，正以其无方所、无形状。以为在无物之前，而未尝不立于有物之后；以为在阴阳之外，而未尝不存乎阴阳之中；以为贯通全体，无乎不在，则又初无声臭影响之可言。”（《文集》）通过对周敦颐“无极而太极”这个宇宙本体论的阐发，说明“太极”具有无形、无臭、无声的特性，又说明它是贯通一切领域，既在无物之前，又在有物之后；既在阴阳之外，又在阴阳之中，是一个无处不存的精神实体。
在论证“理”是精神实体的过程中，朱熹采取了“体用一源”，“有无统一”的精巧方法，使他的哲学更具有抽象性和迷惑性。从“作用一源”来看，“体”就是“理”或“太极”，“用”就是“气”和“阴阳”。“体用一源”似乎是认为“理”“气”共为宇宙本体，是同一本体的两个方面。实质上是一种巧妙的手段，表面上调和“理”“气”的对立，骨子里是为理本体论服务。从“有”“无”关系上看，他避开了把本体说成绝对的“有”或绝对的“无”，认为如果“说得死了”，“落在一边”，就是一个片面。因此“不言无极，则太极同于一物，而不可为万化之根；不言太极，则无极沦于空寂，而不能为万物之根。”（《文集》）只有把本体放在有无之间，说得活才能使精神本体摆脱形体的局限，又可避免沦于空寂。朱熹认为，这是同佛家的“空”和道家的“无”区别开了。
再次，在总理与万理的关系上，朱熹提出了“理一分殊”的命题。他说：“总天地万物之理便是太极”，“太极”是理的总体，就是“理一”。“理一”又有分殊，“万殊各有理”，“马则为马之性，又不做为牛的性。牛则为牛之性，又不做为马的性，物物各有理。”（《语类》）分殊就是“理”体现于万事万物之中，“理一”和“分殊”之间存在着互相联系的依赖关系。他说：“盖合而言之，万物统体一太极也；分而言之，一物各具一太极也。”（《语类》）说明万物皆统一于太极，而太极又分属于万物。他接过了佛教华严宗“理事无碍”和“一即一切，一切即一”的理论，认为分殊于万物之中的“理”是“太极”完整的全理，而不是全理中的一部分。他说：“虽然又自有一理，又却同出于一个理尔。如排数气水相似，这盂也是这样水，那孟也是这样水，各各满足不待求假于外。然打破放里，却也是水”（《语类》）。同样，“太极”分殊在万物之中的“理”，虽物物有别，物物有一太极。正如佛教禅宗玄觉在《永嘉正道歌》中所说：“一月普现一切水，一切水月一月摄”（《语类》）。天上的月亮普映在一切水中，一切水中之月又都是天上那一月的整体映象。
“理一分殊”否认了个别和一般的差别，把一般与个别相等同，这是形而上学观点。这个观点在政治上是为封建等级制度作辩护的。朱熹说：“天分即天理也，父安其父之分，子安其子之位，君安其君之分”（《语类》）。只要人人安于所居之位，就体现了“天理”的最高原则。这在当时，正是对贫苦农民“均贫富”、“等贵贱”革命要求的否定。
（二）承认矛盾对立终归形而上学
朱熹发展了二程“无独必有对”的矛盾观。认为在自然界和社会的一切现象中，都存在着两两相对的矛盾。他说：“天下之物，未尝无对，有阴便有阳，有仁便有义，有善便有恶，有动便有静”。又说：“盖所谓对者，或以左右，或以上下，或以前后、或以多寡，或以类而对，或以反而对。反复推之，天地之间，其无一物无对而孤立者。”（《语类）这种“天下之物未尝无对”的思想，是朱熹对二程“天下之物无独必有对”的进一步发展。他说：“然就一言之，一中又自有对。且如眼前一物，有背有面，有上有下，有内有外，二又各自为对。虽说无独必有对，然对中又自有对。”（《语类》）“对中又自有对”的思想，进一步揭示了事物内部矛盾对立的关系，说明在每一事物内部都是一分为二的。他指出：“阳中又自有个阴阳，阴中又自有个阴阳。”“以是一分为二，节节如此，以至于无穷，皆是一生两尔。”（《语类》）把每一事物内部的“一生两”、“一分为二”的关系看成是“节节如此，以至于无穷”，这是对二程“无独必有对”思想的进一步深化。
