老病退的朱序刺雍州，镇襄阳，造成夺取荆州的有利条件。而在司马道子策划以王国宝为荆州时，孝武帝又不经过吏部，以中诏出殷仲堪。这些情况，都可见其时事机的紧迫，斗争的激烈。
殷仲堪刺荆州，还有一个得利者，就是桓玄。原来王忱在荆州，每裁抑桓玄，桓玄当然迫切希望改变这种局面，希望出现一个能与桓氏合作共事的荆州刺史。释宝唱《比丘尼传》卷一《简静寺支妙音尼传》曰：“荆州刺史王忱死，烈宗（孝武帝）意欲以王恭代之。时桓玄在江陵，为忱所折挫，闻恭应往，素又惮恭。……玄知殷仲堪弱才，亦易制御，意欲得之。乃遣使凭妙音尼为堪图州。”孝武帝以此事问妙音，答曰：“外内谈者，并云无过殷仲堪，以其意虑深远，荆楚所须。”因此殷仲堪得以代王忱刺荆。殷仲堪在荆州，一反王忱裁抑桓玄的态度。《通鉴》太元十七年谓：“玄在江陵，仲堪甚敬惮之。桓氏累世临荆州，玄复豪横，士民畏之过于仲堪。”所以妙音为仲堪图州的举动，对于以后桓玄势力的坐大，荆州局面的发展，关系甚为密切。
顺便论及，殷仲堪入荆，不利者除了司马道子以外，还有琅邪王氏的王珣。《世说新语·识鉴》：“王忱死，西镇未定，朝贵人人有望。时殷仲堪在门下，虽居机要，资名轻小，人情未以方岳相许。晋孝武欲拔亲近腹心，遂以殷为荆州。”案王珣名地出众，桓氏故吏，自谓桓氏已之所善，由他出守桓氏世守之地，是理所当然。但是琅邪王氏此时已失去发展势头，王殉只以世资居位，于朝中两派均无党援。其它琅邪子弟，但求依违于各种势力之间以求禄位，并无一致的政治动向。如王凝之为江州刺史，弹豫章太守范宁，显系为司马道子效力；王恭之叛，王廞应恭而又背恭；王谧以晋臣而为桓玄奉玺绂；王珣本人，亦被王恭目为胡广①。所以在东晋门阀政治的最后一个回合中，琅邪王氏已经无足轻重。王珣以才地自许而求增益权势，是不可能成功的。
综上言之，王忱死后，孝武帝得势，以郗恢为雍州镇襄阳，以殷仲堪为荆州镇江陵，以王恭为青、兖镇京口。在他看来，以名士镇名藩，各慑一方，互相呼应，囊括江左，共拥朝廷，从劣势彻底转为优势，司马道子在中枢的作用也就不足道了。但是风云未测，事与愿违，东晋政治糜烂过程还未走到尽头，真正能够变动乱为安定的因素还未出现。动乱的进一步发展，就要以兵戎相见了。
（四）孝武帝死后王恭、殷仲堪连兵叛乱——两藩与中枢之争。太元二一年至隆安二年（396—398年）
太元二十一年九月，孝武帝暴死，安帝继立，东晋主、相相持局面结束。安帝是白痴，他继位后中枢政柄全归司马道子掌握。道子所信任的王国宝及国宝从弟王绪二人“相为唇齿，并弄权要”（《世说新语·规箴》），京师已不存在强硬的对手。但是从全局说来，上下游的强藩尚未处置，司马道子的劣势还未真正扭转过来。《魏书》卷九六《司马睿传》载王恭抗表讨王国宝之言曰：“先帝暴崩，莫不惊号，而国宝印唬宋奁萑荩鼓朔搞谶奠椋笮屑榧疲┪炮门衿鳌！笔蓖豕е芡跛讨校苤磐猓豕λ觳坏贸选Ｒ云涫蹦谕庑问贫戎豕φ┶还苁欠裆婕盎饰患坛形侍猓蓟嵊写χ们糠哪康摹！痘感坊感狄笾倏胺炊运韭淼雷樱掷碛芍患词牵骸叭舴②缇惺榱睿靡螵妫ò釜嫖倏按有郑蔽下Ｎ荆罄捶炊灾倏靶吮┪Ｖ荩我源χ俊苯泌源χ梅讲蓝嵋澹撬韭淼雷拥牡蔽裰薄�
中枢与两藩的矛盾，达到一触即发的地步。王国宝、王绪力主司马道子裁损王恭和殷仲堪的兵权。王恭等则缮甲勒兵，表请北伐，实际上是严阵以窥中枢之隙。隆安元年（397年）四月，王恭表列王国宝罪状，举兵入讨。
