使后金“首尾狼狈”。即使袁崇焕本人也明白这一点，他说：毛文龙的东江（皮岛）一镇，“乃牵制之必资也”——是牵制敌人必须依靠的力量。
有鉴于此，后金始终把毛文龙看作眼中钉肉中刺，屡次派兵征剿难以奏效，试图招降也没有成功。皇太极无法做到的事情，袁崇焕帮他做到了，这就叫做“亲者痛而仇者快”。
以后的历史以惨痛的事实证明了这点。毛文龙被杀的直接后果，就是后金兵临北京城下的“己巳之变”。这一事件从反面证明，毛文龙的牵制作用一旦解除，后金就可以肆无忌惮地长驱南下。袁崇焕因此而被捕入狱后，官员们纷纷评论。有的人指出：毛文龙的部将有背叛迹象，不胜惊忧，海岛一旦落入敌人之手，足以成为明朝的大患，可以四处出击。有的人因为毛文龙部将哗变，指责袁崇焕是假公济私，当务之急是尽快把在京城的毛文龙之子毛承禄派去安抚。
但是为时已晚。毛文龙的部将孔有德、耿仲明等，在登州发动武装叛乱，几乎所向披靡，酿成山东大乱。它以一种讽刺意味向人们表明，毛文龙的军队，并非袁崇焕所说的那样只会冒饷不会打仗。不久，孔、耿率部投降皇太极，日后成为南下征战中一支相当有杀伤力的部队。当然，孔、耿的叛变责由自负，但是袁崇焕处死毛文龙，起到了为渊驱鱼、为丛驱雀的作用，是不可否认的。
几百年以后，历史学家谈起袁崇焕杀毛文龙这桩公案，意见十分分歧。
明清史前辈学者李光焘在1940年代撰写的长篇论文《毛文龙酿乱东江本末》，探幽索微，清理毛文龙史迹，为后人研究这一段历史扑朔迷离的史事奠定了坚实的基础。但是，他不知出于何种考虑，把毛文龙在东江（皮岛）的作用全盘否定，把他说得一无是处，死有余辜。这种毫无回旋余地的过于偏激的结论，与他的论文风格显得格格不入，令人费解。
无独有偶，1980年代研究袁崇焕的专家阎崇年，在《袁崇焕“斩帅”辨》中，从推崇袁崇焕为“民族英雄”的立场出发，为他处死毛文龙百般辩护，极力证明他杀毛文龙“一无错处”。用心颇为良苦，可惜过于感情用事，难以令人信服。
相隔四十年，一个说毛文龙“一无是处”，一个说袁崇焕杀毛文龙“一无错处”，何其相似乃尔！
1990年，尹韵公《袁崇焕诛毛文龙考》，对上述看法提出商榷，他援引辽东封疆大吏王在晋的话，来证明自己的观点：袁崇焕杀毛文龙，实际上是帮助后金消除“肘腋之患”；如果不杀毛文龙，后金“必不敢长驱而入犯”。我以为，尹韵公的观点，更加接近历史的本来面目。
德国近代历史学家兰克说，历史叙述应当是客观的、冷静的、无色彩的。这是我们的准绳，也就是说，应该不带任何偏见地恢复历史的真相。我无意为毛文龙翻案，只不过想把毛文龙之死的真相告诉读者。
己巳之变与袁崇焕的悲剧（1）
己巳之变
袁崇焕杀毛文龙，为后金军队大举南下解除了后顾之忧，他的直接后果，就是导致敌军越过长城、围困北京的己巳之变（按：崇祯二年是己巳年）。
崇祯初年，北方边防形势颇为吃紧，既要对付辽东的后金，又要对付漠南的蒙古。因为这个缘故，朱由检在任命袁崇焕为蓟辽督师的同时，根据袁崇焕的推荐，任命三朝元老王象乾以兵部尚书兼都察院右都御史，督师宣府、大同一线，抵御漠南蒙古。并且要求他们二人共同协调边防大计。
王、袁二督师面议的结果，不谋而合，主张是一致的，那就是“抚西以拒东”，可谓英雄所见略同。所谓“抚西以拒东”，意思是，在西面用招抚的手段对付蒙古，集中力量抗拒东面的后金。可惜的是，这一方略并未奏效。因为皇太极深知漠南蒙古地位的重要，极力拉拢，又是联姻，又是盟誓，又是封赏，力图获得同盟军，为他的南下寻找突破口。事实上，迹象已经十分明显，漠南蒙古勾结后金，为后金提供通道，成为不可忽视的隐患。
辽东明军内部同室操戈，袁崇焕杀毛文龙，为皇太极发兵南下提供了一个极佳时机。
