常�11月4日下令解散国民党，阎锡山马上执行，三个月内将山西全省的国民党党部一律解散了，自己也声明脱离国民党。第二年夏，袁世凯改各省的都督为将军，阎锡山被任为同武将军，管理山西军务。从此他完全投靠了袁世凯，残酷镇压革命党人，并在全省军政机关中安排自己的同乡和亲信，以巩固自己的统治。
袁世凯的称帝心理此时无限膨胀，一时各省劝进之风弥漫，阎锡山争先请愿，三次致电北平，说什么“诚以中国之情，决不宜沿用共和制度”，“今日改定君主国体，正全国人民希望诞登彼岸之机会，其关系中国前途治安更巨且大。我大总统为4万万人所托命，以大有为之才，乘大有为之势，毅然以救国救民自任，无所用其谦让。”并指示山西商务总会和各处票号，假借山西公民等名义分电请愿，早废共和，而立君主。果然袁世凯称帝后封阎锡山为一等侯。不料袁世凯称帝后引起全国一片讨伐声，83天的皇帝梦很快就被粉碎了，袁世凯在惊恐中一命呜呼。这时阎锡山又开始其残酷的排斥异己的活动：逼迫曾一同革命过的旅长黄国良交出军权，离开山西；撤掉原来曾为他在袁世凯前大力周旋的董崇仁的晋南镇守使之职；又逼迫早年他弃城而逃远走包头时，为他出过大力的孔庚交出晋北镇守使之职。同时将旅长以下的军官均换成自己的亲信。此外，他又策划夺取山西省行政大权，赶走了前后两任省长，自己以护理（即代理）名义擅刻印信，兼任了山西省省长。这时已是1917年的9月了。当时在北京的中央政府由段祺瑞任总理，他是北洋军阀中的核心人物，实权在握。阎锡山立刻遣员入京活动，并拜段祺瑞为师。当时北京政府内部分裂加剧，总统黎元洪与总理段祺瑞矛盾日益加深，阎锡山第一个拥戴段反对国会。不久段祺瑞的总理被撤，他又紧随安徽省长倪嗣冲，宣布脱离北京政府。张勋搞复辟带兵入京，他又和段祺瑞一起声讨张勋。
1917年9月，孙中山先生领导的护法战争爆发，阎锡山按段祺瑞的旨意，派旅长商震率部赴湖南参战，反对护法战争，不料全军覆没。自此他接受教训，提出“保境安民”的口号，标榜“三不二要主义”，即不入党，不问外省事，不为个人权利用兵；要服从中央命令，要保卫地方治安。这样，他把力量集中用于本省的经营治理上，提倡以军国主义为内容的“用民政治”。他说：“无论帝国主义、国家主义或军国主义国家的政治，都是用民政治，非用民不足以图强。”“政府政策是军国政策，人民教育是军国教育，社会组织是军国组织。”这是他“用民政治”的思想基础，其内容则为推行六政三事：六政者，水利、种树、蚕桑、禁烟、天足、剪发（男人剪辫子）；三事者，种棉、造林、畜牧。在行政区划的管理上，他借用日本的“村本政治”，建立了行政网，编定村制，五户为邻，有邻长，二十五户为闾，设有闾长，选举地主豪绅为村长和村副，成立保卫团对青年进行军事训练。阎锡山的一系列政治措施，主观上是加强了对人民的统治，客观上对山西省的经济发展也起到了一定的保护作用，又由于山西所处的地理位置关系，使其摆脱了南北之争，暂时出现了社会比较安定、生产有所发展的景象。加上他大力宣传，以金钱名位拉拢名流和政客为他吹嘘，北洋政府遂授予山西“模范省”称号。
1924年，直奉战争爆发，直系和奉系军阀双方先后都派人和阎锡山联系，争取支援。阎锡山是何等样的人物？一见此场战争前途未卜，便借口力量薄弱，保持中立，并派人入京探查消息。不久，冯玉祥发动北京政变，曹锟和吴佩孚大势已去，政局了然，他即刻联合冯玉祥，拥护段祺瑞出山。两年后，直奉军阀联合发起反对冯玉祥的战争，阎锡山又借机扩张势力，一面拉拢冯玉祥，一面应付吴佩孚，最后又公开与张作霖、吴佩孚合作，夹击冯玉祥，使冯玉祥部败北，退守西北地区。阎锡山乘机将地盘扩大到绥远，收编了冯军诸部，部队扩充为十七个师又八个炮兵团，并改名为晋绥军。
