一定要释放，或起诉。由于吴国桢的主张与蒋经国的做法形同水火，故小蒋与吴的矛盾进一步激化。
吴与蒋经国之间的矛盾还有经费问题。国民党退守台湾岛，“中央”及地方的一切开支均由省府开销。而省府的经济来源，无非靠征收田赋。应付这样大的开销，难免捉襟见肘。吴身为省府主席，自然要压缩开支。他当时曾和蒋介石约法三章：
（1）省府负担“中央”的军费，但要点名发饷，杜绝吃空饷的流弊；
（2）严惩走私；
（3）防止商人逃税。
吴国桢还向蒋介石进言说：“国民党党费应不用国家经费而向党员筹募，且应鼓励反对党之成立，才能奠定两党制度”。对于蒋经国领导的许多不在编机关、特务组织预算外的经费要求与请托，吴住往予以婉拒。吴后来告诉蒋的另一反对派雷震说：“我只是采用消极行动，不发给经费，所以蒋经国恨死我了”。
江南对吴国侦此举评论说：
“假使换一个主席，如俞鸿钧、严家涂之流，奉遇事请示、凡事‘推事’为座右铭，经国越权乐得装聋作哑，不闻不问，好官我自为之。那么，何止冲突不会升级，连上海时代的误会，都可以消于形”。“公正地说，吴意气用事的成份很大”。“否则不至于发展到形同水火的阶段”。
吴国桢恢遭蒋排斥也有他恃宠而骄，过高估计了蒋介石对他信任的成份在内。他后来竟天真地向蒋介石进言：
“如钧座厚爱经国兄，则不应使其主持特务，盖无论其是否仗势越权，必将成为人民仇恨的焦点。”
蒋介石当然听不进这种逆耳忠言，甚至由此产生了除掉吴国帧的念头。1953年10月30日，蒋介石为过65寿诞，邀吴国桢夫妇到台北郊外草山吃晚饭，并留宿。翌日，吴氏夫妇返归时，竟找不到来时开车的司机了。无奈，只得由蒋氏另派一名司机开车下山。适逢吴妻腹泻，开车不久就停车到路旁一百姓家寻方便之所。待吴氏夫妇回到汽车旁时，发现司机脸都吓白了。原来这辆汽车的四个轮子中有三个车轮的固定螺栓都早已被人拧掉了，如果不是吴夫人闹肚子，汽车飞速下山，到拐弯处时必定车轮飞脱，吴氏夫妇也必将死于“车祸”。
吴国恢死里逃生之后，方始明白蒋介石因为美台关系业已修好，要“卸磨杀驴”为蒋经国扫除仕途障碍了。鉴于此，吴国桢决定离台赴美定居。1953年4月，吴国桢向蒋介石请辞台湾省主席一职，5月，吴国恢夫妇接到美国邀请，欲赴美留居，蒋氏父子曾想阻止，但宋美龄积极从中周旋，最终放行。但是，吴国桢年近80的老父和尚在读书的次子吴修却不准同行，这等于是留下了“人质”。
吴国桢赴美后，一直谨言慎行，其公开对蒋氏父子的发难，乃在王世杰免职案发后，据潘公展说：
当去年十月初王世杰先生免职案发生时，因为案情真相迄未公布，以致由台湾、香港不断传来谣言，后来且有牵涉到吴国桢的。我于十二月四日在《华美日报》发表《政风》一文，就说政府如果以澄清政风为急务，则对于案情真相宜有一调查报告发布，‘必如是而后廉洁之士有所保障，贪墨之徒有所戒慎’。‘否则徒使问心无愧者横遭传说之诬毁，而暮夜芭直，蝇营狗苟者，转得逍遥于法外’。更于同月十五日论根绝贪污之道，有‘法办今日渎职之官，即所以杜异日五史之重演。惩治已发之贪污，即所以根绝未来之腐劣’等语。可是王案内情的是非曲直始终未为一般人所知，而谣言也愈来愈离奇。于是《美洲日报》遂于一月十三、十四两日也根据所闻的传说，接连发表两篇社论，提出若干疑问。一月二十五日的《民气日报》也有长篇社论《幼吴国桢从速回台湾》。吴氏对《美洲日报》和《民气日报》，都先后有信去声明辟谣，而其一月二十七日致《民气日报》函中，则透露几句肺腑的话，那便是：
“桢之爱国，不敢后人。板又何敢从个人一人或一家着想？然而古语有云：事有可行，有不可行。又云：合则留，不合则去。又云：忠臣去国，不洁其名。板恳请贵报勿逼桢大甚，使桢不得不言所不愿言之言也。”潘公展推断，是‘谣言’、‘逼出’，他原先不愿说的话，颇合逻辑。至于‘政府彻查，未得要领，自拟辟谣启事，又遭台报拒绝’的说法，校对事实，也不尽可靠。”
