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于谦不同于一般高高在上的官僚，他看到民生疾苦，总是千方百计地为民解除痛苦。他创行平粜条例、义仓、平准仓、惠民药局，无偿贷给贫民大量粮食，加筑黄河堤岸，允许百姓到巡抚衙门申诉冤枉，并以其精干才能迅速解决问题。为了加强边防，他建议加设御史，巡按大同，并将被军官霸占的官府空闲土地夺回，改作屯田，以资边用。
于谦任两省巡抚九年，威惠流行，百姓拥戴之如同父母，呼之为“于龙图”，二省流行着一首长达一百五十四字的歌谣，歌颂“天遣恩官拯二方”。贪官污吏听到于谦的名字则胆破心寒，就连盗贼响马也为之避匿。
正统七年（1442），张太后病逝。此后“三杨”也相继老死。皇帝年幼，宦官王振逐渐专权。他广收官员们贿赂，可是于谦每次入京，从不送礼，更不去拜见王振。有人劝他送些礼给京中权贵，哪怕是带些合芗（线香）、蘑菇、裹头（手帕）也行，于谦则举起大袖笑道：“带有清风！”随后，他又写诗一首自勉：手帕蘑菇及线香，本资民用反为殃。
清风两袖朝天去，免得闾阎话短长。①一时传为佳话。但这却引起了某些权贵的不满。正统十一年（1446），于谦入京奏事，荐举参政王来、孙原贞可任河南、山西巡抚。王振遂借机诬蔑于谦“以久不迁怨望，擅举人自代”②，应下法司论斩。河南、山西两省百姓闻知，纷纷入京上书，请求释放于谦。王振迫于压力，将于谦释放，但将他降为大理寺少卿。两省百姓恐怕继任者是个贪官污吏，又集合一万多人伏阙上书，要求于谦仍任两省巡抚，身在两省的宗室周王、晋王也提出相同的① 《于忠肃集拾遗·入京诗》。
② 《明史》卷一七○《于谦传》，本文下引此传者，不另作注。
请求。王振无奈，只得将于谦官复原职。
正统十三年（1448），明朝边防日益吃紧，兵部事务日加繁忙，于谦奉命入京，任兵部左侍郎。
第二节挺身于危难之中正统十四年（1449）七月，王振挟明英宗亲征瓦剌。朝中大臣虽然极力反对，但王振一意孤行，率领临时调集的大军匆忙出征了。当时于谦被命留守京师，代兵部尚书邝埜管理兵部事务，辅佐留守的■王朱祁钰。
八月中旬，英宗率领的出征队伍全军覆灭于土木堡，皇帝也被俘虏。败报传到明廷，立时陷入一片混乱之中。八月十八日，孙太后命■王监国，召集群臣商议对策。侍讲徐珵首先出来，倡议南逃，群臣竟面面相觑，无人敢言战守。这时候，于谦挺身而出，厉声斥责徐珵，一语唤醒了满朝文武大臣，得到孙太后、■王的支持，明廷因而把抗击瓦剌、保卫北京、捍卫明朝的重任交给于谦。于谦也慨然以天下为己任，尽心竭力，迅速采取一系列有力措施，集中大批人力物力，充实北京地区的防御力量，很快就安定了人心。十月，也先挟英宗率瓦剌大军再次大举南犯，兵临北京城下。于谦面对强敌，毫无所惧，沉着冷静，指挥若定，有勇有谋，与敌军激战五昼夜，终于打败瓦剌，迫使也先退回塞外，使明朝转危为安。
明廷获胜后，论功行赏，于谦功劳最大，景帝特加授他少保，仍总督军务、兵部尚书。石亨则被封为武清侯，其余文臣武将也有升赏。面对封赏，于谦却诚心辞让，他说：“四郊多垒，卿大夫之耻也，敢邀功赏哉！”他首先想到的不是个人的名利地位，而是国家的安危。他把胜利归功于将士们，自己却开始考虑如何去加强北边的防务了。
于谦首先加强京师的防卫力量。他调辽东和宣府的部分兵马入京，调名将杨洪和守居庸关有功的罗通回京，操练京军。然后，他放眼全国，派佥都御史萧启等镇守保定、河间、真定诸府，命刑部侍郎耿九畴去南直隶整顿江南江北卫所军，招徕流民进行屯种，荐左都督朱谦代杨洪镇守宣府，王竑守居庸关，派顾兴祖、刘安、刘聚等修筑北边关塞要隘。
