京城的官僚士绅还蒙在鼓里，满怀希望地迎接“报君父之仇”的吴三桂，西江米巷的富商合资为吴襄家买了三十多口棺材，为吴家殡葬。他们正在伸长脖子盼望太子的到来。
五月三日，一干人等准备了法驾、卤簿，在朝阳门外迎候。忽然，远处尘埃飞扬，大家匍匐在地，呼喊着：迎接太子驾临！殊不知，进入北京的不是太子，而是穿着异样服装的清朝摄政王多尔衮。多尔衮乘坐豪华的銮舆，由骑兵护卫，进入朝阳门，直奔紫禁城。顷刻之间，紫禁城又由“大顺”易主为“大清”。
吴三桂在这几十天里的行动，后来受到极大的非议，原因是众所周知的，也是可以理解的。人们必须追问的是，当时人们对此也是非议的吗？答案是否定的，南明小朝廷和遗老遗少对他是赞扬备至的。
五月十五日在南京匆忙建立的南明小朝廷，以明朝正统的继承者自居，对吴三桂的“借夷破贼”，大为赞赏，因为此举赶跑了李自成，报了“君父之仇”。弘光皇帝（即福王）专门为此发布诏书，嘉奖吴三桂“借夷破贼”的功劳，封他为蓟国公，赏赐五万两银子、十万担大米，由海路运往天津，向吴三桂讨好。到了七月份，南明小朝廷更加深信“借夷破贼”的方针十分可取，打算和进入北京的清朝当局联手，采取进一步的行动。于是，派遣兵部侍郎兼都察院右佥都御史左懋第为正使，太子太傅陈洪范、太仆寺少卿兼兵部郎中马绍愉为副使，打着“经理河北，联络关东军务”的幌子，前往北京谈判。使节们带去了白银十万两、黄金一千两、绸缎一万匹，作为感谢清朝的礼品。
为了配合谈判，刘泽清、陈洪范、马绍愉分别写信给吴三桂，希望他能够从中斡旋。刘泽清在七月三十日发出的信件，除了向他报告已经封他为蓟国公的消息，还对他“借夷破贼”表示支持，说：本人早已有联合清朝剿灭李自成的想法，你的举动与我不谋而合。透露了南明小朝廷与吴三桂持有完全相同的立场，因而建议吴三桂与清朝联合的同时，与南明联合，继续追剿李自成。陈洪范、马绍愉八月初一在北上途中发出的信件，表达的也是同样的意思，感谢清朝“助兵之义”，嘉奖吴三桂“破贼之忠”；并且提出，南明愿意与清朝签订友好条约，互通贸易，“两家”成为“一家”，目标是“同心杀灭逆贼，共享太平”。
甚至连史可法这样具有民族气节的高官，也持有相同的观点。清朝的摄政王多尔衮对于南明小朝廷的建立，非常不满，写信给在扬州的督师大学士史可法，明确表示：清朝入主北京，是从李自成手中夺取的，并不是从明朝手中取得的，南明必须取消国号，臣服于清朝。史可法在给多尔衮的复信中，免不了要为南明辩护一番，接着就对清朝表示感谢：我大将吴三桂向贵国借兵，赶走李自成；贵国又为我先皇帝后发丧，扫清宫阙，安抚黎民，这些举动震动历史，光耀现代，所有大明臣子无不感恩戴德，长跪地下，向北顶礼膜拜。他希望多尔衮继续抱着同仇敌忾的精神，与南明联手，“共枭逆贼之头，以泄敷天之忿”。如果能够这样，那么贵国的道义将照耀千秋，“从此两国世同盟好，传之无穷”。
当然这是南明小朝廷一厢情愿的幻想，后来事情的发展大家都已经看到了。但是，由此一端可以看出，在南明和遗老遗少心目中的吴三桂形象，和以后历史学家的评论，是大相径庭的。
清初，吴三桂以平西王头衔驻扎于云南昆明，与陈圆圆依然伉俪情深。后来吴三桂纳妾，性情恬淡的陈圆圆主动让步，出家为尼，法号寂静。
皇太子生死之谜
与明朝国祚休戚相关，皇太子和他的两个弟弟的下落，成为明清鼎革之际引人注目的焦点。在兵荒马乱的改朝换代之际，缺乏顺畅的信息来源，关于太子等三人的下落，都是道听途说的小道新闻，被野史记录下来，矛盾和歧异是在所难免的。以下是笔者从矛盾的陈述中清理出来的一些传闻，未必一定是信史。
