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这种转变首先发韧于德国的大学。因为在那里，天主教教师置身于完全不同的环境。他必须与人交谈，他们随时有机会了解教会论敌的主张，并清楚那些不带任何宗教偏见的研究者所做出的发现和结论。在一间教室，他正在谈经论道，而在另一间教室，很可能有一位多神论者，一位唯理论者或路德派，就相同的主题评头论足。当他离开讲台时，取而代之的可能是富于创见的思想家或学者，他们在阐述其深思熟虑的所有结论，并没有考虑到自己的研究倾向，也未顾及他们这样做会给创见性较差的人带来什么影响。他经常不得不关注那些虽然缺乏天主教精神，但对于层次较高的学生必不可少的书籍。因此在这里，保密、节制与调和的体制由于知识的竞争（在这种竞争下对真理最透彻的诠释有把握取得胜利）变得难以为继；同时，在德国的科学精神浸透了基督教学术时，这种体制也变得无法实行。
然而在罗马，人们没有觉察到这种竞争所导致的各种影响。大家既未理解这种转变的原因，也没有体验到它的益处；另外，19世纪的德国人竟抛弃被证实对16世纪的德国人大有裨益的武器不用，这被视为不可思议。在罗马，人们依旧持这样的观点，如果根据罗马神学家的判断，科学真理在性质上损害了信仰，则它不必也不应该传播。相反，在德国天主教徒通过出版物与新教徒展开较量，而不顾虑在争论中科学真理是不是可能促进抑或损害他们的事业，或它对于作为禁书目录上保护对象的那些观点是有利还是不利。纵然存在着这种严重的对立，但并未发生冲突。双方表现出的克制，与法国和意大利弥漫的火药味形成了鲜明的对比。在德国，人们容许出版物未经评审直接发行。这些出版物的流传倘若越过阿尔陴斯山脉或莱茵河流域，就会立刻受到人们的口诛笔伐。这样，一个特定的宽松环境和一种不受限制的猜疑一起应运而生，德国的神学家和历史学家免遭谴责。
在赫穆斯、昆舍这样的德国哲学家偶犯过失时，罗马对他们施以严厉的攻击。相比之下，德国的这种宽容具有深远的意义。的确，罗马的情形迥然不同。假使罗马坚持压制文献、掩饰事实及抵制批评，它可能只是因为害怕它带来的种种不便而对抗真理，并且是故意对抗。但是，假使它退却了，没有抨击一门否定创世或上帝存在的哲学，它将无法坚持自己的信条，反驳那些对之怀有异议的子民。哲学家不能像历史学家一样要求同等的豁免权。上帝的神迹呈现于历史之中，独立于教会，教会的任何借口都不能改变事实。神的教导已为人所熟读，历史学家的责任在于不带偏见、不篡加任何观点地忠实复述它。天主教徒也许能够确信，既然教会已经受住了事实的考验，它也能比它的出版物存在得更久。但是哲学却必须应付某些事实。就其本身而言，它们虽然具有绝对的客观性，但是除非通过教会作为其代理人的启示，便不会也不可能为我们所知。一种要求改变这些事实的哲学，与教会处在明显的对抗之中。二者不可能共存，其中一方必定毁灭另一方。
破坏这种均衡的两类情形非常自然地出现。有些神职人员希望把禁书目录的古老权威扩展到德国，同时对于那些虽然并非宣扬异端，但对教会权威的荣誉构成重大损害或与天主教神学家的共同观点相反的书籍，实行审查和禁读。另一方面，有些赫穆斯、昆舍学派的哲学家并不打算放弃教会所谴责的学说。一种运动力图压制即便是阐述合乎逻辑的真理的知识，另一种潮流意欲摧毁教皇专断的权威，这样就为最终由弗罗斯查默博士的著述所引发的冲突埋下了伏笔。
