到了选举中央委员时，一些人为了“竞选”，而大吵大闹，会场秩序大乱，蒋介石不得不亲临“训话”。到投票时，一些代表对蒋介石集团的独裁、操纵不满，有的在选票上写诗骂道：“蒋家天下陈家党”；有的在选票上写“总裁独裁，中正不正”。国民党各派系为争权夺利、互相攻击，搞得大会乌烟瘴气，所以蒋介石5月7日在纪念周上哀叹：“本党今后若不好好精诚团结，将来大家都要死无葬身之地。”
在选举国民党总裁时人CC派分子极力鼓噪，要把蒋介石选为终身总裁。总裁当然是非蒋莫属，但由于多数代表反对，蒋介石终未当上终身总裁。
国民党的第六次全国代表大会制定了一条坚持独裁，准备内战，抢夺人民抗战胜利果实的路线。就在这次大会闭幕后的两天，即5月23日，蒋介石就命令上官云相，指挥第三战区10个师的兵力，分三路向苏浙区进犯，妄图消灭该区的新四军。新四军奋起反击，经五昼夜激战，终将其击退。7月15日，胡宗南部调集了9个师的兵力，开到陕甘宁边区南线，21日突然向淳化、耀县爷台山的一带进攻。八路军为避免内战，主动撤出阵地，爷台山遂被国民党军占领。
抗战尚未胜利，蒋介石已经开始进行内战了
1．党务特务中统
中国以往的封建时代，不少皇帝特别重视特务机构的作用，例如武则天的重用来俊臣之流、明代令人谈虎色变的厂卫、清朝雍正皇帝的“粘杆处”等等，史不绝书。袁世凯也有自己的特务组织，一时杀人如麻、屡兴大案。到了蒋介石，为了巩固他的统治，排斥异己，更是注意不断建立并强化庞大的特务组织，诸如复兴社、蓝衣社、中统、军统等等，和他的统治相辅一生，起到了其它手段所不能替代的作用。
蒋介石在年轻时就已经干过特务暗杀工作，因为他在上海人过青红帮，于绑票暗杀之类多有心得。当时震惊朝野的暗杀陶成章一案，就是蒋介石的亲手杰作。后来蒋介石主政黄埔军校期间，一直在有意培植特务打小报告，特别是在黄埔学生中，广为发展特务网。例如，后来成为军统特务头子的唐纵，在黄埔六期学习期间，就经常秘密向蒋介石打“小报告”。不仅同学中的他认为有问题的言行或对蒋介石有不满的议论，他要向蒋介石汇报，就连教官中他以为有问题的言行，也要向蒋介石汇报。特别是共产党员学生和国民党员左派学生，更是他格外监视的对象。唐纵的告密行为很秘密，很多人没有发现。因此有不少共产党员学生受到他的暗害，他因此也受到蒋介石的喜欢和信任，这使他以后得以飞黄腾达。唐纵何以这样做，就因为他看透了蒋介石的心理。这样的例子可以举出不少，由此可见蒋介石在还没有完全取得和掌握政权时，就已经非常注意特务工作和培养特务骨干了。
蒋介石很早就注意建立特务组织，而且他委任特务头目，从来都是交给最亲信的人把持。
早在北伐战争时期，蒋介石自任北伐军总司令和黄埔军校校长办公室的机要秘书，从此一直参预机密。蒋介石总司令部有个机要科，则完全是做特务工作的。“四·一二”事变后，机要科划归到国民党中央组织部，成立了专以特务活动为任务的调查科，陈立夫即出任调查科首任科长。
在第一次国共合作期间，国民党组织部也有党务调查科，其任务只不过收集整理党内的各种档案资料，间或做一做一般性的社会政治调查，谈不上搞什么特务活动。所以蒋介石认为这个组织起不到什么作用。“清共”之后，蒋介石担任了国民党中央组织部长，陈果夫担任了副部长、代理部长，陈立夫担任了调查科长，性质就完全改变了。
蒋介石规定调查科的任务，是调查党员的思想、派系隶属和搜集共产党及其它异己组织的情报。在“四·一二”政变之后，在蒋介石的授意下，调查科尤其发挥了极其重要的作用。当时在“清共”浪潮下，国民党的“清共”整党组织和军警机关一时手足无措，是调查科积极配合提供共产党组织状况及党员的情报和名册，致使大批的共产党组织遭到破坏，成千上万的共产党员被捕遇难。在这方面调查科为巩固蒋介石的统治立下了汗马功劳。据新中国建国后中共中央组织部门和政府民政部门统计：1927年“四·一二”清党至1932年这一期间，至少有一百万以上共产党和革命群众被杀害，而其中在调查科直接策划下的牺牲者更不是一个小数目。
