孢囊梗和分生孢子梗常三五成束从寄主的气孔伸出体外，对孢子的飞散传播十分有利。有些真菌的分生孢子就直接产生在上述简单的分生孢子梗上。另外一些真菌则在寄主表面或组织中形成瓶状、球状或拟球状的分生孢子器，分生孢子产生在分生孢子器内的分生孢子梗上或直接从分生孢子器的内细胞壁中产生。分生孢子器顶端有一孔口，孢子成熟后由孔口散出。还有一些真菌在寄主表皮下形成垫状的分生孢子盘，分生孢子梗短而密生在分生孢子盘上，梗上着生分生孢子，分生孢子顶破表皮露出体表。
分生孢子梗、分生孢子器或分生孢子盘都是形成孢子的结构，通常把真菌形成孢子的结构，无论形成有性孢子或无性孢子，结构简单的或复杂的，统称为子实体。
（2）有性繁殖 真菌的有性繁殖是指由两个交配的性细胞或性器官结合形成孢子的繁殖方式。通过有性繁殖形成的孢子称为有性孢子。
真菌的有性繁殖方式有多种，低等真菌两个单细胞的营养体或两根菌丝就可结合，多数真菌是在菌丝体上分化出性器官进行交配。真菌的性器官称为配子囊，配子囊内的性细胞称配子。两种不同性别的配子囊或配子，大小、形状相同者，称为同型配子囊或同型配子，大小、形状不同者，则称为异型配子囊或异型配子，经过有性繁殖，不同真菌可分别形成不同的有性孢子。
①卵孢子：鞭毛菌中卵菌的有性孢子。由两个异型配子囊（小型配子囊棍棒状，称为雄器，大型配子囊球形，内含一个至多个卵球，称为藏卵器）结合，在藏卵器中形成的厚壁休眠孢子称为卵孢子。
②结合孢子：结合菌的有性孢子。由两个同型但性别不同的配子囊经过结合而形成的厚壁休眠孢子称为结合孢子。
③子囊孢子：子囊菌的有性孢子。由两个异型配子囊（较小的雄器和较大的造囊器）相结合，形成袋状子囊，在子囊内形成的内生孢子称为子囊孢子。
④担孢子：担子菌的有性孢子。由性别不同的菌丝相结合形成双核菌丝，双核菌丝的顶端细胞膨大，形成棒状的担子。在担子上产生的外生孢子称为担孢子。
真菌的有性孢子一般是休眠孢子，一年往往只发生一代，产生数量也较少，但对环境的抵抗力较强，有度过不良环境的作用。
真菌从一种孢子萌发开始，经过生长和发育，最后产生同一种孢子的全过程称为生活史，亦称为个体发育史。真菌典型的生活史一般包括无性阶段和有性阶段，即营养菌丝在适宜的条件下产生无性孢子，无性孢子萌发形成芽管，并继续生长形成新的菌丝体，这是无性阶段，在一个生长季节常循环多次。至生长后期进入有性阶段，菌丝体上开始形成两性交配细胞，两性细胞经过质配、核配和减数分裂后，产生有性孢子，有性孢子萌发再产生菌丝体。
大部分真菌在其整个生活史中只产生一种无性孢子和一种有性孢子，也有少数真菌在其生活史中可产生多种类型的孢子，产生多种类型孢子的现象称为真菌的多型性，如锈菌典型的生活史可产生五种类型的孢子，即冬孢子、夏孢子、锈孢子、担孢子及性孢子。如果各种类型的孢子在同一寄主上就可完成其生活史的称为单主寄生；需要在两种不同的寄主上才能完成其生活史的称为转主寄生。
有些真菌不产生有性孢子，只以无性生殖完成其生活史，如许多半知菌。而有的真菌在其生活史中几乎没有无性繁殖，如黑粉菌和锈菌。
在细胞生物的五界系统中，真菌作为一界与动物界、原生界和原核界鼎足而立。真菌界下分粘菌门和真菌门，真菌门下分鞭毛菌、结合菌、子囊菌、担子菌和半知菌五个亚门。各亚门真菌的主要区别见表。
真菌门五个亚门的主要形态区别
亚 门 营 养 体 无性繁殖 有性繁殖
鞭毛菌亚门 单细胞或无隔多核菌丝 孢子囊产生具有鞭毛的游动孢子 同型配子配合产生休眠孢子或异型配子囊配合产生卵孢子
结合菌亚门 无隔多核菌丝 孢子囊产生无鞭毛的孢囊孢子。 同型配子囊接触配合产生接合孢子
子囊菌亚门 单细胞（少数）或发达的有隔菌丝
分生孢子 异型配子囊配合或精子配合产生内生的子囊孢子
担子菌亚门 发达的有隔菌丝 很少产生无性孢子 菌丝联合或精子配合产生外生的担孢子
半知菌亚门 发达的有隔菌丝 分生孢子 缺有性生殖
1。 鞭毛菌亚门
