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在受禁锢的14年中，郑玄遍注群经。郑注出现以后，原来各守门户的今文经学与古文经学，便逐渐不再为人们所信了。他在当时不仅集古文经学之大成，而且使古文今文融为一炉，独创了一个新的学派——郑学。人们转而崇尚郑学，使之逐渐成为“天下所宗”的儒学。例如，郑玄所注的古文经学费氏《易》流行，而今文经的施、孟、梁邱三家《易》便废止了；郑注《古文尚书》流传，而今文经的欧阳、大小夏侯三家《尚书》便散失了；郑玄笺注了古文经的《毛诗》，而今文经的齐、鲁、韩三家的《诗》也就不显了。郑学的出现，使经学的发展产生了重要的变化，它使经学进入了一个“统一时代”（皮锡瑞语，见《经学历史》）。
本期还有一件事值得一提。当时有位著名的今文经学大师名叫何体，他用17年的时间写成了《公羊春秋解诂》一书，对《公羊》一书的内容多所发明。从他的《公羊墨守》、《左氏膏盲》、《谷梁废疾》三文中可见，他认为《春秋》三传中只有《公羊》义理深远，象墨子的城防一样无懈可击。而《左氏》与《谷梁》二传则存在严重的缺点，根本不值得研究。郑玄乃针对他的观点，著《发墨守》、《针膏肓》、《起废疾》以驳斥之。他认为三传各有其优缺点，《公羊》并非十全十美。何体读了郑玄的文章，也带着叹服的口气说：“康成入吾室，操吾矛，以伐我乎！”意思是说郑玄能从他的文章中找出矛盾，用他自相矛盾的说法来驳倒他的立论。由于郑玄对何体的批驳十分有力，使经师和学者们十分惊服。据说当时京师之人称何休为“学海”，而称郑玄为“经神”，郑的声望远超过何。当时求学者不远千里投到郑玄门下者甚众，他的徒党通于天下。
总之，郑玄从45岁被禁锢，到了58岁（灵帝中平元年，公元184年）才蒙赦令，前后长达14年。在此期间，他打破了经学的家法，注释与著书“几百余万言”，创立了郑学，在中国经学发展史上做出了无与伦比的突出贡献。
五、守节不仕与隐居授徒
黄巾农民大起义爆发后，东汉王朝为了平息地主阶级内部的纷争，以一致镇压农民起义，乃大赦党人，这时郑玄已58岁了，才获得自由。
郑玄曾先后游学十几年，走遍了各地，连大经师马融都自叹不如，成了全国著名的经学大师。他著述丰赡，又弟子众多，在当时是有相当大声望的。解除党禁后，朝廷当政者对郑玄的大名已早有所闻，于是争相聘请他人朝担任要职。但郑玄求名而不求官，羞与外戚闭寺为伍，绝不愿涉足仕途，乃屡拒征辟，一心一意从事著书讲学的学术工作。
灵帝中平二年（185年），执掌朝廷权柄的外戚大将军何进为了笼络人心，首先征辟郑玄人朝为官。州郡官吏胁迫起行，郑玄不得已，只好入朝去见何进。何进为表示礼贤下士，对郑玄礼敬有加，设几、杖之礼以待之。郑玄为保其名士节操，拒不穿朝眼，只穿普通儒者的便服与何进相见。仅隔了一夜，未等授予官职就逃走了。
灵帝中平四年（187年），三司府曾先后两次征辟郑玄，但他都借故婉言谢绝了。第二年，郑玄与荀爽、申屠蟠、襄楷、韩融、陈纪等14人并被征为博士，他因父丧而未去。后将军袁隗表举郑玄为侍中，他仍以居丧为理由而拒绝出仕。中平六年（189年），灵帝死，少帝刘辩继位，不久董卓废少帝而立献帝，迁都于长安。这时，公卿们又举郑玄为赵王乾之相，但因战乱道路不通，仍没有受召。
郑玄屡拒征辟，其间除避乱于徐州外，大抵是在家乡隐居，聚徒讲学，专心经术，著书立说。他的弟子遍于天下，多有人自远方而投至门下，如河内赵商、崔琰、公孙方、王基、国渊、郗虑等即为其间著名者。他的学生常常超过千人，为一时之盛。
