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从第二年年初开始，晋军一路攻城略地，所向披靡，王濬率领着接连百里的水军船队从益州出发，沿长江顺流而下。他们造了几十个巨大的木筏先行开路，江里的铁锥都扎在木筏上，漂到远处去了。然后晋军又造了许多几十丈长的大火把，把它们放在船的前面，一遇到铁索就点燃火把，结果铁索纷纷被烧熔断开。此后的晋军势如破竹，直攻建业，东吴军队一败涂地，孙皓走投无路，只得向晋军投降。到这时，延续了半个多世纪的三国鼎立时代终于结束，天下重新归于一统。几百年后，唐代诗人刘禹锡在《西塞山怀古》中写道：“王濬楼船下益州，金陵王气黯然收。千寻铁锁沉江底，一片降幡出石头。”这充满了对这段历史的追思与感怀。
胜利的消息传到各处，却是有人欣喜有人愁。贾充在战争即将胜利的前夕仍然上表说东吴不易平定，请求司马炎撤回军队，还要求腰斩张华，没想到平定东吴的捷报却及时送到，让他很是难堪。不过司马炎倒是很理解这位老臣的心情，只是极力宽慰。朝廷中的文武百官纷纷向皇帝道贺，只有先前从吴国投奔来的孙秀没有参与，他回忆起当年二十岁的校尉孙策在江东创立基业的辉煌，不禁痛心疾首，向南方落泪不止，感叹说：“苍天啊，这究竟是谁的过错！”而在羊祜生前最喜欢登游的岘山上，襄阳的百姓们为他建起了祠庙，立碑祭祀，司马炎追思起当年羊祜为灭吴而进行的苦心经营，不禁也潸然泪下，说：“今天的这一切，都是羊祜的功劳啊！”
西晋的辉煌顶峰
孙皓被送到洛阳，晋武帝在大殿上见到他，说：“我在大殿上给你设这个座位已经很久了。”孙皓在统治国家上虽然没有才干，却也颇有骨气，当下回答说：“我在南方的时候，也给你设了这么个座位。”
贾充也不怀好意地问孙皓：“听说你在南方设了不少酷刑，有凿人眼睛，剥人脸皮的，这是什么刑罚？”
能言善辩的孙皓当然不会让贾充占了便宜，他回答说：“这种刑法是专门给那些弑君的奸臣准备的。”
贾充听了顿时面红耳赤，一句话也说不出来。司马炎也不生气，给孙皓安排了优裕的生活，又任命了许多随他投降的东吴大臣为官，还减免了东吴百姓的赋役，让江南人民对晋朝增加了不少好感，当地也因此稳定不少。
统一天下之后，西晋最辉煌的时刻来临了。自从东汉末年大乱以来，群雄并起，三分天下，其间不知有多少百姓兵士死于战争。如今和平时代终于来临，人们繁衍生息，国家又恢复了繁荣的景象。短短两年之间，重返家园的战争流民和新出生人口就有一百余万，占到了全国总人口的三分之一。
占田荫客制是西晋经济制度中最富代表性的政策。虽然它在形式上规定了人们占有田地的上限和下限，希望能籍此达到限制私人兼并土地并保证国家赋税来源，事实上却没有相关措施保证这些做法的实行，因此未能达到预期效果。宗室兼并土地的现象依然严重，依附豪强的流民日渐增加，都为日后的动乱埋下了隐患。但无论如何，这段时间都是三国两晋南北朝长期动乱中难得的太平时期，在西晋之后，当中国再一次走向统一时，已经是三百年之后的隋朝了。
平吴之后，司马炎的作风也渐渐变了。当他执政之初，曾经厉行节俭，削减各地进贡，禁止乐舞百戏和游猎器具，甚至连宫中牵牛用的青丝绳断了，他也要下令用青麻代替青丝。但到了后期，随着政权的稳定和社会经济的发展，整个统治集团奢靡成风，再也无法控制，不单石崇、王恺这样的大臣竞相斗富，就连司马炎自己也改了当初勤俭的习惯，日子越过越荒唐。
那时司马炎经常要花很多时间去游乐、宴饮，对国家大事越来越不在意。平定东吴以后，他选了吴国的五千名宫女进宫，嫔妃实在太多，他自己也不知道该去见哪一个，干脆就坐上用羊拉的小车在宫里转，停在哪儿算哪儿。有的人希望皇帝停在自己门前，就用盐水洒在门前的草地上，吸引羊儿停下。后来大家纷纷效仿，连羊都无所适从，不知道该停在哪儿了。
