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孟子王张性善，荀子主张性恶，董仲舒调和之。认为性分三品，有“圣人之性”，纯善；有“斗宵（小人）之性”，纯恶。这二者都不是人性的代表。又有“中民之性”，这才是人性的代表，才是普遍的人性（《实性》）。他说，普遍的人性有善有恶，也可善可恶。天有阴阳，人性禀天，故亦有善恶（“天两有阴阳之施，人亦两有仁贪之性。”（《深察名号》）人禀阳而为性，是善质；又禀阴而为情，是恶质（王充《论衡·本性》引）。人性的善恶，全在后天的教化。他形象地比喻说：“性比于禾，善比于米。米出禾中，而禾未可全为米也；善出性中，而性未可全为善也。善与米，人之所以继天而成于外，非在天所为之内也。”人性待教育而为善，犹禾谷待浇灌而出米也。他又比喻说：“卵待覆（孵）而为雏，茧待缫而为丝。”（《深察名号》）都强调后天人为的作用。于是结束了人性善恶之争，将儒学内部分歧统一起来了。
董仲舒的学说，就是以儒学为主体，以儒学为外壳，融合和容纳了诸子百家思想于一炉的新儒学体系。他在哲学原理上多得阴阳五行之助，在政治思想上则主要是儒学与黄老刑名之合，也就是所谓霸道（刑名）与王道（仁义）之合。汉宣帝对太子说：“汉家自有制度，本以霸王道杂之。耐何独任德教，用周政乎？”（《汉书·元帝纪》）所谓制度，即指汉武帝罢黜百家，独尊董仲舒改造过的儒术。可见汉家的治国方略，是从董仲舒建立新儒学体系，并使之获得独尊之后形成的。其意义是非常深远的。董仲舒“抑黜百家”，不是简单地否定百家，而是充分地吸收和挖取对方的精华，使百家失去存在的价值；董仲舒“推明孔氏”，是取百家之长以完善儒学，使儒学达到善兼美具的境地。于是，百家不禁自熄，儒学不尊独盛。儒学经他这一番改造，形成了必兴必盛的必然趋势。
2．精通五经，善说《春秋》
董仲舒深明五经，在著述之中，博引诗书，深谙易理，广论礼乐，尤长于《春秋》。
董仲舒治经，主大义微言，从宏观上揭示和发挥六经奥旨。在董仲舒眼里，六经再也不是上古旧史，历史陈迹，而是具有丰富思想内容，也具有完美表达形式的经典了。他说：君子知道在位者不能用强权和暴力来压服民心，因此用“六艺”来教养他们。“诗书序（顺也，驯化）其志，礼乐纯（净化）其美，易春秋明（开发）其知（智）”（《玉杯》）。即用《诗》《书》来驯化人们的心志，这属于德育的领域；用《礼》《乐》来美化人们的行为，这属于美育的领域；用《易》《春秋》来开发人们的智力，这属于智育的领域，六艺共同完成对一个人德育。智育、美育诸方面的教育和塑造功能，在造就人才上，不可或缺，故他说：“六学皆大而各有长”，各自从不同方面，不同层次，共同完成人材的塑造工作。董仲舒进而归纳六经特点说：
诗道志，故长于质（朴实）；礼制节（仪节），故长于文（文采）；乐咏德，故长于讽（讽谕）；书著（记）功，故长于事（叙事）；易本天地，故长于数（变化规律）；春秋正是非，故长于治人。（《玉杯》）
司马迁曾从董仲舒问学，于《太史公自叙》中转述这段话说：“《易》著天地、阴阳、四时、五行，故长于变；《礼》经纪（规范）人伦，故长于行；《书》记先王之事，故长于政；《诗》记山川、溪谷、禽兽、草木、牝牡、雌雄，故长于风；乐乐所以立，故长于和（和畅）；《春秋》辨是非，故长于治人。是故礼以节人，乐以发和，书以道事，诗以达意，易以道化，春秋以道义。”辞句互有出入，但意思相近。在董仲舒看来，《易经》讲天地变化，阴阳转化，四时交替，五行运行，故以变化之理为主；《礼经》讲人伦纲纪，礼仪节度，故以行为准则为主；《书经》记先王成功经验，故以政事为主；《诗经》咏山川溪谷，禽兽草木，和男女情爱，故长于风情和借喻；《乐经》歌唱美德之完成，故以和畅为主；《春秋》辨明是非名份，故以治人之道为主。