吴的启事，完成于一九五四年一月十五日，抵达台北的日期，大约为二十日左右，收件人是时任国民党秘书长的张其。广告内容如下：“桢远在国外，忽闻道路谣传，谓帧苟取巨额外汇，并云前‘总统’府秘书长王世杰之去职与此有关等语，查桢此次来美，曾经由‘行政院’陈院长批准，以私人所有台币向台湾银行购买美金五千元，作为旅费，此外并未由政府或政府中之任何人员批准拨给分文公款，桢亦未有此项请求，与王氏更从未谈过去美费用问题，恢闻此谣传后，已于一月二日以党员身分函请张其秘书长转呈总裁请份政府彻底查明，公布真相。至桢在美生活，除夏间遵医嘱曾赴美国西部高山地带休养医治气喘外，自十月起即在依利诺州艾凡思顿城公寓旅舍居住，房屋两间另一小厨房，内子执炊，桢自洗碗，以旅费不敷，遂接受各方请求演讲，已接受者约二十余处，每次讲费约四百五十元美金，一面借以维持生活，一面亦以国民一分子资格为国宣传，以演讲关系曾赴纽约四次，旅馆费用，间由请演讲者供给，曾在所谓最华丽之华都饭店演讲两次，广播一次，但从未寓居该处，此间本国侨胞及美国友好均深知悉，勿庸置辩。查桢为国服务二十余年，平生自爱，未曾贪污，在此国难当头之际，若尚存心混水摸鱼盗取公带，实将自觉不侪于人类，惟以道路阻隔，深恐以讹传讹，故特启事周知，如桢个人有任何劣迹，敬请国人检举，政府查办。”
吴国桢的这一声明，对蒋氏父子并无攻击，刊出来原也无妨。但张其却将这份启事交给在台的吴父，吴父奔走数日，竟无一家报纸敢于刊登。后来，启事转到蒋介石处，始于2月7日刊出。吴的启事见报后，由于吴国桢在美国发表了“不同政见”，台湾方面以张道藩和陶希圣为主，开始隔海“骂战”。直至美国政界人士出面干预，这场隔海骂战才告平息。
排挤吴国桢后，蒋介石便改任蒋经国为“国家安全会议”副秘书长，当起了特务头子。1956年，台湾当局成立“国民退除役官兵就业辅导委员会”，严家涂任主任，蒋经国副之，但主持实际工作。1957年又任命蒋经国为主任。蒋经国在这个“辅导会”当主任一干就是8年，为他赢得了较好的政声，改变了他“特务头子”的不良形象，为日后升迁奠定了“民意”基础。
1963年11月，国民党九届一中全会后，陈诚揣度老蒋心理，坚辞所兼“行政院长”一职，以便“提携新进”。蒋介石遂任命“政治新秀”严家涂为“行政院长”。严家涂明知自己是个过渡性角色，只是在为“太子接班”作陪衬而已。因此，他投桃报李，立即提名蒋经国为“国防部”副部长，这是蒋经国步人权力核心的重要一步。而此时的“国防部”是蒋经国的儿女亲家俞大维在当部长，蒋经国一上任，俞大维便将部务悉交小蒋处理，第二年，又自动让贤，力荐小蒋为部长。1965年1月13日，蒋介石下令，任命蒋经国为“国防部长”。这一下，老蒋心里踏实了儿子手握兵权，还怕登不上“总统”的宝座？！1966年3月，严家金当上了“副总统”。至此，蒋经国接班的格局已经形成了。
1969年 3月，国民党召开“十大”，蒋介石充分利用这次会议来巩固儿子的地位。在这次会议上，蒋介石继续任总裁，而其他一些国民党元老，都送进了中央评议委员会，引进一批“新生代”的中央委员，这些“新生代”大多是蒋经国的嫡系亲信，使蒋经国在国民党中央有了自己的班底，其地位进一步得到巩固。
同年的6月，台湾“行政院”改组，原“副院长”黄少谷辞职，由蒋经国接任。内阁中，“国防部长”黄杰、“教育部长”钟皎光、台湾省“主席”陈大庆均是蒋经国的嫡系。
蒋经国的从政生涯中，担任过无数次副职，这正是蒋介石一套老练的政治权术的表现。正副只是名义，权力才是实质。其实，蒋经国工作的单位，正副手总是颠倒过来：他在哪个位置就任，权力重心也就偏移至哪里。现在，蒋经国任“副院长”，又名正言顺地掌管一切了。身兼“行政院长”的严家徐，也乐意只亮招牌，不问实事，清闲自得。
