（三）业务招待费扣除的差异
《小企业会计制度》规定：小企业支付的业务招待费计入“管理费用”，没有列支限额的限制。
所得税相关法规规定：纳税人业务招待费税前扣除标准为，全年销售收入净额在1500万元及其以下的，不超过销售收入净额的5‰；超过1500万元的部分不超过3‰。
（四）研究与开发费扣除的差异
《小企业会计制度》规定：小企业的研究与开发费直接计入当期管理费用。
所得税相关法规规定：符合条件的纳税人发生的技术开发费比上年实际增长10％以上的，可按实际发生额的50％加计抵扣应纳税所得。
（五）开办费摊销期限的差异
《小企业会计制度》规定：小企业筹建期间发生的费用，先在长期待摊费用中归集，待小企业开始生产经营当月，一次性计入当期损益。
所得税相关法规规定：纳税人筹建期间发生的开办费，应当从开始生产、经营月份的次月起，在不短于5年的期限内分期扣除。
（六）广告支出扣除的差异
《小企业会计制度》规定：小企业广告支出全额计入当期营业费用。
所得税相关法规规定：纳税人的粮食白酒广告费不得税前扣除；除部分行业按8％标准外，纳税人每一纳税年度内扣除的广告费支出不超过销售收入的2％，超过部分可无限期向以后年度结转。
（七）业务宣传费扣除的差异
《小企业会计制度》规定：小企业业务宣传费直接计入“营业费用”。
所得税相关法规规定：纳税人每一纳税年度发生的业务宣传费，在不超过销售（营业）收入5％的范围内，可据实扣除。
（八）销售佣金扣除的差异
《小企业会计制度》规定：小企业发生的佣金支出直接计入“营业费用”。
所得税相关法规规定：纳税人支付给个人的佣金，除另有规定者外，不得超过服务金额的5％。
（九）借款利息扣除的差异
《小企业会计制度》规定：小企业筹集生产经营所需资金除为购建固定资产的专门借款所发生的借款费用外，其他借款费用均应于发生当期确认为费用，直接计入当期财务费用。
小企业为购建固定资产所发生的专门借款费用，在满足借款费用开始资本化的条件时至购建的固定资产达到预定可使用状态前，应计入固定资产成本；在固定资产达到预定可使用状态以后发生的，应于发生时计入当期财务费用。
所得税相关法规规定：
①纳税人从金融机构取得贷款的利息支出可据实扣除；对于从非金融机构取得的借款和集资的利息支出，在不高于按照金融机构同类、同期贷款利率计算的数额以内的部分，准予扣除，其超过的部分不得在税前扣除；
②纳税人从关联方取得的借款金额超过其注册资本50％的，超过部分的利息支出不得在税前扣除，也不能资本化。
非生产经营支出扣除方面的差异
（一）捐赠支出扣除的差异
《小企业会计制度》规定：小企业的捐赠支出直接计入“营业外支出”。
所得税相关法规规定：纳税人用于公益、救济性的捐赠在年度应纳税所得额3％（金融保险业1。5％）以内部分，准予税前扣除；企业直接向受赠人的捐赠不允许税前扣除；对农村义务教育、中国红十字会、公益性青少年活动场所、慈善机构、基金会的公益性捐赠可全额扣除。
（二）罚款支出扣除的差异
《小企业会计制度》规定：小企业的各种罚款、罚金、税收滞纳金均计入“营业外支出”。
所得税相关法规规定：纳税人违法经营的罚款和被没收的财物损失，各种税收的滞纳金、罚金和罚款在计税时不得扣除。
（三）赞助支出扣除的差异
《小企业会计制度》规定：小企业的赞助支出（取得广告发票的除外）直接计入“营业外支出”。
所得税相关法规规定：纳税人的各种非广告性赞助支出不得在税前扣除。