开筑青山，其子林涛，英俊义侠，因其父的原因不能聚义，大家特设么满半排的地位，记名“矮举”。
1848 年（清道光二十八年）永宁郭永泰开荩忠山，手中有在福建渔人手内寻获的《金台山实录》。据说郑成功于1662 年（清康熙元年）病故，子郑经立奉遗命以《金台山实录》作要件保存。1680 年（清康熙十九年）郑经立战败于厦门，次年忧愤而亡，次子郑克爽继位。1683 年清军提督施琅攻陷台湾，郑克爽将《金台山实录》用铁盒密封沉于海底，免为清军所获。郭永泰于1835 年（清道光十五年）去厦门看族叔，并到一平民家闲游，见其盖米瓮中有旧书一本，封面上赫然写着《金台山实录》五字，书面盖有小图章，为“延平郡王招讨大将军印”几字，马上知道是郑成功的遗物，忙问此物是从何处而来的。据那人讲，他父亲是渔民，善于游水，能在水中伏一昼夜，一天在海中得一铁盒，无法打开，费了三天时间才将它砸开，发现里面有金银珠宝数件，小玉印一方，旧书数本，因为他不识字，不知道是什么书。郭永泰就用一百两将书购得，又问小玉印现在何处？那人称已经卖给邻居，郭又用白金十两赎回。这就成了他开山的基本思想武器。因为郑成功是藩王，书中所用的都是王者的口气，郭在开山时不敢完全使用，他于是托人仿原本进行了一定的增删，以资实用，名之曰“海底”，又名“金不换”。从此组织规模大张。
清代传之嘉庆，政治日趋腐败，洪门汉留组织日益壮大起来。1810 年（清嘉庆十五年）福建范如松开了人头山，1818 年四川方安澜开了蓬莱山，1819年四川郭禹钦开了华严山，只是即起即仆，未遗实录。在荩忠山开建后，各省风起云涌，群雄崛起，开山立寨。
清道光末年，洪秀全起义于广西，清廷完全失去了控制力，洪门汉留势力更加发展。只可惜太平军囿于上帝教范围，对洪门不是很支援，以致于潜力没有完全发挥出来，但此时荩忠山兄弟已遍布各省，分头反清。如：1825年（清道光五年）云南胡林章开广金山，其部属贵州胡佐臣于1857 年（咸丰七年）开金凤山，接着云南胡云于1866 年（同治五年）开大兴山，背榜下山的袍哥湖南王森万于1889 年（光绪十五年）开宝云山，江西刘家鹏于1893年（光绪十九年）开飞虎山，江苏李云龙于1894 年（光绪二十年）开东梁山，甘肃杨鸿钧于1895 年（光绪二十一年）开金龙山，同年贺桂林开西凉山，山海关肖松山于1897 年（光绪二十三年）开宝华山，同年浙江何振嬴开终南山，1903 年荩忠山会友华复如于1903 年（光绪二十九年）在云南开紫金山，陕西李明良于1904 年（光绪三十年）开万宝山，甘肃马海秋于1906 年（光绪三十二年）开嘉峪山，山东冯紫电于1907 年（光绪三十三年）开蓬瀛山。荩忠山的袍哥在四川开山的有：李云龙于1876 年（光绪二年）开青城山，彭立山于1885 年（光绪十一年）开迦龙山，同年彭焕如开飞龙山，颜鼎章开大峨山，胡文翰于1889 年（光绪十五年）开九成山，同年张联第开华阳山，李煜华于1898 年（光绪二十四年）开巍峰山，陈平侯于1901 年（光绪二十七年）开蓬莱山，胡郎秋于1903 年（光绪二十九年）开金华山，同年袁郎溪开宝成山，何金梁于1906 年（光绪三十二年）开九华山，董伯高于1910 年（宣统二年）开西明山，同年黄华成开宝林山。四川各洪门山头因保路案的发生，联合改组为兴汉公光复会。
在辛亥革命中，资产阶级革命派虽然富有革命精神，但初期的主要群众基础就是以洪门、青帮为主体的社会力量。因洪门人粗人多、组织涣散、缺乏组织领导，因此孙中山等人的反清主张就很有号召力，大批洪门兄弟投入革命党。保路案发生后，四川洪门纷纷起义攻击清督赵尔丰。辛亥革命虽以新军为主体，而通信联络、侦谍暗刺、筹款劫杀等秘密活动及起义时冒险发难的敢死队等，大多以洪门兄弟为主。革命后任四川都督的尹昌衡、湖南都督焦达峰、陕西光复军大统领张云山等均为洪门人物。很多革命党人也主动参加洪门，从中宣传主张、策动革命。孙中山也曾参加海外的中国洪门组织。到了民国时期，很多洪门组织开始半公开活动，其山头也因这一场大革命而发生重大变化