留下了习气，这些习气被阿赖耶识积集成种子，在时机成熟时，阿赖耶识中的种子现行出了四根本烦恼与随烦恼；除了阿赖耶识之外，其他六识都不具有积集存储染污种子的功能。
“云何烦恼杂染不成，以诸烦恼及随烦恼熏习所作，彼种子体于六识身不应理故。”＇21＇
其次，从导致果报的染业来说，阿赖耶识也是存在的；否则，如果没有阿赖耶识，生命主体各种行为所发起的熏习就没有受熏的对象，如此，就十二缘起的因果链条而言，主体行为缘生识，及主体对外物的追求缘生染业，就没有理由成立。
“云何为业杂染不成？行为缘识不相应故；此若无者，取为缘有亦不相应。”＇22＇
再次，从生命的轮回来说，只有阿赖耶识，才能使生命形态的前后延续及每次生命执持的各种感官、执持生命的“识食”＇23＇得以成立；同样，如果没有阿赖耶识，一次生命终结时体温是由上而下还是由下而上逐渐降低的现象就无从出现。
“云何为生杂染不成？结相续时不相应故。若有于此非等引地没，已生时，依中有位意起，染污意识结生相续，此染污意识于中有中灭，于母胎中识羯罗蓝更相和合……此和合识非是意识，但是异熟识，是一切种子识。……复次，结生相续已，若离异熟识，执受色根亦不可得……已生有情识食不成。”＇24＇
在这里，我们可以看出，《摄论》在论证阿赖耶识是轮回的主体时，把部派佛教所说的轮回主体即中有和羯罗蓝纳入了阿赖耶识的范畴之中。
第四，如果离开阿赖耶识，世间清净也不能够成立。因为欲界的离惑心与色界的烦恼心是非共时存在或者坏灭的，没有离开欲界的烦恼之心，就不能得到色界的烦恼心；为了离开欲界的烦恼心而修持带有欲界烦恼的善心加行，必须有阿赖耶识作中介才能得到色界的有惑心；这种加行如果没有阿赖耶识作为受熏的对象，不通过阿赖耶识受熏而形成的种子，是不可能得到色界的有惑心的。
“云何世间清净不成？谓未离欲缠贪，未得色缠心者，即以欲缠善心为离欲缠贪故，勤修加行；此欲缠加行心与色缠心不俱生灭故，非彼所熏，为彼种子不应道理。”＇25＇
第五，出世清净也依赖阿赖耶识而成立。这是因为正见来源于通过自己的各种认识器官依照所听佛理控制作意的心理现象：如果没有阿赖耶识，听闻佛理的熏习及所熏的意识就没有赖以成立的根本，这样就不能形成出世清净的种子；没有种子，相应也就不可能产生出世清净的果报。
“云何出世清净不成？谓世尊说，依他言音及内各别如理作意，由此为因，正见得生。此他言音、如理作意，为熏耳识，为熏意识，为两俱熏。若于彼法如理作意思维，尔时耳识且不得起，意识亦为种种散动余识所间；若与如理作意相应生时，此闻所熏意识与彼熏习久远过去，定无有体，云何复为种子能生后时世间心？”＇26＇
二、六识与意
（一）六识
关于六识，无著在《摄论》中只是简单地交待了它们与阿赖耶识及意根的关系。至于它们的各自特征，无著是在其他的论著中加以介绍的。《大乘阿毗达磨集论》卷一云：
“何等为识？谓六识身：眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识。何等眼识？谓依眼缘色，了别为性……何等意识？谓依意缘法，了别为性。”＇27＇
《显扬圣教论》卷一云：
“眼识者，谓从阿赖耶识种子所生，依于眼根，与彼俱转；缘色为境，了别为性……乃至身识。此中差别者，谓各依自根、各缘自境、各别了别一切……意识者，谓从阿赖耶识种子所生，依于意根，与彼俱转，缘一切共、不共法为境，了别为性。”＇28＇
根据《大乘阿毗达磨集论》和《显扬圣教论》中所述说，六识就是主体依据眼、耳、鼻、舌、身、意六种认识器官分别缘取色、声、香、味、触、法六种认识对象所产生的六种分别意识。
（二）意及染污意、意根
