他与董仲舒的关系当初也不错，公羊学在汉代走红，即是公孙、仲舒二人联手的结果。史说汉武帝曾令董仲舒与瑕丘江公辩论《公羊》、《谷梁》二传优劣，董仲舒长持论，善著文，而江公却呐于口，不善言。加之当时公孙弘为丞相，在整理辩论稿时，袒护董仲舒，使公羊学大获全胜。汉武帝于是“尊公羊家，诏太子受《公羊春秋》”（《儒林传》）。公羊学在汉代获得独尊地位，也是董仲舒为其制造理论，公孙弘为之实行的。他们的关系有点像韩非和李斯，汉人说：韩非著书，李斯为相；韩非立说，李斯实行。李斯为学不及韩非，忌其才，谮之于始皇，韩非遂毙命于狱中；公孙弘为学也不及仲舒，故排之于朝廷之外。史说公孙弘为人善谀，“希世用事”，从前辕团曾警告他“勿曲学以阿事”（同上）。但儒学要服务于社会。不“曲学”是办不到的；要想混迹于官场，不“阿事”也是办不到的。他知道怎样作官，更知道怎样取悦于武帝。“朝会议事，不面折廷争”，曾与汲黯等相约议事，等到武帝面前，尽背前约，一切顺从皇上旨意。天子见他为人谨慎，辩论有余，但又不迂腐不过激，像个长者，且熟悉文法吏事，“缘饰以儒术”，遂大悦之（《史记·公孙弘传》）。在儒者中，他是善谀者；在善谀者中，他是儒者。在这两类人中他都占有优势。明习儒学，满足了武帝好文的爱好；善于吏事，满足了为官的条件；而阿事善谀，更满足了人君的虚骄心理。故为官累迁，至于三公。这当然与“为人廉直”的董仲舒格格不入，曾斥之为“从谀”。“谀”是公孙先生高出伦辈的看家本领，董仲舒的指责无异于削夺他的饭碗，让他恨得咬牙切齿！《汉书·冯衍传》说：“董仲舒言道德，见疾于公孙弘。”一个讲儒术以道德为宗，一个研儒术为了“希世用事”，宗旨不同，难怪公孙弘不高兴他了。再加公孙先生为人又有点忌贤妒能，外党内刻，凡是与他有仇隙的人，表面上与他情好无隙，亲密无间，私下却设法报复，必欲置之死地而后快。主父偃被杀，董仲舒被迁于胶西，都是他的杰作。
胶西王刘端，也是武帝的同父异母兄弟。其为人“强足以拒谏，知足以饰非”，行为怪僻，阴狠险毒，相二千石至者，若奉朝令行事，他就暗中寻找过失来陷害之，有的甚至被毒死；若与他同流合污，又难逃朝廷的惩罚。小小胶西国，竟是出生入死的鬼门关！汉武帝正为派不出恰当的相国发愁，公孙弘适时进谏说只有董仲舒符合条件，欲假手于胶西王除掉骂他“从谀”的人。理由也是冠冕堂皇的。董仲舒此去定是凶多吉少。好在胶西王久闻董仲舒是正直的大儒，一善待之”，并不为难他。《汉书》说：仲舒“凡相两国，辄事骄王，正身以率下，数上疏谏争，教令国中，所居而治。”在胶西为相，不异于虎穴栖身，与狼共舞，久必获祸。仲舒恐日久生变，遂以老乞归。
罢相家居，董仲舒已年逾古希，穷居陋巷，依仁游艺，“终不问产业，以修学著书为事”。但他并没有高蹈肥遁，不问世事，而是魂牵斯文，忧国忧民。朝廷凡有大事，常下诏垂问，刘向说：“（仲舒）以老病免归，汉有所欲兴，尝有诏问，仲舒为世儒宗，定议有益天下。”（《汉书·刘歆传》）甚至有的刑事案件也派使者和延尉张汤前往董宅，“问其得失”。董仲舒引经据典，一一作答，皆有条理，共决大案要案232件，后编为《春秋董仲舒决狱》一书，成为汉晋之间司法断案参考的经典文献。他还常常就重大时政发表看法，上疏献计献策。关中民不好种麦，他根据《春秋》他谷不书，至于麦禾不熟则书的通例，建议多种冬小麦，以避饥荒。针对“富者田连阡陌，贫者无立锥之地”的现象，建议限民名田（占四），抑制土地兼并。他揭露西汉社会“力役三十倍于古”，“田租口赋，盐铁之利，二十倍于古”的残酷现实，要求统治者“薄赋敛，省徭役”，“盐铁皆归于民”（《汉书·食货志》）。当时武帝外事四夷，特别是与匈奴的战争，使天下虚耗，户口减半。目睹那一场一场痛苦的较量，董仲舒也进行了自己的思考。他认为：“义动君子，利动贪人”，对于像匈奴这样的贪人，他主张“与之厚利以没其志，与盟于天以坚其约，质其爱子以累其心”。使其进有所贪，退有所忌，庶几可达到“胡马不窥于长城，羽檄不行于中国”，与邻为睦的目的（《匈奴传》）。凡此等等，涉及政治、经济、军事、刑法、外交等各个方面。有的建议得到武帝采纳，施惠于民。
