吏部要求他担任一个人人都不愿意担任的职务，使得杨鹤处境十分尴尬。当时杨鹤已经是都察院的右佥都御史，协助都御史于汴处理院务；按照惯例，担任这一职务的官员是不应该转调外任的。但是，皇帝不但批准了吏部的会推，而且特地在平台召见了他，把平定民变的重任委托给了他。这使他诚惶诚恐，进退维谷，立即向皇上说明，臣实在没有戡定祸乱的才干，也没有治理边疆的阅历。朱由检却不以为然，一定要他担当这一重任。杨鹤不好再推辞，否则就有规避风险的嫌疑，而这不是他一贯的风格。
实在太勉为其难了。当皇帝询问他有何平乱方略时，从无军事经验的他只能泛泛而谈：“清慎自持，抚恤将卒。”皇帝欣赏的正是他这种“清慎自持”的作风，所以才任命他以都察院右佥都御史兼兵部右侍郎的身份总督陕西三边的军务。平心而论，杨鹤可以成为一名出色的御史，却难以胜任一名总督，这是用其所短，弃其所长。杨鹤日后在陕西的失败，朝廷有不可推卸的责任。
杨鹤怀着勉为其难的心情，踏上了去陕西的征途。抵达陕西不久，就遇上了“己巳之变”。当地驻军纷纷奉调“勤王”——保卫北京，陕西一下子陷于兵力空虚的状态，根本没有足够的军队去剿灭到处出现的“流寇”。这使杨鹤处于捉襟见肘的尴尬境地，不得不改变方针，由围剿改为招抚。这是事势的必然，不得已而为之。不过，话要说回来，在围剿与招抚之间，一介文人出身的杨鹤，当然比较喜欢招抚。
而这一抉择，恰恰与皇帝当时的主张不谋而合。
崇祯三年（1630）二月，总督杨鹤正忙于督促勤王兵前往省城，造反武装乘机攻打宜川县城，包围韩城。陕西巡抚刘广生截留勤王兵反击，解了韩城之围。皇帝朱由检获悉此事后，作出如下批示：由于招抚失宜，才导致民穷为盗，陕西地方官今后还必须“察吏安民”，营造“平康之治”。在他看来，民变是因为“民穷为盗”，而“民穷为盗”是因为政府的招抚失宜，今后如果在“察吏安民”方面下功夫，在安抚、抚恤、招抚民众方面下功夫，那么“平康之治”并不难实现。
此后陕西籍的御史王道纯向皇帝报告：陕西“流寇”之患已有三年，而人情仓皇震动，是什么缘故？原因在于三年没有下雨，一斗粟卖到白银五钱；军队长年缺饷，士兵饥寒。在这种情况下，绿林好汉一声号召，风声鹤唳，强者攘臂而造反，弱者俯首而跟进，贫者企求以此暂缓死亡，富者也可以苟且偷生，于是乎局面不可收拾。朱由检很赞同他的分析，指示有关部门，饥民聚众造反，是因为地方官招抚、抚恤失当，要求延绥巡抚洪承畴以招抚为主、以围剿为辅。几天以后，他再一次重申：只要招抚、抚恤得法，“自然盗息民安”。也就是说，如果地方官在“抚”字上下功夫，自然而然就可以达到“盗息民安”的境地。
崇祯四年（1631）正月，朱由检在接见进京朝觐的陕西、山西官员时，面授机宜，明确提出“宜抚不宜戮”的方针：“流寇”也是朝廷的赤子，宜于招抚，不必专门杀戮。
与此同时，他批准了杨鹤的招抚部署。杨鹤的部署概括为八个字：“抚局既定，剿局亦终”——招抚搞好了，围剿也就不必了。他在奏疏中写道：延安一府十九州县，有“土贼”、“流贼”四大伙，围剿多次无法剿灭。但是招抚也不易了结，关键在于招抚以后，把这些人安插到什么地方？因此必须有切实的赈济措施，使他们有粮食糊口，然后才谈得上解散；解散之后还必须安插，要切实给予耕牛、种子，使他们回到农村恢复生业。如果照此办理，那么，“土贼”、“流贼”有生之乐，无死之心，自然而然就接受招抚。这就叫做：“抚局既定，剿局亦终。”
朱由检对他的抚局主张十分欣赏，尽管有大臣反对，也不为所动，仍一如既往支持他。问题是赈济、安插都需要朝廷拨发钱粮，大臣们讲了一年，朱由检都下不了决心。如今为了抚局，决心孤注一掷。促使皇上下决心的是兵部职方司郎中李继贞和陕西巡抚练国事的奏疏。
