撰述方面的一个新转变。钱穆在齐鲁大学授课时，也兼任华西大学的课。１９４３年秋，齐鲁国学所停办，钱氏应邀任教华西大学，兼四川大学教席。是秋与冯友兰、萧公权等应邀去重庆高级训练班讲学，在重庆犯胃病，返回成都之后，病情加重，遵医嘱休养。此时他静心读《朱子语类》，后移居灌县灵岩山寺，读《指月录》。研读之后，他对唐代禅宗最终转归宋明理学这一演变有了较深体悟。
１９４５年抗战胜利。次年钱穆东归故里，闭门著书。曾被邀请去常熟作演讲。是年１０月应邀前往昆明五华书院任教，又兼云南大学课务。教学以中国思想史为主。此时钱穆在省立图书馆研读宋、元、明诸禅师和金、元新道教的著作。１９４８年春，钱氏东返，应无锡富商荣家创办之江南大学聘，任文学院院长。时唐君毅先生也在校，此为二先生论交之始。校舍新建，在县西门外太湖之滨的坡上，风景极佳。钱穆常雇小舟，荡漾湖中，幽闲无极，写成《湖上闲思录》一书。是时又撰成《庄子纂笺》一书，荟萃前人旧说，并成一家言，为近代庄子研究之重要著作。
１９４９年春假，钱穆与唐君毅应广州私立华侨大学聘，由上海同赴广州。在广州，他们二人曾同去番禺化龙乡黄艮庸家看望了熊十力。一日在街头偶遇张其昀，云拟在香港创办学校，坚邀与谢幼伟、崔书琴等共襄其事。及到港，张其昀先期赴台，谢幼伟等继续筹办学校，定名亚洲文商书院，内定钱穆为院长。后因谢幼伟因事赴南洋，崔书琴去台，乃邀唐君毅与张丕介共同效力。亚洲书院于１９４９年１０月开学，夜间上课。１９５０年秋改建新亚书院，校址迁到九龙深水 桂林街，日间上课。书院的宗旨是：“上朔宋明书院讲学精神，并旁采西欧导师制度，以人文主义教育为宗旨，沟通世界东西文化”。新亚以各门课程来完成人物中心，以人物中心来传授各门课程。该院始设文史、哲教、经济、商学四系，后扩充为文理商三学院十二个系。创办时条件十分艰苦，师生多为内地去港人员。钱、唐、张等先生以人文理想精神自励并感染同仁与学生，呕心沥血，创办新亚，亦得到许多同道的支持。教授除初期的钱、唐、张外，稍后有赵冰、吴俊升、任泰、刘百闵、罗香林、张维翰、梁寒操、卫挺生、陈伯庄、程兆熊、杨汝梅等，有的纯尽义务，不取报酬。学校经费原靠沪商王岳峰支持，但王的经济实力有限。为筹经费，１９５０年冬钱穆去台北，受到蒋中正接见，蒋嘱其“总统府”每月拨三千港元供临时之用。在台湾期间，钱穆曾到各校及机关演讲《文化学大义》、《中国历史精神》等，后都整理出版。《人生十论》亦就各校讲词扩充而成。１９５１年秋撰《中国思想史》。冬天再次到台北，次年春应台湾“总统府”战略顾问委员会邀，讲《中国历代政治得失》，后出书，为学界所重视。同年４月１６日，应朱家骅之邀在淡江学院新建礼堂演讲，刚刚讲完，屋顶水泥塌落，钱先生受伤，头破昏迷，幸能康复。
新亚书院以其文化理想与艰苦奋斗的精神培养出一批高质量人才，引起香港社会各方面的关注、同情和尊敬，并逐步得到国际承认与支持。１９５２－１９５３年间，先有亚洲协会代表艾维（Jameslvy）主动资助经费，继有耶鲁大学卢定（Harry Rudin）教授代表雅礼协会与新亚协议，每年助款二万五千美元。 钱先生坦率相告，即使获得资助，也不能改变新亚的办学宗旨，不能把新亚变成教会学校，雅礼表示决不干预校政。旋即在嘉林边道租一新校舍。不久，又有美国福特基金会捐款，择址农圃道建校舍，由港府拨地兴工。新亚在创校六年后始有自建校舍。１９５５年春，获哈佛燕京社资助，有专款购置图书，建大型图书馆，出版《新亚学报》。钱先生办学旨在弘扬中国文化，虽获美国多方资助，但以儒家教育理想为宗旨，在校内悬挂孔子画像。港府在香港大学１９５５年毕业生典礼上，授予钱穆名誉博士学位，以示尊重。