10年前，他还是慕尼黑大学一位很年轻的哲学教师时，出版了一本论述灵魂起源的著作。在书中，他对先在论（the theory of pre…existence）提出异议，同时抨击了万能的主直接创造每个灵魂这种普遍观点，并依据古代教义的权威维护了一世主义（Generationim）理论，除了引证其他几位近代神学家外，他还引证了在德语学界的教理神学中享誉最高的论文作者克勒。最后罗马做出的决定是，应批判他的著作，并把这一决定通知了他，以便在决定发布前他能表示屈服。
他陷入了困境，有一点似乎可以确认，他这一阶段的行为并非缘于他后来寻求庇护的教会权威的观点，而是必须用这一事件的已知事实来解释。后来，他的学说曾在一本广为传阅并受到好评的书中得到宣讲。他深信自己至少驳斥了一些对立的学说，然而他受到谴责显然是因为他维护其中的一种学说。无论他的著作中存在什么错误，他都会担心屈服的行动将意味着他接受一种他心中极不以为然的观点，因此也是对真理的背叛。教会的命令并不能让他心悦诚服。它不过是来自人们不加论证解释才能信任的永无谬误的权威，然而这并不是一个永无谬误的权威，它不提供任何理由，却要求理性的服从。弗罗斯查默博士发现自己陷入了困境，绝对遵从意味着要么事实上承认权威永无谬误，要么是承认教会的决定必然不顾真理与正义而束缚人们的心灵。在任何一种情况下，他都会与宗教法和教会法相冲突。在坚持自己观点的同时，为了维持和平和避免诋谤而遵守命令，一般性地承认自己的著作包含着各种误解和含义不明的论断——这种有条件的服从有悖于罗马教廷的希望和意图，如果不对其含义做出明确解释，则在某种程度上就成了欺骗与虚伪。在第一种情况下，屈服不会被认可；在第二种情况下，不丧失自尊，就不可能做到屈服。况且，因为作者是一位公众的教授，有责任依照自己最好的知识教导听众，所以他不能在维持观点不变的同时改变自己的教导。指引他行动的似乎是这些顾虑，而非对抗权威或通过多少带有革命性的过程引进新说的任何企图。在这段时期，倘若罗马教廷告知他哪些观点有问题，他的著作中哪些段落受到了指摘，怀疑它们的理由何在，那么很有可能会达成一种谅解或得到满意的解释。如果论争双方具有和解宽容的精神以及解决问题的意愿，当然是有可能通过坦诚交换意见来解决问题的。这种做法在另一些事例中已被证明行之有效，并且就在此后不久围绕着昆舍学说的讨论中，大家以极大的耐心采取这种做法，并获得了决定性的成功。
因此，在提出确切的答复之前，弗罗斯查默博士要求得到有关受到指控的章节的信息。这本可以提供他一个发现自己错误的机会，从而在冲突爆发之前让步。可惜他的要求遭到了拒绝。他被告知，对于那些为教会做出过巨大贡献而值得这样考虑的人，有时会给予这样的恩惠，但对于一个如果没有引起审查的书籍便鲜为人知的作者，是不会给予这种恩惠的。这种答复立即使人怀疑，罗马教廷更为关心的是如何维护其权威，而不是去纠正它所声称的错误，或防止一件不光彩的事情。在罗马，对德国哲学的猜疑已经根深蒂固，这一点广为人知，一种对它施以所有可能的限制的企图，看来远非不可能存在。
许多德国天主教学者在文献中流露出针锋相对的蔑视，完全抵消了罗马神学家所持的不信任态度，也证明了这种态度不无道理。这种情绪的原因不难理解。德国的作者们陷入一场艰苦的斗争，他们的对手固守阵地所凭借的是强大的智力、扎实的学识、深遂的思想。这些都是天主教国家中教会的捍卫者所未曾遭遇的。在这场冲突中，意大利神学家没能提供任何的援助。他们证明了自己完全没有能力对付现代科学。德国人因为看不出他们有何帮助，不久便不再对他们平等相待，甚至根本不认为他们是科学的神学家。德国人并没有怀疑其正统地位，却了解到只能把他们视作不能理解和掌握与他们自己的著作的思想有差别的人，认为他们的那些不合理的教义，不比一个二流神学家不受保护的亲述（ipse dixit）更有价值。