思想的普及，但也难免有曲解抑或谬解之处。
一般来说，唯识学的阿赖耶识转依论重在对治烦恼障与所知障，后二者属于有为法，而作为一真法界的实相——“真如”属于无为法，它不待造作，自存自在，所以玄奘一系的唯识学者主阿赖耶识缘起，而否认真如受熏随缘。真常唯心学来源于如来藏缘起论，如来藏不仅是有为法的所依，也是无为法的直接所缘。《楞枷经》云：“如来藏是善、不善因，能遍造一切趣生。譬如伎儿变现诸趣，离我、我所，不觉彼故。”43所以，真常唯心论者必然持真如缘起论。关于两种缘起的不同，圣严法师的评述可作为参考。他说：
《起信论》与唯识的观点不同之处，主要在于《（成）唯识论》卷九的真如被八识依，既为生死依，亦为涅槃依，但其性净不受熏，离杂染不随缘，故待八识转成四智，方与真如合一。至于《起信论》的第八识，是生灭与不生灭的和合识，即是如来藏，又名真如，随染缘而入生死，随净缘则住涅槃，所以真如是可受熏的。44
紫柏本为禅僧，是典型真常唯心论者，他的骨髓里流淌着真如缘起论的血脉，以这种背景阐释唯识学理论，必然会有“格义”现象的出现，这种情况在他对唯识学理论诠释中时时出现。他以真如缘起诠释唯识“四分”，云：
夫八识四分，乃相宗之纲骨也。阿赖耶识、末那识、分别识、眼耳鼻舌身五识，谓之八识。证自证分、自证分、见分、相分，谓之四分。究本言之，八识四分，初无别体，特以真如随缘，乃成种种耳。夫真如随缘之旨，最难明了。良以真如清净，初无熏染，如何瞥起随缘耶？于此参之不已，忽然悟入，所谓八识四分，不烦少检，唯识之书，便能了了矣。45
“四分”是指八识与五十一心所的每一个识体的四种功能。即： 一相分，又作所取分，是认识对象（客体），亦即被主体之心所认识之客体形相，是识所缘的对象，虚假非实，又是识变现的影像。八识的相分各不相同，可分为影像相分、本质相分二种。 二见分，又作能取分，是认识主体（诸识之能缘作用），亦即认识、照知相分之主体作用。 三自证分，又作自体分，即自体上证知见分之作用，亦即自体能证知自己之认识活动（见分缘相分之作用）。 四证自证分，即证知自证分之认识作用，亦即自证分之再证知，心识对所得感觉对象进行思虑、分辨，也是作为自证分的量果。
紫柏说“八识四分，初无别体，特以真如随缘，乃成种种耳”已属歧见，而又谓“参之不已，忽然悟入，所谓八识四分，不烦少检，唯识之书，便能了了矣”，更是以禅宗手法研究唯识经论，可谓失之毫厘，差以千里。紫柏本人也认识到“惟相宗名义数多，若非心智妙密，委曲精搜，实未易明。”46但真正做到此点却非易事。对四分的诠释紫柏另有以人之昏醒来举例说明，47但毫无疑问，他的这些诠释在宽泛意义上有其参考价值，对准确理解唯识要义是远远不够的。
此外，他又试图以天台止观学说会通转识成智论。他说：
转识成智，非解圆而精于止观者，未之能也。夫佛性有三：缘因、了因、正因是也。缘因不明，了因不生；了因不生，正因难冥。冥也者，所以复之也。今有人于此，欲复其性而忽了因，欲发了因而忽缘因，譬如不谷而欲苗，不苗而欲饭，安有是理乎？《文始》虽言“转识成智”，而不言“转识成智”之所以然；所以然不明，是有名无实也。或曰：“敢问转识成智之所以然”，对曰：“若能探释氏唯识之书乎？若能悉缘因、了因、正因之旨乎？”曰：“未也，将能之矣，”噫！若果能之，则“转识成智”之所以然，乃在子而不在《文始》也。48
