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董仲舒是汉代传授公羊的始师之一，汉代传公羊者都以他为祖师。仲舒传嬴公，嬴公传眭弘，弘传严彭祖、颜安乐，宣帝时立为博士，于是《公羊》有严、颜之学。后四传至东汉末何休，撰著《公羊解诂》，其自序虽声称用胡毋氏《条例》，论者颇以其说多同于仲舒，可见董氏实汉世公羊学正源，吴检斋曰：“《春秋》之学，则以仲舒为不桃之宗。”实为不刊之论。
3．依仁游艺，论道弘儒
董仲舒还为汉代今文经学制定了一套系统的理论，归纳起约有“天人感应”、“阴阳五行”、“三纲五常”等。
天人感应孔子的天命观游移于精神与物质之间，而以物质性为主；孟子则赋天命以客观规律性和必然性；荀子的天命观是纯粹物质性的，并力主天人之分。董仲舒的天命观则基本上是精神性的，但也有物质之天的因素。他一方面承认天道不过表现为阴阳消长、四时运行，认为：“天之道，有序而时，有度而节，变而有常…”（《天容》）；“天之道，春暖以生，夏暑以养，秋清以杀，冬寒以藏”；又说：“天地之气，合而为一，分为阴阳，判为四时，列为五行。”（《五行相生》）天道和天地之气都是物质的东西，表现为规律性的运动。另一方面，他又认为有“天命”、“天志”、“天意”者在，并十分强调天命对人事的干预和影响，此即他的“天人感应”说。首先，董仲舒认为天是万物之祖、人类之父。说：“天者，万物之祖，万物非天不生。”又说：“为人者天也，人之为人本于天，天亦人之曾祖父也。”（《为人者天》）由于人为天所造，这就决定了天人合一的关系。这种关系表现在“人副天数”、“王者配天”、“天人感应”等方面。关于“人副天数”，董仲舒以为人不仅是上天意志的产物，还是天地形体的复制：人体有三百六十个骨节，像一年三百六十曰：人体有十二个大关节，像一年十二个月；人的骨肉像地的山梁与泥土；人的耳目像天的日月；人体有脉理像山川河谷……人本身就是一个小天地。人的性情也取则于天：“人之好恶化天之暖晴，人之喜怒化天之寒暑，人之寿命化天之四时，人之喜怒哀乐之答春秋冬夏之类也。”（《为人者天》）人简直就是天地一切特征的副本。天不仅生成了人本身，还生成五谷来养育人类：“天生五谷以养人”（《止雨》）；“天覆育万物，既化而生之，又养而成之”（《王道通三》）。关于“王者配天”，即人事法天。天有四时，王亦有四政：“以庆副暖而当春，以赏副暑而当夏，以罚副清而当秋，以刑副寒而当冬”。庆、赏、刑、罚，就是取法春夏秋冬四季的暖暑清寒制定出来的。在君臣行为上，董仲舒也主张效法天地：君应法夭“高其位而下其施，藏其形而见其光”，高高在上，施而不为；臣应法地“暴（露）其形，出（现）其情”，向君王竭忠尽虑。地不兼天之美，臣也不敢“擅君之美名”，功皆归于君，恶尽归于臣。关于“天人感应”，如前所云，他认为天地人间皆阴阳一气，同类相感，同气相应。人间动阴气，天以阴气应之，故多雨霖；人间动阳气，天以阳气应之，故多亢阳；人间阴阳持平，则天应以阴阳之和气，故风调雨顺。同理，人间公平政理，故天见祥瑞奖励之；搅若人间不公平，怨气太重，则天降灾异谴告之。天人息息相关，不爽分毫。
董仲舒讲天人感应，讲人副天数，这自然是牵强附会的，粗浅的，但是，董仲舒讲天人关系，其目的是要人君推行仁政，在肯定君权神授的同时，又强调君主应法天行之德行，实行德治；君王应受上苍的约束，不能为所欲为，这在专制主义政体下无疑具有牵制皇权的作用。因此，董仲舒的天人观在科学上是落后的，而在实践上却是进步的、积极的。