菌丝体多核、无隔膜，但在产生繁殖体或性器官时或菌丝受到损伤时，可以产生隔膜。菌丝体不形成菌组织，也不产生菌核等变态机构。细胞壁由纤维素组成。无性繁殖产生游动孢子囊，内生游动孢子在一端或腰部形成一或二根鞭毛，以适应其在水中游动。高等鞭毛菌可以产生分生孢子性状的孢子囊，直接以芽管萌发而产生游动孢子。有性繁殖中小型的雄器和大型的藏卵器相结合，产生卵孢子。重要的属有：
（1）腐霉属（Pythium） 营养体为发达、无隔、有分枝的菌丝体，呈白色絮状。无性繁殖产生球形、柠檬形、姜瓣形的孢子囊，成熟后一般不从孢子梗上脱落。孢子囊萌发时产生排孢管，顶端膨大成泡囊。孢子囊的内含物从排孢管进入泡囊内形成游动孢子。游动孢肾形，具有两根鞭毛，能在水中游动。藏卵器圆形，单卵球，每一个藏器内只形成一个卵孢子。重要的病原菌有蔬菜幼苗猝倒病病菌（Pythium aphanidermatum）。
（2）抑霉属（Phytophthora） 营养体为无隔菌丝体，蔓延于寄主的细胞间隙，部分寄主性较强的真菌，产生吸器从寄主细胞内吸收养分。孢囊梗分化不明显或与菌丝有明显区别，不分枝或分枝，孢子囊柠檬形或卵形，顶端有乳头状突起，萌发时产生游动孢子或直接萌发产生芽管。孢子囊成熟后脱落。游动孢子肾形，有两根鞭毛，可在水中游动。藏卵器圆形，单卵球，形成一个卵孢子。主要病原菌有马铃薯晚疫病（Phytophthora infestans），黄瓜疫病菌（P？melonis），茄子绵疫病菌（P？melongenae）等。
（3）假双霉属（Pseudoperonospora） 以无隔菌丝蔓延于寄生主细胞间隙，产生吸器伸入寄主细胞吸收营养。无性繁殖产生孢子囊，孢囊梗从气孔伸出，单生或丛生，分枝不对称，顶端尖锐。孢子囊椭圆形，褐色，顶端有乳头状突起，孢子囊萌发产生游动孢子，有两根鞭毛。孢子囊亦可直接萌发产生芽管。有性繁殖产生卵孢子。卵孢子球形，黄褐色，表面光滑或有突起。重要的病原菌有黄瓜霜霉病菌（Pseudoperonospora cubensis）。
此外，霜霉属（Peronospora）、直梗霉属（Plasmopara）、直梗霉属（Sclerospora）、盘梗霉属（Bremia）等霜霉菌都是专性寄生菌，可引起多种植物霜霉病，如十字花科植物霜霉病菌（Peronospora parsitica），葡萄霜霉病菌（Plasmopara viticoia），谷子白发病菌（Sclerospora graminicola），莴苣霜霉病菌（Bremia lactuca）。
2。 接合菌亚门
营养体为无隔菌丝体，无性繁殖在孢子囊内形成孢囊孢子，不能游动，有性生殖由两个同型配子囊配合形成接合孢子。全部陆生，大部分为腐生菌，仅一小部分是非专性寄生的弱寄生菌。重要病原菌有南瓜软腐病菌（Phizopus nigricans）。
3。 子囊菌亚门
本亚门真菌营养体除酵母菌是单细胞外，其它均为有隔、分枝的菌丝体，有的菌丝体聚集成菌核、麦角等变态结构。无性繁殖非常发达，形成各种形态的分生孢子。有性生殖产生囊孢子，子囊孢子产生于子囊内。子囊少数裸生，大多数形成于各种形态的子囊果内（球状、瓶状、头状、盘状等），子囊果有孔口的称为子囊壳，无孔口的称为笔囊壳，盘状的称为子囊盘。
子囊菌均为陆生，除白粉菌为专性寄生菌外，其它均为非专性寄生菌，有些能营腐生生活。主要有；
（1）单丝壳属（Sphaerotheca） 菌丝体表生，以吸器伸入寄主表皮细胞内吸收营养。无性繁殖产生椭圆形单细胞无色、串生的分生孢子。子囊产于近球形的闭囊壳内，含一个子囊，子囊内含8个（偶而4个）卵形单胞无色的子囊孢子。囊壳上的附属丝为丝状，不分枝或稍有分枝。重要的病原菌有瓜类白粉病（Sphaerothca fuliginea）。