却说亲信太监接受崇祯皇帝嘱托，藏匿了太子等三人。李自成进入北京后，发布悬赏令，寻找这三个重要人物的下落。太监见利忘义，为重赏所利诱，很快交出了这三个人，邀功请赏。李自成鉴于他们还未成年，没有处死他们。太子乘机向李自成提出三条建议：第一，不可惊动祖宗陵寝；第二，迅速安葬父皇、母后；第三，不可杀害百姓。从以后的事态发展来推断，李自成似乎接受了这些建议。
李自成出征山海关兵败后，把太子等三人，交给了吴三桂。多尔衮命令吴三桂不得进入北京，向西追击李自成，吴三桂不得不把太子等送到太监高起潜处暂时落脚。
随着政权的迅速更迭，兵荒马乱之中，太子等三人便不知下落了。野史传闻多种多样，有的说，他们后来到了外公周奎家中，还和长平公主见过一面，大家抱头痛哭。皇亲周奎害怕引来祸水，把他们逐出家门，被巡逻的士兵逮捕。有关部门以为这是假冒的，刑部主事钱凤来奉命审问这三个假冒太子的犯人，非常顶真，叫来太监辨认，都说是真太子；又把他们送入宫中，考察他们对宫廷的熟悉情况，都对答如流。另一些投靠清朝的前明官员为了避免麻烦，极力证明太子是假的。一时间众说纷纭，真假莫辨。
摄政王多尔衮的态度很明确，不必继续争论，真假都无妨。随后处死了主张太子是真的官员，又在次年四月初四，公开布告天下，说太子是假的，然后把他们秘密处死。从清朝的立场考虑，这当然是最佳的处理方式，他们不愿意承认前明的太子，果断处死，是为了避免改朝换代之际引起民心动摇，以及政治上的连锁反应，是可以理解的。
被处死的太子究竟是真是假？还很难说。因为后来太子在南方出现了，引起了南明政坛的极大震动。皇太子生死之谜，愈来愈复杂。南明当局非常不欢迎这个太子，宣称是假的。
南明小朝廷既然打着继承明朝正统的旗号，理应欢迎太子的出现，为何千方百计要证明他是假的，似乎令人费解。
其实稍加分析就可以明白，关键是权力的争夺，或者说是权力的归属问题。福王朱由崧已经登上皇帝宝座，把明年改为弘光元年，崇祯皇帝的嫡亲太子出现，势必威胁到朱由崧的帝位，引起权力再分配的一系列问题。
他登上皇位不久，就考虑到这个棘手的问题，制造舆论，证实太子已经死亡。消息的直接炮制者就是淮扬巡按御史王燮。据黄宗羲《弘光实录钞》说，这是掌握南明小朝廷实权的内阁大学士马士英密谋策划的。由于南京的南明政权建立之初，人心都希望先帝的血脉——太子继位，马士英密令王燮假造太子已死的消息，断绝人们的希望。他已经把朱由崧捧上皇帝宝座，由自己牢牢地控制了朝廷大权，当然不愿意太子真的出现，打乱现有的政治格局，所以很快给朱由检追加谥号为“烈皇帝”，庙号为“思宗”，与此同时，追加太子的谥号为“献愍”，永王的谥号为“悼”，定王的谥号为“哀”，正式宣布他们已经死亡，杜绝了太子再度出现的可能性。
然而，太子还是出现了。弘光元年（即顺治二年，1645）三月初一，太子从金华抵达南京，引起了轩然大波。
这是怎么一回事呢？由于这是当权者忌讳的话题，故而正史语焉不详，只有野史有所涉猎，比方许重熙《明季甲乙两年汇略》、计六奇《明季南略》、顾炎武《圣安本纪》、戴名世《弘光朝伪东宫伪后及党祸纪略》等。把他们的叙述加以综合，来龙去脉大致是以下描述的样子。
慑于多尔衮的命令，吴三桂不得进京，他在途中释放太子，在皇姑寺把他交给太监高起潜。高起潜和太子前往天津，由海路抵达扬州。他发现南明当局并不欢迎太子的出现，想杀死了事。他的儿子高梦箕（原任鸿胪寺少卿）极力反对，挟带太子渡江，辗转来到苏州、杭州。当时正好是元宵佳节，太子不堪旅途劳顿，在街上观灯时浩然长叹，被路人发现了身份。高梦箕害怕太子身份暴露会连累自己，便向马士英告密。马士英派太监李继周前往杭州跟踪，太子已到金华。李继周赶到金华，在观音寺中见到了太子。李继周原先在宫中当差，见过太子，有些面熟，下跪叩头。太子说：我认得你，姓名记不起了。李继周告诉他，奉新皇帝旨意，迎接小爷进京（南京）。
