鸿胪寺丞李可灼本无医术，但不知从何处找到一个偏方，说可以医治皇帝龙体。第一次进药时，被首辅方从哲拒绝。但李可灼仍通过宦官把这件事告诉了泰昌帝。泰昌帝在临终前一天的晚上召见大臣时，就问首辅方从哲：
“鸿胪寺进药者安在？”
方从哲当然不敢说泰昌帝是病急乱投医，只能说鸿胪丞李可灼自称有仙方，但臣等不信，没让他进药。泰昌帝坚持要李氏进药，大臣们不放心，商议再三，决定让两人先试服，结果是一人益一人损，没有把握。正在犹豫之际，泰昌帝坚持服下了第一粒红丸。服下以后，泰昌帝感觉良好，并连赞李可灼是忠臣。但第二粒服下后，病情逆转，到第二天清晨就归天了。
从治疗过程来看，以方从哲为首的大臣们还是十分谨慎的。至少方从哲本人是没有什么把柄可以给人抓到的。
给皇帝治病，历来是件棘手的事。按理说，皇帝是半人半仙式的人物，本应万寿无疆，而不会像凡夫俗子那样食五谷、生百病的。但事实上，即使是皇帝本人，也知道这是骗人的把戏，皇帝也一样会生老病死。但皇帝生病，毕竟与凡人不一样。首先是生了病不能讲，至少是不能随便讲，甚至是明知有病却还要故意讲些万寿无疆之类的谎话，遮人耳目，以免动摇人心。其次是没人敢主动去治，但被点到后也没人敢不去治。治好了自然有功有赏，但治坏了甚至治死了更是担当不起的罪名。所以给皇帝治病时都要组成一个班子，由官员和太医组成，共同承担责任。在具体诊治时，更是议了再议，先求平安无事，绝不冒险。
方从哲自然深晓此事关系重大，绝不会乱来。或许是泰昌帝也深知其中原委，求治心切，所以自作主张，先服崔文升进奉的泻药，后又坚持要服李可灼的红丸，导致病情恶化而猝死。
所谓仙丹红丸，极有可能是用道家方法炼出来的一种红汞化合物，一般呈红色，有微毒。这种药物在当时是一种可治百病但实际上什么病也治不好的东西，服多了会引起慢性中毒。李可灼身为鸿胪寺丞，并不是御医，本不应该去进什么药。他或许是邀功心切，或许是忠心可嘉，硬是进奉此药，没想到不仅没有神效，反而惹下此祸。但细论起来，李可灼也没有多大罪责，药是泰昌帝自己要吃的，服完以后还称赞李可灼是忠臣。况且泰昌帝要服药时，不仅方从哲在场，其他大学士如刘一燝、韩爌，尚书周嘉谟、李汝华，侍郎孙如游，都御史张问达，给事中杨涟，英国公张惟贤等人也在场。服药之事，众目共睹，没有什么可说的。
或许正是出于大局安定方面的考虑，首辅方从哲决定承认既成事实，不去无限上纲，追究什么责任。开始时，他拟旨给那位进丹药的李可灼白银50两，算是奖励，同时息事宁人。但很多人对这种处理很不满意。御史王安舜首先弹劾方从哲，说他先是轻荐狂医，后又赏其银两，自掩罪行。方从哲无奈，只得重新处理，改罚李可灼俸禄一年。不久，御史郑宗周弹劾那位进泻药的崔文升，要求把他移送法司治罪。方从哲认为此举太过，便改由司礼监处理。没想到此举引起了朝臣的群起攻击。
御史马三元、焦源溥、郭如楚，给事中魏应嘉、太常寺卿曹珖、光禄寺卿高攀龙、主事吕维祺等等，纷纷上书，说崔文升、李可灼罪该万死，而方从哲竟然徇情包庇，国法何在？给事中惠世扬则撕破颜面，直言方从哲有“十大罪状，可杀三次”。在这种情形下，方从哲再也无法在首辅的位置上呆下去了。
到这一年的十二月，首辅方从哲经六次请求，最终获准致仕。
方从哲的时代结束了。他从万历之末开始独秉朝政，至今仍有不少人认为，方从哲要对这一时期的所有过失，甚至明朝的灭亡，负主要责任。其实，这多少有点委屈。
方从哲作为内阁首辅，自然要对当时的许多事情负责，但不应负全部责任。大明帝国那时已是穷途末日，任何人也难以扭转乾坤。方从哲之后，东林党人一度纷纷掌权，在朝廷中占有相当的优势，但时局也并没有好转，反而更加恶化。
