褚太后商议嗣位之事，因哀帝无子，只好令其弟司马奕即位，这就是东晋第六任皇帝，即晋废帝。废帝司马奕即位后，内有会稽王司马昱处理政事，外有大司马桓温统帅军务，废帝便成了一个有位无权的木偶皇帝。桓温（312—373年）是晋明帝的女婿，与庾翼关系密切。建元元年（343年），庾翼北伐时，就以桓温为前锋官。庾翼死后，桓温任荆州刺史，积极发展自己的军事势力。桓温继承了庾氏兄弟长期经营的成果，拥有荆、梁等八州的广大地区，又有以徐宁为刺史的江州作为与长江下游豫、扬之间的缓冲地带，势力急剧膨胀。此时的桓温，希望通过建功立业以增强自己的名望与实力，在东晋朝廷中取得较高的政治地位。
永和二年（346年）十一月，他上表伐蜀。当时蜀汉皇帝李势骄奢淫逸，不理国事，朝中矛盾重重，被诸强灭掉只是时间问题。桓温立志伐蜀，不等朝廷诏准，就率兵直指成都。第二年三月，桓温攻克了成都，李势投降，蜀汉灭亡。
桓温的威名日盛，野心也日趋膨胀，他所统辖的八州所有人力物资都不听从国家调用，甚而逐渐产生了自立为帝的想法。他希望通过立功于河朔，可以接受九锡殊礼。他曾经躺在床上对亲信说：“如果寂然无为，将会被汉文帝、汉景帝所嘲笑的。”众人听出他有野心，都不敢对答。他又抚枕起身说：“虽不能流芳百世，亦当遗臭万年！”
穆帝觉察到桓温存有谋反之心，故对其北伐，虽不敢竭力反对，但也不加支持，甚至从中多方阻挠。他任用虚名甚大的清谈家殷浩参与朝政，专与桓温作对，使得桓温的三次北伐都以失败告终，损害了他的实力和威望。哀帝时期，桓温建议迁都洛阳以求控制皇室，遭到哀帝和众大臣的一致反对。桓温遂决定采取进一步夺权的行动，伺机发动宫廷政变。公元371年，他将司马奕赶出皇宫，将其先降为东海王，再降为海西公，并另立司马昱为帝，是为简文帝。
桓温废立的本意是想要晋文帝禅位于自己，或者由自己入朝摄政。简文帝司马昱在朝中的地位由此可知！司马昱时常感到自己这个皇帝当得太窝囊了，心郁成疾，结果只当了8个月的皇帝，便于次年7月病死了，时年52岁。简文帝在弥留之际，急立其子司马曜为太子，即孝武帝，又封另一个儿子司马道子为琅琊王，并遗诏桓温辅政。
桓温原以为简文帝临终会禅位给自己，不料仍然只是辅政之责。他愤恨成疾，遂催促朝廷加自己九锡之礼，为禅让做准备。大臣谢安等人见他病入膏肓，便故意拖延。此后不久，桓温就病死了。
桓温苦心追求多年的皇帝美梦最终还是破灭了。实际上，他控制了东晋政权，真正阻碍他登上皇位的是来自在朝的太原王氏、陈郡谢氏两大家族，他们以非武装的政治斗争，在关键时刻给桓温掣肘，使桓温穷于应付。他们凭借在朝中拥有的潜在力量，扼杀了桓温的野心，维护了东晋司马氏的帝位，保证了门阀士族的政治利益。
自桓温废海西公而立简文帝，再到桓温之死，其间时间不过一年半。这一年半，是激烈的权力之争的一年半，是朝野鼎沸的一年半，是晋室命悬一线的一年半。这一年半，皇权处于最低点。皇位的一废一立，全凭桓温一言定局，被废的海西公无可奈何，被立的简文帝也无可奈何。简文帝手诏有言：“……如其大运去矣，请避贤路”，意即由桓温任意选择皇帝，包括桓温自帝。所以简文遗诏中有“君自取之”之语，是不足为奇的。皇权降至最低点，门阀士族的权力却急剧膨胀。桓温篡晋积谋甚久，终未成功，完全是由几家门阀士族作梗。他们在内外军权全归桓氏、皇室完全屈服的情况下，凭借社会、政治影响，勉力抵拒，挫败了桓温，扭转了形势，从而使东晋王朝延长了将近半个世纪之久，也使司马氏与士族共治的局面延长了将近半个世纪之久。东晋士族历来反对他们中的任何一家独揽政权，取代司马皇室地位。但是在关键时刻士族纯粹以其联合的政治力量，用和平手段抗拒军权，并战而胜之，这还是第一次。司马氏皇权不兴的局面被打破，这首先归结于陈郡谢氏谢安在政坛发挥的作用。