李继贞说：他主张在陕西实行赈济，皇上如果用数万金钱救活数十万生灵，使农业恢复，赋税常供，所得到的决不止数十万。而且赈济赏功之后，依附“流贼”的民众自然就会涣散，“流贼”失去党羽必然溃败。
练国事说：陕西庆阳、平凉灾荒严重，西安、凤翔形势危急，甘肃、宁夏军心动摇。为了挽救时局，请求皇上拨发数十万两银子赈济。
李继贞抓住练国事报告的情况，再次重申：招抚并非招抚“流贼”，而是招抚跟从“流贼”的饥民；已经跟从“流贼”的饥民有限，没有跟从“流贼”而势必跟从“流贼”的饥民是无限的。如果能够尽心赈济，把接受招抚者精心安插，那么将化跟随“流贼”者为人民，“流贼”就涣散而孤立。
朱由检既然主张“宜抚不宜戮”，赞赏杨鹤的抚局，赈济当然就是题中应有之义，于是他下了一道诏书：陕西屡遭灾荒，小民丧失生计，被迫跟从“流贼”。他们都是赤子，不应遭受颠沛流离的苦楚。今日特地拨发白银十万两，命御史送去，赈济受灾地方，并且晓谕人民，胁从归正，就是良民，一体给予抚恤。
几天以后，他任命御史吴颂夭Φ幕使诳庖蛄剑巴挛麝饧茫懈А傲髟簟薄�
招抚神一魁
杨鹤得知皇上大力支持他的“抚局”，御史吴丫忧袄搓饧茫头趴纸耪箍懈Чぷ鳎酝际迪帧案Ь旨榷ǎ司忠嘀铡钡哪勘辍�
然而，此时此际陕西造反大军点燃的星星之火已成燎原之势，到处都是高举义旗的造反武装驰骋纵横，使得当局剿不胜剿，那么“抚”能够奏效吗？也难。突出的问题是，在饿殍遍野的三秦大地，如何安插那些接受“招抚”的“降丁”？陕西的封疆大吏似乎觉察到不祥之兆，纷纷对杨鹤的主抚倾向表示不满。陕西巡按御史李应期向朝廷报告，杨鹤的招抚政策实施以后，固然有王子顺、张述圣、姬三儿等小股“流寇”陆续来降，但王嘉胤等大股“流寇”仍然在延安、庆阳一带活动，攻陷城堡。总督杨鹤一意主抚，继续与陕西巡抚刘广生联手，派出官员四处招降，又有黄虎、小红狼、一丈青、龙江水、掠地虎、郝小泉等小股武装接受招抚。杨鹤、刘广生发给他们“免死牌”，安插于延绥、河西一带，又没有妥善管理，结果导致这些地区遍地都是“降丁”，他们四出抢掠，成为新的“寇患”。在朝的言官也对杨鹤的抚局有所非议。
为了摆脱来自内外的压力，为了向朝廷显示招抚的功效，杨鹤匆忙策划了招抚陕西最具战斗力的“流寇”首领神一魁。
神一魁是近来接连攻克宁塞、新安、保安等地的神一元之弟，崇祯四年（1631）正月，神一元被定边副将张应昌击毙，部众公推神一魁为首领。神一魁率领部众攻克合水县，包围庆阳府城，声势很盛。
杨鹤前往宁州，派宁州知州周日强前往招抚，并且命令定边副将张应昌退兵。神一魁派头目刘金、刘鸿儒在宁州官员陪同下，向杨鹤请求招抚。
招抚仪式搞得很有气派。杨鹤向他们打开宁州的城门，表示青天白日之下，没有一丝一毫可疑之处。神一魁的大小头目六十多人向总督大人投降，送回先前俘虏的合水知县蒋应昌，以及保安县知县印信一颗。杨鹤看到神一魁确有悔罪输诚之意，就与宁州知州周日强商议，对于他们的归顺，必须表示一定的礼节。于是，在宁州城门楼上设置龙亭，令投降的头目叩头行礼，三呼万岁。然后要他们抬着龙亭，在“圣寿无疆”、“太平有象”两面杏黄旗引导下，进入杨鹤的总督行辕。杨鹤率领文武官吏、军民父老，向龙亭御座五拜三叩头，州学生宣读皇帝圣谕。然后，杨鹤带领降兵头目前往关帝庙焚香发誓，降兵们争先恐后扛抬杨鹤的轿子，围观的民众欢声雷动。
七天后，神一魁前往宁州拜见杨鹤，杨鹤宣布赦免他的罪责，授予他守备官职，发给降兵们饥民们招抚“印票”，遣送回乡。
