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郑玄注《易》，用的是费氏古文，他把象、象与经文合在一起，并在其前面加上“象曰”、“彖曰”字样，以与经文相区分。郑氏易学兼采义理、象数之说。在象数学方面，除用互卦、消息等方法外，还力主五行生成说与交辰说。在义理方面，多采三礼的观点，据礼以证易道广大，凡涉及嫁娶、祭把、朝聘等项，所注皆与礼经所说相合，这一特点与后来易学义理派的治易特点相通。郑玄所注古文费氏《易》流行，今文经的施、孟、梁邱三家《易》便废止了，后世王弼、韩康伯注《易》都用郑玄本，孔颖达《五经正义》即采用王、韩注本，通行至今。
郑玄所注《尚书》用的是古文，但与马融不同，也兼采今文。郑注的《古文尚书》流行，”今文经的欧阳与大小夏侯三家《尚书》”便散失了。至于《春秋》，郑玄本“欲注《春秋传》”，后因与服虔观点多相同，故未成之，但著有驳难公羊家何休的《发墨守》、《针膏盲》、《起废疾》，表明其扬左氏抑公羊的态度。郑学于魏晋南北朝时极受重视。这也是以后《左传》大兴的一个原因。
此外，郑玄还注释过汉代律令。《晋书·刑法志》记载，秦汉旧律诸儒章句十有余家，魏明帝曾下诏但用郑氏章句，不得采用余家。郑玄还注过《孝经》与《论语》，都有较大影响。至于他注释纬书，并用纬书解经，无论对纬书本身，还是对经今文学、古文学、训诂学，也都是有贡献的。
总之，郑玄以其丰富的著述创立了“郑学”，破除了过去今古文经学的家法，初步统一了今古文经学，使经学进入了一统时代，对经学的发展做出了重大贡献。
二、卓越的古籍整理学家
郑玄毕生隐居不仕，以整理古籍为职志。他能不拘门户之见，博采众家之长，几乎整理了前此的儒家全部重要经典，其数目达60余种。他进行的这项古籍整理工作，包括校勘文字，训释词语，钩玄提要，著为目录，其成就是显赫的。他不愧为卓越的古籍整理学家。
首先看郑玄的校雠学成就。郑玄注经，不仅兼录异文，考订疑误，而且致力于考镜源流，厘析篇帙。所以，精擅于校除学的清人段玉裁，曾在《经义杂记序》中称赞郑玄成校雠学千古之大业。今人张舜徽先生著有《郑氏校雠学发微》，认为郑玄的校”学成就表现在如下12个方面：一是辨章六艺，即明辨六经之体用；二是注述旧典，理查群书；三是条理礼书，使之部秩井然；四是叙次篇目，在目录学方面有突出创见；五是广罗异本，比较异同，细心雠对；六是择善而从，不拘于师法家法和今古文；七是博综众说，舍短取长，不以先入者为主；八是求同存异，自申己见；九是考辨遗编，审定真伪；十是校正错简；十一是补脱订伪；十二是审音定字。凡此种种，已大抵涉及到了校雠学的各个方面，后世有志于以整理古籍为务者，皆以郑玄所为作为楷式。中华文化渊远流长，古籍浩如烟海，整理古籍是研究传统文化与历史的必需，而校雠之学，又是古籍整理方面的一门专业学问。郑玄的校雠学成就，极大地丰富了中国校雠学的内容，其功实不可没。