无著在他的论著里没有使用末那识的概念，却反复论及了“意”的存在及其作用问题。在《摄论》中，无著指出，在阿赖耶识与前六识之外，还有“意”这一精神要素存在着，其存在性质是刹那即灭的，并始终与四种根本烦恼相应；由于它的刹那存在，第六意识才有了赖以出现的基础；由于它始终与四根本烦恼相应，生命主体对于对象的分别作用也具有了染污的性质。根据意与第六意识及包括第六意识在内的前六识之间的这两种关系，《摄论》说意可以分为二种：
“识复由彼第一依生、第二杂染，了别境义故，等无间义故，思量义故，意成二种。”＇29＇
一是意根即产生第六意识的思维机能。在这一意义上，它也叫作“无间灭识”，因为它是第六意识得以产生的等无间缘，第六意识依赖它而产生；若从产生的时间顺序上说，意根先于第六意识存在，它的存在是刹那间的，在刹那之后便坏灭，正因为它的刹那坏灭所以才缘生了第六意识。
《摄大乘论》卷上云：
“如佛世尊言心意识，意有二种：一、能与彼生次第缘依故，先灭识为意，又以识生依止为意。”＇30＇
《摄大乘论本》卷上云：
“如世尊说，心意识三。此中意有二种：第一、与作等无间缘所依止性，无间灭识能与意识作生依止。”＇31＇
二是染污意，与我见、我慢、我爱、无明四种根本烦恼始终相应，是前六识所以染污的原因。
《摄大乘论》卷上云：
“二、有染污意，与四烦恼恒相应：一、身见，二、我慢，三、我爱，四、无明。此识是余烦恼识依止。”＇32＇
《摄大乘论本》卷上云：
“第二、染污意，与四烦恼恒共相应：一者萨迦耶见，二者我慢，三者我爱，四者无明；此即是识杂染所依。”＇33＇
由于心意识的“意”具有二方面的意义，因这种意而存在的前六识就与意发生了二种关系。《摄大乘论》卷上云：
“此烦恼识由一依止生，由第二染污，由缘尘及次第能分别故。”＇34＇
这就是说，前六识和意之间的二方面关系是：一、第六意识依赖意根或称“无间灭识”而产生；二、识都被染污意所污染，这即是说，因为染污意思量“我”的无明，因而前六识对事象产生了分别的作用，在这一意义上，前六识也叫“烦恼识”。
无著接着指出，作为第六意识存在所依的意根，与第六意识一样，不能离开阿赖耶识而存在，而是要以阿赖耶识为根据才能得以转变。《摄大乘论本》卷上云：
“心体第三，若离阿赖耶识，无别可得，是故成就阿赖耶识以为心体，由此为种子，意及识转。”＇35＇
如上所述，无著在《摄论》中，已经提出了把作为个体生命精神要素之一的“意”分析为“无间灭识”与“染污意”二个方面，表明印度唯识思想发展到无著创作《摄论》时，对后世称之为末那识的生命主体的第七种精神要素有了较为全面的认识。但是，无著在《摄论》随后的论述中，在对“意”的存在性加以证明时，却使用了“染污意”的概念以取代“意”的位置，把包容在上述“意”的二方面内容之一的“意根”的存在性，也当成了对于“染污意”的存在所作的证明。
关于染污意的存在性，《摄论》是从如下四个方面加以证明的：其一、如果没有染污意，就不能说存在有不共无明；不共无明是存在的，所以，染污意是存在的。其二、没有染污意，就不能说有与五识性质相同的第六意识存在，因为五识有眼等五官作为俱有依，第六意识与五识性质相同，理应有一俱有依；如果没有染污意，第六意识没有所依之根，第六意识就失去了存在基础。第六意识和五识一样是存在的，所以染污意也存在。其三、没有染污意的思量作用，就不能说有“意”这个名词；“意”有，所以染污意存在。其四、没有染污意，无想定与灭尽定之间的差别就无从显示。无想定是借助染污意得以显现的，且正是由于无想定与染污意相关，才说明它不是灭尽定，因为灭尽定中没有染污意；这二种禅定间的区别是存在的，所以染污意存在。再者，仅就无想定境界而言，如果进入无想天便没有染污意，则生命主体这一时间中没有我执、我慢等烦恼；其实，在无想定境界中生命主体始终有我执的烦恼于善、不善、无记心中现行；如果没有染污意，则我执的烦恼也只与不善心相应；由此可知，如果有染污意，才有根本烦恼在善、不善、无记心中现行，而不仅仅是不善心与根本烦恼相应。这样就回避了以上所说的理论矛盾。《摄论》云：