由于蒋介石看到了调查科的重要作用，所以他也愈来愈重视这个特务组织，并对它予以了特殊的偏爱。因为蒋介石一贯认为有两个法宝最能维护自己的江山，一是军队，二就是特务。因而，从某种意义上来说，蒋介石就是靠特务活动和特务组织起家的。
在调查科成立初期，蒋介石还没有一统天下，江山并不稳固，财政状况也相当困难。黄埔军校的某届学员班都曾受到遣散，但对于调查科他却不惜血本，真是要人给人，要钱给钱，从各个方面予以大力支持。
首先，从任命陈立夫任调查科长就可以看出蒋介石的良苦用心。蒋介石与陈家的关系非同一般，不仅是因为陈立夫是浙江人（蒋介石是很看重同乡关系的），更因为陈立夫的叔父陈其美在民国初年曾任沪军都督，蒋介石是陈其美的老部下；同时又与陈立夫之兄陈果夫在上海交易所是老搭档。有了这层关系，蒋陈两家关系极为亲近。陈立夫呼蒋介石为“蒋三伯伯”。陈立夫在天津北洋大学工学院毕业之后，留学美国匹兹堡大学获得了硕士学位，这读书的费用常常由蒋介石供给。所以陈立夫留学归来，蒋介石立即倚为心腹，并委以重任。调查科长虽由陈立夫亲自担任，但任期并不长。陈立夫以后高升替蒋介石看家，提任了国民党中央秘书长、组织部长、教育部长等职，但他非常明白的蒋介石的意图，对调查科乃至后来的中统局抓得非常之紧，每届领导都必须由他和陈果夫选定，才报蒋介石批准。
在蒋、陈的灌输下，调查科不仅是特务组织，首先也是个政治组织。因为蒋介石一直提倡“一个主义、一个领袖、一个组织”（这是由陈果夫首先提倡而获得蒋介石大力欣赏的）。陈立夫加以极大发挥，他认为：“信仰主义要信仰到迷信的程度，服从领袖要服从到盲从的程度、绝对的程度”，陈立夫是受过大学教育后来又留洋受到过所谓美式民主教育的知识人，却甘心情愿做特务工作并阐发出一套一套有浓厚法西斯色彩的政治理论，这不能不使人感到奇怪。其实，不光中统后来的领袖人物如张道藩、徐恩曾等是留洋的知识分子，乃至军统组织的不少头面人物，也多为表面文质彬彬的书生人物，这是很值得注意的一个现象。也许，蒋介石虽然出身青帮，但他也明白光靠喊杀喊打的杀手并不能成大事。
所以蒋介石把中统交给陈立夫，可以说这着棋并没有错。陈立夫一开始就把中统抹上了浓郁的政治色彩。
陈立夫给中统下的定义是：特务组织是国民党最核心的组织，是党的耳目；特务活动是为了保护党、国家、领袖的安全，它与党国的命运息息相关，是神圣的事业；只有最优秀（国民党）党员才有资格做特务工作，等等。
起初，调查科的宗旨应该是调查国民党党员或派系的有关情报，但蒋介石一直大声疾呼：只有共产党才是心腹大患，不彻底消灭共产党就会死无葬身之处。这个思想陈立夫心领神会，因此他一直把消灭共产党组织做为调查科的首先任务。而且，陈立夫受到蒋介石的器重和欣赏之处还在于：陈立夫并不主张只靠残酷镇压和屠杀的手段（虽然他并不反对采取暴力手段）。他认为这样做并不能彻底根除共产党的存在；他最主张破坏共产党的首脑组织和基层组织，从政治上思想上瓦解共产党，从整体上消灭共产党。这一思想体系也成为调查科及后来的中统特务工作的指导方针，并连连得到蒋介石的重视。