献帝建安二年（197年），袁绍为大将军，兼督冀、青、幽、并四州，为北中国最大的割据势力。一次他大宴宾客，郑玄应邀出席，在席上对一些所谓“豪俊”的提问进行了一一的答对，语惊四座，使宾客无不折服。袁绍乃举郑玄为茂才，并表请郑玄为左中郎将，但郑玄却毫不为之所动，一一予以婉拒。
献帝建安三年（198年），献帝征郑玄为大司农，这是位列九卿的高官，给安车一乘，所过郡县长吏送迎。郑玄在家拜受后，便乘安车至许昌，但马上又借口有病，请求告老还乡。他虽然并未到任就职，但已经拜受此命，故世人称他为郑司农。
总的看，郑玄解禁后被州辟、举贤良方正、茂才等共有14次，皆拒不受。公车征左中郎、博士、赵相、侍中、大司农，也都没有就职。有汉末黑暗的社会情况下，郑玄有意保持其名士的清节，不肯与他所鄙视的那些外戚、宦官及唯名利是图的假名士们为伍，而一心在学术上发挥自己的才智。以布衣而雄视世人，不愧为真名士。
六、颠沛流离的晚年生活
郑玄不受征召，最初是领着学生们隐居在不其城南山里，进行注经和讲学活动。由于黄巾起义，天下大乱，后来终至粮食断绝，无法维持下去了，只好与学生们痛哭一场，分手各奔前程了。
献帝初平二年（191年），黄巾军攻占青州，郑玄在高密也待不下去了，便逃到徐州避乱。徐州牧陶谦曾大破黄巾军，境内比较安定，他听得郑玄到来，极为欢迎，以师友之礼相接待。郑玄把自己安顿在南城之山栖迟岩下的一所石屋里，很少出头露面，仍然夜以继日，孜孜不倦地研究儒家经典，注释《孝经》。
郑玄在徐州住了五六年，当时孔融为北海相，对郑玄特别尊崇，他一面为郑玄修葺故居庭院，一面再三派人敦请郑玄回郡。建安元年（196年），郑玄便从徐州返回高密。据《后汉书》本传记载，郑玄在回高密的路上曾遇到大批黄巾军，但他们却对郑玄十分尊重：“见玄皆拜，相约不敢入县境”。黄巾军尊重士人，这在历史上是有记载的，而郑玄是一位真正的名士，在颠沛流离中非礼不动，也是他能够获得黄巾军尊重的原因。据《后汉纪·献纪》，高密一县，竟未受黄巾抄掠，郑玄以自己的人格和名望保护了乡梓。
回到高密后，孔融待之甚厚，告诉手下僚属称之为郑君，不得直呼其名。这样，郑玄在70岁时算是结束了背井离乡的流亡生恬，他老当益壮，仍终日精研经典，博稽六艺，并时常睹览秘书纬术。可就在这一年，他竟又惨遭人伦大变，经受了老年丧子之痛。他只有一个儿子，名叫益恩，23岁时被北海相孔融举为孝廉。这一年春夏之间，袁绍之子袁谭率黄巾降兵攻北海，围孔融于都昌（今山东昌邑），情势万分紧急。益忍受父命率家兵前去营救，结果反被围杀，时年仅27岁。益恩死后，生有遗腹子，郑玄因其手文与自己相似，取名叫小同。
献帝建安五年（200年），郑玄已经74岁了，饱经沧桑，身体常觉不适。这年春天，他梦见孔子对他说：“起、起，今年岁在辰，来年岁在巴。”（《后汉书》本传）这一年是农历庚辰年，即龙年，而来年是辛巳年，也就是蛇年，旧说龙、蛇之年对圣贤不利。所以他醒来后很不高兴，认为自己当不久于人世了。这一年，袁绍与曹操的大军在官渡（今河南中牟县东）会战。袁绍为壮声势，争取民心和士望，叫袁谭逼迫郑玄随军，郑玄无奈，只好抱病而行。走到元城（今河北大名县境），病势加重，不能再走了，同年六月病逝于该县。病重和临危之时，他还在注释《周易》。
郑玄死时正处于大战乱之际，所以葬礼从简，但自郡守以下的官员和受业弟子也有一千多人纟衰纟至（披麻戴孝）送葬。最初葬于剧东（今山东益都境内），后又归葬于高密县西北50里刘宗山下的厉阜。现在此地仍存有唐代墓碑和郑玄祠庙，距此不远，则是孔融当年给他立的“郑公乡”。