当时，投降瓦剌的太监喜宁和降军小田儿屡次导引也先南下侵扰，甚至建议也先拥英宗至南京，另立朝廷，与景帝对抗，或夺取山东临清，截断漕运，卡住明廷的咽喉。于谦对此深恶痛绝，密令大同将领擒住喜宁，授计兵部侍郎王伟诱斩小田儿于阳和城外，并力劝景帝杀掉喜宁。
面对也先的骚扰，于谦从容镇定，运筹帷幄，多次击败敌人。于是，也先改变策略，派三名使者至大同，要求明廷遣使讲和。大同参将许贵将此事报告给了朝廷后，明廷发生动摇。于谦坚决主张采取强硬态度，反对议和。他说：“前遣指挥季铎、岳谦往，而也先随入寇。继遣通政王复、少卿赵荣，不见上皇而还。和不足恃，明矣。况我与彼不共戴天，理固不可和。万一和而彼肆无厌之求，从之则坐敝，不从则生变，势亦不得和。贵为介胄臣，而恇怯如此，何以敌忾，法当诛。”随后，他又移檄切责许贵。从此，边将人人只知战守，没有再敢主张讲和的了。
于谦对也先的诱降、胁和、反间等种种阴谋诡计，一一予以击破，捍卫了明朝。瓦剌军则因屡次失败，死伤人数不断增加，厌战情绪日益滋长，也先与脱脱不花、阿剌知院之间也因分赃不均而导致原有的矛盾不断加深。也先见明朝无机可乘，求和之心日盛。
景泰元年（1450）六月，阿剌遣使者来议和，表示也先愿归还上皇议和。明朝大臣对此反应很热烈，纷纷要求景帝派使臣迎还上皇。但景帝唯恐失去帝位，不愿迎请英宗，对群臣说：“朕本不欲登大位，当时见推，实出卿等。”于谦则从容回答说：“天位已定，宁复有他，顾理当速奉迎耳。万一彼果怀诈，我有辞矣。”听到于谦的话，景帝才放下心来，顾而改容道：“从汝，从汝。”不久，英宗终于被接回北京。但景帝对此仍深怀戒心，将英宗软禁在皇城内的南宫中。
第三节改革军制于谦对当时的形势并未掉以轻心，他担心明廷偷安，就上疏景帝：“上皇虽还，国耻未雪”，“和议难恃”，要求不要懈怠。他还提出一系列措施，继续强化国防。一方面，加强宣府、大同、辽东及北京附近的防务，增加军马，修缮城堡关隘，收复独石八城；另一方面，整肃军纪，严惩犯法的石亨、郭亨、杨俊等军官。同时，他还对与军事有关的马政、阵法、战车、军器、军功制度等进行改革，采用新式火器。更重要的是，他对明军主力——京营作了一次大改革。景泰二年（1451），他从京营中选出十万人，编成十营操练，称作团营。次年，他将团营增加到十五万人。未选入团营的军士仍归三大营，称为“老家”。团营十营中，每营一万五千人，由一名都督（称坐营都督）统帅，其下有都指挥三人、把总十五人、指挥三十人、领队官一百五十人、管队三百人。十团营设一名总兵官，由武清侯石亨担任，受兵部尚书于谦节制，景帝又派太监曹吉祥、刘永诚为监军。于谦规定，自他本人以下大小将官，都要亲到教场操练阵法武器，下级军官必须熟悉军士及卫所番号。遇有战事，京军出征，各级将领随队而行，不再另派将领。经此整顿，京军改变了兵将不相习、互不统属的旧弊，战斗力大大提高，也节省出大量军饷，有明京营军制至此发生很大的变化。
经过数年的整顿，明朝的国防力量大大加强，胜利地击退瓦剌的侵扰，边境上较前大大安定。相反，瓦剌军失败后，也先的威望大损，但他却日益骄横，逼死脱脱不花，于景泰五年（1454）自立为可汗，虐待蒙古诸部。不久阿剌袭击也先，也先败走，为其部下所杀，蒙古又陷入分崩离析之中。第四节“一腔热血，竟洒何地！”
明廷击败瓦剌军，于谦立下了盖世功勋，但他却口不言功。尽管如此，仍有不少人嫉妒他，拼命抹杀他的功绩。例如，罗通受于谦荐举守居庸关，立下了功劳，却阴诋于谦等人：“若今腰玉珥貂，皆苟全性命保爵禄之人，憎贤忌才，能言而不能行，未足与议也。”①这当然与事实不符。