武帝后期，朝政握在了皇后的父亲杨骏以及杨骏的弟弟杨珧、杨济的手里。他们互相勾结利用，权倾朝野，时人称他们为“三杨”，许多朝廷里的旧臣都被疏远、贬退，朝廷渐渐显现出破败的气象。也经常有人向晋武帝提出规劝，晋武帝虽然心里明白自己做得不对，却也已经形成了习惯，而且这些事情处理起来千头万绪，他感到懈怠，不愿意再去做努力了。
难以理清的矛盾
扫灭东吴是司马炎人生中的一个辉煌时刻。但当外患解除之后，各种各样的内部矛盾又摆在了他的面前。许多开国帝王在建立国家时，面对的天下是一片废墟，他们尽可以在这张白纸上尽情挥洒，草创制度，一砖一瓦地按照计划建立起一个新的帝国。而司马炎则不同，他面前是一个已经颇有基础的国家，名义上他是个开国皇帝，实际上却不得不面对一个守成之君所必须面对的问题。朝中到处都是比他资格更老的元老和长辈，每一步举措都可能触动很多人的利益，引出数不清的麻烦和纷争。平吴之后，王濬和王浑两位功臣争功不下，司马炎封赏其中一方，就会引起另一方不满，最终皇帝也只能在他们之间疲于奔命，拼命消除来自双方的抱怨。在这种形势下，司马炎经常陷入进退维谷的境地，他只能时刻小心翼翼地维持各方面的关系，让它们不至于进一步恶化。
也正是因此，司马炎对于大臣们的建议总是显得很宽容，即使他们意见再激烈、态度再不客气也不怪罪。因为他明知道许多建议于国于民有利，却因为各种原因而不能付诸实施，也只能用和颜悦色的赞同来表示安抚了。就这样，虽然事出无奈，他却因此成了中国历史上对大臣劝谏最为宽容的皇帝之一。 尚书左仆射刘毅就是个直言敢谏的人。西晋时的人都很迷信吉兆福瑞，于是在司马炎受禅即位的当月里，全国就有六只凤凰、三条青龙、两条白龙和一头麒麟出现，成为改朝换代的祥瑞标志。在此后的一年里，各地又频繁出现祥瑞，算是对皇帝即位第一年的成绩的肯定。以后几年里，青龙、白龙又在各地的井里和湖泊里源源不断地出现，直到有一天连京城的武器库的井里都出现了龙，晋武帝亲自过去观看，觉得是难得的吉兆，忍不住喜形于色。众人正要向皇帝道喜，刘毅却泼冷水说：“当年有龙降落在夏朝，后来又在周朝出现，结果骊山烽火戏诸侯，周室从此衰微，可见有龙不一定是什么好事。”
又有一次，司马炎问刘毅：“如果把我和汉代的皇帝相比，我跟谁比较像一些？”
刘毅回答：“桓帝，灵帝。”
司马炎吃了一惊，怎么也想不到刘毅会认为自己与这两个皇帝属于同一类，很奇怪地问起原因，刘毅就说：
“桓帝和灵帝当政的时候就向外卖官，不过他们卖官的钱好歹还进了国库。可您现在把卖官的钱都收进自已腰包里，要是这么比起来，您还不如他们呢。”
司马炎没办法，只好大笑着自我解嘲说：“桓帝和灵帝的时候，可没有人敢向他们这么提意见。现在我有像你这么正直敢谏的大臣，说明还是比他们强一些。”
刘毅做官的时候，惩办起豪门权贵来毫不手软，就连皇太子奏乐进入宫门的行为违反了宫中的规定，他也毫无顾忌地向皇帝检举。有个姓羊的官员掌管皇帝的亲兵，他仗着自己曾经有恩于司马炎，多年来一直横行不法，刘毅就向武帝检举，认为应该把这个人判处死刑。武帝实在难以决定，就派司马攸悄悄去找刘毅求情，刘毅也只好答应放过。但这个人罪行太多，后来又被别人检举，武帝也没有办法，只能下令免职。但过了一阵，他又悄悄起用这个人，让他以平民的身份兼任职务。就这样，在皇帝的姑息之下，许多风气和不法之徒得不到惩治，社会风气和朝廷纲纪都受到了很大的影响。
兄弟之争
