王允救驾有功，得以加封为司徒，位极人臣；而且参录尚书事，掌握了实权，心中自然春风得意了。
既然有机会展示自己的才能了，王允自然不会放过这机会的，先将自己的亲家，同时也是自己的别驾蔡邕，封为尚书；府椽石广元封为议郎。因为王才最先找到少帝，而且少帝对他的印象很不错，竟然被何太后封为了偏将军，品级提升了一等，算是从王允的私军转成了大汉的国军。
王允在这边刚封赏完自己的亲信，就接到了一个很不好的消息。左将军、鳌乡侯、西凉刺史董卓，带了二十万大军，已经来到了洛阳城外，此时正要求洛阳城守开城门，他准备进城叩见少帝；而并州牧丁原，也正赶向洛阳，不日即到。
听到董卓竟然带了二十万兵马进京，王允知道事情就不能善了了。
洛阳城本来有十万禁军，最精锐的几万人是由西园八校尉控制的，称西园禁军。八校尉分别是上军校尉蹇硕，中军校尉袁绍，下军校尉鲍鸿，典军校尉曹操，助军左校尉赵融，助军右校尉冯芳，谏左校尉夏牟，右校尉淳于琼。这八校尉又皆统属于蹇硕。
上次清除蹇硕时，西园禁军虽然受损不多，但由于其中有很多蹇硕的亲信，所以在何进杀死蹇硕后，除了袁绍曹操等几人控制的部队，其余的西园禁军就都被打散了。而剩下的禁军，基本上是掌握在宦官的同党，何进之弟何苗手中，这次拥护宦官的部队，就基本上是何苗的，他们在和袁绍的等人的部队作战时损失惨重。而袁绍他们的精锐禁军也所剩无几。
如今整个洛阳城的军队，包括王允的三千近卫弓骑在内，还不到五万人。虽然洛阳城高，防守器械完备，但以这五万疲兵去对付董卓的二十万精锐西凉，王允可不认为会有多少胜算。本来防卫洛阳城的各处关隘，因为董卓有少帝的正式诏书，所以并没有对其加以阻拦。王允是老奸巨猾之辈，和袁绍他们一商量，既然不能战胜，那就直接同意让董卓进京。等并州牧丁原的军队来了再说。
只是王允和袁绍他们不知道的是，其实董卓并没有把二十万西凉兵全部都带来。董卓刚得到何进诏书，准备起兵向洛阳赶来。就听到了宦官之乱，何进被杀，现在朝中由只带了三千人的豫州牧王允掌控的消息。董卓知道以后，生怕到洛阳迟了，会分不到胜利果实，立刻抛下步兵，亲自带着六万铁骑先赶向洛阳，但对外故壮声势，宣称仍是二十万大军。
中平六年八月，也就是昭宁元年八月，
左将军、鳌乡侯、西凉刺史董卓进入京师洛阳。
王允知道董卓野心勃勃，眼下又斗不过他，就决定将自己的司徒之位让出来，由董卓来担任。董卓是暴虐之人，但是却也算是个英雄人物，他在凉州时。每次打了胜仗，就把战利品分给手下的将士，自己分文不取。此时的他虽然已经有了野心，但由于手中的兵马有限，所以不敢做的太过分，遂拒绝了王允的好意。
为了怕朝中袁绍等人察觉自己并没有带多少兵马，董卓将自己的六万骑兵分成两半，一半留守军营，一半在晚上偷偷的溜出营去，等到第二天天明，再叫他们大模大样的开进营来。让城中的众人误以为董卓的全部兵马到了。实际上，直到并州牧丁原的五万并州铁骑到了，董卓的步兵还没到呢。
董卓眼见城中自己并不占优，心中恼火。但他很快采用了女婿李儒的计策，用财帛引诱何进何苗两兄弟留下的兵马，成功的收伏了这几万残兵。京师的力量开始绝对有利于董卓了。董卓自持手握重兵，慢慢的开始流露出嚣张跋扈的本性来了。每日带铁甲马军入城，横行街市，百姓惶惶不安。出入宫庭，略无忌惮。
后军校尉鲍信，来见袁绍，说董卓必有异心，可速除之。
袁绍却答道：“朝廷新定，未可轻动。”
这董卓本来就是袁绍建议放进来的，袁绍本来还想利用他为自己效劳呢。虽然已经察觉到了董卓的异心，但如果现在就除掉董卓的话，那就是说当初自己的建议是错的了。袁绍爱惜面子，自然不会做这种事情。