景帝并没有为这些恶毒的攻击所动，反而更信任于谦，对他的建议无不依从，每用一人，必密访于谦，征求其意见，于谦也每每据实相告，无所隐讳，不避嫌怨。于谦一直有痰疾，当他因劳累而疾发时，景帝便派太监兴安、舒良轮番去探望，听说他所服用的药不好时，便诏令上方制赐，甚至专门为他备下饭菜，还亲自到万岁山，伐竹取沥以赐。有人说景帝宠谦太过，兴安等说道：“彼日夜分国忧，不问家产，即彼去，今朝廷何处更得此人？”一句话说出了朝廷对于谦的倚仗。御史顾■等弹劾于谦：“太专，请六部大事同内阁奏行。”这虽遭到于谦和户部尚书金濂的驳斥，但却仍不断有人鸡蛋里挑骨头，这不能不让人怀疑这些御史背后有人主使。
于谦性格非常刚直，轻视诸选耎大臣、勋旧贵戚，因此遭到这些尸位素餐者的反对。每遇事不如意，于谦就拊胸叹道：“此一腔热血，竟洒何地！”他对官场恶气、士大夫们的自私自利、妒贤忌才、争权夺利、贪婪无耻等丑陋面目非常了解。
景帝朱祁钰是个心胸狭隘的人，他当了皇帝后，便盼望帝位能传给亲生儿子朱见济，但他无法自己提出更换太子，孙太后和大臣们也不会答应这么做。景泰三年（1452），景帝终于想出了收买大臣的“妙计”：赐给内阁陈循、高穀白金各百两，江渊、王一宁、萧鎡、商辂白金各五十两，白银百两，并升了他们及都御史杨善、王文的官职。不久，广西土官黄■犯法当死，他为保命，情急生智，竟密奏景帝，请求更换太子。景帝正发愁无人提此建议，览奏大悦，说道：“万里之外，乃有此忠臣！”急令礼部会同群臣集议。陈循等很快签字画押，并迫使吏部尚书王直、于谦、御史左鼎等人签了名，终使景帝以合法程序废掉英宗之子、太子朱见深，立自己的儿子朱见济做太子，大臣们也因此被加官晋级，拿双份俸禄。对此，群臣按惯例推辞，唯于谦再三辞让，这引起了景帝的不满，景帝因此逐渐疏远了于谦，始终未让于谦进入内阁。
当时，徐有贞因倡议南迁受到于谦的斥责，始终痛恨于谦。总兵官石亨功劳不如于谦，却被封侯，因而内心有愧，便上疏举荐于谦长子于冕，遭到于谦的痛斥：“国家多事，臣子义不得顾私恩。且亨位大将，不闻举一幽隐，拔一行伍微贱，以裨军国，而独荐臣子，于公议得乎？臣于军功，力杜侥幸，决不敢以子滥功。”石亨面对于谦的正气的批评，不思愧侮，反而痛恨起于谦来。同时，石亨掌京营兵，屡欲兴风作浪，却因于谦而不能得逞，对于谦痛恨之情与日俱增。都督张軏、太监曹吉祥等也都痛恨于谦。群小很快勾结在一起，日夜筹谋算计于谦。
景泰八年（1457）正月，石亨、徐有贞等人发动夺门之变，拥英宗复位，即日于朝班中逮捕了于谦和王文，并以“意欲”迎立外藩为帝的罪名傅会成① 《明史》卷一六○《罗通传》。
狱，诬判二人谋逆，处以极刑。法司对二人严刑拷打，王文极力进行辩解，于谦却笑道：“亨等意耳，辩何益？”当案件提交给英宗时，英宗尚感犹豫，说：“于谦实有功。”徐有贞马上说：“不杀于谦，此举为无名。”
二十二日，于谦、王文同日被杀。在籍没于谦家产时，未发现他家中有什么值钱之物，只有正室关锁甚固。打开看时，里面除去景帝所赐的莽衣、剑器，别无他物。
据说于谦被杀时，阴霾四合，天下冤之。人们对明廷这种恩将仇报的做法非常愤慨，用不同的方式来纪念于谦。曹吉祥部下指挥朵儿拿酒到于谦被杀之地，恸哭致祭。曹吉祥怒而鞭打之，但次日他酹奠如故。都督同知陈逵冒死收殓于谦，裴太监秘密护送于谦少子逃往河南。天顺三年（1459），于谦之婿、千户朱骥扶送于谦灵柩回到故乡，葬于西湖三台山麓。
于谦死后，继任的兵部尚书陈汝言攀附石亨，贪污纳贿，使于谦整顿国防之前功俱废，英宗则忧形于色。后来西北有警，恭顺侯吴瑾对英宗说：“使于谦在，当不令寇至此。”英宗听罢，默默无语。
成化二年（1466）八月，遇赦回乡的于冕，上疏为父讼冤，明宪宗这才亲自为于谦昭雪，将崇文门内西裱褙胡同的