六经的文字不过古史陈迹，但六经的大义却具有经天地、纬人伦的功用，是圣人之心所寓，是圣人之灵所寄。如果说对六经特点的概括和揭示并不始于董仲舒，如《庄子·天下篇》即有“诗以道志，书以道事，礼以道行，乐以发和，易以道阴阳，春秋以道名分”。《荀子·儒效篇》亦有“诗言是其志，书言是其事，礼言是其行，乐言是其和，春秋言是其微”等等，但将六经的社会功能提高到人伦、教化、政治之本的地位，却始自董仲舒。
六经之中，董仲舒又极其推重《春秋》。《孝经纬》记孔子曰：“吾志在《春秋》，行在《孝经》。”《春秋》是孔子政治理想的寄托。董仲舒也如是说，一则认为：“《春秋》，义之大者也。”一则认为：“《春秋》，礼仪之大宗也。”（《太史公自叙》）为了从中发掘出“治国平天下”的理想蓝图，董仲舒于是对《春秋》（特别是《公羊传》）进行了深入的钻研。首先，董仲舒揭示《春秋》的宗旨是辨是非，正名分。认为孔子带着政治目的作《春秋》，《春秋》是孔子仁义道德和政治思想的集中体现。他说：“《春秋》应天作新王之事。”（《三代改制质文》）“新王”即一个全新的符合名份的王，这是针对当时名不符实的周王而言的。《春秋》所记上起鲁隐公元年，下讫鲁哀公十四年，共242年，这期间天子虚位，诸侯专征，大夫擅权，陪臣执国命，弑君三十六，亡国五十二，完全是一派衰世景象。一句话就是名份不正，是非不分。孔子修《春秋》时，以“王道”（仁义，又称“王心”）为准绳，于属辞比事之间，小心翼翼地表达出对当时违礼现象的批评和讥讽，“别嫌疑，明是非，定犹豫，善善恶恶，贤贤贱不肖”（《太史公自叙》），使混淆了的是非区别开来，使颠倒了的名份纠正过来。用这一褒一贬的手法，在一部衰世的历史中塑造出一个崭新的以王道治天下的太平蓝图。他说孔子在作《春秋》时，门弟子曾对他截取最衰乱的历史颇感困惑，孔子曰：“吾因其行事（陈迹）而加乎王心（仁义）焉。以为见之空言，不如行事博深切明。”（《俞序》）相同的话还见于《太史公自序》。“因其行事加乎王心”，这与孟子引述孔子曰“其事则齐桓晋文，其文则史，其义则丘窃取之也”，是一脉相承的。孔子以布衣的身份运用王道来“贬天子、退诸侯、讨大夫”，无王者之位而行王者之权，孟子说：“《春秋》，天子之事”；董仲舒说：“孔子立新王之道”（《王杯》）；《白虎通·穷通》说：“仲尼制《春秋》之义，著素王之法”；王充《论衡·超奇》说：“孔子之《春秋》，素王之业也。”皆一意也。但以董仲舒论议最透辟，分析最入理。由于孔子于《春秋》之中“上探三王之道，下正人伦之纪”（《大史公自序》），“人道涞而王道备”（《俞序》），是非明而名份正，凡作人的纲纪，为政的大法，莫不悉备于其中，有了《春秋》的表率作用，就可以是正名份，重整秩序，因此他说：“拨乱世而反诸正，莫近于《春秋》。”从前那些“杀君亡国奔走不得保社稷，其所以然，是皆不明于道，不览于《春秋》也。”董仲舒引述子夏的话曰：“有国家者，不可不学《春秋》，不学《春秋》，则无以见前后旁侧之危，则不知国之大柄，君之重任也。故或胁穷失国，掩杀于位，一朝至尔。荀能述《春秋》之法，致行其道，岂徒免祸哉？乃尧舜之德也！”（《俞序》）在司马迁《自叙》中，还有董仲舒对这段话的阐发，他说：有国家的人不可以不知《春秋》，否则前有谗慝而不能见，后有乱贼而弗知；为人臣者不可不知《春秋》，否则处理大事不知其义，遇到变故不知其权（灵活性）；为人君父如果不通《春秋》之义，必然蒙受首恶之名；为人臣子如果不知《春秋》之义，就必然陷入篡权弑上的死罪之中。其原因都是由于不知道正义原则、办事准绳之故。《春秋》就是一部用具体实例来教育人们该怎样作、不该怎样作的伟大的教科书，是行动的指南，办事的法宝。故曰：“《春秋》者，礼义之大宗”；“拨乱世反清正，莫善于《春秋》！”