他就是一个典型的忧患型人物，进亦忧，退亦忧，就像范仲淹说的那样：“居庙堂之高则忧其君，处江湖之远则忧其民。”“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”——这是自孔子以来就形成的中国儒者人格，当然也是被誉为“统儒”的董仲舒的天性。这种忠君、忧国、爱民的忧患，一直伴随董仲舒终生，直至死而后已。
班固叙传赞曰：“抑抑（严谨）仲舒，再相诸侯，身修国治。致仕悬车，下帷罩思，论道属书。谠言访对，为世纯儒。”实为公允之评。
约太初初年（前104年），董仲舒以年老，寿终于家。葬于西安城内胭脂坡下。汉武帝曾从此经过，特下马步行以示敬重，一时文士，莫不下马，故谓之“下马陵”，语讹为“虾蟆陵”。
仲舒死后，家徙于茂陵，其子孙皆以儒学至大官。其弟子作官的至为命大夫，其为郎、谒者、文学掌故等官者以百数。不愧为一代宗师。
四、上继往圣起绝学 下为万世开太平
相传孔子将死，遗下谶书说：“不知何一男子，自谓秦始皇，上我之堂，踞我之床，巅倒我衣裳，至沙丘而亡。”又说：“董仲舒乱（治）我书。”（见王充《论衡·实知》引）所谓孔子遍谶，明显出自汉儒伪造，不过此话正好反映了秦汉之间儒学的两大转折。是秦始皇焚书造成儒学式微，又是董仲舒治经振起了往圣的绝学。王充曰：“文王之文在孔子，孔子之文在仲舒。”文王既没，是孔子发明其文章坠绪于乱世；孔子既没，是董仲舒宏扬其学术于微绝。刘歆更具体地说：“仲舒遭秦灭学之后，六经离析，下帷发奋，潜心大业，令后学者，有所统壹，为群儒首。”可见儒学至董仲舒实一大转折。范文澜先生论这种转折作用说：“儒学经董仲舒的加工，因此摆脱了原始阶段，成为阴阳五行化的、完全适合地主统治的西汉今文经学。某些汉儒把董仲舒当成孔子的继承者，因为他创造了今文经学。”（《中国通史》第二册，151页）这是完全合符实际的。刘歆说他“令后学者有所统壹”，就是统一在董仲舒所创立的阴阳五行化了的新儒学体系之下，他是西汉今文经学的创始人，是西汉第一儒学大师，即所谓“群儒首”、“儒者宗”。
董仲舒一生著述甚富，《汉书》本传说：“仲舒所著皆推明经术之意，及上疏条教，几百二十三篇。”这部分著作多为杂著，包括说解经义的论文、上书、文告之类。《汉书·艺文志》诸子略儒家类，著录有《董仲舒》百二十三篇，当即这些文章的汇编，除了一些残篇外，大部已经失传。本传又说：“而说《春秋》事得失，《闻举》、《王杯》、《蕃露》、《清明》、《竹林》之属，十余万言，皆传于后世。”今《春秋繁露》一书，凡八十三篇，内中《玉杯》、《竹林》篇，当即“说《春秋》事得失”类著作。《汉书·艺文志》又有《公羊董仲舒治狱》十六篇，《后汉书·应动传》作《春秋断狱》，为张汤等人向仲舒请教断狱的案例汇编，晋以后失传，清王谟、马国翰有辑本。《春秋繁露》始见于《隋书·经籍志》，因不见于汉志，曾一度受人怀疑，其实就今本《繁露》与《汉书》本传所载《天人三策》对照，许多观点实为后者的引申，《春秋繁露》一书，纵然有后人掺入的内容，其主要篇章还当出自仲舒本人，与《天人三策》一样是研究董仲舒学术思想的主要资料。此外，《汉书·食货志》、《匈奴传》、《五行志》也有他的言论；《史记·太史公自叙》也对董仲舒的学说有所称引。现都比较集中地保存于严可均辑《全汉文》之中。在这些著作中，董仲舒贯通天人，纵论古今，博采百家，为原始儒学向经学的过渡，做出了重要贡献。