鲍信又去见王允，也说了这件事。王允了解城中现在的情况，知道就是动手也占不了便宜，自然不会答应了。鲍信无奈，只得带了本部军兵马投泰山去了。
这一天，董卓突然想到了一件事，这陈留王刘协，本来是董太后养大的，有个外号叫“董侯”。平时聪明伶俐，灵帝以前就曾经想立他为帝，只因为他还年幼，才没被立为太子。自己若立他为帝，他必然会对自己言听计从的。董卓因为在第一次见少帝时，就被提及当初被黄巾战败一事，让他大丢脸面。此时既然手握重兵，就有了废立之心。
叫来女婿李儒，和他商议了此事，李儒也认为可行。董卓大喜，第二天在温明园大排筵会，遍请公卿。公卿都畏惧董卓，谁敢不到。董卓等百官都到了，才徐徐到园门下马，带剑入席。酒行数巡，董卓教停酒止乐，厉声道：
“吾有一言，众官静听。”
众人全都侧耳倾听。
“天子为万民之主，无威仪不可以奉宗庙社稷。今上懦弱，不若陈留王聪明好学，可承大位。吾欲废帝，立陈留王，诸大臣以为何如？” 董卓道。
诸官听罢，不敢出声。
座上一人推案直出，站在筵前，大呼道：
“不可！不可！汝是何人，敢发大语？天子乃先帝嫡子，初无过失，何得妄议废立！汝欲为篡逆耶？”
董卓看那人，原来是并州牧丁原，平日里两军就多有摩擦。董卓此时见他反对，怒叱道：
“顺我者生，逆我者死！”
拔出佩剑就欲斩丁原。
此时李儒看见丁原背后有一人，生得器宇轩昂，威风凛凛，手执方天画戟，怒目而视。李儒急忙拉住董卓道：
“今日饮宴之处，不可谈国政；来日向都堂公论未迟。”
众百官也劝丁原上马而去。
旁边王允见董卓还想再问，忙上前劝道：
“废立之事，不可酒后相商，另日再议。”
董卓虽然傲慢，但是对王允还是很尊敬的，见他这样说，也就同意了。于是百官向董卓告辞，一起散去了。
董卓心中气愤丁原，但也知道对方手握重兵，不敢对他轻易下手。手持佩剑向园门走来，忽见一人跃马持戟，在园门外往来驰骤。就问李儒道：
“此何人也？”
“此丁原义儿，姓吕，名布，字奉先。主公且须避之。” 李儒答道。
董卓看吕布长的勇猛，心中无奈，只得躲入温明园中。
第二天，有人报告丁原引军在城外搦战。董卓大怒，亲自带兵同李儒出战。
两军对阵，只见吕布顶束发金冠，披百花战袍，擐唐猊铠甲，系狮蛮宝带，纵马挺戟，随并州牧丁原出到阵前。
丁原指着董卓骂道：
“国家不幸，阉官弄权，以致万民涂炭。尔无尺寸之功，焉敢妄言废立，欲乱朝廷！”
董卓未及回答，吕布飞马直杀过来。董卓慌忙就跑，丁原率军掩杀。西凉兵大败，退三十余里下寨。
董卓聚众商议道：“吾观吕布非常人也。吾若得此人，何虑天下哉！”
帐前一人突然站出来说：“主公勿忧。某与吕布同乡，知其勇而无谋，见利忘义。某凭三寸不烂之舌，说吕布拱手来降，可乎？”
董卓大喜，忙看向那个人，是虎贲中郎将李肃。董卓问道：
“汝将何以说之？”
“某闻主公有名马一匹，号曰赤兔，日行千里。须得此马，再用金珠，以利结其心。某更进说词，吕布必反丁原，来投主公矣。”李肃答道。
董卓爱惜宝马，并不想给。
“主公欲破天下，何惜一马！”李儒建议道。
董卓这才答应。交给李肃黄金一千两、明珠数十颗、玉带一条以及那宝马赤兔。李肃看那马浑身上下，火炭般赤，无半根杂毛；从头至尾，长一丈；从蹄至项，高八尺；嘶喊咆哮，有腾空入海之状。知道这次去吕布军中的成功率提升了一半。
果然，吕布本来听了李肃的话，并不愿意背叛丁原，直到李肃出示了赤兔马，才有点心动。李肃赶忙展示自己的三寸不烂之舌，终于说服了吕布反叛。