王恭举兵，本与殷仲堪有约。在此之前，桓玄力主殷仲堪劝王恭“宜兴晋阳之师以内匡朝廷。己（殷）当悉荆楚之众，顺流而下，推王为盟主。仆（桓）等亦皆投袂，当此无不响应”（《桓玄传》）。此时江陵、京口两藩，各有特点。京口王恭居元舅之尊，有久经征战的北府兵为之羽翼，所以望实俱重，朝廷畏惮。但王恭暗于事机，不娴兵略，而又自矜门第，与北府将不协。江陵殷仲堪以中诏超授得州，时人不以方伯相许，缺乏自重的条件。但荆州一旦与朝廷反目，可以聚集可观的军事力量：其一，荆州都督所部；其二，桓氏在荆州的故义；其三，由杨佺期率领的以襄阳为后方的流民武装，这是荆州可用的最重要的军力。当雍州刺史郗恢、南蛮校尉殷、南郡相江绩表示不赞同荆州起兵之时，殷仲堪立即引杨佺期势力入荆，以杨佺期代江绩为南郡相。杨佺期更驱逐郗恢，席卷雍、梁、秦州。这样，荆州就结成了殷仲堪、桓玄、杨佺期的联盟，殷居方伯，桓多故义，杨有实力。但是荆州与青、兖相比，青、兖犹居上乘，所以桓玄主张盟主应属王恭。但当王恭兵起之后，荆州却意存观望，犹豫不敢下，直到王恭罢兵之时，始有杨佺期一度下屯巴陵之举。
王恭除上结荆州夹击建康以外，又以王导之孙王廞为吴国内史，使他起兵三吴。王廞约会稽虞啸父募众于吴兴、义兴，赴者万计。虞氏会稽大族，在三吴的影响远胜王廞。虞啸父本见重于孝武帝，疾恶司马道子。他们兵起以后，建康面临断绝补给的危险，形势紧急。司马道子不得不杀王国宝、王绪兄弟以谢愆失，止王恭之兵。王恭罢兵后，王廞以多杀异己，势不可止，因此又出现王廞送笺于司马道子以讨王恭，王恭遣北府将刘牢之击王廞之事。王廞事虽即弭平，但开启了东方动乱的先声。《魏书》卷九六《司马睿传》谓王廞起事后“以女为真烈将军，亦置官属，领兵自卫。”此事极似天师道的军事活动，而琅邪王氏本天师道世家。《晋书》卷一○○《孙恩传》，孙恩叔父泰为新安太守，“王恭之役，泰私合义兵，得数千人，为国讨恭。”孙泰“为国讨恭”与王廞后来反恭的立场吻合，颇疑王廞事同孙泰事一样与天师道有关，但详情于史无考①。
司马道子失王国宝、王绪后，引谯王司马尚之及其弟司马休之以为腹心。司马尚之说司马道子出王国宝之兄、桓温女婿王愉为江州刺史、都督江州及豫州之四郡诸军事，以为建康藩卫。此前，夹处荆州和青、兖二强藩之间的江州和豫州，分别在王凝之和庾楷之手。王凝之是王羲之之子，王导从孙；庾楷是庾羲之子，庾亮之孙。他们为藩镇分列江渚，多少能起上下游之间的缓冲作用，而且也是门阀士族利益均沾的一种象征。但王凝之、庾楷并非中立于上下游之间。王凝之从江州上表，以违礼罪奏纠豫章太守范宁，就是迎合司马道子之意以求容身自保的表示。庾楷在豫州，由于地接胡寇，有一定的兵力。庾氏子弟屡经桓温诛夷，门户子余，唯有庾楷。孝武帝死后，王恭借入赴山陵之名向司马道子耀兵，其时庾楷勒兵而至以助司马道子。王恭再次起兵后，司马道子语庾楷曰：“本情相与，可谓断金。往年帐中之饮，结带之言，宁可忘邪？”（《司马道子传》）。可见庾楷与司马道子曾有密约在先，庾楷是党附司马道子的。但庾楷以衰宗而值此际会，首要的事是保全门户，而不是死助一方。所以当道子欲割豫州四郡入江州都督范围以界王愉时，庾楷意识到这是司马道子收江、豫为己有以排斥王凝之、庾楷的打算，于是转而倒向王恭，共讨司马道子，使藩镇连兵向阙的局面又出现一个高潮。《晋书》卷八四史臣赞，列叙其时各种矛盾之后说：“庾君含怨，交斗其中。”庾楷在事态发展中翻云覆雨，不知自处，卒为桓玄诛灭。
（五）太原王氏的覆灭。隆安二年至三年（398—399年）
庾楷以失豫州四郡，说王恭起兵，王恭又联络上游的殷仲堪与桓玄，同赴京师。鉴于上年起兵时殷仲堪观望误期，王恭乃先行举动，上表请讨王愉及司马尚之、休之兄弟。殷仲堪应期发兵，以杨佺期兄弟（兄广，弟思平，从弟孜敬）率舟师为前锋，桓玄次之，殷仲堪军继进。八月，杨、桓兵至溪口，江州无备，刺史王愉仓猝出奔临川，被桓玄偏师追获。王愉是桓温之婿，所以桓玄篡晋时犹以王愉为尚书仆射。元兴三年刘裕诛王愉，夷及子孙。王愉兄恺、弟国宝、弟忱，均先愉死。这样，太原王氏王坦之诸子作为司马道子的妃党，活动十余年后终告覆灭。