在天启三年（1623）六月东林党人杨涟首劾魏忠贤“二十四大罪”状，与魏忠贤及其阉党公开冲突以前，东林党人及其支持者在朝廷中占有相当的优势。遗憾的是，东林党人并没有抓住机会，控制住局势。他们在许多问题的处理上，并不是很恰当，不仅被人抓住了把柄，而且引起了朝廷的混乱。同时，他们对当时日益强大的魏忠贤，也没有采取断然的有效措施，予以扼制，到后来终受其害。在叙述这些以前，须讲讲天启初年辽东的局势以及几次内乱。
第二章荒唐岁月荒唐事沈阳失守
天启这个新年号的启用，似乎一开始就预示着凶兆。
天启元年（1621）春三月，辽东战局大坏。努尔哈赤乘初春之机，大举反攻，夺取沈阳、辽阳两大重镇，辽河以东大小70余城，尽降满洲。经略袁应泰、巡抚御史张铨等人战死。
消息传来，朝廷大震。
本来，在杨镐兵败之后，熊廷弼在辽东已逐步立住了阵脚，辽东局势也有好转。但熊廷弼与朝廷诸臣搞不好关系，满朝文武喜欢他的不多。适逢与他有私怨的御史姚宗文赴辽东阅边，回来后大肆攻击熊廷弼，姚宗文的同伙也纷纷应和，说熊廷弼破坏辽疆。熊廷弼愤然抗疏求罢，朝廷便派袁应泰这位并不精通用兵之道的文官接任经略之位。没想到才几个月，辽东局势便一溃千里，不可收拾。
朝廷急命王化贞巡抚广宁。在此以前，王化贞以参议守广宁，在辽河西部颇得人心。辽沈失守后，前线无将，便就地任命王化贞为巡抚。至六月，朝廷重新起用熊廷弼为辽东经略，驻山海关，赐尚方宝剑，节制诸路人马。熊廷弼竟然在这种危急关头再次上任，真不知他是保国卫疆，求功心切，还是一时意气用事，全不知其中关节！
朝廷此次起用熊廷弼，完全是出于无奈。辽河以东全线崩溃后，朝廷才想起如果熊廷弼在前线，局势当不致如此。于是在大学士刘一燝的提议下，朝廷决定重新起用他，而他也竟然又轻率上任。但此次复出，形势已今非昔比，不仅辽河以东城寨尽失，更严重的是，巡抚王化贞并不听熊廷弼节制，反而处处与他对抗。熊廷弼一到前线，就感到事不可为，凶多吉少了。但他此时已无退路。
熊廷弼一到前线，就发现广宁巡抚王化贞的战略大不对头。王化贞原非帅才，也不知如何用兵，他根本不顾前线的具体情况，一味迎合朝廷的意思，主张不切实际的进攻。这与熊廷弼的战略大相径庭，熊廷弼自然不能同意，双方失和也由此开始。
然而，王化贞是很有背景的人。当时新任兵部尚书张鹤鸣，坚决支持王化贞。此年十月上任的内阁首辅叶向高是王化贞的座主，两人有师生之谊，自然也偏向王化贞。或许是朝廷太需要辽东的胜利了，因此当时朝廷上下几乎是一致支持王化贞的进攻。王化贞则在朝廷的支持下，率广宁的官军四万，合毛文龙的两万余人，先后五次出击，却都是无功而还。熊廷弼也被迫由山海关移镇广宁前线，但已被架空。他多次要求朝廷节制王化贞，但朝廷绝大多数官员根本听不进去，反而要求王化贞不要受熊廷弼节制，而王化贞也上书朝廷，愿请兵六万，一举荡平辽东。真是有点痴人说梦！
天启二年（1622）正月，努尔哈赤的部队突然反攻，西渡辽河，一举攻破西平堡，并击败明朝援军。王化贞手下最得力的战将游击孙得功叛降。孙得功原想生擒王化贞邀功，幸亏王化贞在部将的保护下，仓皇逃出了广宁。至大凌河畔，王化贞遇到了熊廷弼，便失声而哭，熊廷弼则微笑着说：
“六万大军，一举荡平，何至如此？”
但熊廷弼至此也无回天之力。他把自己的五千兵马交王化贞带领，殿后掩护，焚烧积储后全线撤入山海关。此役之败，使辽河以西包括重镇广宁在内的40余城尽入满人之手，明军的防线几乎退到了山海关一线，并已无路可退。辽东就这样被糊里糊涂地丢得一干二净。