止观乃“定”、“慧”之合称，止观双修是天台法门，智顗认为止观是证入涅槃之要法。“若夫泥洹之法，入乃多途，论其急要，不出止、观二法。所以然者，止乃伏结之初门，观是断惑之正要；止则爱养心识之善资，观则策发神解之妙术；止是禅定之胜因，观是智慧之由藉。若人成就定、慧二法，斯乃自利、利人法皆具足。……当知此之二法，如车之两轮，鸟之两翼，若偏修习，即堕邪倒。”49三因佛性也为天台所独唱，正因不染不净、非善非恶，了缘二因有染净、具善恶。《文始》指关尹子的《文始真经》，50为道家重要经论，该书“五鉴篇”有“善去识者，变识为智”的说法，这与佛教唯识学说转识成智的理论若合符契，但《文始经》未对此做出合理说明，在紫柏看来，这就是唯识学高不可及之处。紫柏将天台止观论用于诠释唯识转识成智说确属勉强。《维摩诘经》卷五僧肇注云：“系心于缘谓之止，分别深达谓之观”51。但就止观与转识成智的最终结果都要到达佛教的智慧这一点来说，还是有共通之处的。紫柏认为唯识学的转识成智理论有助于诠释《文始真经》的“变识为智”论，可谓歪打正着，因为，《文始真经》本为道教伪经，它的“转识成智”之说正是吸收、消化唯识宗思想而形成的。
以其它经论诠释唯识学，不独紫柏为然，晚明唯识学研究的其它学者亦有这种倾向。憨山德清著《性相通说》一书诠释《百法明门论》与《八识规矩颂》。在该书缘起中，憨山云：“予因居双径寂照，（万历44年，德清至双径主持紫柏的荼毗仪式）适澹居铠公请益性相二宗之旨。予不揣固陋，先依《起信》会通《百法》，复据论义，以此方文势消归于颂，使学者一览，了然易见，而参禅之士不假广涉教义，即可以印心，以证悟之浅深。至于日用见闻觉知，亦能洞察生灭心数。”52澹居法铠为紫柏上首弟子。憨山作此书的目的是使“参禅之士不假广涉教义，即可以印心，以证悟之浅深”，仍然秉实用主张。而以《大乘起信论》会通唯识，必然以牺牲唯识要义为代价。
智旭对紫柏在晚明佛教振兴中的作用曾给予高度评价，称之为楚石梵琦之后第一人53，但智旭的唯识学研究与紫柏与憨山相比，更为精严与审慎。对紫柏唯识学研究的开新风之功及所取得成就，智旭甚为推崇，对紫柏某些阐述上的不当，他也为紫柏作了辩解。钱谦益曾就“憨大师性相、达大师八识未了之义及辟交光师邪说本末”54三事请教智旭，智旭在回信中云：“憨大师性相通说，久为教家嗤笑，无能为害；达大师以能所八法所成释‘性’、‘境’二字，不过直承鲁庵之讹，习而不察，白璧微瑕耳。交光‘用根’一语，流毒天下，遗祸无穷，非一言可罄。”55
按照唯识理论，通常人们所缘之境有三种：即“性境”、“独影境”和“带质境”。性境是有体的实境，此境有胜义和世俗两种。世俗性境多指从因缘所生的事相，是一般的物质现象，如眼所见的色、耳所闻声、鼻所嗅的香、舌所尝的味、身所触的冷、暖、滑、涩等。第八识所缘的根身，器界（物质世界）种子等，皆是实有之法，亦是性境。胜义性境乃是一切诸法实无有体性可得的真如。独影境有二：一是“有质独影”，谓此境物虽有，但在此时此处，由意识分别想象所起的影相以为所缘；二是“无质独影”，本无其事，但有意识分别假想所起影相以为所缘，如龟毛、免角等。带质境亦有二种：一是“真带质”，如以心缘心，第七识缘第八识见分为本质，而别取我相为自亲缘，我相虽非第八见分本质，而所带之质，是真非虚；二是“似带质”，如以心缘色，眼见桌椅等物，实见的只有青、黄、赤、白等色，高低方圆等形，而桌椅只有假名，并无实质可带。
鲁庵普泰《八识规矩颂补注》认为，性境指“有体实相分境”，56即认为“性”是“有实种生，有实体用”。此说应无问题，但普泰还把“性”理解为“实根尘能所八法而成” ，这样，普泰的“实相分”实际是以能所八法（指地水火风、色香味触）所缘而成其为“实相分”的。实相分的依据，来源于它从因缘所变而生。因缘变是指第八识由因缘种现力转变而成色等诸法，这些由第八识中种子因缘转变而来的色等诸法，便是见分所缘的对象。它不需要见分再依托它发生分别变现作用，而是直接把第八识中因缘所变现相分作为所缘相分。对性境的这种释义将性境的内在特征凸显出来，但却有忽略其实在的倾向。根据窥基《成唯识论述记》的解释义，“性境”是五识所虑所讬的境界，肯定其作为内境既内在又实在的性质。独影境是六、七分别计执，缘无而有的境界，无所仗讬，独有影像；带质境则是六、七识于本质虚妄计度，妄起影像的境界。