事物除了对立关系之外，对立事物之间还存在着相互联系和相互依存的关系。朱熹说：“盖阴之与阳，自是不可相无者”（《语类》）。进而他又说：“天地之化，包括无外，运行无穷，然其所以为实，不越乎一阴一阳两端而已，其动静，屈伸、往来、阖辟、升降、浮沉无性，虽未尝一日不相反，规亦不可一日不相无也。”（同上）他得出结论说：“凡物无不相反以相成”。（《语类》）这是对事物矛盾对立统一关系的基本概括。朱熹还认为，对立的事物也可以相互转化，“阴变阳、阳变阴”，各向其反面转化。他说：“阴阳之道，无日不相胜，这个退一分，那个进一分”，“阳极生阴，阴极生阳”（《语类）阴阳之间存在着相互克服和斗争的关系，向着相反的方向发展，超过极限，就相互换位。
以上是朱熹思想中的闪光之点。然而在其理一元论世界观的约束下，上述合理思想最终又走上了形而上学的归途。朱熹讲矛盾运动和转化，只限于部分自然现象，不是普遍法则。他说：“阴阳有个流行底，有个定位底。一动一静，互为其根，便是流行底，寒暑往来是也。”这是说，阴阳一动一静，互为其根，形成寒暑往来，这是阴阳运动变化的性能。阴阳既分之后，形成天地、上下、四方，就永远定位不变了。这显然是形而上学的观点。与此相应，在社会政治伦理方面，朱熹也是持形而上学观点。他认为封建的等极秩序和纲常伦理是永恒的“天理”，永远固定不变。他说：“君臣父子定位不易，事之常也。”“三纲五常，礼之大体，三代相继，皆因之而不能变。”（《文集》）把君臣父子之位和封建伦理纲常视为永恒不变，这是直接为巩固封建统治服务的形而上学观点。
在动静关系上，朱熹也提出了一些合理的看法。他说：“动静无端，阴阳无始。今以太极观之，虽日动而生阳，必竟未动之前须静，静之前又须是动。推而上之何见其端与始。”（《语类》在阴阳动静的源头上，朱熹比周敦颐进了一步。“动静无端，阴阳无始”的看法是朱熹对动静起源的辩证猜测，对后人具有启迪作用。他看到了动静之间既相矛盾又相依存。他说：“动静二字，相为对待，不能相无，乃天理之自然，非人力所能为也。”（《文集》）说明动静之间的对立依存关系是天理之自然的规律，非人力所为。因此，“动静相资”，“阴静之中自有阳动之根；阳动之中又有阴静之根。”（《语类》）这种动静相因的思想无疑是正确和深刻的。但是，朱熹的动静观最后还是以循环论告终。他强调动静相因，但又主张“静主动用”和“理静气动”。认为阴阳二气之所以运动，是本体“理”的作用，“理”主静而“气”主动，“理”是客观精神本体，因此运动是由外面的“理”支使。这就陷入了形而上学的外因论。在运动的方向上，朱熹又提出循环论的观点。他说：“一动一静，循环无端”。（《语类》）“盖天地之间，只有动静两端，循环不已，更无余事”（《文集》）。认为运动是以循环的形式存在的。循环论看不到事物的螺旋发展和波浪式前进的趋向，而认为只是如木、火、土、金、水相生相克，往复循环，永远在原来的圈子中踏步。
综上所述，朱熹在发展观上是从承认矛盾对立和发展开始，最后又归宿于形而上学的不变论的。
（三）提倡“格物致知”，强调“知先行后”
“格物致知”出于《大学》“致知在格物”一语，原无认识论意义，基本上是讲对一般道德的体认。明确从认识论的意义上解释“格物”的第一个人是程颐。他说：“格犹穷也，物犹理也。犹日穷其理而已矣。”（《二程遗书》）朱熹继承了二程的说法，并建立了更系统的格物穷理说。他说：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。”（《大学章句补。格物致知传》）他通过对“格物致知”的阐释，表述了自己的认识论思想。