郑玄的学生们十分景仰这位老师，为了纪念恩师的教诲，他们像孔门弟子为纪念孔子而编辑《论语》一样，也把郑玄平时和弟子们问答五经的言论编辑为《郑志》，共有8篇。
总括郑玄的一生，是为整理古代文化遗产而鞠躬尽瘁的一生，是献身学术与教育的一生，他身上集中了正派知识分子不慕权势、死守善道、忧民敬业等众多传统美德。
下篇 郑玄的学术成就
一、承先启后的伟大经学家
我国两汉时期，经学最为昌盛。西汉时今文经学盛行，当时立于学官的五经十四博士，全是今文经学。西汉末年古文经学逐渐兴起，东汉则是古文经学兴起、抗争，直至超过今文经学的时期。郑玄以古文经学为生，兼采今文经学之长，融会为一，而形成郑学。郑学盛行，是经学史上承先启后具有划时代意义的大事。
郑玄以毕生精力注释儒家经典，《后汉书·郑玄传》说：
凡玄所注《周易》、《尚书》、《毛诗》、《仪礼》、《礼记》、《论语》、《孝经》……凡百余万言。
事实上，郑玄遍注群经，远远不止这些，这里仅列举了主要部分。据清儒郑珍考证统计，郑玄的著述共约有60种之多。郑玄在《戒子益恩书》中说，他致力于经学，是为了“述先圣之玄意，思整百家之不齐”。即是说，他的目的在于阐述儒家思想，使之发扬光大。历史地看，郑玄注经的成就是相当高的，他完成了自己的心愿。《后汉书》本传总结郑玄的经学成就说：“郑玄囊括大典，网罗众说，删裁繁芜，刊改漏失，择善而从，自是学者略知所归。”这一评价是符合实际的。
郑玄最大的功绩是编辑、注释了“三礼”。汉代《礼经》只凭师授而无注解，马融也只注了《丧服》经、传，“三礼”这个名称虽然是马融、卢植提出来的，但却是从郑玄分别为《周礼》、《仪礼》、《礼记》作注之后，才确定下来的。《礼记》49篇的选辑本得以独立成书，也始自郑玄。“三礼”是中国古代典章制度的渊薮，是十分宝贵的历史文献，但其中很多记载我们是很难直接由原文中弄清楚的，所以郑注是不可或缺的。郑注在帮助我们弄明白“三礼”的内容方面，以及在订正经文的错谬方面，其功绩是不可磨灭的。而且郑玄在解释经文时，又补充了许多经文之外的材料，大大丰富了文献的内容。这些材料在当时肯定是有文献或师说可据的，而今已大多亡佚，有赖郑注而得保存其若干，这也是郑注的一件大功劳。又由于郑玄作注博综古今，广洽精详，兼采异说，若能详加条分缕析，弄清其源流，对于后人研究汉代的学术史，亦将大有裨益。郑玄对礼义的阐发，也为我们研究汉代的政治思想史，留下了一份很有价值的遗产。另外如研究古代的文字学、音韵学、训诂学等等，都离不开郑注。尤其是今天考释地下发掘的先秦以至地下的文物，郑玄的《三礼注》更是必须依靠的重要文献。总的看，郑玄遍注群经，而对“三礼”用力最深，取得的成就也最高。其《三礼注》遂为后世治礼学者所宗，孔颖达甚至说“礼是郑学”，这无异说礼是郑学的精髓和主干。自古以来研究郑宫礼学的著作浩如烟海，并分为“中郑”、“驳郑”两派，这正说明郑玄礼学无可替代的历史地位。清初大学者顾炎武有《述古诗》称赞郑玄说：“大哉郑康成，探赜靡不举。六艺既该通，百家亦兼取。至今三礼存，其学非小补。”顾氏是从不轻易赞颂古人的，但却对郑玄称扬备至，由此也可见郑玄礼学成就之大、影响之深。
现存的《毛诗笺》也是郑注中的力作。笺与注释不同，笺是宗一家之说而又有所引申发明。郑笺以《毛诗故训传》为主，《毛诗》讲的简略之处，便加以补充，有不同的见解，则另加标明，即“若有不同，便下己意”（郑玄语），实际上也是融会今古经，兼采三家诗说。《诗经》在史学上与文学上都属极重要的一部经典，但由于时代久远，其中许多内容我们今天已经不易理解了。若要真正读懂它，非借助前人的注释不可