此种想法的滋长并非出于民族偏见，或他们把自己和罗马教士的著述加以比较时产生的自我欣赏，而是基于一种对这些教士（其中不乏几位相当杰出的德国人）与德国文献之间关系的一般性观点。因此这是一种集体情绪，甚至自知低人一等或并无只言片语传世的人，也分享着这种情绪。这样一个人在评价盖苏和米诺瓦的神学家的观点时，并非以他的个人表现，而是以他那个时代的伟大成就为依据，因而若是没有论证和解释，他很可能不愿意接受他们对这些成就所下的判断。
另一方面，对德国天主教学者的打击，似乎会确保那些为欢庆胜利而聚集一堂的罗马神学家轻而易举地取得对其他各国学者的优势。弗罗斯查默的例子似乎可以用来检验对于他的同胞——惟一显得忐忑不安的作者群体，同时也只有比另一些人更加坚持自己的自由——实施控制可能达到的程度。但是对这可能性的猜测也许只会证明他的如下想法：他是被挑出来当作实验对象，意在证明一条将被确定的重要原则，所以他有责任在他的教理错误被证实之前，反抗权势对自由权所施加的颇有问题的侵害。因此，他拒绝做出教会要求他的起码让步，一份针对他的教令按照通常的方式宣布。于是他被告知——虽不是由罗马——他被革出教门。这项政策给天主教科学的自由带来了严重问题，从而推动了对权威采取限制的新理论的诞生，他的名字便同这个理论联系在一起。在人类的世俗事务上有必要假定，在一个基督教国家里，有关道德准则和法律传统的知识是不可能死亡的。具体的权威会犯下错误，判决可能因不服而受到上诉，法律也许会被废除，但全体人民的政治良知不可能无可补救地丧失殆尽。教会拥有相同的权利，但其意义更为重要，因为它存在的直接目的在于维护一套明确的真理，有关真理的知识是它决不能丢弃的。因此，无论什么样的权威都表示，人们必须接受它所保管的那种知识。但并不存在任何能够使人们获得可立即得到证实的知识的机构。一次公会议并不具有不证自明的普世性，教皇身份具体到个人而言也不是永无谬误。前者必须等候认可，后者则一错再错，因此每条教令都需要得到初步的检验。
受到审查的作家首先可能作出表面的屈服，或者是出于教律的考虑，或者是因为他的信念太脆弱，承受不了权威所施加的重压。但是倘若争论的问题比秩序的维护更重要，倘若他的信念又十分坚强，他就会质问谴责他的权威是否道出教会的声音。如果他发现它做到这一点，他就屈服于它，或是放弃天主教信仰。相反，如果他发现它并未做到这一点，而是仅仅反映着权威的意图，他就会不顾反对，遵从自己的良心，忠实地追求至高无上的真理，坚持自己所信仰的东西。任何权威都没有权力将谬误强加于人，如果它对抗真理，那就必须坚持真理，直至它为权威所认同。现在，弗罗斯查默博士的对手犯下了这样一个可怕的谬误：赋予《禁书目录》同教会一样永无谬误的地位。他被置于遭受迫害的处境，博得了广泛的同情。他在辩护词中继续陈述他的科学权利论，以便把教会从限制科学自由的非难中解救出来。在此之前，他著书立说一直是为了反对唯物主义和背叛，捍卫一种基督教哲学。它们的目标一直是纯宗教性的；虽然他没有深入阅读教会著作，在使用神学术语时也常常较随便，不够严谨，但是他的作品从不缺乏宽宏大量的精神。但在遭到教会遣责后，他开始致力于摧垮那施以打击的势力，维护自己未来的完全。凭借这种个人抗争的精神，他着手写出一系列捍卫自由反抗权威的作品。以下的摘要与其说体现了他的学说的大致轮廓，不如说表明了使他超越了天主教局限的那些逻辑步骤。他认为，宗教提供给哲学的不是标准而是材料，哲学最后的基础只能是我们本性的永恒真实性，这种本性不会