藤原氏发展出一个完善的制度来通过天皇维持他们的权力。一位藤原氏的少女会被嫁给年轻的天皇，而天皇则往往在有了继承人之后被劝退位（因为作为一个象征性的君主只是例行公事，而毫无自由），藤原氏的成员总是在年幼的天皇成年之前顺利地担起了摄政的角色，然后，又一位藤原氏的新娘会走上前台，又一位继承人会出生，又一位天皇会顺从地退位，同时，又一位藤原氏的摄政将会掌权。就这样，形成了一个永无止歇的循环。
由于日本列岛和中国的海岸线之间隔着宽达450英里的大海，早期的日本人和他们那个文化高度发达的邻居之间几乎没有什么交往，但藤原氏最初的执政者们对他们所衷心钦仰的唐朝还是有所了解的。他们在中国唐朝的繁盛中看到了将落后的日本带入东方主流文明的机会。他们全盘照搬了唐朝的一切，但同时他们又显示出了惊人的天赋，能够将借鉴来的思想和技术加以改造，使之符合日本人的口味和需要。而这一点是后来西方国家在付出了巨大的代价之后才学到的。
还有许多人前往唐朝游历，包括学者、工匠、艺术家和工艺家、官员以及武士们。作为唐朝风尚的缩影，无论是诗歌和绘画，建筑和造园，方法和技能，统统都被吸收并改造，使之更为简约，更具有日本的本土风格。在按字母顺序排列的基础上，单音节的汉字被借用来创造出发音符号，从而改造成多音节的日本文字。
以头颅为代价的突然行动
为了发展出一个高度中央集权的政府，藤原氏按照唐朝的模式，将全国分为郡县，并创造出一种城镇附带乡村的行政组织机制。在以奈良为首都的藤原氏的统治下，唐朝精密的官僚体制被改造成了具有日本特色的制度。官僚们建立起了一个“天庭”，以此来显示它与天皇宗教性的功能有所联系，同时还建立起了一个帝国贵族院，这是在实际掌权者们和作为象征的天皇之间隐性的一层政府结构。
总体来说，藤原氏的政权是很温和的，在300年的时间内没有发生一起政治性的杀戮事件。但是，就是在行政体制的内部，孕育出了导致藤原氏倒台的祸根。子孙繁盛的藤原氏家族的成员们和他们的盟友们被分封到了全国的各个地方，作为对他们政绩的奖励。他们可以获得免交赋税的土地，为了监督和维护他们广大的封地，这些领主们蓄养了大批的武装力量。
在12世纪末，藤原氏家族内部的一个封地，由于政治特权的问题在敌对势力之间挑起了一系列野蛮的争斗，而在纷争终于结束的时候，藤原氏发现他们在世俗政权中至高无上的地位已经被他们手下的将领们所剥夺。从此，长达800年的军事力量控制日本政府的时代开始了，直到裕仁出生之前的33年才得以结束。
在这一时期刚刚开始的头20年中，武士们第一次登上了日本历史的舞台，他们竭尽全力地鼓吹勇敢、光荣、自律以及不畏死亡等这些美德。新形成的武士势力在源氏家族的身上得到了集中的体现。这个家族是一个无敌的军事世家，其首领赖朝在1192年被13岁的天皇授予“征夷大将军”的称号。此后，当源氏家族在海滨城市镰仓建立起幕府的时候，住在京都的日本天皇的地位就变得越发的不重要。尽管出于政治便利的考虑，天皇的崇高地位还得以保持，但是实际上他已经被完全地忽视掉了。甚至到了有一位出于贫困所迫，竟在京都的街头叫卖自己的书法聊以谋生的地步。
然而武士们却变成了当时社会的推动力量。他们的头戴兜鍪的形象被描绘在卷轴上，作为坚毅不屈的典型加以纪念，手里还握着象征身份的长剑。与西方的那些目不识丁的中世纪骑士们不同，武士们的家中都充满着由诗歌、绘画书法和其他高雅艺术所营造出的优美氛围。他们还醉心于佛教，这种精深的印度哲学是6世纪时从中国传播到日本来的。武士们对于禅宗尤其感兴趣，因为它的宗旨就是崇尚忠诚和漠视痛苦。