1926年，北伐战争开始后不久，阎锡山曾派兵支援刘镇华围攻西安的杨虎城，而对全国战局持观察态度，不轻易出兵。北伐军占领武汉后，他应邀派代表赵丕廉去武汉研讨北伐事宜。赵丕廉到武汉后转至南昌与蒋介石会面，蒋说阎是老前辈，又是丈夫团里的人，盼他能早日举事。国民军委会并授予阎锡山北方国民革命军总司令之职，以促其出兵。但当赵丕廉返晋向阎锡山详述后，他仍不表明态度，也不就任总司令一职。直到次年6月，才以国民党山西省党部提议的名义，自任为北方国民革命军总司令，开始悬挂青天白日旗。此举使张作霖十分不满，派员来晋与阎好言相劝，要其与张合作，并以军政府副元帅相许，阎锡山未允。不久，张作霖派人来以检查部队为名，前往山西布置军事，此时阎锡山觉察到此棋是针对自己来的，于是公开与张作霖决裂，通电声讨张作霖，并兵分两路，分别沿京汉线、京绥线攻击奉军，意图从南北两侧袭击北京。刚开始，他的部队迅速占领了石家庄和新乐，后来却在战争中连连失利，被迫兵退山西，据固关、娘子关和雁门关死守。张作霖一时怒气冲天，调集几十万对人马山西大举进攻，但关塞险恶，久攻不克，部队伤亡惨重，最后也只好退出关外。此时冯玉祥部队受到奉军的威胁；阎锡山于是和冯玉祥联名请求下野后留居日本的蒋介石回国；主持北伐战争；共同对付张作霖。不久；蒋介石回国；就任国民革命军总司令。
1928年2月，蒋介石在徐州召开军事会议，改编军队，成立四个集团军。阎锡山就任国民革命军第三集团军总司令，次月，即出兵进攻奉军，夺下石家庄，收复大同，并指挥所部继续北进，进攻保定，欲夺取京津地区。同时，他派人潜入天津与日本驻军司令新井勾结，取得新井的允诺，支持阎锡山军占领保定，保证北京和天津拱手相让。于是阎锡山全力攻打保定，迫使张学良弃城北撤，阎锡山却不战而进入北平和天津，一时被蒋介石委任为平津卫戍总司令。这样，阎锡山就统治了晋、冀、察、绥四省和平、津两大城市，先后兼任国民党中
央政治会议太原分会主席和北平分会代主席、内政部长、晋冀察绥赈灾委员会主席、蒙藏委员会委员。
国民党军队驱逐奉军出关以后，蒋介石借编遣为名，开始削弱异己部队，激起其他派系军阀的不满，最终酿成了新的军阀战争。
当时桂系在西征唐生智和两次北伐过程中得到很大发展，自然成为蒋介石统一中国的巨大障碍。1929年春，蒋介石以桂系擅自免去湖南省主席鲁涤平为由，下令讨伐桂系。为了孤立桂系，蒋介石派人联络阎锡山和冯玉祥。3月29日，阎锡山发表通电，率先响应蒋介石的讨伐令。冯玉祥则采取骑墙态度，并欲伺机占领武汉，答应出兵助蒋讨桂。没想到，蒋介石很快就将桂系击败，兵不血刃地进入武汉。桂系一除，冯玉祥就成了蒋介石要迫切解决的问题。为了击败冯玉祥，蒋介石一面竭力收买冯玉祥的部将，一面离间阎冯的关系。
6月7日，蒋介石致电阎锡山，委任其为北路军总司令，要求阎锡山帮助他进攻西北军，迫使冯玉祥出洋。阎锡山在蒋冯冲突中，既想拥蒋压冯、又想联冯抗蒋。拥蒋压冯，是想借蒋介石的军事实力把西北军挤出豫、陕，以称霸中国北方；联冯抗蒋，是因为他知道蒋介石不能容纳异己，只有联冯，才能有力量抗蒋。因而，阎锡山对蒋介石的电谕讨价还价。他主张和平解决纠纷，并放出话来说他要和冯玉祥一起下野出洋。随后，阎锡山派人到天津购买船票，到日本安排住处，以此来要挟蒋介石。
蒋介石果然着急，立即使用各种手段，力劝阎锡山不要出洋。阎锡山以前曾多次邀冯玉祥到晋共商反蒋大计，但冯始终认为阎别有他图而没有入晋。冯玉祥看到阎锡山这次的举动，逐渐减少了怀疑，加上老友李书成的劝说，冯玉祥决心入晋。
6月24日，冯玉祥偕同妻子在李书成的陪同下到达太原。阎锡山在热烈地欢迎冯玉祥的到来后，并不立刻与冯商讨反蒋之事，而是想将冯把握在手上，进一步向蒋介石要价。蒋介石看到冯玉祥已被阎锡山掌握，马上到北平，并派吴稚晖、赵戴文、孔祥熙三人带着他的亲笔信到太原见阎锡山。请阎赴北平与他商讨西北军的善后事宜。阎锡山一面电请中央撤销对冯玉祥的处分，一面随同吴稚晖于6月30日来到北平。
