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此后数年中，黄宗羲曾多次赴绍兴，与同门会讲于证人书院，并着手整理编写一批阐述发明蕺山学术精华的著作，如《子刘子学言》、《子刘子行状》、《证人会语》、《圣学宗要》、《答董吴仲论学书》等等。宗羲对自己的恩师极为尊重，经常满怀深情地谈起蕺山先生对他的教诲，宗羲学术也是上承王阳明，近宗刘蕺山。但他反对盲从，提倡怀疑、提倡疑中求悟求信，当他的学生董元璘（字吴仲）认为“意为心之所存》这一论断“未为得也”（《年谱》），便写了一篇文章，题为《刘子质疑》，向老师请益。宗羲对学生这种钻研精神大加肯定，说：“昔人云：小疑则小悟，大疑则大悟，不疑则不悟。老兄之疑，团将以求其深信也、彼泛然而轻信之者，非能信也，乃是不能疑也。刀（《答董吾仲论学书》）
康熙七年（1668），黄宗羲到宁波，创办甬上证人书院。宁波在甬江边，所以代称“甬”或“甬上”，宗羲好友万泰的家就在此地。万泰生前对“东渐三黄”的气节学问倾倒备至，曾多次对亲友说：“今日学术文章，当以姚江黄氏为正宗。”（李邺嗣《果堂诗文钞·送季野授经会稽序》）他还经常亲率子弟到黄竹浦盘桓问学。顺治十四年（1657）万泰去世，宗羲便写信与泰长子斯年，要万氏兄弟前来受业，一力承担起为故人教育后代的责任，所以，万氏八兄弟都是黄门高弟，其中，以斯同（字季野）、斯大（字充宗）、斯选（宇公择）及斯年之子万言（字贞一）成就最著。早在康熙四年（1665），万氏兄弟与同为黄家三代世交的董氏兄弟（允囗、允珂、允璘、允玮）及陈赤衷（字夔献）等青年学子组织建立“甫上策论会”，并至余姚向黄宗羲求教。康熙七年春，宗羲在绍兴证人书院讲学之后，又应市上诸门生之请，到宁波主持讲席，建立了雨上证人书院、院址先在广济桥万家，后来迁宁波城西万氏别墅白云庄。
宗羲讲学具有明确的宗旨。他强调明经通史，以求经世致用，认为“学问必以六经为根抵，游腹空谈，终无捞摸”（《年谱》），而“经术所以经世，方不为迂儒之学”（《神通碑》），又说：“学必原本于经术而后不为蹈虚，必证明于史籍而后足以应务”（全祖望《甬上证人书院记》），所以要求“受业者必先穷经”，“兼令读史”（《神道碑》）；在“经世致用”思想的指导下，除了经学史学外，宗羲还讲授天文、地理、数学、历法等自然科学知识。在宗羲的教诲下，甬上弟子都能刻苦钻研“经学、史学以及天文、地理、六书、九章至远西（按指西欧国家）测量推步之学”，而且“皆卓然有以自见”（万经《寒村七十寿序》），其中不少人成为闻名当代的经学家、史学家、文学家。
市上证人书院的讲学活动持续了8年，到康熙十四年（1675）结束，这8年是宗羲讲学最有成就而且影响最大的时期。
康熙十五至十八年（1676—1679），黄宗羲多次到海昌（今浙江海宁）讲学。其间不少地方官吏也经常前来问学，宗羲对他们说：“诸公爱民尽职，即时习之学也。”（《年谱》）讲学虽仍以《四书》《五经》等典籍作教材，但宗羲反对人云亦云的附会，鼓励学子独立思考，他说；”各人自用得着的方是学问；寻行数墨，以附会一先生之言，则圣经贤传皆是糊心之具，朱子所谓‘譬之烛笼，添得一条骨子，则障了一路光明’也。”（《年谱》）海昌高足，有查慎行、陈汗等人。
黄宗羲反对束书空谈，主张“经世”、“应务”的务实学风，在他本人身体力行、言传身教的倡导下，影响了清初浙东一代学子，弟子中人才辈出，浙东学术团之大盛。
康熙十八年之后，宗羲已是年过70的老人了，基本上不再外出讲学，但仍著述不辍，毕力投入名山事业。
