19时45分，陈水扁、吕秀莲离开奇美医院，乘专用直升机飞回台北，21时抵台北后直接回家中休息。
就在19日陈水扁遭枪击当天，国安局长的蔡朝明一得到消息就立刻赶往案发地台南市。在飞机上打了两通卫星电话，一次打给华盛顿、一次打给美军太平洋司令部，让美方在第一时间了解陈水扁被枪击。因为他深知事态的严重性。这一重大事件很可能已涉及大陆对台动武的底线。蔡朝明希望美方注意解放军动态，约束解放军行动，避免台海发生战事。
同样是在19日，台军宣布将在投票日前后实施“重点戒备”，“外防突袭、内防突变”，从19日下午5时正式开始，将至21日上午8时为止。
当晚，虽然电视媒体不间断地播放陈、吕遭枪击前后的有关画面及讯息，但仍然是情况不明，各种传言揣测满天飞。岛内选民的情绪伴随着新闻的披露而起起落落，在汹涌暗潮中度过了难眠之夜。第二天，3月20日民众投票平静；但却得到了一个迥异于主流预计的选举结果。
台湾“大选”揭晓，陈水扁以6471970对6442452票险胜。得票率是50。1％，这0。1个百分点，难道这里边没有一点戏剧化和“气数”的意味？
3月21日，大批蓝营的支持者集会抗议选举不公，并要求重新验票。抗议行动不仅在台北出现，在台中、高雄等地还有打警察、烧警车等过激表现。CNN的民调显示，62％的网民认为，台湾总统大选不公平，只有38％认为这次选举是公正的。而美国和英国的新闻媒体对于陈水扁当选后是否能保持台湾政局的稳定，也都表示关注和疑虑。
枪击案的疑点是明显的，论坛上的争论也是针锋相对的。很多人的第一印象就是：这是一起历史关键时刻的国会纵火案。于是有网友说：《扁的胜利即大陆武统派的胜利》，陈水扁的连任，已经把政治解决即和平解决台湾问题的空间压缩为零，大陆的和统派，将彻底失去发声的空间。
就在台湾政局风云莫测的时刻，3月24日早上5：00，冯锦华、张立昆等7名中国大陆民间保钓人士成功登上了钓鱼岛，拆毁了日本右翼团体在岛上兴建的石碑及建筑，并插上了五星红旗。他们是在23日凌晨1时乘坐一艘100吨的渔船从浙江乐清市黄华港迎着6级风浪出海的，共有16名志愿者参加了这次保钓行动。
＇思维教练＇早晨上网一看到这个消息，和所有人一样，神经立刻就绷紧了。他还没来及多想。安妮就已经在QQ里不停地追问他了。＇思维教练＇也只能简单地说：“这个时间、这个地点都是敏感的不能再敏感了。事情还不知道如何发展，弄不好绝不亚于扭转台湾总统选情的‘第一枪’。”
网上也马上有网友说：这次保钓行动虽然是以民间组织的名义进行，却一定有官方背景。否则“中国民间保钓联合会”就不会在去年底获准成立，其网站也不可能在今年2月开通。这些人甚至断言：中国官方对民间保钓运动的立场已经发生了转变。
24日下午3点37分，日本直升机空降11名防暴警察到钓鱼岛上，与保钓七勇士开始了对峙。与此同时，准备返回钓鱼岛接回登岛保钓志愿者的船只受到日本军舰和飞机的围堵。下午4点，日本直升机空降的防暴警察达到18名，7位登上钓鱼岛的中国民间保钓人士被日本海上保安厅人员扣留，以“非法入境”罪名送往冲绳首府那坝。
当日，北京市民两度到日本驻中国大使馆外示威，对日本阻挠并拘押中国民间保钓者的行为表示抗议，晚间的示威规模最大，聚集人数多达四五百，成为1999年美国轰炸中国驻南斯拉夫大使馆后，北京市民到外国驻华使馆示威人数最多的一次，但北京警方并无干预。
网上更是群情激奋，有网友说：中国要是有韩国保卫独岛那样的决心和气魄就好了。还有网友说《日本接了个热山芋》。并提醒大家：美国国务院发言人埃雷利不仅只字不提“日美安保条约”，反而不顾日本人的脸面，说对“钓鱼台主权最终归属问题上，没有立场。”这就有好戏看了。……