主相之争
谢安（320—385年），字安石，陈郡阳夏（今河南太康）人。其家族是流寓江东的北方世家大族。谢安少年时代就善于清谈，享有盛名。谢氏门户地位突出，始于简文、孝武之际。当时士族王、谢并称。桓温死后，谢安任尚书仆射，与中书令王坦之共辅幼主——孝武帝司马曜。他采取“镇以和靖，御以长算”的策略，实行德政，宽宥小事，使文武大臣都听从朝命。人们将他比作王导。东晋朝内部出现前所未有的和睦气象，这也和谢安完全继承王导力求大族间势力平衡的做法分不开的。谢氏威望在朝中日益增高，于淝水战后达到最高点。前秦在帝王苻坚时，国力强盛，他率众百万大军来取东晋。谢安被任命为征讨大都督，坐镇指挥抗击前秦的军队。谢安利用前秦军压境，朝廷征召可以镇御北方的军事人才的机会，举兄谢奕之子谢玄为兖州刺史。
太元四年（379年）六月，谢玄又兼王蕴所领徐州，徐、兖复为一镇。谢玄的北府兵就是在这里组建的，有了这支北府兵，谢安在建康执政才有所凭借。谢玄组织的北府兵，是集合一部分以前本属于北府，后来分散开来的处于独立、半独立状态的江淮老将和流民武装（江淮老将也出于流民武装），再征发一部分南逃的流民充实而成。谢玄赖以指挥和联络的人，是谢氏豫州旧将刘建之子刘牢之。
淝水之战一役，东晋的北府兵创造了以少胜多的奇迹，留下了“草木皆兵”的经典故事。淝水一战既胜，谢玄火速派人送来了捷报，这时的谢安正在深山别墅里和客人下围棋，等待战斗的消息！他看完了捷报，就随手放到床上，不露喜色，继续下棋。客人问起战况如何，谢安才平淡地说了一句：“小儿辈已经破贼！”等到下完棋，回到内室时，谢安再也无法控制内心的激动，过门槛时竟绊了脚，连木屐的齿都折断了。由此可以看出谢安是多么善于矫饰情感，稳定人心了！
淝水之战后，来自北方的威胁暂时解除了。东晋统治集团内部的争权夺利斗争继续上演。当时，“清谈玄学”盛行一时，官僚士族的贪污营私和为非作歹，对现实的政治产生了不良的影响。无论是北方还是南方的士族，都过着奢侈的生活。所以，淝水之战后，东晋的社会矛盾和统治集团内部的矛盾都更加复杂化和尖锐化了。这突出的表现在主相之争方面。门阀士族与皇室之间原本关系微妙，司马氏与谢氏的矛盾在淝水之战前夕以司马道子与谢安共录尚书事时就已出现。淝水战后谢安功高不赏，附于司马道子的太原王氏王国宝，又以“谗谀之计”行于孝武帝与谢安之间，遂成嫌隙，以至谢安被排挤出建康，不得不于太元九年（384年）八月自请北征，并于次年四月出居广陵，当年八月病死。
谢安死后，朝政全归司马道子。司马道子遂得为扬州刺史、录尚书事、都督中外诸军事。谢玄也在太元十二年（387年）正月退就会稽内史职，第二年正月死。到安帝隆安四年（400年），谢琰战败被杀，谢氏门户力量更衰。此后的谢氏人物，同其他的士族高门人物一样，都不得不陆续投靠出自北府将的刘裕或刘毅，不能再独树一帜。
淝水之战以后，士族腐朽，正是孝武帝伸张皇权的大好时机。他一改简文帝清谈治世之风，讲《孝经》，览典籍，延儒士，谋求振兴皇权。此时的皇权振兴，主要依靠同母弟会稽王司马道子。司马道子录尚书事，以相权辅佐皇权，这种辅政体制就与前此居位的某几家士族与司马氏共天下者，已大有不同，东晋朝廷由此又呈现出一种不同于门阀政治的政治格局。
《天朝落日》 第二部分桓玄称帝
桓玄称帝
