按照圣严法师的研究，晚明唯识研究有五个系统，而紫柏兴起唯识研究之风后，先后掀起两次高潮63，以王肯堂为中心，雪浪系、高原明昱系、紫柏系得以沟通联络，直接促使唯识学研究第一次高潮的兴起，王肯堂正是其中的核心人物。从这一角度上说，紫柏对晚明唯识的研究的兴起与壮大，贡献尤大。1 所谓大乘“三系”是按照印顺法师的分法，即性空唯名系，以龙树为首的初期大乘佛学；虚妄唯识系，以无著为首的中期大乘佛学；真常唯心系，以中国大乘宗派为主的后期大乘佛学。详见印顺：《大乘三系教判》、《大乘三系的商榷》，黄夏年主编《印顺集》第19…40页，中国社会科学出版社，1995年12月。
2 参见关于“正、负”哲学方法的阐述见冯友兰先生《中国哲学简史》第二十章《中国哲学在现代世界》第293…295页，北京大学出版社，1996年9月。
3 憨山德清：《达观大师塔铭》，《紫柏尊者全集》卷首，《续藏经》第一辑第二编，第三十一套，第四册，第314页。（案：本文引用紫柏著述均用上述《续藏经》第三十一册第四、五册，第三十二套第一册版本，《紫柏尊者全集》与《紫柏尊者别集》以下简称《全集》、《别集》）
4 紫柏在唯识学研究中师承不详，但他又说：“相宗之书，无有变通师承，学一分加一分缚，故于性宗禅宗上合会不来。若于相宗精了，则一切外书，亦总是佛法。”《全集》卷七，第四册，第380页。但这与他本人的相宗研究产生了冲突。
5 永觉元贤：《示尼净光》，《永觉元贤禅师广录》卷十，《续藏经》第二编第三十套，第三册，第255…256页。
6 紫柏真可：《龙泉别众示》，《全集》卷七，第三十一套，第四册，第375页。
7 同上。
8 同上，《法语》，《全集》卷一，第三十一套，第四册，第327页。
9 陈垣：《明季滇黔佛教考》（上），第303页，河北教育出版社，2000年12月。
10 无异元来：《宗教答响》，《无异元来禅师广录》卷二十三，《续藏经》第一辑第二编第三十套，第二册第144页。
11 蕅益智旭：《（大佛顶经玄文）后自序》，曹越主编：《明清四大高僧文集》之《灵峰宗论》，第364页，北京图书馆出版社，2005 年1月。（下引同，不详注）
12 案：吕澂先生认为此说为“皮相之谈”，见《中国佛学源流略讲》第336页，中华书局2002年。但吕先生在为《中国佛教》撰写的《唐代佛教》条目中，又说：“此宗理论过于繁细，难能通俗，终究归于衰落”。《中国佛教》第一辑第66页，东方出版中心，1996年，前后两说稍不同。
13 章太炎尝云：“盖近代学术，渐趋实事求是之途，自汉学诸公分条析理，远非明儒所能企及。逮科学萌芽，而用心益复缜密矣。是故法相之学，于明代则不宜，于近代则甚适，由学术所趋然也。”（章太炎：《答铁铮》，黄夏年主编：《章太炎集 杨度集》，第19页，中国社会科学出版社，1995年12月）聊备一说。
14 圣严：《明末的唯识学者及思想》，《中华佛学学报》第1期第1页，台北，1987年。
15 蕅益智旭：《重刻〈成唯实论自考录〉序》，《灵峰宗论》，第382页。 案：这里所说的“《俗诠》、《证义》、《集解》诸书”，是指是晚明唯识学者的代表性著述，即高原明昱的《成唯识论俗诠》、王肯堂的《成唯识论证义》、一雨通润的《成唯识论集解》，详见圣严法师《明末佛教研究》第三章《明末的唯识学者及其思想》。
16 如《全集》卷二，第三十一套第四册，第333页对第六识重要性的强调。卷三，第四册，第344页对“四分”的诠释。卷三，第四册，第346页对六识的推挹。卷七，第四册，第373…374页对阿赖耶识的诠释。卷七，第四册，第380页对相宗的推崇。卷八，第四册，第385…386页《论眼识》。卷九，第四册，第394页对转识成智、三量等的阐述。卷十二，第五册，第426页《唯识略解》。卷二十，第五册，第496页《六识功能偈》，卷二十，第五册，第493页《智识偈》。卷二十四，第五册，第525页《与雷雨居士》书中对相宗的推崇。
