左良玉果然没有让杨嗣昌失望，崇祯十三年（1640）二月，在四川太平县（今万源县）的玛瑙山打了一个大胜仗。张献忠落荒而逃，遁入兴安、平利山中。左良玉乘胜追击，歼灭他的精锐部队三千五百人，其中包括大头目扫地王曹威（又名一丈青）、前营将领白虎宗霍、中营将领邓天王张守安等，生擒张献忠的妻妾高氏、敖氏与军师潘独鳌等，缴获张献忠金印一枚、张献忠使用的镂金龙棒一根、镀金大刀一柄。
朱由检接到杨嗣昌的报告，对这位督师辅臣初战告捷非常高兴，立即召见刚刚由宣大总督提升为兵部尚书的陈新甲，要他嘉奖前方将领，并且特地拨发白银五万两、锦帛一千匹犒赏三军将士。为了奖励此次玛瑙山大捷的头号功臣左良玉，他决定赐予他“太子少保”荣誉头衔。他似乎意犹未尽，三月初五日，给远在千里之外的督师辅臣杨嗣昌发去亲笔手谕，赏赐给他内库银一万两、斗牛服一袭、鞍马二份，还特别抒发了离别之后对他的思念之情：卿自昨年九月初六日辞朝至今，半载有余矣！无日不悬朕念，与行间将士劳苦倍尝，而须发尽白，深轸朕怀。又闻卿调度周密，赏罚严明，深慰朕平寇安民之意。字里行间流露出对杨嗣昌的特殊感情，连“须发尽白”这类细节，也挂念在心。此前在中原战场上洪承畴、卢象升也屡次奏捷，从未引起皇帝如此眷顾，如此动情，唯独杨嗣昌有此殊荣。既然皇帝如此看重，如此亲如家人的牵挂，又殷切期望他“早奏荡平”，令杨嗣昌感动不已，如不拼死在疆场，将无以为报了。
“尽瘁堪悯”：杨嗣昌之死（1）
与下属关系一筹莫展
杨嗣昌无论如何没有料到，玛瑙山大捷之后，他再也没有打过像样的胜仗。原因当然很复杂，其中重要的一条就是，他这位“督师辅臣”竟然成为矛盾的焦点，与下属以及封疆大吏的关系没有协调好。最为失策的是，与英勇善战的左良玉关系搞僵。
张献忠在玛瑙山落荒而逃时，左良玉在后面紧追不舍，情急之际，张献忠心生一计，派亲信马元利带了礼物去游说左良玉，劝他不必苦苦相逼，离间他和杨嗣昌的关系。对他说：杨阁部之所以看重你，是因为有张献忠存在，你为什么不好好想一想，你一向听任部下肆意抢掠，杨阁部对你有所猜疑，如果张献忠不存在了，那么你的死期也不远了。这些话说得有理有据、合情合理，左良玉听得心动，就网开一面，故意放张献忠率领残部逃去，使得他有时间在山中招集溃散士兵，重整旗鼓。左良玉在竹山一带作壁上观，按兵不动，向杨嗣昌佯称有病，不便行军。
左良玉在竹山托病，还有另外一个原因，那就是杨阁部对他将信将疑，令他失望。杨嗣昌原先积极向皇帝保荐左良玉为“平贼将军”，后来看到左良玉飞扬跋扈，难以控制，而陕西将领贺人龙也是骁勇善战的帅才，于是向兵部尚书陈新甲提议，用贺人龙代替左良玉为“平贼将军”。很快，得到了皇帝的批准，杨嗣昌却反悔了，他唯恐此举引起左良玉反感，何况贺人龙的兵力与战绩都无法与左良玉相比，很难取而代之。于是向皇帝请求收回成命，仍用左良玉为“平贼将军”。如此优柔寡断，出尔反尔，结果两面不讨好，失去了左、贺两员大帅的信赖。正如文秉《烈皇小识》所说，左良玉因为“平贼将军”印被夺，感到惭愧；贺人龙因为“平贼将军”印得而复失，感到不满、怨恨。此后，两人互相推诿，不再深入前线，以致张献忠得以重整旗鼓，都是杨嗣昌失去二帅之心导致的结果。
杨嗣昌明知左良玉托病，却不得不写信去慰问，对他的消极态度表示理解。他在信中说：张献忠在深山峭壁之间，插翅难逃，将军如果严督穷搜，断然可以活捉。然而你却引兵退回，为什么？我想大概是荒山峻岭之中断了粮饷，大兵难以驻扎，将军不得已而出此下策。这就为他的退兵留下体面的台阶。但是，关于“平贼将军”的出尔反尔，难以自圆其说，只好挖空心思加以掩饰，把责任推到兵部，说：兵部文件用贺人龙代替你为“平贼将军”，我已经上疏制止了，不久一定可以得到皇帝谕旨，“平贼将军”非你莫属。