1972年3月，蒋介石当选第五任“总统”。严家涂连任“副总统”，为了报蒋介石“知遇之恩”，严氏立即请辞“行政院长”职，并向国民党中常会递交提案，吁请征召蒋经国出任“行政院长”。严家涂指出：“蒋副院长坚韧刚毅，有守有为，献身党国数年，于整军经武、加强战备、领导青年、延揽人才、充裕财政、发展经济、推进建设，肆应世局诸大端，均有卓越之成就。职与蒋副院长共事已久。于其谋国之忠，任事之勇，爱民之勤，接物之诚，知之最审。”
此可谓正中蒋介石下怀。他可以“举亲不避嫌”了。于是蒋介石正式提名蒋经国出任阁首，并给“立法院”送去一个咨文：
“行政院院长严家金，恳请辞职，已勉循所请，予以照准。慈拟以蒋经国继任行政院院长。蒋员坚韧刚毅，有守有为，历任军政要职，于政治、军事、财经各项设施，多所建树，其于行政院副院长任内，襄助院长处理院务，贡献良多，以之任为行政院院长，必能胜任愉快。爱依宪法第五十五条第一项之规定，提请贵院同意，以使任命。此咨立法院。”
蒋经国入主“行政院”，标志着台湾全面进入了“蒋经国时代”。蒋经国“接班”之旅仅有一步遥了。
3．“蒋后主”主台
1975年4月5日，蒋介石病逝。蒋经国长跪灵前，“悲拗莫名”，对赶来致悼的“司法院长”田炯锦等人“下跪回礼”，还多次深夜到祭悼人群中去道谢，“孝思不但令人感动，也可为天下为人子者的曲范”（台湾《中央日报》语）。从4月8日起，蒋经国还把他40、50、60岁生日时蒋介石的三次亲笔信《寓理帅气》、《立敬立极》、《精一执中》的影印文，交《中央日报》连载，同时重新发表他过去写的《我的父亲》一文，表明他是父亲一心培养的政治继承人。4月15 日，他又把蒋介石病中给他写的题词《以国家兴亡为己任，置个人死生于度外》，交台湾各报纸影印发表，并亲笔撰文说他在父亲故去之后如何如何地“每日恭读”。
4月28日，国民党举行十届临时中央全会。蒋经国声称“居丧请假”而未出席。会议通过严家涂等20名中常委连署的提案，“建议中央委员会设主席一人并为常务委员会主席，一致公推常务委员蒋经国担任”。全会决议还坦承：“当前国际局势瞬息万变，反共阵容摇撼不安”，流露出无可奈何的心情。“副总统”严家涂继蒋介石之后出任“总统”，被认为是为未来的“总统”蒋经国铺路。其实，在“国民大会”选举前的几个月，台北议会决定敦请蒋经国出马竞选时，蒋经国本人并未表明意愿，而且故意回避去了金门。后来还是严家金出面向国民党中央常务委员会推荐，在1978年1月7日的临时中常会上，决定以蒋经国为“总统”候选人。2月19日国民党的十一届二中全会，也同时提名。在3月21、22日的“国民大会”上，蒋经国以总投票数的绝对优势当选，5月20日正式就任第六任“总统”。谢东阂当选为国民党“副总统”。至此，蒋经国终于实现了蒋介石的遗愿子承父业。
蒋经国宣誓就职的当天，即召见台湾当局主管宣传的负责人，作如下指标：一，今后不希望再有“蒋经国时代”这类名词见诸报端。二，今后也希称他为领袖。三，今后不希望有“万岁”的口号出现。此外，蒋经国继续推行“年轻化、知识化、本土化”的用人政策，以减缓因省籍问题而引发的激烈冲突。当然，他的“台人治台”政策是有限度的，台湾籍参政人士往往处于位高权轻的地位，即“只有执行权，没有决策权。”另外，对一些反对国民党的人，不再一味施以高压，而以“放逐”取代“监禁”，以期化解矛盾。
所有这一切，确胜乃父一筹。但蒋经国对父亲的作为是始终表示钦服的。
1975年4月21日，蒋介石病逝半月后，蒋经国在日记中写道：
“深夜坐于灵堂，想起父亲侍儿