从认识的目的来看，朱熹讲“格物致知”是为了当圣人。他说：“《大学》格物致知处，便是凡圣之关。物未格，知未至，如何煞也是凡人。须是物格知至，方能循循不已，而入圣贤之域。”（《语类》）认为若做不到“格物致知”，无论如何都是凡人，只有达到“物格知至”，方可进入圣贤之域。
“格物致知”的具体内容是“穷天理，明人伦，讲圣言，通事故。”（《文集》）这里的“天理”主要是指仁、义、礼、智等封建道德，“人伦”、“圣言”、“事故”则是天理的阐发应用。朱熹认为，如果放弃对天理的追求，只把精力花在草木、器用的研究上，那就如象散兵游勇那样，回不到老家。他说：“兀然存心乎草木、器用之间，此何学问！如此而望有所得，是炊沙而欲成饭也。”（《文集》）
在认识路线上，朱熹提出了“以身为主，以物为客”的命题。注意了认识主体和客体的区别。他说：“人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理。”（《语类》）这“知”是指认识能力，“理”和“物”指认识对象。他说：“格，致也，尽也”，“物，犹事也。”穷究事物之理达到极点就是“格物”。“致”，推究也，“知”犹识也。推展心中的知识至于极致，就是“致知”。由格物才能致知。因此，朱熹也主张向外追求知识。他说：“上而无极太极，下而至于一草一木、昆虫之微，亦各有理。一书不读，则缺了一书道理，一物不格，则缺了一物道理。须着逐一与他理会过。”（《语类》）这是朱熹认识论中的合理部分。他主张一事一物地去穷格物理，而穷理的方法又是学、问、思、辩等形式，是一个由浅入深的过程。学与问是闻见功夫，通过读书论学，评论古今人物，应事接物等途径去认识物理。第二步是思辩功夫，朱熹主张“沉思”，“潜思”、“反复推究”和“触类旁通”，通过分析类推，达到内心“豁然贯通”穷尽天下之理的目的。他说：“一物格而万里通，虽然颜子亦未至此。惟今日而格一物焉，明日又格一物焉，积习既多，然后脱然有贯通处耳。”（《四书或问》）这里的“脱然贯通”是建立在“积习既久”，不断积蓄知识的基础上，含有认识飞跃的合理因素，故不可简单地认为是神秘主义的“顿悟”。
朱熹的上述合理思想，由于受其理一元论世界观的局限，最后还是被窒息于唯心主义体系之中。他讲“致知”，是扩大心中的先验认识，由于物我都统一于“太极”，“太极”分殊之理既在物中，又在心中，“理之在物与在吾身只是一般。”（《文集》）心中之理与外物之理是一回事，因此，“格物”只是把心中和心外之理结合起来的手段，是用物理去启发心中之理，下学而上达，最后达到“众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明”（《语类》）的最高境界，这是先验主义的认识路线。要达到如朱熹所说的这种境界，纯属主观幻想。
在“知”“行”关系上，朱熹主张“知先行后”。他说：“知行常相须，如目无足不行，足无目不见。”（《语类》）知和行如眼与脚的关系的说法有一定道理，但如果追问：知与行谁先谁后，孰轻孰重？朱熹则说。“论先后，知为先；论轻重，行为重”。（《语类》）“先知得，方行得”（《语类》）。如人走路，应先知方向路线方可移步，否则就胡闯乱行。对“行为重”，朱熹解释道：“方其知之而行未及之，则尚知浅；既亲历其域则知之益明，非前日之意味。”（《语类》）知而不行是知得不深，只有亲身履历之后，有了感受，才知得清楚真实。他说：“学之之要，未如知之之要；知之之要，未若行之之实。”（《语类》）学不如真知，真知不如实行，所以“行”重于“知”。
朱熹的知行观，是指儒家的个人道德修养和实践。由于道德实践需要封建伦理指导，因此“知为先”。又因封建伦理不能只流于空谈，所以“行为重”。“知先”“行重”是实践道德的两个方面，有其内在的逻辑一致性。如果从认识的角度看，“知先行后”颠倒了主次