17 紫柏真可：《法语》，《全集》卷二，第333页。其中所云慧能偈即宗宝本《坛经？机缘品》第七：“大圆镜智性清净，平等性智心无病，妙观察智见非功，成所作智同圆镜。五八六七果因转，但有名言无实性，若于转处不留情，繁兴永处那伽定。”
18 在此点上，近代佛学的发轫者杨文会居士与紫柏有同样的主张，他也认为唯识为“末世救弊之良药”，“参禅习教之士，苟研究此道而有得焉，自不至颟顸佛性、笼侗真如，为法门之大幸矣。”（杨文会：《十宗略说》，《杨仁山全集》第152…152页，黄山书社，2000年1月）
19 唐大圆云：“佛教之有学，且足以纠正今世科学之误，匡西洋哲学之谬而特出者，则莫如唯识。”（《十五年来中国佛法流行之变相，载《海潮音》第16卷第1期）近代对唯识学的鼓荡均与其与近代西方科技在某些层面上有相近之处有关系。参见陈兵、邓子美主编《二十世纪中国佛教》第六章《唯识学的复兴》，民族出版社，2001年3月。唯识学与科学之间的纠缠是近代佛教兴起时引人注目的争议点，可参考何建明《佛法观念的近代调适》第二章《佛法与近代科学、迷信问题》，广东人民出版社，1998年10月。麻天祥《20世纪中国佛学问题》第五章《佛学与儒学及科学》，湖南教育出版社，2001年2月。
20 紫柏真可：《阿赖耶识四分略解》，《别集》卷一，第三十二套，第一册，第46页。案：此段引文与《全集》卷十二第426页的一段原文除一个字稍异外，其他完全一致，二者重复。《别集》在此段后亦有说明。
21 紫柏真可：《与雷雨居士》，《全集》卷二十四，第三十一套，第五册，第525页。
22 关于《八识规矩颂》的著者问题，历来认为为玄奘所作，但吕澂等人对此表示怀疑，认为《表示规矩颂》文义皆有瑕疵，且将“非量”和“现量”、“比量”并称为“三量”，又称难陀论师为“愚者”等，应非出自玄奘之手。
23 紫柏真可：《唯识略解》，《全集》卷十二，第三十一套，第四册，第426页。
24 参见张自强博士论文《唯识思想与晚明唯识学研究》，第二章，《法藏文库》硕博士学位论文，《中国佛教学术论典》七，佛光山文教基金会，2001年。圣严法师云：“明末的真可、德清、智旭等诸师……是为了禅的修行而学唯识，并以唯识配合着禅宗观念作解释。可见，明末的唯识学者是偏重于实用的。”（圣严：《明末佛教研究》，第190…191页）
25 紫柏真可：《法语》，《全集》卷七，第三十一套，第四册，第373…374页。
26 参见吕澂：《印度佛学源流略讲》第五讲，第四节《瑜伽行派和中观学派》，上海人民出版社，2002年9月。
27 即早期以菩提流支、勒那摩提、佛陀扇多等于北魏永平元年（508年）至洛阳，译出世亲《十地经论》、无著《摄大乘论》等经论，后研习成风，形成“地论师”阶段。其后，真谛（499…569）渡海南来，重译无著《摄大乘论》，世亲《摄大乘论释》等经论，形成“摄论师”时期。由于两派学者有纷争，玄奘遂只影孤征，远赴印度十五载，尽得唯识要义，回国创立唯识宗。玄奘的译介唯识经论在中国被称为新译，属于“有相唯识说”，其前翻译的唯识经论相对称为“旧译”，属“无相唯识说”。
28 关于唯识学的“四分说”，可参见方立天《佛教哲学》第九章《佛教的认识论》（下），第五节《四分、三性与四智说》，第314页…324页，中国人民大学出版社，1997年6月。
29 吕澂：《印度佛学源流略讲》第五讲，第四节《瑜伽行派和中观学派》，第240页，上海人民出版社，2002年9月。
30 紫柏真可：《唯识略解》，《全集》卷十二，第三十一套，第五册，第427页。
31 同上，《八识规矩》，《全集》卷十二，同上，第424页。