就在中国民间保钓七勇士登上钓鱼岛的同时，一首短诗也在网上飞速流传着，《母亲，我是钓鱼岛！》：
我不是你汪洋里孤苦伶仃的水草，
任凭咸涩和风雨来把我飘摇。
七百年来挥之不去的魂牵梦绕，
母亲啊，我是你瞻望大海的
那一弯睫毛。
母亲，我是钓鱼岛！
……
我不是你衣角上可有可无的珠宝，
是炎黄的姓氏让我忠心照耀。
七百年来挥之不去的魂牵梦绕，
母亲啊，我是你开拓大海的
那一尊火炮。
母亲，我是钓鱼岛！
……
随后，日本外务省并立即召见中国驻日大使武大伟表达抗议：“……日中两国已就此类事件数度磋商，希望今后不要一而再、再而三重演。”日本官方和媒体都作出强烈反应，异口同声地表示“尖阁诸岛”（钓鱼岛的日本名称）是日本的“固有领土”。
中国外交部发言人则说：“……中国政府一向主张通过谈判解决。我们要求日方冷静对待，不得采取任何危害他们人身安全的行动。”
这让＇思维教练＇失望至极，什么也不想多说了。
安妮在QQ中继续追问，＇思维教练＇只能说：“钓鱼岛与台湾问题密切相关！钓鱼岛处在大陆架上，附属于台湾岛，位于台湾东北120海里处，距我国福州和日本的那霸基地都是420公里左右。现在，钓鱼岛的实际控制权在日方手中，这次保钓事件再次说明这一点。试想在距台湾这样近的地方，如果任由日本舰队自由游弋，大陆方面如何展开渡海作战攻势？失去钓鱼岛海域的制海权，台湾海峡的渡海作战部队的侧翼，将完全暴露于美、日海军舰队的威胁面前。不要忘了美军在东亚的直接性战术基地，比如日本的横滨、横须贺，驻韩美军基地，都在必经钓鱼岛海域的东北方向，这是最近距离，也是最后防线。这些基地多常驻美军舰艇和战机甚至航母，在开战时能够直接出动。”
“这次保钓登岛会不会有什么更深的背景呢？”安妮问了自己最关心的问题。
“这次保钓登岛确实很奇怪。如果真是背后有更高层的安排那就太糟了。与后续的外交部发言相对照，至少说明高层存在严重的不协调，甚至严重分析。我宁愿相信这只是一种巧合。”
＇思维教练＇越说越激动，把原本不愿意在网上说的话向安妮一吐为快：“如果大陆方面真的准备武力攻台，那么这次保钓行动就是最好的试探。如果日本不准备干预大陆武力攻台，就会放任他们登岛并自由离去。顶多在事后进行一些外交上的抗议，保留以后钓鱼岛谈判的借口。象现在这样派出警察等准军事组织将民间保钓扣留并押往冲绳，还是第一次，这种强硬立场表明了日本干预大陆方面武力攻台的决心。于此相反，大陆官方对此并没有表现出强硬的立场，或者说这次民间保钓登岛的试探没有成功，大陆根本没有做好武力攻台的准备。除非大陆只对台湾进行导弹袭击，军队不跨过台湾海峡——这种方法实际上是不可能真正统一台湾的的。”
这些话被安妮整理成一篇《钓鱼岛与台湾问题密切相关！》发在了中文论坛上。大多数网友认为很有道理。
第二天，25日，日本右翼政治团体“日本青年社”15人，从东京起飞到靠近钓鱼岛的石恒岛机场，准备登岛检查他们在建设的灯塔是否受损。……但受到日本相关单位阻止。
26日晚，日本方面放还了日前被其非法扣留的登上中国钓鱼岛的7名中国公民。“保钓七勇士”在回国后受到英雄般的欢迎。但媒体并没有热炒有关他们的新闻。有消息说，官方媒体奉命不得擅自报道七人的消息，以免更多的中国公民效法他们到钓鱼岛宣示主权，“影响外交大局”。
保钓问题和台湾岛内抗议大选不公的问题纠缠，网上争论得更激烈了。有网友说：这次选举结果凸显了一个事实，那就是台湾已经严重两极分化。事情看来还是没完没了，台湾政情、社情恐将持续动荡一段时期。另一些人认为：越是险胜者越强势也是一个规律。身陷绝境，绝处逢生，似乎有“天意”帮助。陈水扁后四年要铤而走险是肯定的。似乎北京的忍让与华府的压力，都不能羁绊于他，那北京遥远而失信的军事警告，又怎么可能成为他的主要考量呢？台独的时间表在陈水扁的手上将愈加不受国际政治与两岸关系的掣肘。