在他们的文化诉求中，对武士来说最主要的还是作为战士的身份。他们建立起一种恒久的崇尚勇气的传统———甚至是自杀的勇气。1274年，蒙古皇帝忽必烈在带领他的铁骑踏遍从俄罗斯西南部直到朝鲜的亚欧大陆之后，又发动了一场战役，试图将日本纳入他的版图。一个由450只船组成的庞大舰队首先在位于朝鲜和日本列岛最南端的九州之间的壹岐岛和对马岛这些小岛停靠，1。5万名士兵在此登陆。驻防在那里的一小队武士被全部杀光了，但是他们以牺牲生命为代价消耗了侵略者宝贵的时间。在蒙古人还未及在九州的博多湾登陆和布防之前，台风季节就到来了，面对恶劣天气的危险，蒙古舰队最终撤离了。
为了防止侵略者卷土重来，武士们沿着博多湾的海岸线修起了围墙，并且做好了在其中战死的准备。1281年，大汗忽必烈再次派出了他的军队，这次共有15万名精兵，装备着像能发射火药弹的弩炮这样令人胆寒的先进武器。在长达53天的战争中，处于绝对劣势的武士们击退了蒙古人冲倒围墙的所有企图。然后，在8月14日，一场突如其来的台风将蒙古舰队打成了碎块，从而将日本本土从最可怕的威胁中解救了出来。日本人很自然地将这场台风看做上天的护佑，他们将之称为“神风”。
就在神风带来拯救的26年之后，又有另一场风暴改变了日本的命运：它将一批葡萄牙商人刮上了岸。众所周知，这批人是第一拨踏上日本土地的西方人。而西方航海家走到哪里，基督教传教士就会跟到哪里。因此，1549年，由一个巴斯克教士弗朗西斯·萨彼埃尔率领的传教团来到日本。看来耶稣会士们受到了热烈的欢迎，因为萨彼埃尔不久后记述道：“我觉得我们可能在异教徒中再也找不出另一个能和日本人相比的民族了。这些人们从整体上都十分优雅、友善，毫无恶意，他们是一些令人惊异的可敬的人，而荣誉在他们的世界里也拥有着无与伦比的崇高地位。”
然而，富有戏剧性的是，基督教在日本几乎找不到立足之地，日本人对这种新的信仰的兴趣，远不及他们对西方来客所携入的武器来得大，因为事实证明这些武器大大改变了武士们的装备。
这种武器就是毛瑟枪，日本人很快就能纯熟地制造和使用它们。火器在长达十年的内乱中起到了决定性的作用。在这场16世纪80年代的内乱中，出现了一个日本历史上的大独裁者。他的名字就是丰臣秀吉。丰臣秀吉是一个农民的儿子，他的身材即使在日本这样普遍不高大的民族中也显得十分矮小，他的相貌更以丑陋出名，但他却拥有无与伦比的坚韧和智慧。
出于对自己出身的敏感，丰臣秀吉着手制定了标准，规定暴发户不准再进入权力阶层，他以要在京都神庙中修建大佛为借口，从农民手中收缴了所有的武器。丰臣秀吉无法容忍任何反对者。一位西方传教士写道：“他是如此谨小慎微地统治着日本的大小诸侯、藩主，显得比一位管束着一家人的父亲还要紧张。他不停地折腾他们，把他们从原来的封地上移走，送到另外的地方，这样就可以防止他们中的任何一个扎下牢固的根基。”
据传说，丰臣秀吉曾经来到镰仓源赖朝的神社，在这里他对这位源氏幕府的创立者说道：“你有着显赫的家世，不像我，是农民出身。但是，在征服了全国之后，我要征服中国，而你想到过这个吗？”
无论这个故事真实与否，丰臣秀吉曾经发动过两次战争，企图借道朝鲜侵略中国。但每次他本人都谨慎地呆在家里以确保对国家的控制。在第一次侵略中，超过20万人的日本大军沿着朝鲜半岛向北进攻，最终于1593年在鸭绿江边被击退。五年后，第二次远征的情况更加可悲，因为丰臣秀吉的死去，他们退回了日本。听到丰臣秀吉死去的消息，日本人都松了一口气，然后撤退———此后直到20世纪再也没有发动过一次对外的军事行动。
在一段短期的动荡之后，丰臣秀吉在傀儡皇权幕后掌权者的地位被他的首席军事和政治助手德川家康所继承。德川的家族王朝领导日本度过的是人类历史上最奇异的时光之一。在德川幕府的统治下，日本人获得了长达260年的不间断的和平。
