。”澄虽不肖，愿自附于前修，成之者在阁下。
吴澄虽然一再陈情推却，但迫于地方官吏三番五次催促，只得亲自去京城向皇帝谢辞。等他抵达京都，已经有人先代其任，此事方才作罢。时值大德六年（1302）十月，吴澄本想立即动身返回故里，但河冻冰封，归路难行，于是暂且滞留京都，再作打算。门人元明善朝夕侍奉吴澄，甚为勤谨。而朝中士大夫纷纷前来问学，吴澄一一为他们解惑释疑。
大德七年《1303）春天，吴澄治装南归。御史中丞董士选抗章论奏朝廷有失待士之礼。他说：
应奉翰林文字吴澄，天禀高特，道业安成，不求用于时，隐居五十余载。至元间遣使求贤，同至者俱为按察，本官力以母老辞还。大德五年，举本官有道之士，都省奏克前职，咨行省特遣之任，未至而吏部作不赴任阙。顷于本官无所加损，似失朝廷崇儒重道之意。
尽管言辞恳切，朝廷却一时置若罔闻。吴澄于五月到达扬州江北，淮东道肃政廉访使赵完泽以天气暑热为由，强行挽留吴澄暂居郡学，当时有中山王（王介）、河南张恒等学者登门受业。张恒等人就《孝经》若干疑难问题虚心请教，吴澄逐一进行解说，使之恍然大悟，获益非浅。其后，淮东宣抚使沙卜珠（王介）、工部侍郎贾钧、湖广廉访使卢挚、淮东金事赵瑛、南台御史詹士龙以及元明善等达官名流，也纷纷具疏致币，亲率子弟赶到扬州，请谒吴澄拜师求学。
大德八年（13。4）十月，吴澄回到崇仁故里。这时，朝廷有旨传来，授他为将仕郎、江西等处儒学副提举。次年，吴澄校定邵子（雍）之书，编次其目为（一）《皇极经世》12卷，为书62篇；附录《观物外篇》两篇；（二）《渔樵问答》1卷，为书22章，附录遗文6篇；（三）《伊川击壤集》20卷，为诗1498首，附录集外诗13首以及《后序》1卷。吴澄天资高明，早年已能领悟《易经》奥秘，所以对邵子之书考校详实，编订精审，有功于邵子之学可谓大也。与此同时，吴澄还精心校订了郭璞《葬书》等古籍。
吴澄不愿出仕，迟迟未去上官。大德十年（1306），他决定漫游南岳衡山，四月到达袁州（治所在今江西宜春县）。江西儒学提举郑陶孙闻知此事，立即派人致书，追请吴澄赴任。十月，吴澄被迫到官就任。次年正月，他突然染病，二月便告请到富州（治所在今江西丰城县）就医。在疗养期间，吴澄又精心校订了一《老子》、《庄子》以及扬雄《太玄》诸书，还与门人论及诸书之本旨，并辨正讹伪，而后著论立说。
元武宗至大元年（1308），新天子即位，广求人才，诏授吴澄为从侍郎、国子监丞，并移命江西行省敦促赴官。次年六月，吴澄就任国子监丞，六馆翕然归向。最初，元世祖命北方名儒许衡出任国子监祭酒，开始以朱熹理学教授弟子。许衡告老以后，继之者多是他的门人，还能烙守师法。但时间既久，师传渐失，学者散漫无归。而今吴澄一到，决心整治颓风，使诸生为学知其趋向。他每天拂晓便举烛堂上，让诸生依次受业，并各持所疑以质问。直至傍晚，他才退归寓舍稍事休息，而诸生往往执经以从，随时请教。吴澄根据清生才质之高下、识见之深浅而分别给予指导，使他们都能“刻意研穷，以究乎精微之蕴；反身克治，以践乎进修之实。”吴澄就这样谆谆教诲，循循善诱，朝夕讲论，寒暑不废，从而赢得了六馆请生的衷心爱戴。他本来不愿出仕，但而今官授师儒，每日面对莘莘学子，确实也感到了为人师表、哺育英才的莫大快乐。
至大四年（1311）三月，元仁宗即位，罢尚书省。吴澄被改授文林郎，升国子监司业。原侍御史刘赓拜集贤学士兼国子监祭酒，他召集六馆请生，反复告诫大家说：“朝廷徒以吾旧人，故自台臣来领学事，主工作，新斯文之意甚重，吾岂敢当！司业大儒，吾犹有所质问，时不可失，师不易得，诸生其勉之！”