到了一定岁数，司马炎也不得不开始面临立继承人的问题。让他头疼的是，当年和他争皇位的弟弟司马攸现在又来和自己的儿子争继位权了。司马攸本来就才能出众，这些年来对未能即位心有不甘，于是着意树立自己的形象，以至于朝野归心，很多人都希望他能成为下一个皇帝。这让司马炎感到了威胁，觉得这个弟弟留在京城里太危险，就打算把他远远打发出去，命他去青州担任都督，并且一再催促他赶紧出发。
这下司马攸又气又恨，生了重病。他向司马炎申请去给太后守陵，但司马炎却不答应，派来御医给他看病。御医们知道武帝的心思，异口同声说司马攸没有病。其间许多大臣劝武帝让司马攸留在京城，说司马攸德才兼备，留下来会对朝廷有好处，这一下更让司马炎警惕起来，催促得更加急迫。司马攸的病越来越重，但他一向很重视自己的风度仪表，虽然已经病入膏肓，但去向武帝辞行的时候还是尽量维持着平时的神态举止，看起来和往常没有什么区别，结果更让司马炎怀疑他只是装病。
司马攸终于踏上了去青州的旅途，但没有几天他就吐血去世了。有人说司马炎直到这时才明白先前弟弟是真的生了重病，也有人说司马攸本来就是被司马炎授意害死的。但事实究竟如何，后人已经不可能得知了。总之，当司马炎前去吊唁司马攸的时候，听到司马攸的儿子痛哭着说他父亲的病是被医生给耽误了，就立即下令杀了医生，让他们做了替罪羊，随后下令高规格办理司马攸的后事。
在司马攸事件里，另一个受到牵连的人是贾充。贾充的一个女儿嫁给了司马攸，另一个女儿嫁给了太子司马衷，按说亲疏相同，下一步由谁来做皇帝，对他的利害关系都是一样，于是当初就有大臣找到他，希望他能支持司马攸。虽然当时贾充并没有发表意见，但是武帝知道了这件事，对贾充产生了怀疑，就剥夺了他的兵权，但依然优待备至。
那位嫁给太子的贾充之女，就是著名的贾南风。当她嫁给太子之前，司马炎已经打算选卫家的女儿做太子妃，而且他早听说过贾充的女儿脾气不好，长得又黑又矮又丑，又喜欢嫉妒，无论如何也不打算答应。但是贾充早已经打通了所有的关系，皇帝身边所有的人都异口同声说贾家的女儿长得非常漂亮，而且德才兼备，最后连晋武帝自己都怀疑起以前听到的消息有误，就答应了和贾家的婚事。
等到贾充老了，生了重病，回忆起自己这一生的所作所为，很担心朝廷会给他什么样的谥号，就对自己的侄子感叹说：“人一生的功过是非是掩盖不住的，时间一长自然就显露出来了！”没过多久，这位富有争议的人物就去世了。当朝廷给他议定谥号的时候，曾经有人建议应该定一个表示毁坏法纪的“荒”字，但司马炎不同意，还是给他定了一个“武”字。
失败的继承人
对于晋惠帝司马衷，后人一般认为他是个白痴皇帝。他留下的笑话太多，比如著名的“为何不食肉糜”，又比如他听到蛤蟆叫就问这蛤蟆是官家的还是私家的，大臣们都不知道怎么回答，最后有人说在官家叫的蛤蟆就是公家的，在私家叫的就是私家的，这才让他满意。但也有人提出异议，因为后来当惠帝遇到动乱时，嵇康的儿子嵇绍为了掩护他而死，鲜血溅到他衣服上，他就说这是忠臣的鲜血，不许别人将它洗去。如果从这件事看来，惠帝还是很明白大道理的。后来有人认为惠帝的智商和蜀国后主刘禅类似，只是运气不如后者，没有遇到诸葛亮那样的辅国大臣。
但无论如何，与聪明有为的司马攸比起来，司马衷确实差得太远。大臣们都对这个太子非常不满意，曾经有大臣借着酒醉，抚摸着皇帝的宝座感叹：“这个座位可惜了！”但司马炎只当做没听到。司马衷的妻子贾南风也是个厉害人物，她比司马衷大了两岁，和她父亲一样工于心计，把司马衷管得老老实实，事事都由她做主。有一次大臣在司马炎面前坚持说司马衷不适合当太子，司马炎也没有办法，只得发给太子一道奏章让他去提意见，贾南风就赶紧找人来代笔，写了篇很漂亮的文章打算交给