其次，战略战术方针混乱。在长江三角洲冲积平原上，与火力强大的敌人打阵地战，无险可守，地面工事构筑不易，给防御作战增加了难度。我70万大军以血肉之躯构筑阻挡侵略洪水的堤坝，徒然增加牺牲。没有作纵深梯次配备，没有实施战役机动，战斗多采取短促出击的方式，呆板僵硬的战略战术指导使中国军队处处被动，这种失去主动权的消极防御的军队，又怎能不失败呢？
再次，蒋介石和中国统帅部在淞沪抗战指挥上出现了两次重大失误。一是对侧背要地杭州湾没有给予足够的重视，原有的防御部队一个师最后撤到只剩下一个连，等到日军实施金山卫登陆，蒋介石又迟迟不愿作出撤退决定，拖延了4天，最后不得不匆忙下令撤退，已溃不成军，损失惨重。二是原有的二线国防工事，没能得到利用。既然战略撤退是预想中的事，就应该有所准备，预留后路。那么吴福线、澄锡线国防工事早应派留守部队控制起来，加以管理，随时投入使用。但是，等到转移部队到来后才发现，指挥官手中缺少工事位置图，有的工事水深没膝，不能使用，一些工事不配套，不适合使用，而多数工事则大门紧锁，找不到钥匙。打电话到统帅部，钱大钧急得团团转，匆忙找工兵指挥；蒋介石闻讯，气得骂娘，原来是保存钥匙的地方官员和民团早已逃跑了。战事混乱到这种地步，组织指挥者应付完全的责任。为修筑国防工事花了几百万国防经费，就这样白白打水漂了。
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敌后战场，八路军独当一面
蒋介石指挥中国军队对日军的猛烈进攻死拼硬挡，但是血肉难堵炮火，北平、天津、太原、上海、南京相继失陷。山河破碎风飘絮，顿时，神州大地一片风雨凄迷，天地变色，草木含悲。蒋介石面对潮水般涌进的侵略军，悲痛、愤恨一时云集心头。在正面战场血肉横飞、战线不断向内地收缩的同时，中国共产党领导的八路军坚持执行洛川会议制定的全面抗战路线，深入已沦陷的地区，广泛发动民众，展开人民游击战，从战略上配合了友军抗战的正面战场。
1938年2月，蒋介石在武汉会见了彭德怀。徐州会战在即，蒋介石心中并没有底，他询问道：“是否可以在青纱帐起时派队袭击津浦线，支援徐州会战？”多一分力量就多一分胜算，蒋介石已经开始意识到八路军游击战在对日作战中有巨大的作用。同仇敌忾，自当义无返顾，彭德怀慨然回答：“不待青纱帐起即当派队前往！”津浦线的日军开始不得安宁，在北段，八路军频频出击；南段，新四军第四支队协同国军李品仙部、廖磊部运动于淮河流域，使准备北进的日军不得不慎重考虑。
八路军以陕甘宁抗日根据地的建立为范本，在敌后战场先后建立了晋察冀、冀南、冀鲁豫、苏南等多块根据地，就是在林海雪原的东北也活跃着中共领导的抗日联军。八路军和新四军的
敌后游击战有力地支援了国军在正面战场组织的抗战。两个战场互相配合，互相依存，分别牵制着大量日军，使狂妄不可一世的侵略者处于腹背受敌的境地。
1938年11月25日至28日，蒋介石在湖南南岳召开了军事会议，中共代表周恩来、叶剑英等也应邀参加。会议接受了中国共产党的建议，决定设立南岳游击干部训练班，聘请共产党人担任
教官。1939年2月，在国共共同努力下，南岳游击干部训练班正式成立，参加训练的成员除了国民党军官外，还有大批进步知识青年，他们结业后，深入敌后，积极开展游击战争，给日寇以沉重打击。
进入相持阶段后，蒋介石对八路军的疑心越来越重，以至于有时不惜动用本来应该用来打鬼子的枪炮对付八路军。但是，由于与日军的正面交锋并没有完全停止，所以国民党与八路军敌后战场的配合与支持也没有断绝。从武汉失手到日本投降的7年时间中，蒋介石在正面战场先后发动了近70次较大的战役，绝大多数战役中共产党领导的八路军、新四军等部队都做出了有力的支援和战略配合。
