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程朱学派充分发挥了《大学》的“三纲”“八目”和“致知在格物”的思想，从而建构了他们庞大的理学体系；陆学则充分发挥了思孟学派的主观唯心论，铸造了他的“心学”体系。吕祖谦企图把二者会归于一，他的理学思想明显地带有调和折衷色彩。全祖望指出：“朱子以格物致知，陆学以明心，吕学则兼取其长，而复以中原文献之统润色之，门庭径路虽别，要其归宿于圣人则一也。”“吕学”企图消除理学内部的门户之争，调和两家异同。“鹅湖之会”虽未达到这一目的，但在自己的学说中不仅充分体现了这一要求，同时也融会了其他方面的儒学思想。如果避开门户之见，吕学既不属朱，亦不归陆，而是具有自己特色、自成一家之言的学术派别。在吕祖谦的学说中，也表现了一些超越于理学范围的内容。
（一）客观唯心主义的天理观
吕氏家学虽然博杂，但他们受二程思想影响很深。吕希哲曾与程颐共同师事胡瑗，后来又师事程颐，其子好问、切问也曾受业于程氏门人尹（火享），吕祖谦不但从家学中接受了二程思想，还对其在时代上相接替的杨时（杨龟山，二程之高足，南渡之后，被誉为“南渡洛学大宗”，死于吕祖谦出生前二年）十分崇敬。如他认为，读《中庸》“且专看龟山解为佳”（《吕东莱先生遗集》卷5，以下简称《遗集》），他对程颐的《伊川易传》特别推崇，认为这部书是“不可不朝夕讽阅”的重要典籍。这些事例证明，吕祖谦受二程理学思想的影响很深。因此，在他的“天理”论中，把“理”或“天理”作为自己哲学的最高范畴。归纳起来，他的“理”或“天理”包含以下几层意义。
其一，“理”或“天理”是超越时空而存在的宇宙万物之总则。吕祖谦说：“物之逆乎天者，其终必还，……天理则与乾坤周流而不息也。”（《东莱左氏博议》卷1）又说：“天理之在天下，犹元气之在万物也。……名虽千万，而理未尝不一也。”（同上）“德者，天地万物所用得实然之理，圣人与天地万物同游之也。此德既懋，则天地万物各得其理也。”（《增修东莱书说》卷幻
其二，“理”或“天理”既是自然界的总规律和最高原则，也是人类社会的最高原则。“天理”是万物运动变化之终极原因：。“大抵消息盈虚，天理之常，裁成辅相，君人之道也。”（同上卷3）在人道中，它就是道德规范和礼乐刑政制度：“理在天下，遇亲则为孝，遇兄弟则为友，遇朋友则为义，遇宗庙则为敬，遇军旅则为肃，随一事而得一名，名虽千万而理未尝不一也。”（《东莱左氏博议》卷3）同其他理学家一样，吕祖谦把维护封建宗法制度及一切礼乐刑政和军事等上层建筑的诸多制度和法规，都说成是“理”或“天理”的体现。总之，它是社会生活中的最高原则。
其三，“理”或“天理”是人类必须遵循而不可违背的天条。他说：“循其天理，自然无妄”（《遗集·易说》），又说：“凡物之道于天者，其终必还，……有限之力，岂能胜无穷之天也耶？”（同上《东莱左氏博议》卷1）这显然是宿命论思想的表现。
无所不在的“天理”体现于天地万物之中，万物各自“得此实然之理”，虽然体现于不同事物中的“理”各异其名，但都同出于“天理”，统一于“天理”，这也是程朱“理一分殊”的同调。断言“理之在天下，犹气之在万物”的观点，似乎是把“理”与“气”置于同等地位的二元论，然而，如果仔细琢磨之后，就不难发现，这并不是二元论，因为他虽然承认了元气在万物，但实际上只是用以比喻“理”的无所不在，此处所讲的“元气”仍被看做是精神性的“理”的物质载体而已。