其次，董仲舒对《春秋》义例进行了梳理。义例即著书条例，又叫“大义”。主要有“三世”、“三统”、“六科”、“十指”等。
先谈三世：《楚庄王》曰：“《春秋》分十二世以为三等，有见、有闻、有传闻。有见三世（即昭定哀），有闻四世（文宣成襄），有传闻五世一（隐桓庄闵僖）。”不过董氏三世说与后来何休“张三世”（据乱世、升平世、太平世）不一样，没有非常异议可怪之事，而仅仅是不同历史时期，约当于古代史、近代史、现代史而已。他说孔子在修《春秋》时对三世历史的详略取舍各不相同：“于所见微（隐微）其辞，于所闻痛其祸，于所传闻杀（减）其恩。”（同上）这就是“《春秋》无达辞”的根本原因。
次谈三统：即夏殷周三统，这是董仲舒引阴阳五行入《春秋》的产物。夏人尚黑，以寅月（夏历正月）为岁首；商人尚白，以丑月（夏历十二月）为岁首；周人尚赤，以子月（夏历十一月）为岁首。《春秋》说“春王正月”，春是夏历，王正月是周历，可见《春秋》历兼周夏二统。不过，《春秋》贬亡国，对夏的后裔之国杞取贬黜的态度；孔子是宋国大夫之后，对于殷人后裔之国来取参考态度；孔子以王道正是非，故尊崇王室。“故《春秋》应天作新王之事，时正黑统，王鲁尚黑，细夏、亲周、故（参考）宋”。（《三代改制质文》）
再谈六科、十指：《正贯篇》归纳有“六者之科”、“六者之旨”，《十指篇》则规纳为“十指”。六科六旨是“春秋大义之所本”，是著作的大条例；十指是“事之所系”，是记事的小条例。“六科”大略即“援天端”、“志得失”、“论罪源”、“定尊卑”、“载贤方”、“别幽隐”。“十指”即：记录事变以突出重要政务；反映出事变的起因；根据事变的起因而施以相应的措施；强干弱枝，尊君卑臣；辨别是非，区别同异；论贤才之宜，以明用人之方；亲近徕远，与民同心；根据周代文化，回归朴质；记事始于春，遵循“木生火”的五行之运；考察灾异和衰政的关系，以见天人关系。
再次，是发挥《春秋》的微言。微言即圣人没有明说，却透露于字里行间的意思。下举三例：其一，董仲舒从《春秋》“隐公元年”纪一为无例中，发现“大始正本”的深意，曰：“一者万物所从始也，元者辞之大也。谓一为元者，视大始而欲正本也。”大始即重视初始；正本即端正根本。君为天下之本，故应正君王以正天下。其二，从“春王正月”一句中，发现王者当“上承天之所为，下以正其所为”的深意。其三，从《公羊传》“何谓乎‘王正月’？大一统也”，推行说：“《春秋》大一统者，天地之常经，古今之道义也。”从而为国家的政治统一和思想统一政策奠定了哲学基础。
最后，董仲舒援阴阳五行学说以解《春秋》。通过考察其中天灾人事的联系，从而建立起“天人感应”学说。在《汉书·五行志》中，保留有不少董仲舒关于《春秋》灾异的解说，这些解说影响了整个汉代的天人学术。他还推阴阳运行规律，求雨止雨。司马迁说他“以《春秋》灾异之变推阴阳所以错行，求雨闭诸阳，纵诸阴，其止而反是。行之一国，未尝不得所欲”；王充说他“表《春秋》之义，稽合于律，无乖异者”；他还据《春秋》之褒贬，定是非和名分，用以论事断狱，后人编为《春秋断狱》一书，等等。董仲舒将阴阳五行加入《春秋》之中，变经学为致用之学，使《春秋》成为实用之书。汉代有“孔子作春秋，为汉垂法”之说，即是受董仲舒《春秋》学的影响。既把儒学与现实政治结合起来，而且把经学讲活了，扩大了《春秋》的影响，提高了儒学的地位。《史记》说：“汉兴至于五世之间，唯董仲舒名为明于《春秋》。”《汉书》说：“景