阴阳五行怎样认识天道呢？董仲舒认为天意体现在阴阳出入上，天道体现在五行运行上，曰：“天意难见也，其道难理。是故明阴阳入出实虚之处，所以观天之志；辨五行之本末顺逆，小大广狭，所以观天之道也。”（《天地阴阳》）天地与阴阳、五行是宇宙这个大系统中的不同环节。天地合起来是一个气团，分开了就是阴阳，展开就是四时，分布开来就是五行。天地通过阴阳化生万物，通过五行来形成事物之间的互相感应。这就是他的阴阳五行观。
董仲舒的阴阳观直接继承了《易大传》的思想，《系辞》曰：“立天之道曰阴与阳”；又说“易有太极，是生两仪（阴阳），两仪生四象（四时），四象生八卦，八卦定吉凶，吉凶成大业。”董仲舒亦说：“天地之气，合而为一，分为阴阳，判为四时，列为五行。”几乎是《易大传》的翻版，只是在《系辞》的系统中加入了五行。他认为阴阳是天地的主要属性：“天道之大者曰阴与阳”；同时也是万事万物的共同属性：“凡物必有合。”而＊合必有阴阳。”（《基义》）任何事物都有两个相对立的两个方面，这两个方面即是阴阳：“合必有上，必有下；必有左，必有右；必有前，必有后；必有表，必有里…”阴阳实际上是无所不在的矛盾。他说阴阳内部各自又存在阴阳的对立，层层递进，不可穷尽：“阴之中亦相为阴，阳之中亦相为阳。诸在上者，皆为其下阳；诸在下者，皆为其上阴。”阴是沉的意思，在下；阳是扬的意思，在上（《阳尊阴卑》）。阴阳概念是指事物内部不可穷尽的相对立又相依存的正负两种趋势。阴阳之间又有主从关系，阳常居上、居前，起主导作用：“常悬于前而任事”；阴则反是，常居下、居后，处于配合地位：“常悬于后而空处。”“阴者阳之助”（《天变在人》），那么阳则为阴之主。
阴阳对立的关系存在于天地之间、人伦之中、政治之上。他说天为阳，地为阴；君为阳，臣为阴；夫为阳，妻为阴；父为阳，子为阴。阳主阴从，故“妻者夫之合，子者父之合，臣者君之合。”故“臣兼功于君，子兼功于父，妻兼功于夫，阴兼功于阳，地兼功于天。”（《基义》）没有一样东西不受阴阳关系、矛盾法则的制约。阴阳无处不在，无时不有。
阴阳还推动天地的运转，人事的进行。四时是阴阳的消长形成的，春天少阳用事，阳气挺进，阴气退缩；夏天太阳用事，阳气大盛，阴气极弱；秋天少阴用事，阴气挺进，阳气退缩；冬天太阴用事，阴气大盛，而阳气极弱。阴阳运行不已，循环往复，四季也便年复一年地不断代谢。根据董仲舒王者法天的理论，他还认为天有阴阳之德，君亦有仁威之德；时有四时，政亦有庆赏刑罚四政。天贵阳而贱阴，君亦应任德而不任刑。奉天道，顺阴阳，就四时有序，风调雨顺，祥物并出，否则就四时逆序，灾异并降。阴阳是天人之际的枢机，是权衡人事得失的天平，非常灵验。
五行，即木火土金水。这五个概念，是我国古代智者对世界本源、万物类属及其相互关系的概括和总结。《尚书·洪范》将五行抽象为五种物质属性；春秋时出现五行关系，即相生相克理论；战国邹衍将五行的自然属性引入人类社会，制造了五德终始学说。董仲舒将五行说中的物质属性、生克关系和五德终始的内容全盘继承过来，并将五行与天地、阴阳、四时联为一体，形成了他自己的阴阳五行学说。
董仲舒将原始的五行是五种物质属性的观念，提炼为五种德行。《洪范》曰：“水日润下，火曰炎上，木回曲直，金曰从革，土曰稼穑。”润下、炎上、曲直、从革、稼穑就是水火木金土的物质属性，或功能。董仲舒认为五行不仅具有五种属性和功能，更重要的是五种德行，曰：“五行，五行（音信）也。”（《五行对》）如“本主生而金主杀”之类，故有木德、火德、土德、金德、水德之称。将五行赋予了道德属性的内容，具有实践意义，五行原理也才可以广泛运用于人事政治之中。五行之间的关系是“比相生，间相胜”（《五行相生》）。即木火上金水五者，相邻的依次相生成：木生火，火生土，土生金，金生水，水生木；三者又间隔一个相克：木克士，土克水，水克火，火克金，金克木。