蒋介石这时立即委任阎锡山为全国海陆空军副总司令，使阎处于一人之下、万人之上的地位。阎也答应蒋介石尽快解决西北军的问题。7月2日，阎锡山突然宣布“得病”，住进医院，闭门谢客。7月4日，他退掉了去日本的船票，并将冯玉祥诱至建安村软禁起来。
阎锡山一面诱禁冯玉祥，一面又召集部下开会，再次表示坚决与冯一道出洋。蒋介石看出阎是在演戏，就顺水推舟，派出方本仁等人去劝阎锡山不要出洋。阎锡山借机下台，到建安村向冯玉祥努力表白自己暂缓出洋并非本心，而是出于种种苦衷。
冯玉祥岂能看不出其中的把戏？但他不露声色，而是暗中设法拆散蒋阎联盟。冯玉祥秘密授意他的部下宋哲元等人，绕过阎锡山，直接向蒋介石靠拢，表示西北军愿意接受中央指挥，要求接济军饷。蒋介石看到西北军已经屈服，认为他的各个击破的计划已经实现，便立即决定召开第二次编遣会议，把矛头对准阎锡山。
阎锡山看到他联蒋压冯的如意算盘，到头来却算到了自己头上，只好又来个大转弯，再次联冯抗蒋。是年中秋之夜，阎到建安村向冯道歉，并提出联合反蒋。冯玉祥看到拆散蒋、阎联盟的目的已达到，遂向阎表示愿捐弃前嫌，合作反蒋。
此年间，唐生智因蒋介石没有给他原来打桂系军阀时许诺的湖南地盘而不满，派人与阎联络并约定，由唐发出通电，拥阎为首，共同倒蒋。阎还答应接济唐军饷60万元。但是唐在通电中却以汪精卫的“护党救国”的口号为由，拥汪倒蒋。阎一见，大为光火，便又伙同张学良等10余人发出通电，拥蒋反唐。
1930年元旦，阎锡山令晋绥军在郑州观望形势，按兵不动，直到讨唐的各路军连战大捷，战局已定，他才亲赴郑州，督师进兵，以图不战而胜。阎的举动早被蒋看透，待讨唐战事一停，便授意韩复榘在郑州秘密捉阎。不料阎得知消息，仓卒化装逃回老巢太原，龟缩不出。2月，阎与蒋之间开始了一场笔战，阎锡山说：“戡乱而不如止乱，不止乱而一味戡乱，国内纷乱，将无已时。”并提出要蒋介石下野。阎锡山首先向蒋介石挑起笔战，一时倒蒋各派系及军阀代表齐集太原，商定倒蒋事宜，倒蒋各派迅速形成了一支强大的反蒋阵线。3月21日，阎、冯发出倒蒋通电，全国大小军阀应者如云。4月1日，阎锡山就任总司令，召开军事会议，决定集结重兵，组织八个方面军，沿平汉线、陇海线和津浦线分兵三路而进。蒋介石也不示弱，4月4日在南京以国民政府名义下令免除阎的所有职务，通令拿办。次日，下令讨阎。于是，一场以阎锡山为首的反蒋大战在中原拉开。
不久，阎和冯在郑州商讨作战方案，作了兵力部署后，阎在鲁北晏城设行营，亲自指挥战争。5月，两军激战于鲁豫，8月又战于津浦和陇海路。阎部因系各军阀集结而成，所以各怀异心，保存实力，争夺地位，以致发生内讧，加之冯部在津浦线受挫，9月18日，张学良通电拥蒋，带兵入关，于是倒蒋之军腹背受敌，纷纷撤兵，最终全线崩溃。阎锡山兵退太原，不久将兵权移交徐永昌，自己又一次化装潜入大连，托庇于日本人，并对山西军政大权进行遥控。这场不义的中原大战，使军民死伤近30万人，战区及附近民众深受其害，蒋阎二氏不
能辞其咎也。
1931年8月5日，阎锡山在日本人的协助下乘飞机潜回大同，隐居在家乡五台县的河边村。“9·18”事变以后，汪精卫担任了国民党政府的行政院长，阎锡山即派员赴南京与他联系，又派人去北平向各方人士请求援助，通过宋美龄的关系在蒋介石面前疏通，加上汪精卫的提议，蒋介石表示了“捐弃前嫌，团结御侮”的态度，于1932年2月，委派阎为太原绥靖公署主任，不久恢复其国民政府委员、军事委员会委员等职，还使他当选为国民党中央执委。于是阎蒋再度合流，阎氏重新统治了晋绥两省。