失败的消息传到北京，京师大震。最后是熊廷弼、王化贞一起被逮入狱，论死。兵部尚书张鹤鸣不久也被罢免。熊廷弼这样的结局，多少有点代人受过。不过，连他自己也没想到的是，他还有被利用的价值，到后来魏忠贤大杀东林党人时，他还要被当作替罪羊，断送了性命。
从张居正到熊廷弼，似乎不难看出，明末的能干之臣，凡是干出点成绩来的，几乎没有一个有好下场的！
辽东的惨败，已给朝廷敲响了警钟。不久，朝廷任命孙承宗为兵部尚书，兼东阁大学士，参预机务。至此年八月，孙承宗亲自赴前线经略蓟辽。这在明朝历史上似乎还没有先例。这说明朝廷已认识到体制上存在的问题。
明朝历来重文轻武，主张文治。武将和兵丁几乎都是世袭，没有什么地位。兵员的招募训练、粮饷的供给等等，差不多都由文官负责。即使遇有战事，前线统兵指挥的主帅，也由文官担任。而最后的决策权往往也由朝廷兵部、内阁的文官掌握。前线战将身边，往往还有文官掣肘。这种体制，本是明朝已十分成熟的文官制度的重要特征，目的是限制军人在帝国中的权力，以免太阿倒持。就此点而言，效果当然是很不错的。
但至战时，尤其像辽东之战这种大规模战争时期，这种体制就很成问题。前线的主帅并无战场上的绝对指挥权，几乎所有大事都要由朝廷最后决定。任何人物都可以指手画脚，说上一通，效率之低，可想而知。更何况还有人际关系、粮饷供应、兵员调动补充之类的因素。就是说，前线主帅受到的牵制太多，不能有效、合理、迅速地制定战略决策，动用战争资源，调动兵力等等。这当然是兵家大忌。相反，努尔哈赤能集政治、军事、经济于一体，最大限度地动员人力物力，把他的满洲搞得像一部高速运转的战争机器。两者相较，优劣自明。明朝在辽东的失败，也就不难理解了。
从杨镐到袁应泰，再到熊廷弼、王化贞，朝廷在辽东节节败退，原因固然很多，前线主帅当然也难逃责任，但责任最大的，仍应是朝廷本身。战争是检验一个政权能力的最佳手段之一！辽东的仗打成这种样子，而朝廷却仍没有改变原有文官制度下的军事体制。直到辽东丢光了，才想起要改革，授孙承宗以全权，但为时已晚。试想，如果熊廷弼几次经略辽东中的任何一次能获如此全权，局势或许就不至于坏到这种地步。这当然只是假设，而历史恰恰是不允许假设的。
更为遗憾的是，明朝文官制度的这些毛病，到后来仍顽固地影响着时局的发展。孙承宗不久就被罢免。而在明朝的最后一朝崇祯朝，当朝廷的军队与李自成、张献忠的农民军，以及与满洲军进行生死决战时，这样的事仍是屡见不鲜，可以说是与明朝相始终的。
在距此三百余年以后的1964年农历正月初一日，一位熟谙历史的伟大人物曾即兴评点了明史，发表了一些高论。他说明朝搞得好的只有明太祖、明成祖两个皇帝，一个是不识字，一个是识字不多。以后到了嘉靖，知识分子当政，反而就不行，国家就管不好了。这番话虽有特定的时代背景，也不乏激愤之情，但确实击中了明朝文官制度下的某些体制性的痼疾。
在天启元年（1621）还发生了另一场大规模的民族冲突，地点是在四川、贵州。此年九月，四川永宁土司奢崇明利用朝廷在四川征兵赴辽东之际，突然发动叛乱，杀死重庆巡抚徐可求及道府总兵官20余人，占领重庆，并迅速分兵破泸州，陷遵义、兴文，一时川贵响应者无数，最后兵围成都，并建立大梁国号，封丞相以下官员，大震西南。这次叛乱，一直到第二年才得以平息。
奢崇明的叛乱，还引发了天启二年（1622）二月贵州水西土司头目安邦彦的叛乱。安邦彦自称罗甸大王，攻下毕节。贵州诸部群起而助之，攻城略地。安邦彦率军直逼贵阳，围贵阳十月之久。城中缺粮，以至发展到饥人相食的地步，先是吃死人，后吃活人，到最后甚至亲友相食。知县周思稷，竟自杀以身充军粮。等到外面援军赶来解围之时，城中原有的十余万住户已所剩无几。
到天启二年（1622）五月，白莲教徒徐鸿儒在山东发动叛乱。