黄宗羲不光是博学多才，而且勤奋过人，“年逾80，尚囗囗不休”，真称得上是没身而后已！故一生著述弘富。然而，由于种种原因，在清乾隆年间即已“散亡十九”（全祖望语），即使如此，今天我们所能了解到的仍蔚为大观。据统计，黄宗羲的著作共有112种，1300多卷，字数在2000万以上，这还不包括《明文海》这类编选性的东西（详参吴光《黄宗羹与清代学术》），这里只能择其要者略加介绍。
康熙二年（1663），黄宗羲在10年前所作《留书》的基础上，写成了《明夷待访录》2卷（原名《待访录》），这是宗羲最有代表性的政治思想论著。《待访录》超越了《留书》中“夷夏之辨”的樊篱，探讨政治学说中最具根本性的问题，是一篇批判君主专制制度的战斗檄文，它奠定了黄宗羲作为一个民主启蒙思想家的历史地位。
康熙七年至十四年（1668—1675），黄宗羲编选成《明文案》217卷。这8年间，他四处访求书籍，潜心搜集整理有明近300年中文人著作，夜以继日，勤奋工作，终于编定了这部保存有明一代文章精华、反映其时代精神的文集。书成之日，宗羲曾自豪地说：“有某兹选，彼千家之文集庞然无物，即尽投之水火不为过矣。”但他并未因此而满足，仍然不辞劳苦，以高龄之身继续奔波跋涉，游踪遍及浙江南北，搜罗明人文集，到康熙三十二年（1693），始将《明文案》扩编为《明文海》，计四482卷。84岁的梨洲老人对儿子说，《文苑英华》为百卷，而明代作者数量超过唐代，所以，一非此不足以存一代之书；顾读本不须如许”（《年谱》），于是又从中精选若干篇，编成《明文授》62卷，以供家人诵读。
后人评价此书，说《明文海》“搜罗极富，所阅明人文集几至二千余家”，“可谓一代文章之渊薮。考明人著作者，必当以是编为极备矣”（纪购《四库全书总目提要》）。
此外，宗羲还编有《宋元文案》、《元文钞》等，后来大多亡佚。
康熙十五年（1676）以后，黄宗羲撰成《明儒学案》。这部62卷、近百万字的巨著，是我国历史上第一部断代学术思想史。全书共收学者200余人，上起崇仁（吴与弼，字子溥，号康斋，江西崇仁人，学宗程、朱，倡“静时涵养、动时省察”。1391—1469），下迄蕺山，“言行并载，支派各分”，而以姚江王阳明为一代理学宗师，共立“崇仁”、“白沙”、“姚江”、“泰州”、“东林”、“蕺山”等17学案；每案之前先用一节文字介绍案主学术宗旨，然后是案主传略以述其平生学行，最后则是辑自案主文集、语录的学术资料，择精语详，体例严谨，自成一家。
《明儒学案》一面世，立即为学者推崇备至。当时理学家汤斌（字孔伯，号潜庵，河南睢县人，有《洛学篇》，1627一1687）评价说：“先生著述弘富，一代理学之传，如大禹导山导水，脉络分明，事功文章，经纬灿然，真儒林之巨海、吾党之斗构也。”（《南雷文定》附《交游尺牍》）以黄门私淑自况的全祖望（字绍衣，号谢山，浙江宁波人，1705—1755）也称《明儒学案》为“三百年儒林之薮”（《神道碑》），近代梁启超更誉为“中国之有学术史，自此始也”（《清代学术概论》）。
黄宗羲还着手编撰《宋元学案》，以整理明代之前学术思想发展的历史。遗憾的是，宗羲辞世时仅成17卷，后来，由宗羲子百家（字主一）及全祖望等续成100卷。
除了这些著作以外，宗羲还撰有《弘光实录钞》、《明史案》、《行朝录》、《历代甲子考》、《易学象数论》、《孟子师说》。《太极图讲义》、《授时历法假如》、《西洋历法假如》、《回回历法假如》、《春秋日食历》、《大统历推法》、《测圆要义》、《割圆八线解》、《勾股图说》、《开方命算》、《四明山志》、《匡庐游录》、《今水经》，《律吕新义》，等等，涉及史学、经学、历算、地理、音乐等门类；至于自著诗文集，则有《南雷诗历》、《南雷文案》、《南雷文定》、《南雷杂著》……限于篇幅，不能一一胪列。
这30、多年中，黄宗羲还多次拒绝朝廷的征召，始终保持了遗民的气节。