1．兼容百氏，独尊儒术
如前所述，是董仲舒在对策中“推明孔氏，抑黜百家”，直接促成了汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”政策的实行，从而实现了儒学从诸子向经学的飞跃。不过，“抑黜百家”是从研究百家，吸收百家开始的；“推明孔氏”也是从改造孔氏，构建新儒学体系开始的。对诸子百家的认识不始于董仲舒，《庄子》的《天下篇》，《荀子》的《非十二子》，《韩非子》的《显学》，《淮南子》的《要略》，司马谈的《论六家要旨》皆是，但都是此非彼，排斥异己。董仲舒也对诸子百家进行了钻研，但并不简单地否定，而是在推尊儒学的同时，暗中吸取诸子学说，特别是阴阳五行学说，组建适合西汉社会大一统局面的新儒学体系。
范文澜先生说：“《易经》的阴阳与战国以来盛行的阴阳五行学，融合成为董仲舒的《春秋公羊》学。”首先实现了儒家与阴阳五行家的统一。《易传·系辞》说：“立天之道曰阴与阳，立地之道曰柔与刚，立人之道曰仁与义。”董仲舒弓呻说：“天道之大者在阴阳，阳为德，阴为刑；刑主杀而德主生。”“天之任德不任刑”。将儒家重德轻刑说与黄老刑名、阴阳家结合起来了。
黄老刑名之学实际是先秦道家与法家理论的混合体，既讲虚静无为，又讲积威使术。董仲舒也作《保位权》专申其义：“为人君者，居无为之位，行不言之教；寂而无声，静而无形，执一无端，为国源泉。”君主应该无为、不言、无声、无形，神迷莫测，然后才能成为大臣畏惧，天下离不开的根本。又说：“国之为国者德也，君之为君者威也。故德不可共，威不可分；德共则失恩，威分则失权；失权则君贱，失恩则民散”。“是故人君者固守其德以附其民，固执其权以正其臣。”将儒之德教与法术势结合起来了。
五行学说本于儒家经典《尚书·洪范》，战国邹衍用五行生克原理来解释王朝更替，形成“五德终始之运”说，认为具有木火水金土五德的王朝相为代替，周而复始。董仲舒一方面承认王朝更替，有道伐无道的合理性：“天之生民，非为君也，天之立王以为民也。故其德足以安乐民者天予之，其恶足以贼害民者天夺之。《诗》云：‘天命靡常’，言天无常予，无常夺也。”“故夏无道而殷伐之，殷无道而周伐之，周无道而秦伐之，秦无道而汉伐之。有道伐无道，此天理也。”（《尧舜不擅移汤武不专杀》）另一方面又以五行相代理论，认为新王朝诞生后，必须改正朔，易眼色，以示禀承新王之命（《三代改制质文》）。于是遂将儒家汤武革命、天命靡常说与五德终始说融为一体了。
墨家主张兼爱利民，董仲舒则借以修正儒家重义轻利的义利观。说：“天之生人也，使人生义与利。利以养其身，义以养其心也。心不得义不能乐，身不得利不能安。义者心之养也，利者体之所养也。体莫贵于心，故养莫重于义，义之养生人大于利也。”（《身之养重于义》）在儒学重义轻利的思想中加入了墨学重利利人的内容。
董仲舒还吸收先秦名家“循名责实”说充实儒家“正名”的思想。他认为“治国之端在正名”（《玉英》）。“名则圣人所发天意”，名号是圣人体察天意制定出来的，任何一种称谓都包含着一定的职份和义务，譬如天子、诸侯、大夫、士、民，其命名都各有深意：
受命之君天命之所予也，故号为天子者，宜视天如父，事天以孝道也；号为诸侯者，宜谨视所侯（恭侯），奉天子也；号为大夫者，宜厚其忠信，敦其礼义，使其善大于匹夫之义，足以化（教化）之也；士者，事（务服于人）也；民者，瞑（蒙蒙无知）也。（《深察名号》）人君号称天子，是天的儿子，应对天尽孝道；诸侯意即敬侯王命，应事奉天子；大夫即大于匹夫，在道德上比匹夫要高，应尽教化之职；士就是供事之人，为知己者死；民就是昧于礼义，故需要教育。这五种称号都各有意义，欲考察其称不称职，谁是谁非，只需看看实迹与名号相不相符：“欲审曲直莫若引绳，欲