左良玉对杨阁部的这种诡辩根本不信，因为贺人龙早就把真相告诉了他：杨嗣昌曾私下许诺，由贺代替左为“平贼将军”，又反悔食言，谎称以后再议。使得贺人龙大为恼怒，把经过向左良玉和盘托出。因此，杨嗣昌再三解释也无济于事。只得用皇帝来压他：张献忠想进入四川，这正是你报答皇恩之时。但是，左良玉不为所动，依然在竹山高卧，不肯进山搜剿。
对杨阁部怨恨之极的贺人龙也在消极观望。各省总督、巡抚有自己的小算盘，都想乘机从围剿中抽身。杨嗣昌事先传达皇帝的圣旨：命令陕西总督郑崇俭和他手下的副总兵贺人龙、李国奇，“留蜀协剿”。郑崇俭阳奉阴违，写信给杨嗣昌，声称：他率领陕西军队，与左良玉派来的偏将在太平县境内得不到粮饷接济，只得按兵不动。气得杨嗣昌无话可说，责问四川巡抚邵捷春：太平县在你的管辖范围之内，事先早已提醒你措办粮饷，居然置若罔闻，左良玉、郑崇俭都以“无粮”为借口而退兵。费尽心力围剿的“流寇”，如果因此而脱逃，你如何为自己解释？
陕西总督郑崇俭干脆在川北“生病”，杨阁部调他会师大宁，他反而退回陕西境内，贺人龙、李国奇也以粮饷武器缺乏为借口，跟随郑崇俭回到陕西。尽管杨嗣昌抬出皇帝的“留蜀协剿”圣旨，指责他们简直是“委君命于草莽”，郑崇俭、贺人龙、李国奇依然我行我素。朱由检得知这一情况，下令把郑崇俭革职查办，任命丁启睿代理陕西总督。
四川巡抚邵捷春是一个草包。杨嗣昌原本想把张献忠、罗汝才围歼于湖广、四川边界的竹山、竹溪、巫山、大昌、大宁之间，由于左良玉的偏将张应元、汪云凤，以及郑崇俭的主将贺人龙、李国奇远在别处，隔岸观火，导致土地岭大败，张献忠、罗汝才直逼大昌。杨嗣昌命令邵捷春坚守大昌，询问他用哪些兵力防守，哪些兵力出击，兵力不足从哪里征调，防守兵力有没有补充，他竟然一问三不知。当张献忠、罗汝才大军压境之际，邵捷春借口大昌的上马渡、中马渡、下马渡三处渡口水浅地平，难以坚守，退守观音岩水寨，作为第一道防线，分兵把守夜叉岩、三黄岭、磨子岩、鱼河洞。张献忠进攻观音岩，守将邵仲光率部逃跑，使得张献忠从观音岩、三黄岭等处突破大昌防线。杨嗣昌赶到巫山，用尚方宝剑处死邵仲光。
张献忠、罗汝才越过大昌，向西进入开县、达州，势不可挡，如入无人之境。朱由检接到杨嗣昌的报告，立即下令逮捕邵捷春。然而败局已经难以挽回了。
“好个杨阁部，离我三天路”
杨嗣昌赶到重庆，下令各路将领在那里会师，然而各路将领或是按兵不动，或是虚与委蛇。张献忠指挥他的军队攻打汉川、中江，席卷什邡、绵竹、安县、德阳、金堂一带，所向披靡，守军纷纷弃城逃遁。正如《明史·杨嗣昌传》所说，造成了“全蜀大震”的局面。
张献忠由水路攻下简州、资阳、荣昌、永州、泸州。杨嗣昌束手无策，企图采用分化瓦解的手法，扬言赦免罗汝才，凡是投降者可以授予官职，唯独张献忠不予赦免，到处张贴布告：“有能擒斩张献忠者，赏银万两。”
具有讽刺意味的是，几天之后，在杨嗣昌的督师行营衙门中，出现了张献忠的传单，上面写着：“有斩阁部（杨嗣昌）来者，赏银三钱。”杨嗣昌吓出一身冷汗，怀疑左右布满了间谍。
此时此地，督师辅臣先前的威风已经烟消云散，斗志全无，一味向皇帝大叹苦经。一方面埋怨蜀兵的脆弱，蜀将的愚蠢，到了无以复加的地步；另一方面声称对手已经练成“至精至悍必死不降”的作风，“无生之路，有死之心，拼死恶斗”。这些话语流露出来的是，对张献忠心有余悸，早先的锐气早已丧失殆尽。皇帝要他“戴罪自赎”，他回答说，下属将领个个都是酒囊饭袋，只有他一个人在苦苦操心，已经无济于事。