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日军兵临城下，国民政府迁都重庆（1）
1937年11月中旬，江南正是秋高气爽的时节，但是扬子江畔的南京上空，却是阴云密布。自从“八一三”淞沪抗战以来，国民党军队节节失利，三道国防线接连失守，日本侵略军直逼南京。
蒋介石在南京心神不宁，在十天之内，连续三次召开紧急高级军事会议。第一次在陵园官邸，中山陵下四方城，有人称它“美龄宫”；第二次在铁道部富贵山地下室内。这是第三次了，出席会议的都是高级幕僚：何应钦、白崇禧、徐永昌、唐生智、谷正伦、桂永清、钱大钧、刘斐。会议的中心议题是淞沪抗战以来的形势和南京的防卫问题，同时提出了国民政府迁都问题。
会上多数将领认为，日军由京杭国道、京沪线和长江进逼南京，来势凶猛，而南京地处长江弯曲内侧，地形上背水，易攻难守。加以中国军队新败，又经长途溃退，士气沮丧，战斗力薄弱，短期内无法恢复，因而南京只能作象征性防守。但蒋介石认为南京为总理陵寝所在，碍于国际观瞻，决定固守南京，并于11月24日任命唐生智为南京卫戍司令长官。南京保卫战开始。
关于迁都问题，自10月下旬以来，京沪形势日益紧迫，南京屡遭日机轰炸，首都南京面临的威胁越来越严重，其安全成为人们关心的焦点，迁都提上议事日程。10月29日，蒋介石在最高国防会议上作了题为《国府迁渝与抗战前途》的讲话，明确宣布：“为坚持长期抗战，国民政府将迁都重庆，以四川为抗敌大后方。”
11月9日四川省主席刘湘通过宋子文向国府主席林森和行政院长蒋介石呈递了“建议中央迁川，以作长期抗战的准备”的建议书。蒋介石早已心仪四川了，见了这份建议书，心里高兴，立即“深表嘉许”。
11月12日，上海沦陷，消息传到南京，蒋介石立即专程前往国民政府拜见林森主席，具体会商“迁都”之事。蒋介石对林森说：“上海战况不利，国军吃紧，四川以两年多的部署，近日整顿军政业已完成，作为民族抗战复兴基地，为国府办公理想之处。迁都之事，宜尽快进行……”林森表示完全赞同。两人取得一致意见，决定将“迁都”立即付诸实施。
11月16日晚9时，蒋介石在国防最高会议上正式宣布：“国民政府及中央党部迁重庆，其他各机关或迁重庆，或迁长沙……”会议正在进行之时，林森一行赶到会场，与会者看到国府主席到来，都起立向他致敬。林森十分感伤地说：“诸位同志、先生，老夫我马上就要登舰出发西上重庆了，原来定的是白天起程，但日机轰炸，只好赶夜路了。就此向各位告辞。”大家相对无言，只是愣愣地看着这位七旬老翁。
临行前，林森双手抱拳，用福建口音向大家作揖道：“我已是古稀之人，今世再回南京，不作此想了……但你们一定会抗战到底，坚持到最后的胜利的。”说到此处，林森已是老泪纵横。与会者再次起立，无言地向林主席致意。会场上的空气几乎要凝滞了。
冷场了好一会儿后，蒋介石才开了口：“林主席，走就走吧，这也是没有办法的事啊，不要太难过了。”蒋介石心想安慰林主席，却也充满了无可奈何情绪。这时，军委会秘书长张群出来打圆场，他以一口浓重的四川口音，抬高了嗓门说：“林主席尽管放心，此去重庆，国家必定大吉大利，重庆乃国土重光之意，重庆就是重复庆祝嘛！最后稳操胜券的一定是中国！”会场情绪顿时为之一震。林森连连说：“告辞了，告辞了。”转过身离开了铁道部大楼，乘车前往下关海军码头。
出发前几天，林森已安排了个人私事，古董文物捐给中央博物院筹备处，字画、图书、佛经送交图书馆。存款6万元，分赠邓亚魂（邓铿之子）、嗣孙林涛、侄孙林平。林森好像预见到自己的未来，临别时说了一句“回不来了”的话，却不幸言中，到重庆后，1943年5月，遭遇车祸，不治身亡。
林森率国民政府文官、参军、主计三处官员，以及卫士、医护人员、军乐队等1000余人，连夜登船，于11月17日凌晨驶离南京。