三月初一，李继周护送太子来到南京，首先报告马士英，然后报告弘光帝。弘光帝一面把太子安排在兴善寺暂住，一面派遣从北京南下的太监暗中察看真伪。不料两位太监一见太子，就抱头痛哭，见他衣服单薄，脱下衣服给他穿上。弘光帝听说后大为光火，说道：真假还没有搞清，怎么可以如此草率？即使是真的，让位与否，还要我点头，这厮竟敢如此胆大妄为。立即下令把两个太监处死，知道内幕的李继周也被毒死。
这种杀人灭口的做法，反映了弘光帝对太子到来的心虚，因为牵涉到“让位与否”的问题。他暗示臣下，不得轻率承认太子的身份。这就为太子事件定下了基调。此后的一切活动都是围绕这一点而展开的。
朱由崧派遣原先的总督京营太监卢九德前往探察虚实。卢九德知道皇帝的心意，见了太子不敢表明态度。
太子大声喝道：卢九德，你为何不叩头？
卢九德嘴上不承认，腿却软了下来，下意识地叩头，口中轻轻地说：奴才无礼。
太子接着说：多日不见，肥胖成这样，可见在南京享受了。
卢九德不敢分辩，叩头说：小爷保重。说罢，立即告辞。他对在场的人自我表白：我没有服侍过太子，太子为何这样说？看来有些相象，却认不准。
得到卢九德的报告，弘光帝意识到事态的严重性，禁止文武官员谒见太子。随后把他转移到锦衣卫都督冯可宗的官邸，秘密拘禁。他和马士英商量对策，马士英极力主张太子是假冒的，有三个疑点：第一，太子脱离虎口，应当直奔南京，为何前往杭州？第二，听说太子为人凝重，很少言语，此人能言善辩；第三，日前左懋第从北京写来密信，说北京也有一个假太子。基于这样的分析，他向弘光帝献计：派卢九德等太监和曾经为太子讲课的官员，盘问他关于先帝、永王、定王的生辰，以及宫中制度，所学功课，如果露出破绽，立即公开处决，以正视听。如果是真的，可以让他住进宫内，但不要让他出头露面，惑乱人心。
在这些人准备辨别真伪之前，弘光帝召见他们，先定下调子：太监审视后报告，都说面貌不对，语言闪烁。言外之意，这个太子是假的。因此一干人等审视的结果是在预料之中的，他们在向皇帝汇报时，异口同声地说，太子根本不认识这些官员，回答也文不对题。在场的大学士王铎大声喊道：是假的！结论得出来了，弘光帝喜形于色，嘉奖道：由此可见各位忠诚大节。
于是乎，太子被押入监狱。官方正式宣布：太子是驸马都尉王昺的侄子王之明假冒的。
于是乎，对假冒太子的王之明进行会审。会审之前，弘光帝亲自召见会审官员，向他们交代：如果太子是真的，朕的地位怎么安排？你们一定要认真对待。意思是会审结果必须证明他是假的。因此所谓会审，便成了一场提线木偶的表演。
三月初六，第一次会审。官员们故意出一些难题，如指认紫禁城地图，背诵讲课内容等。太子不耐烦地说：你们以为假就假，我原本不打算与皇伯（按：指弘光帝）争夺帝位。
三月初八，第二次会审。官员们指证太子是王之明假冒的。太子说：你们不承认也就罢了，何必为我更改姓名？又说，是李继周拿了皇伯的手谕来找我，不是我自己要来的。驳得审问官哑口无言。大学士王铎见情况不妙，赶紧下结论：千假万假总是一假，不必再审。
刑部尚书高倬、锦衣卫都督冯可宗匆匆草拟了一份审讯结论，这样写道：据王之明供认，此人十八岁，保定府高阳县人，买一头驴，与仆人出走，受人威胁利诱，假冒皇太子。
都察院随即在大街上张贴布告——“王之明假冒太子”。
如此荒唐的结论一公布，舆论顿时哗然。
江北四总兵之一、靖南侯黄得功首先发难，在奏疏中声称，太子未必假冒，先帝之子就是陛下之子，怎么可以不明不白就关进监狱？大臣中谄媚的人多，敢讲真话的人少，即使明白认识，谁敢出头证实而招来灾祸？他还警告，如果恣意妄为，本镇将带兵赶到南京，处死那些