策容易，后策不仅实施艰难，且耗费人力物力巨大。脱脱是干大事的人，最后拍板，决定采纳后策。当然，脱脱和贾鲁的出发点是一致的：根治黄河，不仅疏灾，还能制止“盗贼滋蔓”。但对此议，元朝内部反对声浪甚高，首先，反对者认为工程量巨大，施行不易；其次，一二十万人聚在一起开工，加之黄河各个工地连年饥馑，万一有人闹事，一呼万应，百姓如果借机造反，那可比河患要大上一万倍。
脱脱“大政治家”气魄，当然不听，坚持“役不大兴，害不能已”，要干就一劳永逸。甭说，贾鲁治河效果真不错。至正十一年阴历四月开工，七月凿疏工程完毕，八月底放水，九月通船并堵塞掘口，到十一月全部工程完工，总共用了不到二百天时间，使得黄河南河一线日后二十多年没有发生大的水灾（归惠于明朝了）。
治河过程中，虽然并无出现大规模暴动，但韩山童、刘福通那“一只眼”的石人，正是埋在黄河工地，日后燎原之火，正是闪自这一点“星星”火焰。于元朝而言，治小害大，得不偿失。当时就有人做诗曰：“丞相造假钞，舍人做强盗。贾鲁要开河，搅得天下闹。”
元朝大厦之倾，开河造钞，由渐而蔓，终于倾塌。
至正十一年（1251年）阴历四年二十二日黄河治理工程正式开工前，河北栾城人韩山童已经与刘福通等人事先雕刻石人一具，背镌“莫道石人一石眼，此物一出天下反”，埋在河工必经的黄陵岗上。结果，当月月底，工人们已经把这独眼石人挖出，消息传出，远近震骇，人心思乱。
五月份，韩、刘二人聚众三千多在颍州起义，宣布韩山童为宋徽宗八世孙，打着兴宋灭元的旗号举事。元政府知道消息，地方迅速出兵，韩山童命不好，混乱中被元军抓获，在闹市中凌迟，但其妻杨氏与其子韩林儿逃出。
刘福通善战，杀出血路后，攻占了颍州城。由于这只军队的信众多是白莲教徒，天天烧香拜佛，时人称为“香军”。他们另一个特色是头裹红巾做标识，所以又被称作“红军”。韩、刘二人刚刚起事时力量并不大，但示范效应极大。暴动如同传染病一样，越传越快，越传越远，蕲州有徐寿辉、彭莹玉，徐州有李二，邓州有王权，襄阳有孟海马，濠州有土豪郭子兴等等，烽烟四起，天下大乱。“民久不见兵革，一时见乱杀，皆束手听命。”
乱闻上报，中书省官吏抱大叠档案题为“谋反事”想上呈元顺帝，丞相脱脱仔细阅观，为转移视线和减轻自己的责任，他用笔改“谋反事”为“河南汉人谋反事”，如此，大兴族群打击，隐藏起义规模，引起更大的矛盾，“识者知元朝不能有天下矣”。
元廷得知刘福通在颍州兴兵，也很重视此事，马上派出枢密院同知（国防部副部长）赫厮秃率六千“阿速军”为主力，调集各路汉军，与河南行省汉人一位姓徐的左丞一起，集兵数万往讨“红军”。
所谓“阿速军”，乃“绿睛回回也”，是西域种人高马大的勇悍职业军人，“素号勇悍，善骑射”。但是，这一行官军一路剽掠百姓，几位主将天天酒色成性，根本没有打仗的心理准备。所以，到达颍州后，赫厮秃远远望见“红军”的战阵，立刻吓得肝胆俱破，扬鞭大叫：“阿卜！阿卜！”意即蒙古语“快跑！”其手下阿速军和各部汉军此时特别听命令，转身狂逃，一路上自己人和自己人马踏人撞，伤亡不少，“淮人传以为笑”。
其后不久，赫厮秃因惊吓过度及逃跑过度，得急性肺炎病死，汉军将领徐中丞被元廷诛杀，而那数千名绿眼珠的“阿速军”，水土不服，病死大半有余。这些纯种的西亚重骑兵，只是看着唬人的“道具”军队，禁看不禁用，完全是绣花枕头一大堆。