钱穆赴港后，继配张氏与诸子女皆留在大陆。钱氏独居无侣，生活维艰。１９５６年春与胡美琦缔婚，始有安定生活。胡氏出江西南昌大家，先后就读厦门大学和新亚书院，后至台湾任职台中师范图书馆。钱穆在台讲演受伤，赴台中休养，胡氏每日抽暇伴侍，遂萌感情，后毕业于台北师大，复来香港，得日常相见，终结连理。
１９６０年初，钱穆出国讲学，先后在美国耶鲁大学、哈佛大学讲课和讲演。在耶鲁大学讲课结束时被授予该校名誉博士学位。后又去哥伦比亚大学为“丁龙讲座”作演讲。在美国停留七个月后，他应邀去英国访问，参观了牛津、剑桥大学。从英国到法国、意大利，最后回到香港。
１９６３年１０月港府集合崇基、联合、新亚三书院成立香港中文大学。钱穆早就打算从行政职务中摆脱出来。新亚从无到有，从小到大，已有一定规模，且加入中文大学。钱穆乃向董事会提出辞呈，未获通过，次年再度请辞，董事会建议休假一年后再卸任。１６年来，为办新亚，钱先生付出了多少精力！在繁忙的行政事务之余，他还出版了《中国思想史》、《宋明理学概述》、《庄老通辨》、《两汉经学今古文平议》、《孔子与春秋》、《论语新解》等著作。至此再潜沉书斋，埋首研读。
１９６４年休假后移居乡村小楼，开始计划写《朱子新学案》。１９６５年夏，钱穆曾赴马来亚大学讲学，余暇专攻朱子。次年２月返回香港。１９６７年１０月定居台北，先住金山街，翌年７月迁至双溪蒋中正所赠庭园小楼。因钱先生幼居五世同堂大宅之素书堂侧，故以“素书楼”名新居。此时钱先生以最高票当选为台湾“中央研究院”院士。
钱先生用七年时间完成巨著《朱子新学案》。此书得到哈佛资金协助。此书是他晚年的代表作。作者不仅深入论述了朱熹学术思想，而且花大功夫系统疏理了朱子思想资料，夹叙夹议，精微邃密。作者把朱熹放在整个中国思想史上考察，突出了朱熹在中国思想史后半期的重要历史地位，同时连带地解决了朱子卒后七百多年来学术思想史上争论不休、疑而未决的一些重要问题。如在哲学上的理气论与心性论是一大问题，钱穆用理气一体浑成的道理解决了学者对理气二元或一元的争论，也用心性一体两分的道理，打破了思想史界关于程朱与陆王的门户之见。在学术上，他再现了朱熹作为百科全书式人物的形象。在治学方法上，义理与考据孰轻孰重也是学者们争论的一个焦点，他用“考据正所以发明义理，而义理亦必证之考据”的方法克服治学方法上的偏颇。《学案》是他研究理学的重要著作。国际汉学批评家杨联升读《学案》后，赞叹不置，说钱穆治中国学术思想史，“博大精深，并世无能出其右者”。
钱先生完成《学案》以后，应张其昀之约，任台湾中国文化学院历史系教授，每周两小时，学生到他家听课。又应蒋复璁之约，任故宫博物院特聘研究员。院在素书楼对面。院为钱辟一研究室，钱在此读《四库全书》中宋、元、明理学诸集，并撰写专论。此期间撰著出版了《中国史学名著》、《双溪独语》、《孔子传》、《理学六家诗抄》等。此期间钱氏将六十年来主要学术论文汇总，保持原貌，略作改订，编成《中国学术思想史论丛》，共八册。此外，他关于学术思想方面的论著汇集还有《庄老通辨》、《两汉经学今古文平议》、《中国学术通义》等。其它关于中国文化的论文或讲演集有：《中华文化十二讲》、《中国文化精神》、《民族与文化》、《中国文化丛谈》、《世界局势与中国文化》、《历史与文化论丛》等。关于文学方面有《中国文学讲演集》等。