杨鹤以为招抚大功告成，立即报告皇帝，除了报喜之外，他强调指出以下几点，其实是为招抚陈述理由：一，神一魁所部虽然是叛乱的边镇士兵，但倡乱者是少数，胁从者是多数，从感情上有招抚的可能；二，神一魁已经投降，如果为了贪功而妄杀，势必加速祸乱，不得不招抚；三，臣担任总督以来，“流寇”愈剿愈多，剿者自剿，乱者自乱，剿法已经黔驴技穷，不得不招抚；四，陕西连年灾荒，让“群盗”解散回归农村，太平才有指望，否则将乱无终日，不得不招抚。在充分说明招抚实乃形势所迫之后，杨鹤调转笔锋，针对言官对他的弹劾，希望皇帝另请高明。他说：自己知道职责履行无方，请求皇上另外指派久历边陲而又熟知军事的大臣，代替总督之职，前来一鼓荡平“流寇”，自己愿意绑赴京师接受死罪。
朱由检看了奏疏，得知神一魁受抚，喜出望外，同时能够理解杨鹤对于言官们的弹劾所发的牢骚，当然不会另派大臣取代杨鹤。他在给杨鹤的圣旨中写道：“杨鹤相机招安，允协朕意。”向杨鹤表明，他对于抚局是极为满意的。
朱由检未免高兴得太早了一点，杨鹤的“抚局”并没有像他估计的那么有成效。在招抚过程中，杨鹤为了显示诚意，下令官军全部安营休息，没有总督的军令，不许妄杀一人。神一魁及其部队的建制没有摧毁，并且毫无约束，因此杨鹤要他们发誓，或者投奔官军，或者解甲归田，他们大多阳奉阴违，我行我素。形势已经趋于失控了。正如文秉在《烈皇小识》中所评论的那样，神一魁从此把招抚看作儿戏。
最大的问题在于，数量众多的为饥饿所迫的造反大军，一旦接受招安，如何安置，是一个棘手的难题。接到杨鹤命令，安置神一魁部众的延绥巡抚洪承畴，为此大叹苦经：解散安插讲起来容易，做起来很难。村落早已成为废墟，没有住处，没有食物，数以千计的人何以度生？押回原籍未必肯回，解散又无处可散，实在是千难万难。奉旨前往陕西赈济的御史吴部吹搅宋侍獾闹⒔幔骸傲骺堋敝写蠖嗍切泊拥募⒚瘢绻唤馍ⅲ敲搓饧煤廖抟娲ΑＵ邪膊⒉荒眩丫湍言诮馍ⅰ＝馍⒌哪汛υ谟冢够┍涞氖勘匦禄毓槎游椋丛路⑩茫皇辜⒚穹祷卦⒏肿樱盟前采�
杨鹤自己并非不知，神一魁部众归降后，有两条出路：原先的士兵回归军队，原先的农民回归农村。然而陕西之乱起于灾荒，如今奉旨招安之后，如果不稍为赈济，终究不能让他们摆脱死地。因此他向朝廷申请银子二万两，作为降丁的“续命之膏”。这谈何容易！
不久，就出现了“倏抚倏叛”——刚接受招抚，又重新反叛——的现象。得知这一情况，朱由检逐渐明白仅仅依靠招抚不能解决问题，因此指示封疆大吏，对于“阳抚阴逆”（表面上接受招抚，暗地里继续叛逆）的“流寇”，总督、巡抚一定要用心整顿兵马，迅速平定。
杨鹤早就领教了“阳顺阴叛，一面求抚，一面抢掠”的对手，既然皇帝要求迅速平定，他就照办。打了几个胜仗，就以为“贼兵屡败，如秋林之叶，摇落变衰”，只要不停地围剿，剿一处就抚一处，抚一处就安插一处，一定可以迅速荡平。
抚局之败
杨鹤的过分自信，导致他“抚局”的第一次失败。
崇祯四年（1631）七月间，独行狼、李老砦攻打中部县（今黄陵县），先前已经接受招抚的田近庵、恶虎、翻山虎、韩至山等，再度反叛，与之遥相呼应。
这一事件影响巨大，也粉碎了杨鹤的海口——“贼兵屡败，如秋林之叶”。他自知难辞其咎，就向皇帝提出，愿意赴京请罪，由一向主张围剿的延绥巡抚洪承畴代理总督。皇帝不同意，要他“悉心料理”，不得随便推卸责任。
在此之前，陕西巡按御史李应期已经把陕西“旋抚旋叛”的局面，归咎于杨鹤的一意主抚。朱由检任命吴鋈紊挛餮哺В瞬榇耸隆Ｎ猱‘经过核查，虽然为杨鹤澄清了一些外界的讹传，如杨鹤在大街上张贴布告“有言剿贼者斩”，并无其事。但还是如实反映，由于招抚，一些“降丁”遣散到乡村，在当地百般骚扰，百姓称为“官贼”，对“招抚”痛恨之极。有的官员责备杨鹤“主抚不主剿”，使得局面难以收拾。
杨鹤经受不住如此重压，精神趋于崩溃，向皇帝提