其次看郑玄对训诂学的贡献。中国训诂学的起源甚早，而训诂学的成熟发展，则是汉代的事，汉人的训诂学成就，又以郑玄为最。所谓训诂学，也就是用语言解释语言，郑玄遍注群经，其内容几乎包括了后世训诂学所涉及的全部：包括释词、释句旨、说语源、说通假、注音读、说修辞、说制度、解名物、释方言、校勘文字、分析语法等等。而郑玄所采用的训诂方式，如直训，义界、推因等方法及传统的义训、形训、声训等，亦已相当完备。郑玄注经所用的训诂术语也相当丰富，如：犹，者…也…，所以一也，谓，谓一也，喻，亦，言，…貌，…之辞，…曰…，…为…，谓之，发声，若，之属，所以，之言，属，然，声误，假借，之谓，语助，…之声，当作，当为，今文，故书，古今字，古文，互言，音，读，读若，读如，之言，读曰，读为，读当为，或作等等，皆为后世所沿用，其体例十分严密。总的看来，郑注群经为后世之训诂学起到了导源的作用，大有发几起例之功，实为中国训诂学之起源。
此外，郑玄对古音韵学与古词汇学的发展也做出了一定的贡献。郑玄有探索古音的创始之功：一是他第一次明确指出了“声类”和“音类”，并注意发挥其在注释中的作用；二是分析了二者的不同点：大抵发音部位相同的叫做“声类”，收音部位相同的叫做“音类”，凡是“声类”、“音类”相同或相近的字，其义必相同或相近。这在音韵学上所起的作用是不容忽视的。关于词汇学方面，郑玄总结和发展前人的研究成果，在注经过程中对词的诸多义项和用法进行全面训释，从而巩固了先秦以来词义发展的成果。春秋战国时文化空前繁荣，经典史籍所用之词达到了极大丰富，但是作为词的记录的单字，数量却并未增加多少，词汇的丰富性主要是通过一词多义表现出来的，即是说，词在这一时期产生了大量的引申义与假借义。许慎的《说文解字》主要在于明辨字的本义，正本清源，功绩巨大，但很少涉及引申、假借问题。郑玄则重在阐述词的引申义与假借义，并揭示出了一些客观规律。由此看来，郑玄的功绩已可与许慎相媲美，对词汇学的发展有杰出贡献。
三、汉代重要的思想家
郑玄不仅是一位经学家与古籍整理学家一他同时也是一位思想家，至少在汉代是一位重要的思想家。
先说郑玄的哲学思想。
由于历史的时代的局限，郑玄存在着神学迷信思想，认为有人格化的天神存在，它是宇宙万物的创造者和最高主宰。如其《尚书五行传注》说：
天生五材，民并用之。其政道则神怒，神怒则材失性，不为民用。其它变异皆属珍，珍亦神怒，凡神怒者，日月五星即见适于天矣。
一事失，则逆人之心，人心道则怨，木、金、水、火、土气为之伤，伤则冲胜来乘珍之，于是神怒、人怨将为祸乱。故五行先见变异以谴告人……
这种天人感应的谴告说，不外乎宣扬君权神授，神化君主。他还进一步认为，如果君主的行为符合天神的意志，就会由上天降下种种嘉瑞、符瑞以示隆兴；反之，若君主过天，上天则会降下种种灾异以示警告。由此进一步推论，则人的生死、贵贱、贫富、祸福都是由天命决定的，所以应该恭顺天命，服从封建统治。另一方面，他还神化阴阳、五行，用阴阳气的盛衰解说事物的变化，以君子属阳，小人属阴，社会之所以乱，乃是阴气过盛即小人当道的结果。所有这些，都是成体系的，并非偶然的提及。当然，这些思想并未超出汉代“天人合一”唯心论思想的范畴，很少有郑玄个人的发明。但他遍注群经，将这些思想融于对经文的解释之中，而且其中又进行了一些系统化的工作，这就将唯心主义神学哲学进一步发扬光大了。总的看，郑玄的哲学思想并不是进步的，但也未尝不具有积极意义，因为它另一方面也强调人的主观能动作用和对自己命运的信心，只要按照天意——实际是某种客观规律——办事，就有可能招致好的结果。随着社会的发展，对今天来说，它当然早就丧失了任何积极意义，只有历史价值和认识价值了。