崇祯二年（1629）十月下旬，皇太极率领后金与蒙古军队约十万之众，避开袁崇焕在宁远、锦州的坚固防线，绕道辽西，经过蒙古哈喇慎部，进攻明朝边防的薄弱环节——蓟门。很快突破喜峰口以西的长城关隘：大安口、龙井关、马兰峪，乘虚而入，几乎没有遇到什么有效的阻击，就兵临长城南面的军事重镇——遵化城下。
遵化县城距离北京不过二三百里，满蒙铁骑不日即可威胁北京。十一月初一日，北京宣布戒严。
袁崇焕身负蓟辽督师的重任，蓟州镇以及顺天府，都在他的辖区范围之内，敌军兵临遵化城下，他当然是责无旁贷的。于是，他立即派遣总兵赵率教前往救援。赵率教原任蓟镇总兵，现已改任山海关总兵，是一员悍将，又熟悉蓟镇一带情况，由他救援遵化，是最恰当的人选。他接到命令后，三昼夜赶到三屯营（蓟州镇驻地），十一月初四日在遵化城下和满蒙骑兵展开激战，被流矢射中而阵亡，全军覆没。第二天，遵化县城起火，守军崩溃，巡抚自缢，副总兵潜逃，总兵与妻子上吊自杀。
这显然是袁崇焕没有料到的，十一月初五日，他亲自率领部队增援，并且把部署情况报告朝廷：由总兵朱梅、副总兵徐敷教守山海关，参将杨春守永平，游击满库守迁安，都司刘振华守建昌，参将邹宗武守丰润，游击蔡裕守玉田，昌平总兵尤世威保护帝王陵寝，宣府总兵侯世禄守三河，保定总兵曹鸣雷、辽东总兵祖大寿守蓟州。袁崇焕自己居中调度。
十一月初十日，刚进入内阁的大学士成基命鉴于形势严峻，向皇帝推荐孙承宗为兵部尚书兼中极殿大学士，督理兵马钱粮，驻扎通州，确保京师安全。朱由检召见孙承宗，磋商京师防务大计。孙承宗是老资格的军事家，认为袁崇焕过于收缩于京师外围，是消极防守，他主张布防于蓟州、顺义、三河一线，而不赞成退守昌平、通州一线。因为三河位于蓟州与通州之间，守住三河，就可以挫败敌军进犯通州逼近北京的企图；也可以防止敌军南下香河、武清，包抄北京的南翼。
这是孙承宗比袁崇焕高明之处。袁崇焕此次增援北京，采取跟踪而不是阻击的战术，是一大错误。他发现敌军已越过蓟州向北京进发，居然指挥部队在后面跟蹑，于是乎，敌兵连续攻陷北京东面的屏障玉田、三河、香河、顺义等县，这不能不说是一招臭棋。十一月十五日，他赶到河西务，向将领们布置前往北京的行军方案，遭到将领们的反对。副总兵周文郁说，应该迎击敌军，不应该退守北京。而且按照惯例，边防军没有得到圣旨断断不可屯驻北京城下。袁崇焕固执己见，声称：为了救君父之急，虽死无憾。
这一决策，铸成大错。本来应该把来犯之敌阻挡在蓟州至通州一线，展开决战，确保京都的安全。他居然舍弃这个上策，先是跟蹑敌军，后又退守京都，在旁观者看来，这无异于纵敌深入，把战火引到京城之下。果然，袁崇焕的这种消极战术，引起住在京郊的达官贵人的极大不满，他们纷纷向朝廷揭发：袁崇焕名为入援，却听任敌军劫掠焚烧，而不敢稍有抗击，导致城外达官贵人的园林别墅被敌军蹂躏殆尽。
这种对袁崇焕极为不利的舆论，被皇太极所利用，巧施离间计，散布谣言说，他们与袁崇焕有密约在先，他故意引后金军队深入。此举激起京城内外民众的公愤。
袁崇焕在前往京城的途中，获悉这种舆论，上疏向皇帝引咎自责。皇帝倒颇为体谅，下旨安慰：卿驻防关外，兵力已经十分拮据，能够统兵前来，实属不易，希望一心一意调度，务收全胜，不必引咎。皇帝如此宽容，袁崇焕顿时安心不少。
不料，情况突变。十一月十七日晚，袁崇焕率军抵达北京的广渠门外，而后金军队也随之来到京城外围。第二天清晨，消息传开后，舆论哗然，人们争先恐后地传言：袁崇焕故意招引敌人。
赵吉士《寄园寄所寄》记载了当时的一个细节：兵部尚书派沈文学前往袁崇焕军营试探虚实，沈文学对袁崇焕说：皇上对你有知遇之恩，我知道你一定不会辜负朝廷。但是你的军队驻扎在城外，民众怎么识别你的忠诚？言官们含沙射影的弹劾，可以使你失去皇上的信任。况且你先前杀毛文龙，人们已经有所疑心，希望你立功自赎，如果稍不尽节，人们将会把你碎尸万段。