其四，“天理”即“天命”。在吕祖谦的天理观中，天理和天命是紧密相结合的。他说：“命者，正理也，禀于天而正理不可易者，所谓命也。使太甲循正理而行，安有覆亡之患哉？”（《增修东莱书说》卷幻在吕祖谦看来，天命所在，即天理所在，遵“天命”就是顺“天理”，违“天命”就是违“天理”。他说：“圣人之心，即天之心，圣人之所推，即天所命也。故舜之命禹，天之历数已在汝躬矣，……此心此理，盖纯乎天也。”（同上卷3）认为圣人之心体现了天之心，又体现了“天命”和“天理”。在评论朝代的兴亡时，吕祖谦断言天命所为，即天理所在。最高统治者之所以受命于天，就是因为他的思想和行为完全合乎天意，反之，他如果违反了“天理”或天意，就一定会失去统治地位。例如，他在评论《汤誓》的论文中，认为夏桀无道，伊尹相汤伐桀，取得成功，是因为夏朝天命已绝。为什么汤在誓词中说“非台小子敢行称乱”？这是因为，汤之伐桀，“非汤伐桀，乃天命也，汤非顺天命应人心，则为称乱矣。”（同上卷7）夏桀无道，违反了天理，汤伐桀则是顺天理、应人心的义举，否则才是“称乱”。《汤誓》说：“夏氏有罪，予畏上帝，不敢不正。”商汤奉行了天命，顺应了天理，所以取得了胜利。这样，吕祖谦就把“天理”与“天命”沟通了。
在吕祖谦看来，“天命”和“天理”不仅是决定国家命运的关键，同时也是支配人类命运的最高主宰力量，人们的一切成败兴亡，通通系于“天命”。他说：“天命虽不庸释，然则顺此道即古，逆则凶，吉凶由于顺逆之间，其报应如反掌之易。天理何常之有，当时时省察，顷刻不忘可也。”（同上卷3）又说：“抑不知天大无外，人或顺或逆，或向或背，徒为纷纷，亦未尝有出于天之外者也。顺中有天，违中有天，向中有天，背中有天，果何适而非天耶”（同上）。人们的一切言行之结果，都逃不出“天命”。的安排。接着他又说：“人言之发，即天理之发也；人心之悔，即天意之悔也；人事之修，则天道之修也。无动非天，而反谓无预于天，可不为太息耶！”（同上）一切人事活动，都和“天命”息息相连，就看你是顺天，还是逆天，顺则安，违则危；顺则昌，违则亡。总而言之，天人是相通的，而这种相通，又是由天命来决定的。其实，这个观点仍然不过是“天人感应论”的翻版。这种思想，是把人们的封建意识集中地上升为“天理”，再把这种“天理”说成是主宰人类社会和人的命运的至高权威，实质上是把封建社会制度之下的伦理道德和礼乐刑政设施加以神圣化，并赋予绝对权威。应该说，这是天命神权思想在新形势下的特殊反映。就这个方面来说，吕祖谦的理学思想，在理论的精密性上显然不及朱熹。其实，在社会的精神文明日益进步的新形势下，天命神学思想对人民的说服力无疑是十分脆弱的。
（二）企图调和“理学”和“心学”的“道”“心”合一论
吕祖谦一方面在“天理”论中把“理”或“天理”作为其哲学的最高范畴和宇宙万物的总原则，另一方面又特别强调“心”的地位和作用。他的主观愿望是要调和理学阵营中客观唯心论和主观唯心论的分歧，但其结果则是通过这种调和而通向了主观唯心论。
首先，他把作为宇宙本体的“理”（天理）和进行思维活动而产生意识的“心”都说成是“纯乎天”的主宰者。他说：“问心与性何以别？答曰：“心犹帝，性犹天，本然者谓之性，主宰者谓之心。”（《遗集·杂说》）这就把人的心、性同“天”、“帝”联系在一起了。根据此种看法，吕祖谦明确地认为，天命和人心完全一致。他说：“圣人之心，即天之心；圣人之所推，即天命也。……此心此理，盖纯乎天也。”（《增修东莱书说》卷3）这样一来，他就把主观的“心”和心外的“理”融为一体了。由此类推，他又进一步提出了“心即道”的命题。他认为，“道”是无条件的：“道无待，而有待非道也。”“心与道，岂有彼此可待乎！心外有道，非心也，道外有心，非道也，……圣人之心，万物皆备，不见其为外也。”（《东莱博议》卷2）