吴澄在国子监克尽职守，不负众望。他采用宋代程颢《学校奏疏》、胡安国《大学教法》以及朱熹《贡举私议》三者，加以斟酌取舍，专门制订了四条教法：一曰经学，讲授内容有《易》、《书》、《诗》、《仪礼》、《周礼》、《大戴礼记》，再附加《春秋》三传，要求诸生各专一经，并须熟读经文，旁通小学，融会诸家讲说义理；二曰行实，教育诸生孝顺父母，友爱兄弟，尊敬长辈，和睦宗亲，厚待朋友，同情他人；三曰文艺，指导诸生学习古文和诗赋，要求人人能够写诗作文；四曰治事，为诸生讲授有关选举、食货、礼仪、乐律、算法、吏文、星历、水利等方面的知识，对他们加强能力培养。吴澄还未及施行这些教法，却被同僚所嫉恨，于是产生了辞官退隐的想法。
元仁宗皇庆元年（1312）正月，吴澄告病辞归。他登舟赋诗，留别各位僚友，众人无不唏嘘感慨。监学官当即命令属吏及诸生数十人追至通州河上，再三恳留，吴澄执意不从。朝廷也专门遣使追留，终究未果。其时，六馆诸生怅怅然如失父母一般，竟有未经合清而追随吴澄南行者数人，从学几年后北归，全都中选高科，成为儒学名士。
七、穷究“五经”
吴澄到了晚年，更加专心致志，穷究“五经”。在总结数十年治经成果的基础上，着力撰写了《五经纂言》，完成了经学史上的一大壮举，实现了他终生研究经学的宏愿。
元仁宗延祐三年（1316），吴澄漫游宜黄（今江西宜黄县），入山留居五峰僧舍，历时六月有余，修成《易纂言》。五年（1318）春，吴澄除集贤直学士，特升奉议大夫，朝廷当即委派集贤修撰虞集奉诏前往江西迎致。吴澄应召，于五月启程，八月到达仪真（今江苏仪征县），突然疾病发作，不能前行，只得暂时滞留淮南。十一月寓居建康（今江苏南昌市），修成《书纂言》以后返家。
元英宗至三年（1323），朝中元老大臣一致举荐吴澄为当代天下儒士之冠，故有旨超授翰林学士、知制诰同修国史，进阶太中大夫，并委派直省合人刘布囗齐奉敕前去聘召。舍人到了崇仁，代皇帝向吴澄殷勤致意，还说：“皇上固知先生年事已高，所以来召者，必欲见先生，宜毋以此为辞！”吴澄拜命即行，于五月抵达京师，六月入翰林院就任。七月，诏令吴澄撰写《金书佛经序》，以资皇室追荐冥福之用。他颇有异议，后因皇帝驾崩而止。
泰定元年（1324）二月，朝廷采纳江浙行省左丞赵简的建议，大开经筵进讲。中书平章政事张珪主持讲席，分派吴澄担任经学讲官。三月，吴澄为泰定帝讲述《中庸》“舜其大孝”章以及《资治通鉴》数条。由于他进讲时言温气和，经旨敷畅，颇得古人劝讲之体，因此使皇上听后甚为满意。七月，吴澄奉诏纂修《英宗实录》。次年十二月，纂修事毕，吴澄又告病还乡。
泰定三年（1326）。张挂上疏皇帝，恳请起用吴澄。他说。
翰林学士吴澄，心正而量远，气充而神和，博考于事物之赜而达乎圣贤之蕴，致察于践履之微而极乎神化之妙，正学真传，深造自得，实与末俗盗名欺世者霄壤不同。粤自布衣，一再收召，超擢学士，有识君子不以为过。前当讲明创切，温润完厚，康健聪明，经学之师，当代寡二。虽蒙恩赐存抚，为礼甚优，然合召还，资其学问，良非小补。
于是，泰定帝下诏加授吴澄为资善大夫，仍任翰林学士，知制诰同修国史，但吴澄终究称病未赴。
吴澄闲居故里，依然一如既往地精心研究“五经”，继《易纂言》、《书纂言》之后，他又陆续修成了《诗纂言》、《春秋纂言》、《礼记纂言》、《易纂言外翼》等书。元顺帝元统元年（1333）六月，吴澄不幸感冒得疾，家人延医诊治无效，历时数日竟与世长辞。噩耗传至朝廷，有旨加赠资德大夫、江西等处行中书省左丞上护军，追封临川郡公，谥曰文正。