桓玄、杨佺期兵至石头，王恭所遣北府将刘牢之军据竹里，夹击建康。此时中枢权力已经转移至会稽王世子司马元显之手。王恭以门第傲物，既恃刘牢之的武力，又以部曲将薄遇刘牢之。司马元显利用这一矛盾，遣原为北府将的高素①说刘牢之倒戈。王恭败走被擒，与其子弟党羽俱斩。这样，作为孝武帝后党的太原王氏的王蕴一支，也告覆灭。
本书《论郗鉴》篇曾论及东晋门阀政治出现的两个基本条件，一是皇权不振，一是士族专兵。太元以来太原王氏活跃之时，孝武帝力图重振皇权，又图以司马道子的相权相辅，是皇权不振这一基本条件已在改变之中，或者说已有了改变的可能性。太原王氏二支之中，居京口重镇的王恭，兵力仰赖于并非门阀士族的刘牢之；先后居上游荆、江的王忱、王愉，也都无兵权在握，是士族专兵的这一基本条件已不存在。所以，代表门阀政治一个特定阶段的太原王氏两支的覆灭，实际上也是东晋百年门阀政治的终场。
太原王氏在东晋的政治作用消失了，东晋一朝的门阀政治从此结束。但是，司马氏政权的命运也处在风雨飘摇之中。政局山重水复，前路何在，什么力量将代之而起，孝武帝开始的振兴皇权的历史趋势是否还能继续下去，这一切，此时此刻尚不见端倪。
王恭死后，刘牢之代王恭居北府之任，北府重镇第一次落到将门出身的下层士族之手。刘牢之率北府兵至京邑以拒上游之师，杨佺期、桓玄、殷仲堪回军蔡洲，司马道子信左卫将军桓修（桓冲之子，桓玄从兄，尚简文帝女武昌公主）之谋，以桓玄为江州，杨佺期为雍州，黜殷仲堪为广州，而委桓修以荆州之任，居上游之核心。桓修说：“西军可说而解也，修知其情矣。若许佺期以重利，无不倒戈于仲堪者”（《殷仲堪传》）。由此可知，上游诸军存在重重矛盾，其军事实力的关键在杨佺期。殷仲堪初不接受朝命。但是，桓玄一则喜于江州宠授，二则喜于与荆州桓修为邻，所以意存观望，有接受朝命的可能。杨佺期亦在可否之间。但是桓、杨将士家属多在殷仲堪治下的江陵，殷仲堪命将士南归荆州，否则大军至江陵，将悉戮余口，以此胁迫桓、杨置朝命于不顾。这种复杂的利害关系，使得殷—桓—杨联盟又维持了一个短暂的时间。他们彼此以子弟为质，盟于寻阳，共拒朝命，不过盟主地位已由殷仲堪改属桓玄。此时，孙恩之众已起于会稽，上游之事朝廷已无力顾及。
隆安三年（399年），殷仲堪与杨佺期共谋袭击桓玄，反被桓玄分别消灭。桓玄并有殷、杨军力，独揽上游，对建康威胁甚大。只是由于孙恩之众横扫三吴，上游才得短期敛兵，未向下游发动攻击。
元兴元年（402年），司马元显讨伐桓玄，桓玄乘机举兵东下，至于姑孰，北府将刘牢之向桓玄投降。桓玄入京师总揽大局，刘牢之所领的徐、兖刺史亦为桓玄所夺。桓玄杀司马元显，流司马道子。刘牢之惧祸，拟奔江北，途中自缢而死。桓玄消灭了一切对手，并趁卢循主力泛海南下之机，于元兴二年十二月代晋为楚。
① 《北堂书抄》卷九○、《太平御览》卷五二九引。
② 《太平御览》卷八九二引。
③ 《太平御览》卷六六六引。
① 哀帝王皇后为孝武帝王皇后之姑，但哀帝在辈分上却是孝武帝之侄。可见东晋士族婚姻并不讲究行辈。庾冰妹为明帝皇后，而庾冰女又为明帝之孙废帝皇后。周一良先生《魏晋南北朝史札记》“婚姻不论行辈”条，以南朝事例说明士族婚姻不论行辈，甚是。不过这一现象六朝都是如此，不只南朝，也不只东晋，孙吴时已多有此等例证。六朝婚姻行辈错乱特多，我想士族通婚范围过于狭窄，可供选择的余地甚少，所以再不能拘泥于行辈了。
① 忱，《晋书》误为悦。
① 以青、兖二州刺史镇京口而不带徐州刺史，这是由于徐州刺史已为宰相司