1928年，尽管蒋介石在人力、物力上都有困难，还是特准从他亲任校长的中央党务学校毕业生中，让调查科挑选了张国栋等10个被认为最忠实可靠效忠“总裁”的人到调查科担任骨干，这10人以后确曾成为调查科的高级干部。1930年，蒋介石又再次批准让调查科从经过政治警察训练的黄埔六期毕业生中，挑选了王忠诚等20人；这20人被蒋介石认为是忠实可靠和精明强干的嫡系分子，这20人的加入调查科，确使调查科如虎添翼，极大的扩充和提高了骨干的质量。同时，蒋介石认为调查科的基本骨干力量还不够。又特别批准调查科可以自行扩充队伍，人员质量不够可开训练班，可在上海、武汉、开封等重要大城市设立特派员，建立秘密侦察机构；并特别指示调查科要与各地宪兵机构建立密切联系。蒋介石在这一时期给调查科和宪兵等机构的首先任务就是要“共同一致反对共产”，也是蒋介石在1928年2月2日在国民党二届四中全会开幕词中所明确下来的不仅要“反对共产党”，而且对于“共产党的理论与方法务要铲除净尽”，“对于共产党的势力须要坚确的决心，根本上来铲除消灭”。
蒋介石在“四·一二”之后，接受了调查科领导人的建议和献计（当然还有国民党其它谋士的献策），在武力“围剿”的同时，也注重在政治上和制度上进行“围剿”。例如，随后蒋介石批准颁布的若干法令，其目的都是针对共产党的，如《共产党人自首法》、《反省院条例》、《危害民国紧急治罪法》、《鄂豫皖三省剿匪总司令部施行保甲训令》、《剿匪区内各县编查保甲户口条例》等等，调查科多参预规划。陈立夫在这一段时间，极力主张不要光靠杀戮，要有新的特务手段。陈立夫特别提倡“王道”治人，即对付共产党要“怀柔”，注意从组织上瓦解，所以中统在颁布“反省院条例”之后，经过蒋介石的支持，逐渐将中统的势力渗进了“反省院”系统。本来，“反省院”原属国民党政府的司法院，是受高等法院管辖的。陈立夫等人看到“反省院”是专门对政治犯特别是共产党政治犯进行欺骗诱叛活动的机构，所以一直主张让中统特务系统直接掌握。在得到蒋介石的支持下，从1932年开始，中统调查科开始逐渐接管“反省院”的领导位置，控制“反省院”是为了更加有效的折磨共产党人的意志，使其就范或叛变。这尤其使蒋介石感到满意。
但真正使蒋介石感到调查科的份量，还是从“顾顺章案”看出来的。
“顾顺章叛变案”是调查科在成立伊始时所办的一件重要案件。
这里，很有必要先介绍一下继任的调查科长徐恩曾。徐恩曾毕业于上海南洋大学电机科，后又赴美人康里奈斯大学学机电专业。他表面颇有文质，戴近视眼镜，不爱多讲话，给人的直观印象是一个白面书生。他与陈果夫有亲戚关系，遂经人介绍担任国民党中央组织部总务科科长。因徐恩曾对于文书管理。健全规章制度、编制密电码等方面有一套办法，加上他常以美国联邦调查局为范本，向陈果夫、陈立夫提出改进调查科特务活动的建议，因而颇得二陈的欣赏。
陈立夫担任调查科长一职并不长，不久即由吴大钧和叶秀峰相继担任。1929年12月，徐恩曾暂时代理调查科科长，几个月之后正式任职。此后一直干到1945年2月，历时15年，成为蒋介石最得力的鹰犬。过去人们一直认为军统特务组织对中共威胁最大，其实由于分工不同，中统特务才是共产党最凶恶的敌人。据统计，解放以前白区所有被暴露和破获的中共地下党组织，主要是被中统特务组织破坏的，可见其危害之一斑。
1931年春，徐恩曾亲自领导指挥，利用共产党叛徒在武昌破坏了中共湖北省委，中共湖北省委书记等人被杀害。又利用叛徒在汉口逮捕了中共地下党组织负责人尤崇新，尤叛变后又被特务带领，于1931年4月在汉口江汉关轮渡码头指认了中共政治局委员、中共中央保卫组织特科负责人顾顺章。顾顺章被捕后，经特务们诱降，也随之叛变。在此之前，顾顺章生活已很腐化，而且谁的话也听不进。上海中共中央地下党领导人中，只有周恩来还能够批评他。因顾顺章是中央政治局委员，知道机密太多。所以他的叛变危害极大。本来顾顺章曾去过苏联专门学习政治保卫工作，后因周恩来发现他有个人野心，加上追求个人享受，便将他调出特科。这次因中共中央要护送张国煮等人到鄂豫皖根据地，中央只派他到武汉布置秘密行走路线