再说郑玄的政治思想。与其神学唯心主义的哲学观相联系，郑玄在政治上是保守和正统的，他认为封建制度是合理的和永恒不变的，符合天意的，因而积极维护封建统治的中央集权制，反对地方割据势力。从这一点出发，他极力宣扬忠君思想，强调地方眼从中央，地方要以“顺道”来事奉君主。他认为，人臣为君而死就是尽忠，是义、勇兼备的行为，而正直、刚克、柔克三德，为人臣者必须具备其一。应该说，郑玄对汉室是忠心的，对军阀割据是痛心的，他在注释群经时总是神化君主，要求地方诸侯服从君主，把封国的财富贡献给天子。他注《周易》与《周礼》，常常寄托自己君贤臣忠的政治理想，而在笺注《毛诗》中，又寄托自己感伤时事之情，这也说明他向往从前、反对现实乱世的态度。另一方面，他还积极宣传孝道，用孝道来为忠君思想眼务。要求人们像事奉父母一样事奉君主，像尊重长兄一样尊重各级封建统治者。总的看，郑玄是一位笃信儒家思想的正统学者，他理想中的政治面貌，应当是君君、臣臣、父父、子子，严守等级秩序，使政治稳定，风调雨顺，国泰民安。所有这些，当然也没有多少郑玄个人的东西，而是传统儒家思想对他熏陶而形成的。但郑玄遍诠群经，已把这些政治思想说成是经典的本义和万古永恒的常则，这对于儒家传统思想的传播，当然具有重要的意义。在今天看来，郑玄的政治思想是为封建统治者服务的，没有什么积极意义。但是，历史地看，郑玄的政治思想在当时还是知识分子中普遍认同的，从某种意义上来说，也是和广大民众的根本利益相一致的。
四、中国杰出的教育家
郑玄是我国古代杰出的教育家之一。
《后汉书·郑玄传》称“玄自游学，十余年乃归乡里。家贫，客耕东莱，学徒相随已数百千人”。又记其60岁时，“弟子河内赵商等自远方至者数千”。由此可见，郑玄当时私门讲学，极一时之盛。其弟子众多，几遍全国各地，见载于《郑志》、《郑记》与史传者，著名的就有河内赵商、清河崔琰、清河王经、乐安国渊、乐安任嘏、北海张逸、鲁国刘琰、汝南程秉、北海孙乾、山阳郗虑、南阳许慈等等。他的学生有的成了大官，有的成了著名的学者，《后汉书》本传说：
其门人山阳郗虑至御史大夫，东莱王基、清河崔琰著名于世。又乐安国渊、任嘏，时并童幼，玄称渊为国器，嘏有道德，其余亦多所鉴拔，皆如其言。
看来，郑玄有知人之能，求学者不远千里投到他的门下，也都能确有所得。
人称郑玄“著书满家，从学数万”（《经学史》）恐怕不是虚言，他的弟子总数当不会少于万人。据后人辑佚的《郑志》和《郑记》记载，郑玄在进行教学时，注意采取问难和启发的方式，师徒们锲而不舍，切磋琢磨，治学态度十分严谨。《食旧堂丛书》中《论语郑注》记下了这样一个故事：《论语》评《诗经》有“乐而不淫，哀而不伤”的话，郑玄注曰：“乐得淑女，以为君子之好仇，不为淫其色也。寤寐思之，哀世夫妇之道。不得此人，不为减伤其爱也。”但是，郑玄在给《毛序》是以“《关睢》乐得淑女以配君子，爱在进贤，不淫其色，哀窈窕，思贤才，而无伤善之心焉”作笺时却说：“哀盖字之误也，当为‘衷’，衷谓中心恕之，无伤善之心，谓好逑也。”这引起了弟子刘琰的怀疑：注《论语》以“哀”释之，注《毛序》又解作“衷”字之误，为何前后不一致呢？郑玄赞赏刘琰的用心思考，他回答说：“《论语注》人间行久，义或宜然，故不复定，以遗后说。”就是说，应采取实事求是的态度，拿不准的就不强作结论，以免遗害后人。博闻、阙疑，慎言其余，郑玄不仅治学如此，也教育学生要如此。
《食旧堂丛书·郑志》记有郑玄与弟子赵商的一段对话，是由《诗·商颂·长发》的序文引起的。《毛序》说：“《长发》，大