（2）白粉菌属（Erysiphe） 菌丝表生，以吸器伸入寄主的表皮细胞内吸取营养。无性繁殖产生分生孢子，分生孢子椭圆形，单胞，无色，串生。有性繁殖产生子囊孢子，着生于子囊内，子囊则产生于深褐色、球形或稍扁平的闭囊壳内，囊壳上的附属丝菌丝状，不分枝或稍有分枝。每个闭囊壳内含有内含多个子囊，每个子囊内有2~8个椭圆形、单胞、无色的子囊孢子。重要的病原菌有小麦白粉病（Erysiphe graminis）等。
（3）球腔菌属（Mycosphaerella） 子囊壳黑色，球状或瓶状，有短乳头状孔口。无性阶段较复杂，可能分属于许多半知菌，如茎点霉属（Phona）、叶点霉属（Phyllosticta）、壳针孢属（Septoria）、壳二孢属（Ascochyta）、尾孢属（Cercospra）、梨孢霉属（Piricularia）等；而有性阶段均为球腔菌属。子囊圆柱形或倒棍棒形，初期束生于子囊壳内壁基部子囊孢子椭圆形，双胞大小相等。主要病原菌有瓜类蔓枯病菌（Mycosphaerella citullina）。
（4）黑腐皮壳属（Valsa） 菌丝体初无色，后呈橄榄色。无性繁殖形成长颈，孔口外露的分生孢子器，也可以几个相通的腔室共用一个孔口。内壁上的分生孢子梗可以在顶端连续产生香蕉形、单胞、无色的分生孢子。有性繁殖形成球形或近球形的子囊壳，其长颈露在树皮外，内生棒形或长椭圆形的子囊，子囊内含8个不规则排列形成两列的香蕉形、单胞、无色的子囊孢子。主要病原菌有苹果腐烂病菌（Valsa ｍali）。
（5）赤毒霉（Gibberella） 赤毒霉的的分生孢子阶段属于镰刀菌属，可产生具有3~5个隔膜的镰刀形的大型孢子和椭圆形或卵形、单胞的小型孢子。有性繁殖形成球形或圆锥形，有孔口的子囊壳，壳壁蓝色或紫色，单生或群生于瘤状或垫状的子座上或其四周。子囊倒棍棒形，内含8个排列成单行或双行的子囊孢子。子囊孢子纺锤形，无色，有2~4个隔膜。主要病原菌有玉蜀集黍赤霉属病菌（Gibberella zeae）。本菌寄主范围较广，可侵染小麦、大麦、燕麦、黑麦、玉米、水稻、甜菜、番茄、甘薯及多种禾本科杂草。
（6）黑星菌属（Venturia） 分生孢子梗无隔或有1~2个隔膜，顶端着生有单细胞或少数双胞的分生孢子。分生孢子纺锤形或瓜子形，初无色，后呈青褐色或红褐至褐色。子囊腔球形或近球形，青褐色、褐色至黑色，有呈乳头状突起的孔口，孔口四周有刚毛。内生长棍棒形或圆筒形的子囊。内含8个排列成两行的子囊孢子。子囊孢子双胞卵圆形，可上面的细胞较大，稍尖。重要的病原菌有苹果黑星病菌（Venturia inaequalis）。
（7）核盘菌属（Sclerotinia） 营养体为有隔多分枝的菌丝体，也可形成菌核。无性繁殖一般不产生孢子。偶而在养分不足条件下产生小型孢子，但在侵染循环中不起作用。在田间靠菌丝体传播蔓延。有性繁殖在菌核上产生子囊盘，子囊盘初为杯状，展开后呈盘状，基部有柄，形如喇叭。子囊盘表面由子囊及侧丝结成子实层。子囊棍棒形，内含8个排列成一行，椭圆形、单胞、无色的子囊孢子。本菌寄主范围很广，可侵染160多种植物，如使字花科植物、大豆、向日葵、四季豆、黄瓜、马铃薯、胡萝卜、番茄、辣椒、甜菜、菠菜、芹菜、葱头、大麻等，但不侵染禾本科植物。
4。 担子菌亚门
担子菌是最高等的一类真菌，但与农作物有关的却是担子菌中较低等的，如黑粉菌和锈菌。担子菌的营养体是有隔菌丝体。菌丝体有两种类型，单核的初生菌丝和双核的次生菌丝。无性繁殖除黑粉菌芽生小孢子，锈菌产生双核的夏孢子起着分生孢子的作用外，一般不产生分生孢子。有性繁殖产生担子和担孢子。担子菌除锈菌外，一般没有特殊分化的性细胞或性器官，细胞结合方式大体上有两种情况：一种是双核化的菌丝顶端细胞膨大形成棍棒状的担子，在其中进行核配和减数分裂，生成担孢子。锈菌和黑粉菌属于后一种类型。担子菌中与农作物关系密切的有以上几属：
（1）黑粉菌属（Ustilago） 这是一个较大的属，近300个种。冬孢子分散，萌发时形成先菌丝和担孢子，其中也有少数不形成担孢子。全部黑粉菌都是植物寄生菌。据侵染部位一般分