其实他也未必高明，每天都在和幕僚饮酒赋诗，见到风景名胜就流连忘返；甚至拿出《法华经》当作法宝，说它可以诅咒蝗虫、遏制旱灾，叫地方官如法炮制。彭遵泗在《蜀碧》中感叹：“文弱（按：杨嗣昌字文弱）其将败乎？拥百万之众，戎服讲经，其衰已甚，将何以哉？”
张献忠的战术叫做“以走致敌”，意思是在运动中消灭敌人，运用得十分成功。从崇祯十三年（1640）八月在夔门击败张应元、汪之凤，到崇祯十四年（1641）一月在开县击败猛如虎、左良玉，半年之内，几乎跑遍大半个四川。杨嗣昌在后面苦苦追赶，累得上气不接下气，还相隔三天的路程。张献忠非常得意，一次在军营中乘着酒兴，随口溜出一首打油诗：前有邵巡抚，常来团转舞。
后有廖参军，不战随我行。
好个杨阁部，离我三天路。实在是真实而生动的写照。
杨嗣昌的尾随战术终于露出了危机，导致洛阳陷落、福王被杀，襄阳陷落、襄王被杀的严重后果，以至于自己也随之一命呜呼。
话分两头，各表一支。李自成听说张献忠在谷城起兵，立即召集部众前往会合。八月间，两支队伍相会于竹山、竹溪间，旋即分头进发。李自成从商洛山中向河南转移，杨嗣昌担心他进入中原，与左金王、革里眼会合，要左良玉堵截。李自成巧妙利用左良玉与杨嗣昌的矛盾，突破武关，进入河南淅川、内乡。这种动向对于中原战局的影响是巨大的，正如郑濂《豫变纪略》所说，李自成进入河南就好像老虎出笼，再也无法制服了。
果然如此。李自成攻下永宁，杀死万安王朱采，接着横扫熊耳山以西，攻打宜阳、偃师、宝丰、密县，各地饥民望风归附，部队很快增加到几十万之众，名声大振。李自成把自己的诨号“闯将”改为“闯王”。
崇祯十四年（1641）正月，李自成占领洛阳。洛阳是福王朱常洵的藩封地，此人富甲天下，却昏庸贪婪，又是个怕死鬼。被俘后，吓得浑身发抖，叩头求饶。李自成狠狠训斥他：你是亲王，富甲天下，河南饥荒，不肯拿出一分一毫赈济百姓，你真是个奴才！随即下令处死这个三百六十多斤重的大胖子，把他身上的肉，一块一块割下来，放在大锅子里面，和鹿肉一起炖煮，在西关周公庙举行一场“福禄宴”。农民军喝着酒，吃着福王肉和鹿肉，大快朵颐的同时，也解了心头之恨。
朱由检获悉洛阳陷落，叔父（福王）被杀，大为震惊，停止上朝三天，以示哀悼。二月二十四日，他在乾清宫东暖阁专门为此召见大臣，在场的有：内阁辅臣范复粹、张四知、谢陞、魏照乘、陈演，礼部尚书林欲楫，兵部尚书陈新甲，兵科都给事中张缙彦，驸马都尉冉兴让等人。
朱由检说：朕御极十四年，国家多事，又遭灾荒，到处人吃人，深感怜悯悲哀。近日流寇攻陷洛阳，福王被害，自己的亲叔都保不住，都是朕失德所致，惭愧至死。
见皇上说得声泪俱下，大臣们赶紧引罪，主动承担责任，朱由检连声说：否，否。
冉兴让说：这是气数。
范复粹也说：这是气数所致。
朱由检说：这也不能全怪气数，就是气数，也应当有人事补救。这几年来，何曾补救得几个？
话题从福王之死谈到战局，就牵扯到了杨嗣昌。礼科给事中李焻委婉地批评杨嗣昌督师不力，说他自从玛瑙山大捷之后，不再有捷报，威信渐挫，建议另派一员大将协助他。
朱由检立即为杨嗣昌辩护：督师（杨嗣昌）离开河南有几千里，哪里照管得到？鞭长莫及，你们也要设身处地为他想想。如果一味凭爱憎发表意见，就不对了。
虽然皇上支持杨嗣昌，另一位给事中章正宸还是赞成李焻的意见，认为福王之死杨嗣昌负有不可推卸的责任。
“呕血伤心，束身俟死”
近日来，朱由检一直在担忧其他藩王的命运，唯独不担心襄阳的襄王，因为襄阳是杨嗣昌的督师衙门所在地，有重兵驻扎。然而，最为安全的地方，恰恰是最不安全的。正当他在武英殿向左右近侍询问，开封的周王近况如何时，突然，宗人府官员传来襄王次子朱常澄的紧急公文。他大惊失色，推案而起说：难道襄王也不免于难了么？迅速打开公文一看，原来是二月初五日，张献忠的部队进入襄阳，俘虏襄王朱翊铭