王允本来正在为董卓和丁原交战而高兴，这两个人兵多，又都不是安分守纪之辈，最好是拚个两败俱伤。听说前一日董卓大败，出阵的五万兵马折了近一半。心中高兴，知道再这么来几仗，董卓就要完了，而丁原的兵也不会剩多少。到时朝廷还不是自己说了算。唉！如果不是自己的军队正在剿匪；那里轮得到董卓猖狂。
那知道高兴没半天，到了中午就人来报，丁原部将吕布杀了丁原，拿了丁原的首级去投董卓了。王允听了大惊。那吕布不是丁原的义子吗，怎么会背叛丁原了。忙再问那探子：
“并州军现在有何人主事？”
王允想趁机收伏并州军。
“现在并州军一片混乱，丁原部将高顺欲为丁原报仇，而吕布部将成廉；魏续欲跟随吕布投董卓，两下正在交战呢！”
王允听了无奈的摇摇头，想不到并州军中竟然还有追随吕布的人。
稍候又有探子来报，董卓在得到丁原的首级后，又叫吕布带人去收拢并州军了。而并州军的高顺看到吕布回来，却并未和他交战，径自带着两万并州铁骑回并州去了。而吕布忙着收拢剩下的兵马，也并没有追击。
王允叹了口气，想不到人算不如天算呀。
忙主动到董卓府上，向他表示祝贺，并且表示司空刘弘已经老了，请董卓担任司空。董卓听了大为高兴，从此对王允愈加信任了。同时上报朝廷，封吕布为骑都尉、中郎将、都亭侯。
李儒劝董卓早定废立之计。董卓于是在省中设宴，会集公卿，令吕布带甲士千余，侍卫左右。这一天，太傅袁隗与百官都到了。酒行数巡，董卓手按剑柄，道：
“今上暗弱，不可以奉宗庙；吾将依伊尹、霍光故事，废帝为弘农王，立陈留王为帝。有不从者斩！”
群臣惶怖莫敢应对。
但这边的中军校尉袁绍忍不住了，他这样世家子弟，几时受过这样的无礼对待。何况这董卓能进京还全是自己的功劳，怎么能这么无礼。挺身而出道：
“今上即位未几，并无失德；汝欲废嫡立庶，非反而何？”
“天下事在我！我今为之，谁敢不从！汝视我之剑不利否？”董卓怒道。
袁绍亦拔剑道：“汝剑利，吾剑未尝不利！”
董卓看到身边都是自己人，就真的想动手杀了袁绍。李儒阻止道：
“事未可定，不可妄杀。”
袁绍当然也不敢真的在董卓的地盘动手，其实他在跳出来之后就已经后悔了。此时见董卓并未再动手，就手提宝剑，辞别百官，将官印挂在东门，投奔冀州去了。
董卓对太傅袁隗道：
“汝侄无礼，吾看汝面，姑恕之。废立之事若何？”
袁隗曰：“司空所见是也。”
董卓道：“敢有阻大议者，以军法从事！”
群臣震恐，皆云一听尊命。
宴罢，董卓问侍中周毖、校尉伍琼：“袁绍此去若何？”
周毖道：“袁绍忿忿而去，若购之急，势必为变。且袁氏树恩四世，门生故吏遍于天下；倘收豪杰以聚徒众，英雄因之而起，山东非公有也。不如赦之，拜为一郡守，则绍喜于免罪，必无患矣。”
伍琼也道：“袁绍好谋无断，不足为虑；诚不若加之一郡守，以收民心。”
董卓听从了他们的意见，即日差人拜绍为渤海太守。
中平六年九月，也就是昭宁元年九月。
董卓在嘉德殿将少帝刘辨废为弘农王，命何太后还政，立陈留王刘协为帝。再次改元，拜董卓为相国，赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿，威福莫比。
但董卓总觉得留着少帝是一个祸害，刚好后来少帝做了一首埋怨的诗，被董卓找到借口，立即令李儒带人绞死少帝的皇后唐妃；以鸩酒灌杀少帝和何太后。董卓认为再也没有危险了，自此每夜入宫，奸淫宫女，夜宿龙床。
袁绍在渤海听到董卓弄权的消息，就差人赍密书来见王允。
信中说：“卓贼欺天废主，人不忍言；而公恣其跋扈，如不听闻，岂报国效忠之臣哉？绍今集兵练卒，欲扫清王室，未敢轻动。公若有心，当乘间图之。如有驱使，即当奉命