这种关系是单向的，固定的，“逆之则乱，顺之则治”，不可逆转。五行的功能，‘首先是与阴阳“相与一力而并功”，形成四时；继而协助四时生成万物：“故少阳因木而起，助春之生也；太阳因火而起，助夏之养也；少阴因金而起，助秋之成也；太阴因水而起，助冬之藏也。”（《天辨在人》）其次，五行相生、四季相次的法则也是人间社会伦理的最高蓝本，他说：“水为冬，金为秋，土为季夏，火为夏，木为春。春主生，夏主长、季夏主养，秋主收，冬主藏。”“是故父之所生，其子长之；父之所长，其子养之；父之所养，其子成之。”（《五行对》）父子关系犹如接力赛，儿子必须接过父亲的接力棒，继承父亲的事业，克绍箕裘，就像四季相循，五行之运一样。由此可见：“父授之，子受之，天之道也。”从而论证了《孝经》“夫孝，天之经，地之义也”的命题（同上）。
董仲舒还将五行理论引入政治领域，用五行配王政。《洪范》已用五行配五味；《左传》用五行配五官。董仲舒进而用五行配五季（四季加季夏）、五方（四方加中央）、五常（仁义礼智信）、五官（司农、司马、司定、司徒、君王）以及相应而生的五政。他说：东方属木，在季为春，主生，是农之本，属司农之官，其德尚仁，应荐通经之士，以王道辅君；南方属火，在季为夏，属司马之官，其德尚智，应荐贤圣之士，上知天文；西方属金，在季为秋，司徒之官，其德尚义，严格维护君臣、父子、尊卑之序，各尽职守；北方属水，在季为冬，其官司寇，其德尚礼，君臣有位，长幼有序，乡党有礼；中央属土，为季夏，为君之官，其德尚信，卑身贱体，夙兴夜寐，执绳墨以正四方。沿着这个顺序，依照五行来安排和推行政事，就会物阜民安，天下太平，一政启一政，一环扣一环，这就是五行相生原理下的五政相启。
如果不奉五行，不行五政，就会出现灾变怪异。为政者欲知道政治得失，勿需听什么歌功颂德的奏章和报道，只需察看一下境内的五行表征，看看是否正常，是什么样的变故，便可知道问题产生的根源，以便对症下药。若“五行变至，当救之以德，施之天下，则咎除。”如：“木有变，春凋秋荣，秋木冰，春多雨，此摇役重，赋敛重，百姓贫穷叛去，道多饥人。救之者省摇役，薄赋敛，出五谷振穷困矣。”（《五行变救》）如果说阴阳是天人之际的枢机的话，那么五行就是检察人事得失的晴雨表。政事得当，则阴阳和，五行顺，表现正常；政事失当，则阴阳不调，五行乖谬，表现异常。从主动方面看，人可自觉地顺阴阳，奉五行，搞好世间事务；从被动方面看，通过阴阳五行是否和顺，可以知道人事的得失。天人之间，就是通过阴阳五行结合为一个互相感应的统一体，这便是董仲舒阴阳五行化了的天人观。
三纲五常三纲讲君臣、夫妇、父子关系。孔子曾提出“君君、臣臣、父父、子子”的正名思想，要求君、夫、父，先要内求自省，修已安人，然后要求臣、妻、子也尽相应的义务。他说：“君使臣以礼，臣事君以忠。”同理父慈方能子孝，兄友才能弟恭，夫义才有妻顺，一切都是对等的，互重的。孟子甚至认为：“君视臣如手足，则臣视君如腹心；君视臣如犬马，则臣视君如国人；君视臣如土芥，则臣视君如寇雠。”法家则不然，主张君、父、夫对于臣、子、妻的绝对权威。韩非说：“臣事君，子事父，妻事夫，三者顺则天下治，三者道则天下乱，此天下之常道也。”（《韩非子·忠孝》）董仲舒说：
天为君而覆露之，地为臣而持载之；阳为夫而生之，阴为妇而助之；春为父而生之，子为夏而养之。王道之三纲可求于天。（《基义》）
董仲舒君臣观念的特点是：一是吸收先秦法家专制主义思想，强调君对臣、夫对妇、父对子的主导地位和绝对权威。二是将君臣、父子、夫妇关系归纳为“三纲”，提高到“王道三纲”的高度，强调了三纲的重要性