更有网友说要进行“国共第三次合作”，趁乱里应外合拿下台湾岛。大陆国台办发言人在3月26日发表谈话中提到：“如果台湾局势失控，造成社会动荡……我们将不会坐视。”更是给了“统派”想象的空间。
出乎这些网友的预料。台湾蓝、绿阵营的对抗没有升级。陈水扁后来称3月19日到3月27日这段期间发生的是“流产政变”。最让大陆反对的“公投绑大选”，却因为公投没有过关，反而给了北京可以继续等待下去的理由。
公民投票第一案（强化国防案）主文为：台湾人民坚持台海问题应该和平解决。如果中共不撤除瞄准台湾的飞弹，不放弃对台湾使用武力，你是不是同意政府增加购置反飞弹装备，强化台湾自我防卫能力？投票率为45。17％。第二案（对等谈判案）主文为：你是不是同意政府与中共展开协商谈判，推动建立两岸和平稳定的互动架构，谋求两岸的共识与人民福址？投票率为45。12％。
尽管陈水扁连任了总统，但是公投案没有过关，北京就有理由说服自己：这代表台湾独立不得人心，台湾独立尚未完成，中国统一犹有希望。既然如此，当然就可以继续等待。
有意思的是一直关注台湾大选的美国，白宫准备了两份贺电。一份是向全体台湾人民致贺的，另一份是给当选人的。由于台湾在当选上产生争议，事态尚在发展中，所以对个人的一份，就暂不发出。
3月30日，陈水扁被迫同意全面验票后，美国也就不好再多说什么了。因为四年前美国也出现过类似的选举危机，为此推迟一个月才宣布结果，结果是戈尔吃哑巴亏，小布什当选了总统。这也叫做顾全大局。牺牲几个候选人无所谓，“体制“是不能动摇的。网上中文论坛上不断有人张贴，戈尔几年前的那篇“认输”演讲。一方面宣扬美国的民主精神，一方面支持陈水扁当选，做的也十分巧妙。
没有人能挡住陈水扁5月20日连任总统就职典礼的脚步。5月17日，国台办发表对台声明，最后一句话是：“如果台湾当权者铤而走险，胆敢制造‘台独’重大事变，中国人民将不惜一切代价，坚决彻底地粉碎‘台独’分裂图谋。”不少人认为声明的措辞非产严厉，对陈水扁提到了一个意味深长的词——“悬崖勒马”。一时间网络论坛上的气氛又紧张了起来，似乎大战将临。
但是＇思维教练＇却认为：《今年520不会有意外，不会有战争》。什么是“重大事变”呢？也许是怕大家听不明白，随后中国大陆学者指出，声明中所说的“‘台独’重大事变”主要是针对陈水扁提出的“修宪时间表”。如果陈水扁在就职演说中不提2006年修宪、2008年实施新宪的时间表，也就算是暂时“悬崖勒马”了。＇思维教练＇做出这种判断也是有原因的。去年底，国台办表示：如台通过不设限“公投法”，我将“强烈反应”。最终还是让陈水扁滑过去了。这次恐怕也不例外。
据未经证实的消息说，大陆在发表声明前已了解到520就职演说的主要内容。令大陆最不满意的可能是演说内容中涉及了“修宪时间表”。所以决定赶在520之前发表声明，警告陈水扁。还有未经证实的消息说：“受权声明”发表前中美曾就内容交换意见。美国国务院副发言人厄立表示，中国外交部16日已将国台办的声明内容，告知美国驻北京大使雷德。由此可见，中美双方更加充分认识到了台湾问题在中美关系中的重要性，并达成了某种默契。
美国众议院国际关系委员会亚太小组主席李奇（Jim Leach）将率团参加陈水扁的就职典礼。大陆已经表明反对这一做法，并已向美方提出了严正交涉。但是另一个方面来看，这也是美国怕发生“意外”，派人“监督”陈水扁的就职演说，防止他“毫无诚信”地“乱说”。到此为止，美国也算是向陈水扁施加压力，对“台独”进行了“阻止”。只是这种阻止是有限的。从根本上说，美国对“台独”的阻止也仅限于不使大陆对台动武。美军第七舰队“小鹰号”航空母舰战斗群