钱穆居双溪时，曾先后两次去日本、韩国访问，又数度去香港作讲演。他８０岁时，在夫人陪同下南游，写成《八十忆双亲》，缅怀父母养育、教诲之恩及兄长扶掖、帮带之情，透露出对大陆亲人的眷怀与思念。后又写《师友杂忆》一书，对他的师友交往、著作旨趣、生活道路作了全面、平实的回顾。１９７７年，钱穆８３岁，冬天胃痛甚剧，次春患黄斑变性症，双目失明。时新亚书院创设钱穆讲座，金耀基院长恳请他作首次主讲人。钱先生的讲演题为《从中国历史来看中国民族性及中国文化》。１９８０年夏，钱穆在夫人陪同下到香港与阔别三十二年之久的在大陆的三子（拙、行、逊）一女（辉）相见。次年再到香港与长女（易）长侄（伟长）相见。１９８４年，钱穆９０岁，在港门人举行寿庆活动，先生得以与二子、二女及孙（松）孙女（婉约）团聚了一个月，享受天伦之乐。１９８６年，９２岁生辰，在素书楼讲最后一课，告别杏坛，最后对学生赠言：“你是中国人，不要忘记了中国！”
先生晚年目盲，展纸落笔，亦仅偶有叠字。赖夫人查阅旧籍，引述成语。稿成后，请夫人诵读，口授订正。他的最后一部著作《晚学盲言》就是这样诞生的。夫人对先生悉心照料，体贴入微。伉俪情浓，老而弥笃。先生晚年的最后一篇文章，是临终前三月口授，由夫人记录整理而成的，表达了他对中国文化的最终信念。他对儒家“天人合一”这一最高命题“专一玩味”并因自己最终“彻悟”而感到“快慰”。这是他的晚年定论和临终遗言。他生前多次指出：“天人合一是中国文化的最高信仰，文化与自然合一则是中国文化的终极理想。”（1）
钱穆，这位为弘扬中国文化奋斗终身的一代国学大师，于１９９０年８月３０日晨在台北寓所平静地走完了生命的最后一刻，享年９６岁。他没有去西方基督教所幻想的天国，也没有到佛教所希望的涅 的彼岸，而是魂归于祖国母亲温暖的沃土中。１９９１年１月，钱夫人捧先生灵灰归葬于太湖西山之俞家渡石皮山。钱夫人及二三门人搜集、整理的一千七百万言之《钱宾四先生全集》三编（甲编：思想学术，乙编：文史学术，丙编：文化论述）五十四巨册，１９９４年－１９９７年由台北联经出版公司出版。
回顾钱穆的学术道路，正如他的高足严耕望先生在《钱穆传》最后所指出的：“综观穆一生治学，少年时代，广泛习读中国古籍，尤爱唐宋韩欧至桐城古文，后渐趋向学术研究。壮年以后，偏向史学发展，故史学根基特为广阔，亦极深厚。再就其治学途径程序言，先由子学入门，壮年时代，最显著成绩偏在考证功夫；中年以后，以通识性论著为重。但不论考证或通识论著，涉及范围皆甚广泛，如政治，如地理，亦涉社会与经济，唯重心观点仍在学术思想，此仍植基于青年时代之子学爱好。是以常强调学术领导政治，学统超越政统。”
“近七十年来，中国史坛甚盛，名家大师辈出。论根柢深厚、著作宏富，不仅穆一人；但其才气磅礴，识力深透，文章劲悍，几无比伦。只到晚年，后辈学人从其问学，仍常感其思如泉涌，随时提出新观点；退而思之，亦多有理据，非恣意想象之说。纵或感其论点如天马行空，难可捉摸，但仍富启发性，好学深思者，听其言，读其书，不论能否领受，皆可获启示，当别开蹊径，不能执著，拘守成规，此为其著作除建立本身论点外，对于史学教育之另一贡献，殊为难能！”
“穆自民国二十年代，骤跃居史坛前列，声誉日隆，于同辈中年齿最少，而年寿最永，其谢世亦标识同辈史坛之落幕。民国以来，史家述作甚丰，穆著述尤富，遍涉中国文史哲艺，诸多别识，今后学人含英咀华，必将有更深远之影响。”（2）
钱先生不仅仅是一位专才，一位学问家，一位史学巨擘，而且是一位通儒，一位著名的思想家。他的学术著作和讲演不仅仅有学术的、学理的价值，而且有深刻的思想性和哲理性。他以诲人不倦、著述不倦的一生，以整个的身心，捍卫、弘扬我们中华民族历史文化传统的精华，抗拒著工业化、商业化的现代社会对人性的肢解，抗拒著欧风美雨狂_突进时代所造成的民族文化生命的衰亡。他肩负著“为往圣继绝学”的使命，是我们民族的真正的脊梁！
钱穆一生把为学与做人紧密地结合起来，更强调如何做人，首先是如何做一个堂堂正正的中国人。他说：“数十年孤陋穷饿，于古今学术略有所窥，其得力最深者，莫如宋明儒。虽居乡僻，未尝敢一日废学。虽经乱离困厄，未尝敢一日颓其