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日军兵临城下，国民政府迁都重庆（2）
11月26日到达重庆。国民政府将曾家岩原重庆高级工业职业学校作为办公处所，在原来的两层砖木结构房子基础上进行了改建，这项工程由著名的建筑师杨廷宝设计，杨廷宝与梁思成齐名，在建筑界并称“南杨北梁”。他用四根木结构外敷水泥加建了一座门楼，显得古色古香。林森还亲自设计了路面花纹与花圃，人工天然，相映成趣。除此之外，林森还在水池边设计修建了一座茅亭，可容纳几十个人开会，抗战时期，许多重要会议在此举行。
林森到达重庆后，南京保卫战开始了。在日军兵临城下的情况下，12月5日国民政府下令各部院中央机关，加速撤往重庆。7日晚上，蒋介石、宋美龄、钱大钧等人乘车至百子亭唐生智公馆，召集少将以上的守城将领会议。蒋介石神情严肃地说：“守卫国土是军人的天职，深望各将领率同士兵尽保卫国都之责，服从唐长官的指挥，奋勇坚守。”讲话停止后，唐生智起立，向蒋介石表示：“我仍恪守前言，临危不乱，临难不苟，不得统帅命令，决不后退！请委员长放心。”蒋介石神情黯然，与众将一一握手告别，趁夜色飞往南昌，上了庐山。
冬天的庐山，寒风飕飕，凄清暗淡。蒋介石不断收到南京的战报：雨花台阵地被日军占领；紫金山失守；中华门被日军侵入；中山门被炸弹摧毁……
11日又接到南京战报，在挹江门进行巷战的87师和88师经中山路撤走时，被36师及长官部特务营阻止，彼此发生混战，城内部队紊乱不堪！
12日晨，唐生智急电报告：“南京现已十分危急，请速电示。”蒋介石阅罢电报，长叹一声，陷入沉思，到了晚上才电复唐生智：“如情势不能久守，可相机撤退。”唐生智怀着悲愤的心情，连夜向长官部宣布了蒋介石的这个电文。但撤退部署却没有周密计划，指挥不利，致使多数部队闭于城内，争相外逃，拥挤混乱，自相践踏，几乎又重演了淞沪战役撤退的一幕。12月13日，日寇占领南京城，开始了野蛮的、兽性的屠杀、强奸、抢掠、破坏……30万中国人被日寇杀戮，这就是震惊中外的“南京大屠杀”。日寇的种种兽性暴行，受到当时国际舆论的纷纷谴责。连日本的同盟国德国驻南京大使馆给本国政府的报告中，也称日本皇军“是一架正在开动的野兽机器”。面对中华民族的大劫难，蒋介石在日记中写道：“倭寇在京之残杀与奸淫未已，似此兽类暴行，彼固自速其灭亡，而我同胞之痛苦极矣！”
1938年12月8日，在主持了南岳军事会议后，蒋介石率军事委员会部分成员乘飞机抵达重庆。蒋介石的到来，标志着中国现代历史上历时长达一年的大规模的国都大迁移最终宣告完成。至此，重庆成为抗战时期的国家政治、经济、文化、军事中心。
李宗仁善用杂牌军，蒋介石深感惊讶（1）
3月中旬，日军以七八万兵力在华北方面军司令官西尾寿造指挥下，分两路向台儿庄进发。一路为板垣第五师团沿胶济路西进，直逼临沂；一路为矶谷第十师团，该师团沿津浦路南下，直下台儿庄。日军的两个师团同中国军队在临沂、滕县发生了激烈的战斗，揭开了台儿庄会战的序幕。
临沂之战，庞炳勋、张自忠两军合力作战砍断了津浦路北段日军的左臂，粉碎了日军第五、第十师团会师台儿庄的计划，造成了台儿庄会战中，我军围歼孤军深入台儿庄的矶谷师团的战机。这次战斗，张、庞两军共约伤亡3000余人，日军也被歼灭3000人左右，其中包括第11联队长长野裕一郎大佐、牟田中佐。李宗仁高度赞扬临沂之战，他指出：“当板垣、矶谷两师团齐头南下时，我守临沂庞炳勋部，适时赶到。与张自忠部协力将板垣师团击溃，阻其南下与矶谷师团在台儿庄会师。临沂之捷，实为台儿庄胜利的先决条件。”
与临沂阻击战同时，另一支杂牌军——川军王铭章122师也在滕县上演了催人泪下的悲壮一幕。川军第二十二集团军孙震第四十一军王铭章第122师与日军展开滕县保卫战，该师官兵英勇异常，前仆后继，有进无退。日军攻入西城，师长