智旭说“达大师以能所八法所成释性境二字”是不准确的。紫柏曾明确云：
“性境”者，谓所缘诸色境，不带名言，得境自相也。“相”者，青黄赤白之谓。“名”者，长短方圆之称。“现量”者，谓对境亲明，不起分别也。性境属境，现量属心。……性境若说根尘能所，八法而成，是落小乘。如唯识则无有此境。此境现前，如明镜照象，湛然明了，不起分别，如云“真境”也。57
紫柏显然是反对鲁庵的性境“实根尘能所八法而成”之说，他的“此境现前，如明镜照象，湛然明了，不起分别，如云真境也”亦无太大的谬误58，但紫柏“明镜照象”的比喻应该说有失当之处。细审紫柏之意，他显然有将境的“映照”与境外的“临照”混为一体的倾向，有视镜中“像”同于镜外“物”的可能。“照象”为一种一对一的“映射”，其间不存在“过滤”环节，但性境的“呈现”因是唯“识”的产物，所以必然有“识”在其中起作用，“过滤”作用在所难免。事实上，五识并非被动的“呈现”性境，现量在领纳性境之时，是依靠五识的缘虑了别作用完成的。
如果说紫柏的唯识研究因带有很强实用色彩而使得唯识本意有所隐晦或歪曲的话，那么其俗家弟子王肯堂的唯识研究就力图突破这一限制，研究显得谨慎与缜密。王肯堂是晚明唯识学研究中最为活跃的人物，而其起步正得力于紫柏的劝化。王肯堂尝云：“余闻紫柏大师言，相宗绝传久矣。鲁庵普泰法师，行脚避雨，止人家檐下，闻其内说法声，听之则相宗也。亟入见，乃一翁为一妪说。师遂拜请教，因留月余，尽得其学而去。疑翁妪非凡人，盖圣贤应化而现者。雪浪恩师法，即鲁庵之孙也。缘督又雪浪之孙也。而一雨、巢松二师，皆得法雪浪，称高弟子，其授受渊源有自矣。”59这一说法带有很强的神化色彩，但却道出了晚明唯识研究发展中的一条脉络。正是在紫柏的鼓励下，王肯堂亦由随紫柏参禅转而致力于唯识学的弘扬。在对唯识学研究的态度上，他曾转述晚明唯识研究大家一雨通润致其书云：“近世解内典，各出己见者多，第性宗理圆，作聪明注释，亦无大碍。相宗理方，一字出入，便谬以千里矣。”60就是秉承这一理念，王肯堂致力于晚明唯识研究著作的整理与校注。他曾汇拢诸家诠释唯识学的著述，编校出版，却又无法苟同诸家之说，在注解《成唯识论》后，取名《证义》，又编著《因明集解》，并说自己“虽有臆见，目未曾经考证，口未曾经商兑者，皆不敢入解。”61
王肯堂是晚明唯识学研究中专攻唯识而不涉余宗的重要代表，他的研究虽然不能完全摆脱《宗镜录》等的影响，但总是尽量以唯识思想诠释唯识经论。关于王肯堂《证义》之价值。圣严评论云：
唯识学主旨在以精辟的论理方法，谨严的组织分析，说明内在不动的识性以及外在变异的识相。菩萨即从识相而作重重分析，令众生按图索骥，转识成智，泯相归性。故说唯识，即是唯心。心有真妄，性有虚实，识有染净。性宗如果一味重视圆修圆悟，易于形成不知心及心所污染程度，不识心性的真妄虚实，不别自身修证的确切层次，相宗则将心心所法的活动情况，心性的真妄虚实交代清楚，修证层次历历分明。若以《俗诠》（高原明昱著）及《证义》作比较，前者的依据较少，故偶有臆测之见。后者广读大小乘经论，虽亦有与窥基等之唐疏有出入之处，大致说来，已经尽了不违唯识之说的全力，乃是一部值得学者们细加研究的好书62。
按照圣严法师的研究，晚明唯识研究有五个系统，而紫柏兴起唯识研究之风后，先后掀起两次高潮63，以王肯堂为中心，雪