32 紫柏真可：《八识规矩》，《全集》卷十二，同上，第424页。
33 同上，《八识规矩》，《全集》卷十二，第五册，第424页。案：紫柏此处引用一典故。据《高僧传》卷二，鸠摩罗什早期小乘之师盘陀达多因罗什演倡大乘，遂与罗什辩论，后为罗说服，转而礼罗什为师。云：“和尚是我大乘师，我是和尚小乘师”。紫柏授戒师明觉也曾反执紫柏师礼。紫柏用此此典故，或有引为同道之意。
34 同上，《前五识略解》，《别集》卷一，第三十二套，第一册，第47…48页。
35 紫柏真可：《法语》，《全集》卷六，第三十一套，第四册，第391页。
36 同上，《长松茹退》，《全集》卷九，第三十一套，第394…395页。
37 玄奘：《成唯识论》卷五：“六识身皆以意转，然随不共立意义名，如五识身无相滥过；或唯依意，故名意识。”
38 紫柏真可：《法语》，《全集》卷二，第三十一套，第四册，第333页。
39 同上。
40 同上，《法语》，《全集》卷二，同上，第346页。
41 同上，《八识规矩》，《全集》卷十二，第三十一套，第五册，第424页。
42 紫柏真可：《六识功能偈》，《全集》卷二十，第三十一套，第五册，第496页。
43 《楞严经》，《大正藏》卷十六，第510页中。
44 圣严：《明末佛教研究》第220页，台北，东初出版社，1987年9月。
45 紫柏真可：《唯识略解》，《全集》卷十二，第三十一套，第五册，第426页。
46 紫柏真可：《唯识略解》，《全集》卷十二，第三十一套，第五册，第426页。
47紫柏尝云：“譬如一个醒人，少有昏生，虽闻外声，又不明了，虽不明了，又闻外声。唤他作醒，实不明了；唤他作昏，又闻外声。到此境界，谓之昏醒相半，有人唤之，则随醒边，无人唤之，则随昏边，既随昏边，外不了境，内不作梦，昏然而凝，能所未成，少顷入梦，能所则有。初者谓之证自证分，二者谓之自证分，入梦则分两分，能见者谓之见分，所见者谓之相分。”《法语》，《全集》卷三，第三十一套，第四册，第344页。紫柏曾不止一次使用此喻，显示他对此的认可。
48紫柏真可：《长松茹退》，《全集》卷六，同上，第四册，第394页。
49智顗：《修习止观坐禅法要》，《大正藏》卷四十六，第 462页中。
50关尹子名喜，曾为关令，与老子同时，老子《道德经》，系应其请而撰。刘向谓：“喜著书凡九篇，名关令子。”《汉书？艺文志》著录关尹子九篇，旧题周尹喜撰，即后世所谓之《文始真经》。此书当在老子《道德经》后，而道亦近似，故庄子《天下篇》叙古之道术以老子与关尹子并述。其大要在贵本重神，澹然无为，清静自守，独任虚无，随物因应。故亦即先秦之纯粹哲学派，或纯粹道学派。《文始真经》，又名《关尹子》或者《关令子》，简称《文始经》，模仿《道德经》的笔法，曾为英国著名科技史专家李约瑟所推挹。此书原本早佚，今本系后人伪托。共九篇，题为一宇、二柱、三极、四符、五鉴、六匕、七釜、八筹、九药。前有西汉刘向序，后有东晋葛洪序。《四库全书总目提要》说此书″为唐、五代间方士之解文章者所作，其内容为释氏 释迦牟尼的略称，指佛或佛教及神仙方技家之法，借儒言以饰之。”紫柏亦对此书甚为欣赏，曾就书中魂、魄理论作过评述，见《魂魄辨》，《全集》二十一，第三十一套，第五册，第499页。紫柏另对道家另一经典《皇帝素问》有所研修，见《读素问》，《全集》卷二十一，第五册，第502页。
51僧肇：《注维摩诘经》卷五，《大正藏》卷三十八，第381页上。
52憨山德清：《性相通说？八识规矩说》，转引自张志强《唯识思想与晚明唯识学研究》，《法藏文库》（7）第396页。案：《续藏经》本《憨山大师梦游全集》卷四十六《性相通说》（上、下）阙文，此段引文引见张志强博士论文第396页。
53智旭云：“禅宗自楚石琦大师后，未闻其人也，庶几紫柏老人乎？”《儒释