“云何得知有染污意？谓此若无，不共无明则不得有，成过失故。又，五同法亦不得有，成过失故。所以者何？以五识身必有眼等俱有依故。又，训释词＇36＇亦不得有，成过失故。又，无想定与灭尽定差别无有，成过失故，谓无想定染意所显，非灭尽定；若不尔者，此二种定，应无差别。又，无想天一期生中，应无染污，成过失故；于中若无我执、我慢。又，一切时我执现行，现可得故，谓善不善无记心中；若不尔者，唯不善心彼相应故，有我、我所烦恼，现行非善无记。是故若立，俱有现行，非相应现行，无此过失。”＇37＇
综上所述可知，《摄论》在对意的具体内容作了“无间灭识”与“染污意”二方面区分之后，又不加分别地把染污意当成了意而加以使用。通过其中在意或者染污意名义下所作的有关论述，可以发现，《摄论》中已具有了后来作为第七识的末那识的一些特点，预示着八识说的唯识思想体系将要完成；但是，这里所说的染污意与后来成为八识之一的末那识之间还存在着较为明显的分别：其一、虽然意与阿赖耶识之间有着根本与派生的关系，意不能离开阿赖耶识而存在，但没有说明依赖阿赖耶识而存在的意反过来以阿赖耶识为思量的对象。其二、意的性质是染污的，它始终与四根本烦恼相应，但是，没有进一步说明意的这种染污内容是与阿赖耶识相关的，是意对阿赖耶识的虚妄执著所致。其三、意还没有被赋与与前六识、阿赖耶识同样的性质，因而没有把它看成是生命主体精神作用中与阿赖耶识、六识一样可以相对独立的一种识体。
在《摄论》之前，《大乘阿毗达磨集论》已经较为全面地提出了意的特性问题。其中既说到了意与四根本烦恼始终相应，又说到了它的作用是刹那生灭变化而又能为六识所依的。只是还没有依据意的前一特性，将它称之为染污意。《大乘阿毗达磨集论》卷一云：
“何等为意？谓一切时缘阿赖耶识，思度为性，与四烦恼恒相应：谓我见、我爱、我慢、无明。此意遍行，唯除圣道现前、若处灭尽定、及在无学地。又，六识以无间灭识为意。”＇38＇
从这一引文，我们可以看出，《摄论》提出染污意的概念，与《大乘阿毗达磨集论》的有关论述有很大的相似性；有的学者将这种相似性看作是《摄论》受到了《大乘阿毗达磨集论》的影响。但是，就这二部论典关于意的论述，我们却看到了个别令人颇为费解之处：一、若《大乘阿毗达磨集论》在先，《摄论》受到了它的影响，则《摄论》应不单取用意的染污内容，还应在其他地方把意对于阿赖耶识的缘取、思量的特性揭示出来，可是现行《摄论》却没有这种表现；二、现行《摄论》在明文指出其所引用的经典时，说到了《大乘阿毗达磨经》，却没有提到《大乘阿毗达磨集论》。
在为弘扬《瑜伽师地论》而作的《显扬圣教论》中，无著对于意的意根作用和染污性质的认识，与《大乘阿毗达磨集论》几乎一致。《显扬圣教论》卷十七说：
“所依止因者，谓由阿赖耶识所执色根为依止故，五识身转，非无执受；又由此识故，得有意根；由此意根为依止故，意识得生。譬如依止眼等五种色根，五识身转，非无五根；意识亦尔，非无意根。”＇39＇
“答：阿赖耶识或于一时，唯与一转识俱起，谓与意根。所以者何？由此意根恒与我见、我慢等相应，高举行相。若有心位，若无心位，恒与此识俱时生起。又，此意根恒缘阿赖耶识为其境界，执我及慢，高举行相而起。”＇40＇
“复次，前说意识依染污意生。意未灭时，于相了别缚，不得解脱；若意灭已，相缚解脱。”＇41＇
“又即此识（阿赖耶识）于一时间或与二转识俱起，谓意及意识。”＇42＇
《显扬圣教论》