为扑灭“红军”，脱脱派其弟时任御史大夫的也先帖木儿“知枢密院使”，带着几个宗王以及禁卫精兵十多万杀往河南。同时，元廷又以巩不班代替死掉的赫厮秃为大将，这拔元军仗打得不错，攻上蔡，陷汝宁，杀掉不少义军。得意忘形之际，元军大饮胜利美酒，一夕醉倒营中。半夜，残余的义军偷营，元军慌忙抵拒，却一直不见主将身影，转天一大早，元兵检视昨夜恶斗中双方死掉的兵将，赫然发现主将巩不班浑身满是血洞的尸体，一手还紧握酒瓶。心慌之际，这部元军撒丫子后撤数百里，屯军项城。此时，元廷下诏，以也先帖木儿任总兵官，掌管各道军兵，“凡精兵三十余万，金银物帛车数千辆，河南北供亿万计，前后兵出之盛，无如此者。”这位脱脱弟弟根本不知兵，行至沙河后，他按兵不动，天天求神问卜，没有一天发动过真正的进攻。结果，一个多月后，军营“夜惊”，即不知就里的半夜“炸营”。如果主将有智有威，只要禀灯开帐，杀几个人即可平定。但也先帖木儿庸才，以为是军变，自己撒丫子就跑，结果“尽弃军资、器械，粮运车辆山积”，元兵全部跑散，最后仅能收散卒一万余人。一行人逃至汴城下，守城元将气恼，也不让也先帖木儿进城。结果，他悄悄溜回大都，转天“仍为御史大夫”。正是有哥哥撑腰，朝臣中也无人敢弹劾他。
脱脱不责怪弟弟无能，反而深防汉人，只要是商议军国大事，他严命杜绝汉人官僚参加，并上奏顺帝：“方今河南汉人反，宣榜示天下，令一概剿捕。诸蒙古色目（人），因迁谪在外者，皆召还京师”，也就是说，脱脱把“阶级矛盾”上升为“民族矛盾”，扩大打击面，准备又像元初那样借助蒙古、色目人打压汉人。榜告一出，“河北之民亦有变而从红军者矣！”
乱起中原，脱脱身为宰辅，内心很是惶恐，不敢如实向顺帝报告。顺帝身边的红人哈麻当时与脱脱兄弟关系不错，也常常为其开脱责任。但是，乱子越闹越大，居于深宫的顺帝终于得知情实，立刻招脱脱入宫责问：“汝曾言天下太平无事，如今红军半边天下都是，丞相你有何策平灭之！”听皇帝如此讯责，脱脱“汗流浃背”。
为显示自己勇于承担责任，脱脱自请率军首攻徐州。
占领徐州的李二是萧县人，因曾以家中所贮芝麻赈济灾民，绰号“芝麻李”。李二占徐州是个“传奇”，他在城外率七人装扮成挑河工夫，城内只有四人做内应，一夕突然发难，夺守门卒兵器，十几个人高呼叫杀，竟然一举拿下徐州城。转天，他们树旗募兵，几天内就有十多万灾民、河夫投奔，一下子占据了徐州及附近数个县城。由于徐州控扼黄河与运河相交的要冲，脱脱只能把这里当成首先“开刀”的地方。
脱脱领军，治河的贾鲁也随他而行。但是，脱脱所领大都的蒙古“官军”，体虚胆怯，不堪一击。倒是身为淮东元帅的汉人逮善出主意，招募身体壮健的场下盐丁为军，这些人能战善斗，加上淮东土豪王宣又招募了不少身板结实的流民，组成一支三万多人的军队，皆身着黄衣黄幅，号称“黄军”，直杀徐州城。
“芝麻李”及其部下虽勇悍，毕竟很少实战，苦战不支，徐州被元军攻克。脱脱怒城中人抵抗，下令屠城。此举甚失民心，身为朝廷正规军，攻取一地后竟然尽杀当地人民，良莠不分，可谓是脱脱政治生涯中最大的污点。
胜讯传至大都，顺帝遣大臣马上往军中宣诏命脱脱为“太师”，驱使他还朝辅政，广赐金宝。皇太子本人还在私宅宴请脱脱。
徐州城破，“芝麻李”逃脱，脱脱谎称首恶已死，随笔削下一个脑袋号称是罪魁的“首级”。一个月过后，“芝麻李”真身才被擒获，送往京师。脱脱得知，半路命人把这真祸首杀掉，以遮己羞。
脱脱回朝，贾鲁以中书左丞的身份仍旧带兵围攻濠州的郭子兴。城坚砖厚，元军数攻不下，未几，治河大能人贾鲁身染疾疫，竟然病死于军中。虽如此，元军连续派军队镇守，南方“红巾军”损失惨重，各地首领又皆心怀鬼胎，不能团结，被接连各个击破，彭莹玉、项普等人相继被杀，“天完”政权真的一下子就玩完了。（“天完”是“大元”二字上面分别加“一”和“宝盖”，即压倒“大元”之意）。
天下之乱稍定，脱脱不思如何剿尽残敌，反而在京畿大行屯田，自己还领大司农事，“西至西山，东至迁民镇，南至保定、河间，北至檀、顺州，皆引水利，立法佃种”，这些小惠小利，大乱之下，几乎是让人感觉可笑了。脱脱是个强人，可是他不会施展强人政治。为了避免权力下放到地方，无论是行军打仗还是治河种粮，他似乎都想亲力亲为。这难免可笑。