其次，他又根据天人相通的观点来说明“心”和“理”的一致性。吕祖谦说：“圣人与天地万物为一体，天地之中，一物顺理，无非所以发吾之良心；一物不顺理，无非所以警吾不善之端也。”（同上卷4）这里所讲的“心”和“理”的一致性，主要是指圣人之心同天理的一致性。因为“圣人之心即天之心”。为了说明这个观点，他根据孟子“万物皆备于我”的主观唯心论进行了如下论证：
圣人备万物于一身。上下四方之宇，古今往来之宙，聚散惨舒，吉凶哀乐，犹疾痛菏痒之于身，触之即党，平之即知。清明在躬，志气如神；嗜欲将至，有开必先。仰而观之，荧惑德星，囗枪枉矢，皆吾心之发见也。价而察之，醴泉瑞石，川沸山鸣，亦吾心之发见也。”（《东莱博议》卷2）
对于一般人来讲，要使心与理相通，则是不容易的，所以吕祖谦又说：“告君子以理，告众人以事，所谓众人者，见形而后悟，按迹而后明，遽可理晓也。”（《东莱左氏博议》卷2）圣人之外的人，也有“君子”和“众人”之分，前者是有道德、有智慧的明白人，对他们可以告之以理，就可受到启悟，对“众人”来说，只能告之以事，因为他们的道德和智慧低下，不能直接领悟事理，只能依据事实（形、迹）说话，才能使他们明白该怎样做、不该怎样做。这种说教，比起“民可使由之，不可使知之”的愚民政策固然有所进步，但仍然是圣贤史观的表露。
综上所述，吕祖谦的理学思想，既肯定了客观唯心主义的“理”本体论，又强调了主观唯心主义的“心”的主宰作用，目的是调和二者的分歧。然而，客观唯心论与主观唯心论虽然同属于唯心论，二者尽管可以相通，但最终仍然是不一致的，“鹅湖之会”曾企图调和朱、陆之间的分歧，使之会归于一，结果还是未达到目的，这就是最好的说明。不过，在吕祖谦自己的思想体系中，则作出了尝试，但在实际上却是融“理”于“心”，自然偏向了“心学”一边，因为他的基本观点同陆九渊的“心即理”的命题及其论证方法基本一致。其不同之点是承认了“理”是宇宙万物的普遍原则，是超时空的绝对存在。其与朱熹不同之点，还表现在他更相信“天命”，并且提出了“理即天命”的说法。
在吕祖谦的哲学思想中，也包含了一些唯物主义和辩证法的成分。
由于“吕学”不私一说，其眼界比较开阔，态度比较客观，吕祖谦不仅容纳了“理学”和“心学”，同时还吸取了永嘉学派的一些唯物主义思想，如在宇宙万物生成的问题上，认为万物都是禀受了天地一元之气而产生的。他说：“推本原而言之也，万物无不自天地而生者，大哉乾元，万物资始，大哉坤元，万物资生，故曰万物父母也，人为万物之灵者，一元之气覆冒，初无厚薄，得之全者为人，得之偏者为万物也。”（《增修东莱书说》卷14）。在理气关系上，吕祖谦主张理不离气。他说：“理之在天下，犹元气之在万物也。……气无二气，理无二理。然物得气之偏，故其理亦偏；人得气之全，故其理亦全。”这里不但承认了理不离气，而且承认了“理”的“偏”或“全”是由气的“偏”或“全”来决定的。此外，在形神关系上，他还坚持了“形神相即”的观点。
在吕祖谦的哲学思想中，也包含了一些辩证法思想，例如，他提出了“天下之理必有对”的观点：“天下之理必有对，已立则物对，有对则有争。一矜其能，一伐其功，则争之理存。盖矜伐者，争之对也。”（同上卷3）这里虽然仅仅以一矜一伐之争说明理必有对，其用意是主张“无我”，要求不自以为能，不自以为功，但他毕竟提出了“理必有对”和“有对必有争”的观点。在事物的矛盾统一问题上，他指出了阴阳相互渗透的关系说：“向之疑以为怪者，特未能合幽明为一耳；犹阳之发现，阴之伏匿，阳明阴幽，常