然而他们也为那僵化的体制付出了无法计算的代价，他们深受这一体制的束缚，直到二战末期他们从自己领导人的手中得到自由，才获得了彻底的解脱。
和丰臣秀吉一样，德川家康对于日本基督教的发展的忧虑日益加深。但他的怀疑扩大到了针对一切西方的影响上来。后来，又发展到了针对一切外国的事物。1612年，他发布了一系列的敕令，从根本上将日本与外部世界隔绝开来。
菲尔莫尔总统的特使
到1638年，德川幕府的继任者几乎把所有的外国人都赶跑了，只留下了极少数，并且镇压日本的基督教，另外对于一切企图离开日本和从外国归来的人都判处死刑，用这种办法有效地把日本人都牢牢地锁在本土。两年后，一个葡萄牙代表团为说服日本放弃他们的孤立主义政策进行了最后一次努力。不久，虽然葡萄牙人都成功登陆，但其中的13个人被处以斩首，幸存者被允许回到澳门，带去了一个对其他西方人的官方警告：“让他们不要再打我们的主意了，就当做我们不存在于这个世界吧。”日本通向外界的惟一窗口就是长崎，在那里荷
兰和中国商人获准可以进行贸易，但是处于日本政府全天候的监视之下。
封建制度在德川幕府时期的将军那里得到了完善和加强。他们掌握着日本四分之一的耕地，以及所有的主要城市、港口和矿山。他们把剩余的部分分给了将近300个封建领主———藩主。藩主和他们的家臣武士占据着四个封建等级中的最高层，他们下面是农民，然后是工匠，处于最底层的是商人。在等级之间，存在着自下而上的忠诚和责任。一个较低阶层的成员如果没有得到官方的许可，就不能不履行对高等级者的服务义务。在藩主骑马经过的时候，卑贱阶层的民众必须下跪并以额触地。对任何无礼的下属，武士都有权将其当场格杀。
藩主本身也受到了严格的控制，以防止他们进行任何反对德川幕府统治的阴谋活动。按照要求，他们每隔一年都要到江户去和将军在一起呆一年。江户就是德川家族在一个渔村的基础上建立起来的首都。（到18世纪为止，江户的居民已达到了100万，可能是当时世界上最大的城市。）而当藩主离开江户的时候，他的妻儿还要留下充当幕府的人质。为了防止藩主们在封地和首都之间的路上进行颠覆活动，他们要按指定的路线行动，这些路线上布满了关卡，仅在日出和日落时开放。而当他们在关卡附近的旅店中停留过夜的时候，则要受到德川幕府的特工队的近距离监视。为了防止任何的藩主与一位可能野心勃勃的天皇结成同盟，皇族居住的京都城受到了严格的限制。
这样来回往返需要花费，再加上在江户维持舒适生活的大量开支，藩主和武士们被迫向他们所鄙视的商人们借债。在江户和大阪这些不断发展的商业中心里，尽管存在着德川政权的重重限制，商人们不但生意兴旺，而且还形成了他们自己的资产阶级生活方式，包括像歌舞伎剧院以及更高雅的娱乐———早期的艺妓馆。20世纪的那些工商业巨头，如三井和住友，正是从这些身份低下的高利贷者发展而来的。
仿效西方的热潮
尽管德川幕府用尽了一切的心机和手段对日本这个民族进行压制和封锁，使它保持孤立状态。这不仅是地理意义上的孤立，还要孤立在列强的势力范围之外。但是这种状态是难以永久维持的。就在1853年的6月5日，当四艘美国战舰出现在江户湾时，日本的闭关政策就宣告结束了。
在这四艘船中，有两艘是船身乌黑的蒸汽船，每一艘拖着另外的一艘帆船，它们正是日
本向来拒之门外的工业革命的产物。这两艘蒸汽船可能是日本人有史以来第一次见到的，所以成千上万的住在海滨的人们永远都会记住这一天，他们把这一天称为“黑船”日。
这只小舰队是由佩里准将率领的。这个粗野的海上老手曾经在美墨战争中名声大噪。佩里得到的训令是提议“美日两国友好相处并且建立起相互的贸易关系”。为了达到这一既定的目的，美国政府训谕佩里要“谦恭、和蔼，但同时也要坚定、果决”。实际上，后来的事实证明他是一个技巧高超的外交家。