吴澄终生治经，孜孜不倦，从年轻时校订“五经”，到中年又“采拾群言”，“以己意论断”，再“条加记叙”，并努力探索朱熹研究五经“未尽之意”，直至晚年方才修成《五经纂言》。除了《诗纂言》而外，其余《易纂言》、《书纂言》、《礼记纂言）、《春秋纂言》四种以及《易纂言外翼》、《仪礼逸经传》、《孝经定本》、《道德真经注》等书，均为《四库全书》所著录。黄宗羲季子黄百家在《宋元学案·草庐学案》中评赞曰：“朱子门人多习成说，深通经术者甚少。草庐《五经纂言》，有功经术，接武建阳（朱熹），非北溪（陈淳，朱熹“高弟”之一）诸人可及也。”
的确如此，吴澄撰修《五经纂言》，在编次整理经文的同时，还特别对其内容从义理方面加以疏解，深入探讨其微言大义，发明张大朱熹之说。他摆脱了汉唐局限于文字训诂的治经方法，在五经研究上完成了由汉、唐的典制训诂转入宋元的义理疏注这一发展过程。毋庸置疑，这确是“朱子门人所不及”的经学成就。即使在元代，研究五经者虽然不乏其人，但唯有吴澄的成就最为显著。
八、草庐学说
吴澄与许衡同为元代名儒，当时号称“北有许衡，南有吴澄”。许衡主要是承传程、朱之学，而吴澄则主要是折衷朱、陆之学。《宋元学案·草庐学案》将吴澄列为“朱熹四传”、“象山私淑”。全祖望说：“草庐出于双峰（饶鲁），固朱学也，其后亦兼主陆学”；“然草庐之著书，则终近乎朱”。（《宋元学案》卷92）吴澄，就其师授而言，当是朱学人物，所著《五经纂言》，也是“接武建阳（朱熹）”；但从其论学实际来看，吴澄又是元代“和会朱陆”的突出人物。对于朱、陆之学，他既看到了其相同的一面，也看到了其相异的一面，他企图解决朱、陆之间的矛盾，进而和会朱、陆。在理学上，吴澄确实谈了不少朱学的内容；但对于朱、陆的分歧，他又基本否定了朱熹的“道问学”论，而接受了陆学的本心论，提倡读书问学当以陆象山的“尊德性”为本，这在一定程度上克服了朱熹哲学方法与体系的矛盾。因此，草庐学说是折衷朱、陆的产物。
以下分别从道统论、天道观、心性说三个主要的方面，对吴澄的理学思想进行简要的论析。
道统论儒家道统说，始于唐代古文家韩愈。韩愈为了辟佛反老，特提出儒家圣人传道的道统。此说一倡，遂为后世儒家所祖述，道统也就成了儒学名流自谓得孔门心传、以抬高自己身价的工具。程颐、朱熹、陆九渊等人就是如此，吴澄则更有甚之。他19岁作《道统图》，便慨然以接武朱熹继承道统自任。对于道统，吴澄曾有这样的论述：
道之大原出于天，神圣继之。尧舜而上，道之元也；尧舜而下，其亨也；诛泅邹鲁，其利也；镰洛关闽，其贞也。分而言之，上古则羲皇其元，尧舜其亨，禹汤其利，文武周公其贞乎！中古之统，仲尼其元，颜曾其亨，子思其利，孟子其贞呼！近古之统，周子其元，程张其亨也，朱子其利也。孰为今日之贞乎？未之有也，然则可以终无所归哉？（《元史·吴澄传》）
从这段文字中，充分体现出吴澄道统论的几个主要观点：
其一，以天为道统之原。韩愈的道统始于尧舜，而吴澄则借用董仲舒“道之大原出于天”之说，视天为道统之原，尧舜继之。这显然反映了宋以来儒家的宇宙本体观念。
其二，高度重视宋代理学。吴澄根据《周易》的元、亨、利、贞排列，把道统的发展过程分为上古、中古。近古三个历史阶段，每一阶段又分为元、亨、利、贞四个小段；而特别把两宋理学排在儒学发展的“近古”阶段，亦即最后阶段，处于终结之“贞”的最高位置。这表明吴澄对于两宋理学的极端重视。
其三，一自我标榜为朱子传人。吴澄在《道统图》中，将近古理学阶段从周敦颐发展到朱熹，按序排列为元、亨、利，而处于终结的“贞”却有意留下一个空缺。显然，吴澄的本心是想以“贞”自任，从而跻身于宋儒诸子之列，成为朱熹之后道统的继承人。
天道观探讨太极、理、气的内涵及其相互关系，是理学的基本内容。吴澄的天道思想，主要包括自然观、太极与理气论。
关于天、地、日、月和人、物的形成，吴澄认为皆本于“一气”。他曾经说过：
天地之初，混沌洪濛，