从这段谈话可知，朝廷上下对袁崇焕已经有所怀疑，埋下了日后悲剧的因子。而促成悲剧上演的是皇太极的一个阴谋。
皇太极的这一密谋，其实并不高明，类似于《三国演义》中的蒋干盗书。具体策划者是后金的高官范文程。在攻下遵化后，他向皇太极进献密策，实施反间计。皇太极在广渠门战败，嘱咐副将高鸿中、参将鲍承先，故意在俘虏的明朝太监杨某面前，低声耳语：今日撤兵，是皇上（指皇太极）的计策。刚才看到，皇上单骑冲入袁崇焕军营，有两人前来交谈。大意是与袁崇焕有密约，此事可以马到成功了。第二天，故意把杨太监放归。杨某立即进宫，把偷听到的情报报告给皇帝朱由检。
而这一切袁崇焕当然是毫不知情的。他正在广渠门率领总兵祖大寿，与敌军展开一场殊死战，迫使皇太极退兵南海子。
十一月二十三日，朱由检在平台召见袁崇焕、满桂、祖大寿、黑云龙等将领，以及新任兵部尚书申用懋。这时他已经获悉袁崇焕与皇太极有密约的情报，为了稳定军心，驱逐来犯之敌，也为了嘉奖德胜门、广渠门之战的有功人员，装出若无其事的样子。
袁崇焕虽然并不知道皇太极的反间计，但鉴于兵临城下的危局，颇感自咎，心中忐忑不安。接到皇上的召见令，做好最坏的准备，穿着蓝布衣服戴上黑色帽子进宫。见到同僚，极力夸张敌军势不可挡之势，企图迫使朝臣提出签订城下之盟，促成敌军撤退。他甚至扬言：他们来此就是要做皇帝，已经预定某一天登极。在一片惊讶疑惑声中，户部尚书毕自严大为失态，舌头伸出久久不能缩回。见了皇帝，他又强调局势危急，朱由检顾左右而言它，拒不表态，一味对众将领表示慰劳，并且把自己身上的貂皮大衣解下来，给袁崇焕披上，向他征询战守策略。袁崇焕提出，连日征战兵马疲惫不堪，希望进城修整，朱由检毫不犹豫地予以拒绝。看来皇帝对他已经有了戒心，只是没有流露出来而已。
经过此后几天艰苦的战斗，皇太极无心恋战，主动撤退，京城外围局势趋于平静。“己巳之变”的危机终于烟消云散。
袁崇焕被捕入狱
十二月初一日，朱由检作了一系列布置，任命司礼监太监沈良佐、内官监太监吕直负责北京的九个城门以及皇城（紫禁城）的防务，司礼监太监李凤翔负责指挥忠勇营、京营的军队。显然，这是把京城与皇城的警卫置于自己的直接控制之下，以防不测。做好这些准备后，他下令召见袁崇焕。
袁崇焕这时正在指挥军队追踪敌军。听到太监传达的圣旨：皇上召见，议论军饷事宜，立即丢下军务赶往宫中。由于上次召见皇上一如既往的信赖，所以袁崇焕不再有惶恐的心情。同时应召的有满桂、黑云龙、祖大寿等将领。当他在太监引导下来到平台时，满桂等人已经先到了。
朱由检直截了当向袁崇焕提了三个问题：杀毛文龙、敌军进犯北京、故意击伤满桂。他的言外之意，就是杨太监听来的皇太极与袁崇焕有密约的传言。他把先前的杀毛文龙与今日的带兵逗留京城，一并与“密约”联系起来。袁崇焕与皇太极之间并没有什么“密约”，听了这三个问题，丈二和尚摸不着头脑，一时语塞，无言以对。朱由检以为他默认了，就命满桂脱去衣服显示所受之伤，那意思是指责袁崇焕蓄意而为。其实，当时满桂在城北激战，袁崇焕在城南激战，互不相干。皇帝的意思是，袁崇焕与敌人既有“密约”，故意击伤本方将领。
袁崇焕没有声辩，朱由检也没有继续审问，就厉声下令：“着锦衣卫拿掷殿下！”锦衣卫的士兵一拥而上，把袁崇焕的朝服脱去，押解到西长安门外的锦衣卫大堂，投入镇抚司监狱。皇帝的这一决定，让朝廷内外的人们感到震惊，太出乎意料了！文震孟在日记中写道，获悉此事后，“余不觉顿足曰：噫，败矣……袁罪当诛，而此非其时也”。这大概是一般大臣的普遍心态，皇帝的