孝武帝死后，安帝司马德宗即位，司马德宗是一个白痴，一切听从司马道子、司马元显父子的摆布。司马道子终日沉湎酒色，真正是昏君乱臣当朝。此时，门阀士族的代表人物，则是原为孝武帝亲信而居徐州京口之任的太原王氏王恭，以及居长江上游的桓玄。隆安二年（398年），太原王氏中居京口重镇的王恭等起兵声讨司马道子父子，但王恭的兵力仰赖于并非门阀士族的刘牢之，最终失败被杀。这时桓玄封锁长江，朝廷仅能控制东方各郡即会稽、临海、永嘉、东阳、新安、吴、吴兴、义兴八郡。随着东晋统治集团内部矛盾的日益加剧，各政治势力之间已演变成自相残杀。司马元显首先发难，进攻割据长江中游的桓玄。桓玄列举元显父子的罪状，起兵讨伐元显父子。他们顺流东下，收买了北府兵将领刘牢之，攻入建康，杀死司马元显父子，掌握了朝廷大仅。随后，桓玄又剪除了刘牢之，将东晋王室置于自己的掌控之下。桓玄是桓温之子。桓温在世时，就有当皇帝的野心，只是由于王、谢等士族的阻挠，才未能如愿。桓玄也早就萌生了篡位的野心。在设计除掉司马道子父子之后，他认为篡权的障碍已经扫除，便在元兴二年（403年）2月受封为大将军，9月又自称相国、封楚王、加九锡、领十郡。12月，桓玄逼晋安帝司马德宗退位，废安帝司马德宗为平固王，安帝的弟弟司马德文由琅琊王降为石阳王。自己称帝登基，国号楚。东晋朝是王谢庾桓四大家族势力平衡下的产物，王谢庾三族相继衰落，桓氏成为唯一的家族，狂妄自大的桓玄便轻而易举的消灭了东晋朝。
桓玄称帝后，骄奢淫逸，游猎无度，政局动荡。404年4月，北府兵将领刘裕等乘机起兵，杀入建康。桓玄抵挡不住，便挟持安帝和琅琊王西逃荆州。刘裕追击荆州，桓玄大败，舍下安帝，继续西逃。途中，被益州刺史毛璩的部下俘获后杀死，时年38岁，谥号武悼皇帝。桓玄所建立的楚国，宣告灭亡，只存在4个月。从桓玄兴师入都到后来废晋立楚，门阀士族赞同其消灭司马道子父子势力，但不敢公然反对其篡晋，反映门阀士族业已虚弱，丧失了左右政局的能力。真正有能力颠覆桓玄的，却是并非士族高门出身的北府将刘裕。桓玄死后，刘裕迎安帝重新回到建康，继续做他的白痴皇帝。刘裕驱逐了桓玄，成为东晋门阀政治的一次回光返照。昔日在朝中举足轻重的门阀士族，现在大都已无所作为。相应地，东晋皇室由庶族刘裕恢复以后，重建士族与司马氏共治的门阀政治局面是再也不可能了。不过，刘裕以庶族之身收拾残局虽易，代晋建宋却并非可以一蹴而就，而且需要相当长的准备和积累。
刘宋代晋
刘裕，字德兴，小名寄奴，祖籍彭城（今江苏徐州），出身寒门。年轻的时候，种过地，砍过柴，捕过鱼，还做过小买卖，受过“京口之蠹”刁家大姓的欺侮。有一次他和刁家人赌博，输了还不起赌债，被刁逵缚在马桩上。困难时常常到岳父家里去混饭吃，受人奚落。后来他追随刘牢之，勇悍善战，屡立大功，成为北府兵中的名将。元兴二年（403年），桓玄取代司马氏做了皇帝，只不过一百天就被刘裕打倒了。刘裕灭桓氏后，要取消司马皇帝的名号，还必须自己先取得更高的威望，因此，刘裕为了灭晋而进行大规模的北伐。自公元410年至417年间，刘裕北伐，消灭了南燕、割据四川的谯纵和后秦等政权，夺取了北方广大地域和长安、洛阳两大古都。刘裕因战功赫赫，被晋安帝封为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，领徐州和青州二州刺史，后又加任兖州刺史、扬州刺史，掌握了东晋的军政大权。
庶族代表人物刘裕的迅速崛起让我们看到：在统治阶层发生变化的时刻，拥有一支坚强的军队是十分重要的。回顾东晋之初，门阀政治尚不稳定，王敦、苏峻叛乱相仍。由于建康没有较强军事力量的支持，叛乱者动辄兵临都城，威胁东晋朝廷的存在，而且扰及三吴地区。在这种历史背景下，北府重镇得以建立。广陵、京口及其左近定居的以及不断南下的北方流民和他们之中的流亡统帅，是北府兵的主力。东晋初期，北府兵的作用是支持建康朝廷的门阀政治，维持几家当权士族力量的平衡，消除已形成的和潜在的军事叛乱，稳定东晋政局。后来，谢玄重新组建北府兵，由刘牢之实际统领，开展了包括淝水之战和淝水战后的北伐战争等重大军事活动。王恭死后，刘牢之代王恭为北府统帅