康熙十七年（1678），清廷议修明史，于是开博学鸿词科以网罗天下名儒。经筵讲官学士叶方蔼（字于吉，江苏昆山人）向玄烨推荐黄宗羲，宗羲门生陈锡根（字分后，当时在京为官）得知后大惊，说：“这只会使老师象叠山那样啊！”（谢仿得号叠山，南宋遗民，义不仕元，为官府逼迫北上，至京绝食而死。）便极力向叶剖陈利害，此事才算了结。当时被各地推荐的，还有顾炎武、吕田良等，顾、吕也都拒不应召。
第二年开设史局修《明史》，修史总裁徐元文（字公肃，号玄斋，江苏昆山人，1634—1691）又欲聘请黄宗羲出山，宗羲仍然拒绝。当万斯同应聘入京时，宗羲送行之诗说：“不放河汾声价倒，太平有策莫轻题”，明白地表示了自己不与朝廷合作的态度。季野入京后，也执意“以布衣参史局，不署衔、不受俸”。
康熙十八年（1680），徐元文再次向皇帝建议聘宗羲修史，于是，旨下浙江督抚“以礼敦请”，宗羲以“老病”为由，坚执不就；皇帝又下特旨，令地方官把黄宗羲关于明史的所有论著“抄录来京，宣付史馆”（《年谱》）。徐又一力延请黄百家，宗羲不得已而同意——也许，还因为宗羲认为“国可亡，史不可亡”（《南雷文定·次公董公墓志铭》），并给徐元文写信说：“现在我把儿子交给你，总可以因此放过我了吧！”……
不过，由于黄宗羲不反对自己的门生和儿子参与史局，同时，他本人的文章中也有一些赞扬康熙皇帝及当时大臣如叶方蔼和徐氏兄弟等人的文字，所以也有一些人认为黄宗羲“大节不亏，小节可议”，甚至认为“失节”。这种看法，恐怕也未必全面、允当。
清康熙三十四年七月初三，即1695年8月12日，一代哲人黄宗羲停止了呼吸，享年86岁。遵照宗羲“不用棺椁，不作佛事”（《年谱》，参见《南雷文定·梨洲末命》及《丧制或问》）的遗命，七月初四，黄百家率家人以极其简朴的礼仪，将梨洲老人安葬在化安山黄尊素墓北侧。
五、学术泰斗 思想巨人
作为博学多才的一代大儒，作为中国文化学术史上杰出的思想家，梨洲先生的成就和贡献是多方面的，其中最重要的，当推政治思想哲学、史学三个领域。
梨洲有关政治思想的论著不少，而《明夷待访录》则奠定了他的民主启蒙思想家的历史地位。《待访录》包括《原君》、《原臣》、《原法》、《置相》、《学校》等共13篇，对数千年来政制、法律、教育、经济、军事等各个方面加以理性的反省和批判，从而提出了一个富含民主意识的全方位的政治大纲。
中央政制的核心是最高统治者——君。梨洲在《原君》篇中提出，君应该做到“不以一己之利为利，而使天下受其利；不以一己之害为害，而使天下释其害。此其人之勤劳，必千万于天下之人……而己又不享其利”，这才是“君之道”，才是“君之职分”；只有合乎这个标准，才能称得上是真正的君。由此引申，“君”与“天下”的关系应该是“天下为主，君为客”——人民是主人翁，君则是为主人翁获利释害而勤劳的人。这是一部《待访录》开宗明义的总纲。然而历史的现实却是“君为主，天下为客”，他们“敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐”，而且“视为当然”；梨洲认为，这样的君不折不扣是“天下之大害”。正因为自秦汉以来都颠倒了这个关系，为君者都视天下为自己的产业，做了君主就应当占有一切，所以才会演出一幕紧接着一幕的为争夺这个产业而血肉崩溃的惨剧！这里不存在什么“华”“夷”的区别，作者的批判锋芒是指向历代一切统治者的。仅此一点，就高过同时代的许多思想家。梨洲还从根本上否定“君为臣纲”。他说：臣的职责是“为天下，非为君也；为万民，非为一姓也”（《原臣》，下同），臣不是“君之仆妾”，而是“君之师友”，臣与君的关系是平等的：“臣之与君，名异而实同”，都是为着万民的利益来同心