而且，看似平静的大都宫城，正涌动着不可告人的逆动之流。即将上演阴谋剧的主策划，乃是顺帝宠臣哈麻。
哈麻乃康里人，其母是顺帝弟弟元宁宗的乳母，凭这层关系，哈麻与其弟雪雪二人一直在禁卫军中做中级军官。顺帝在位后，喜欢哈麻的口才与善解人意，“深眷宠之”，日与哈麻在殿中玩双陆游戏，一日不见，恍有所失。一次，哈麻穿一件新衣陪顺帝下棋，顺帝开玩笑，随口把茶水喷在哈麻新衣服上，小伙儿大怒，厉声说：“天子就干这种事吗！”如此，“帝一笑而已。其（哈麻）被爱幸，无与为比”。顺帝与脱脱关系好，乃是君臣互敬互重的关系；顺帝与哈麻，乃是老友鬼鬼、轻松无间的亲狎关系。“由是哈麻声势日盛，自藩王戚里，皆遗赂之。”别儿怯不花为相时，进谗言把脱脱父亲马札儿台贬于甘肃，多次诬害脱脱兄弟，全赖哈麻从中回护，出力甚多。所以，脱脱复相后，为哈麻专门在中书设一个“右丞”的官职，以报答他先前救护之功。
但是，脱脱当时非常信重其手下汝中柏，把他从左司郎中超擢入中书，参议中书省事。官员们知道汝宁柏是脱脱亲信，“平章以下见其（汝中柏）议事莫敢异同”，唯唯诺诺。哈麻与脱脱有旧，又是顺帝宠臣，自然不拿汝中柏当回事，多次因事与这人在省中争论。小人心窄，汝中柏便日夜在脱脱面前说哈麻的坏话。脱脱愤怒，借故把哈麻从中书省弄出去，给他个“宣政院使”虚官，又位列第三，由此，哈麻开始深恨脱脱，二人由恩变怨。
汝中柏不称意，怕哈麻日后为后患，力主脱脱找碴杀掉哈麻。脱脱意不决，与弟弟也先帖木儿商议。此公本无远谋，性格软弱，又认定先前哈麻救过自己一家，坚执不可。
哈麻知道脱脱有意要除掉自己，先下手为强，在皇后奇氏和皇太子面前说脱脱坏话，表示脱脱对册立皇太子的仪式久拖不决，时有异议。妇人耳朵浅，果然相信哈麻之言，便与皇太子一起多次在顺帝前大讲脱脱的“不是”。确实，奇氏皇后所生子长大，顺帝一直想即刻立其为皇太子。但考虑到顺帝的正后以后还有可能生孩子，所以脱脱曾讲过这样的话：“中宫（正宫皇后）有子，将置之何所？”从实际上说，脱脱完全出于公心。经哈麻渲染，奇氏与皇太子母子不得不恼怒。
至正十四年（1354年），盐贩子张士诚在高邮建立“大周”，自称诚王。元廷多次派军征剿均失败。由于高邮处于战略和运输要地，断隔南北，元廷不得不再派脱脱“总制诸王诸省军讨之”。
此次行军，元顺帝下诏：黜陟予夺一切庶政，悉听（脱脱）便宜行事，“西域、西番皆发兵来助。旌旗累千里，金鼓震野”，元朝大军号称百万，浩浩荡荡，直扑高邮。
年底，元军数战，每战皆捷，把高邮围成铁桶一样，一只苍蝇飞出也难。被围数月的张士诚与部下坚持不住，商议着怎样出降才能活命。正因为自忖“罪过”太大，张士诚等人迟迟不敢开城投降。
正在这节骨眼上，元廷的皇帝诏使策马赶到脱脱军营。
由此，不仅脱脱的命运、张士诚的命运，包括整个大元朝的命运，均被这突如其来的一道诏书改变了。
脱脱出大都后，其弟也先帖木儿因病在家休养没能上班。哈麻指使御史数人上章弹劾脱脱：“出师三月，略无寸功，倾国家之财为己用，半朝廷之官以自随。其弟也先帖木儿，庸才鄙器，玷污清台，纲纪之政不修，贪淫之心益著。”弹章上达顺帝。这一次，哈麻、奇氏以及皇太子皆落井下石，随声附和。耳软而又忙于宫中淫乐的顺帝大怒，马上派中使前往阵前卸脱脱军职。
元军闻有御诏来卸军，不少人嚎啕大哭。脱脱的汉人参谋龚伯遂劝说：“丞相出发时，皇帝对您说日后行旨只行密旨。将在外，君命有所不受，现在又无皇帝密旨，丞相可坚持不开诏，先攻下高邮，到时候谗言不攻自破，您可到京都亲自向皇帝辩明